• 제목/요약/키워드: fingerprinting method

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Identification of Lactic Acid Bacteria in Kimchi Using SDS-PAGE Profiles of Whole Cell Proteins

  • Kim, Tae-Woon;Jung, Sang-Hoon;Lee, Ji-Yeon;Choi, Sun-Kyu;SUN-HEE-PARK;JAE-SUN-JO
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제13권1호
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    • pp.119-124
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    • 2003
  • This study was conducted to evaluate the practical usefulness of the sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PACE) fingerprinting of whole cell proteins far the identification of lactic acid bacteria in Kimchi. SDS- PACE of whole cell proteins of the reference strains and lactic acid bacteria isolated from Kimchi yielded differential banding patterns that were highly specific fingerprints, thus making it possible to identify. Identification of the isolates from Kimchi was achieved by comparing the SDS-PAGE fingerprints of isolates to those of reference strains. In addition, the reliability of SDS-PAGE was examined by comparing the results with those of the APL 50 CHL system assay and 16S rRNA gene sequence. SDS-PACE assay showed a different identity to reference strains, while the APL 50 CHL system and 16S rRNA gene sequence could not distinguish a few strains. Therefore, SDS-PAGE of the whole cell proteins is a specific and a reliable method that will be useful for the identification of lactic acid bacteria in Kimchi to the species level, and can be used as an alternative or complementary identification method.

실감형 360도 영상 특징점 기술 강인성 지표에 관한 연구 (A Study on Fingerprinting Robustness Indicators for Immersive 360-degree Video)

  • 김영모;박병찬;장세영;유인재;이재청;김석윤
    • 전기전자학회논문지
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    • 제24권3호
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    • pp.743-753
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    • 2020
  • 본 논문에서는 실감형 360도 영상의 특징점 기술의 강인성 지표를 제안한다. 이동통신사의 5G 서비스가 본격적으로 서비스됨에 따라 언제 어디서든지 대용량의 실감형 360도 영상저작물을 빠른 속도로 이용할 수 있게 되었다. 그러나 DRM 해체 및 각종 영상 변형을 통해 웹하드, 토렌트 등에서 불법 유통되고 있어 저작권 보호를 위한 강인성이 지원되는 필터링 기술이 요구되고 있다. 본 논문에서는 기존 2D 영상의 강인성 지표를 응용하고 실감형 360도 영상저작물의 특징인 투영방법 및 재생 방법을 고려한 강인성 지표를 제안하였다. 본 제안을 샘플 필터링 시스템에 대하여 적용하여 성능평가를 실시하였고 약 3초대의 실행시간에서 95% 이상의 우수한 인식률을 확인하였다.

HPLC-tandem Mass Spectrometric Analysis of the Marker Compounds in Forsythiae Fructus and Multivariate Analysis

  • Cho, Hwang-Eui;Ahn, Su-Youn;Son, In-Seop;Hwang, Gyung-Hwa;Kim, Sun-Chun;Woo, Mi-Hee;Lee, Seung-Ho;Son, Jong-Keun;Hong, Jin-Tae;Moon, Dong-Cheul
    • Natural Product Sciences
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    • 제17권2호
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    • pp.147-159
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    • 2011
  • A high-performance liquid chromatography-electrospray ionization-tandem mass spectrometric method was developed to determine simultaneously eight marker constituents of Forsythiae fructus, and subsequently applied it to classify its two botanical origins. The marker compounds of Forsythia suspensa were phillyrin, pinoresinol, phillygenin, lariciresinol and forsythiaside; those of F.viridissima were arctiin, arctigenin and matairesinol. Separation of the eight analytes was achieved on a phenyl-hexyl column (150${\times}$2.0 mm i.d., 3 ${\mu}M$) using gradient elution with the mobile phase: (A) 10% acetonitrile in 0.5% acetic acid, (B) 40% aqueous acetonitrile. A few fragment ions specific to the types of lignans, among the product ions generated by collisonally induced dissociation (CID) of molecular ion clusters, such as [M-H]$^-$ or [M+OAc]$^-$ were used not only for fingerprinting analysis but for the quantification of each epimer by using multiple-reaction monitoring mode. It was shown good linearity ($r^2{\geq}$ 0.9998) over the wide range of all analytes; intra- and inter-day precisions (RSD, %) were within 9.14% and the accuracy ranged from 84.3 to 115.1%. The analytical results of 40 drug samples, combined with multivariate statistical analyses - principal component analysis (PCA) and hierarchical cluster analysis (HCA) - clearly demonstrated the classification of the test samples according to their botanical origins. This method would provide a practical strategy for assessing the authenticity or quality of the herbal drug.

DGGE를 이용한 대청호 수화 발생시기의 세균군집 분석 (Analysis of Microbial Communities During Cyanobacterial Bloom in Daechung Reservoir by DGGE)

  • 고소라;박성주;안치용;최애란;이정숙;김희식;윤병대;오희목
    • 미생물학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.205-210
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    • 2004
  • 대청호에서 수화 발생시기인 2003년 7월에서 10월까지 분자생태학적 방법의 하나인 DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis)를 이용하여 시간에 따른 세균군집구조의 변화를 연구하였다. 조사기간 동안 출현한 식물플랑크톤을 형태학적으로 분류한 결과 cyanobacteria, 규조류 및 녹조류가 발견되었고, 이 중 Microcystis, Chroococcus, Oscillatoria, Phormidium 속이 크게 우점하였다. 16S rDNA의 DGGE pronto 분석에 의하여 Microcystis flos-aquae와 Oscillatoria spp.가 우점하는 것으로 확인되었으며, Aphanizomenon flos-aquae는 8월 중순에 우점하는 것으로 확인되었다. DGGE profile을 토대로 cluster analysis를 적용하여 다양한 미생물 군집의 유사성을 비교한 결과, 9월 2일의 미생물 군집이 다른 시기의 시료와 확연히 다른 그룹으로 구분되었다. 결과적으로 분자 생물학적 방법은 형태적 분석방법과 유사한 결과를 보였으며, 일부 세균의 분포 및 변화, 미생물 군집의 유사성 등에 대한 추가적 정보를 제공하였다.

Genetic Diversity and Phylogenetic Relationships among Microsporidian Isolates from the Indian Tasar Silkworm, Antheraea mylitta, as Revealed by RAPD Fingerprinting Technique

  • Hassan, Wazid;Nath, B. Surendra
    • International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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    • 제29권2호
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    • pp.169-178
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    • 2014
  • In this study, we investigated genetic diversity of 22 microsporidian isolates infecting tropical tasar silkworm, Antheraea mylitta collected from various geographical forest locations in the state of Jharkhand, India, using polymerase chain reaction (PCR)-based marker assay: random amplified polymorphic DNA (RAPD). A type species, NIK-1s_mys was used as control for comparison. The shape of mature microsporidians was found to be oval to elongate, measuring 3.80 to $5.10{\mu}m$ in length and 2.56 to $3.30{\mu}m$ in width. Of the 20 RAPD primers screened, 16 primers generated reproducible profiles with 298 polymorphic fragments displaying high degree of polymorphism (97%). A total of 14 RAPD primers produced 45 unique putative genetic markers, which were used to differentiate the microsporidians. Calculation of genetic distance coefficients based on dice coefficient method and clustering with un-weighted pair group method using arithmetic average (UPGMA) analysis was conducted to unravel the genetic diversity of microsporidians infecting tasar silkworm. The similarity coefficients varied from 0.059 to 0.980. UPGMA analysis generated a dendrogram with four microsporidian groups, which appear to be different from each other as well as from NIK-1s_mys. Two-dimensional distribution based on Euclidean distance matrix also revealed considerable variability among different microsporidians identified from the tasar silkworms. Clustering of few microsporidian isolates was in accordance with the geographic origin. The results indicate that the RAPD profiles and specific/unique genetic markers can be used for differentiating as well as to identify different microsporidians with considerable accuracy.

다양한 개시제(initiator)분말 전처리(pre-treatment)를 통한 노화된 지문의 Cyanoacrylate Fuming법 현출 증강 비교 (Comparison of aging fingerprint enhancement by pre-treatment of various initiator powders in the cyanoacrylate fuming method)

  • 김수경;이윤정;서경숙
    • 분석과학
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    • 제35권3호
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    • pp.129-135
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    • 2022
  • 본 연구는 alumina, leucine, alumina와 leucine을 9:1로 혼합한 분말(이하 Al-Leu (9:1)), alumina와 leucine을 5:1로 혼합한 분말(이하 Al-Leu (5:1)), alumina와 sodium lactate를 5:1로 혼합한 분말(이하 Al-Lac (5:1))을 자연상태 시료지문을 남긴 후 1, 7, 14, 30일로 노화시킨 잠재지문에 전처리한 후 cyanoacrylate fuming(이하 CA 훈증법)으로 현출 증강을 시도하였다. 전체적으로 미처리한 후 CA 훈증한 잠재지문보다 alumina, leucine, Al-Leu (9:1), Al-Leu (5:1), Al-Lac (5:1) 분말로 전처리한 잠재지문의 면적값과 특징점 개수가 향상되었다. 따라서 5종류의 개시제가 CA 훈증 시 현출 증강을 향상시키는 것을 확인하였다.

실내 환경에서 WLAN 기반의 Splite-tree를 이용한 가상의 핑거 프린트 구축 기법 (FingerPrint building method using Splite-tree based on Indoor Environment)

  • 신숭선;김경배;배해영
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제17권6호
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    • pp.173-182
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    • 2012
  • 최근 스마트 폰의 발전으로 위치 정보의 활용도가 높아지고 있다. 기존에 측위 시스템은 GPS를 이용한 위치 측위를 하였다. 하지만 실내는 GPS 신호를 사용할 수 없으며, GPS 사용할 경우 위치 부정확의 문제점이 발생된다. 실내에서의 측위 문제를 해결하기 위하여 실내를 기반으로 하는 위치 측위 기법이 연구되었다. 실내를 기반으로 하는 많은 측위 기법으로는 RFID, UWB, WLAN 등의 다양한 기법이 존재한다. 하지만 WLAN를 이용한 위치 측위기법이 실생활에 활용하기 가장 접합하다. WLAN을 이용한 실내 측위 기법은 크게 2가지로 나뉘는데 첫째는 삼각 측량 기법이고, 둘째는 핑거프린트 기법이다. 그중 핑거 프린트 기법이 정확도가 높기 때문에 많이 쓰인다. 하지만 핑거 프린트 기법을 사용하기 위해서 구축하는 시간이나 구축을 위한 자원 소모가 많은 단점이 있다. 본 논문에서는 이러한 문제점을 해결하기 위한 실내 환경에서 WLAN 기반의 가상의 핑거 프린트 구축 기법을 제안한다. 제안된 기법은 기존의 실내 환경을 셀 환경으로 구분하였으며, 각각의 셀 안의 핑거 프린트 위치 점을 가상의 그리드 맵으로 나타내었다. 그리고 가상의 위치점에 예측된 가상의 시그널 값을 넣어줌으로써 빠르게 핑거프린트 시스템을 구축한다. 또한 이렇게 구축된 시그널 값들은 실측위 값과는 다른 값을 가질수 있기 때문에 이러한 문제를 해결하기 위한 Splite-tree를 이용한 보정 기법을 제안한다. 보정 기법을 통하여 짧은 시간 동안 정확도가 향상됨을 보인다.

A New Tempo Feature Extraction Based on Modulation Spectrum Analysis for Music Information Retrieval Tasks

  • 김형국
    • 한국ITS학회 논문지
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    • 제6권2호
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    • pp.95-106
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    • 2007
  • 본 논문은 음악 정보검색에 사용되는 효과적인 템포 특징 추출방식을 제안한다. 제안된 템포 정보는 협소 밴드상의 일시적인 변조 성분에 의해 형성된다. 이러한 변조 성분은 시간 축 상의 음악 신호로부터 스펙트럼을 구한 후, 각 스펙트럼 성분에 대한 주파수 영역 분석을 통해 획득된 변조 스펙트럼으로 구성된다. 실제 구현에 있어서는 MP3 음악파일로부터 부분 디코딩에 의해 출력된 변형된 이산 코사인 변환 계수에 퓨리에 변환을 취하여 변조스펙트럼을 구하였다. 획득된 변조 스펙트럼의 진폭으로부터 고속으로 추출된 음악 템포 특징값은 다양한 음악 정보 검색에 적용되었다. 음악 무드 및 장르 분류에서는 로그 변조 주파수 계수를 적용하여 분류 성능을 개선시켰으며, 적응 변조 스펙트럼에서 유도된 비트 벡터는 오디오 핑거프린팅에 적용되어 잡음환경 하에서도 검색 성능을 크게 향상시켰다.

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WiFi와 BLE 를 이용한 Log-Distance Path Loss Model 기반 Fingerprint Radio map 알고리즘 (Radio map fingerprint algorithm based on a log-distance path loss model using WiFi and BLE)

  • 성주현;권택구;이승희;김정우;서동환
    • Journal of Advanced Marine Engineering and Technology
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    • 제40권1호
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    • pp.62-68
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    • 2016
  • 실내 위치인식 기술 중 하나인 WiFi Fingerprint는 기존의 WiFi access point(AP)의 거리에 따른 신호 세기를 활용하여 위치를 추정하는 편리함 때문에 많은 연구가 이루어지고 있다. 하지만 이 방식은 Radio map에 저장된 Reference point에 의존하기 때문에 다른 방식에 비해 위치의 분해능이 떨어지고 연산량이 많다. 본 논문에서는 이러한 문제를 해결하기 위하여 WiFi와 BLE를 융합한 Log-Distance Path Loss Model 기반의 Radio map 설계 알고리즘을 제안한다. 제안한 알고리즘은 Log-Distance Path Loss Model이 적용된 변수 값을 추출하여 Radio map을 설계하는 방식이며 Median Filter를 적용하여 오차를 개선하였다. 기존 Fingerprint와 비교하여 실험한 결과, 위치의 정확도는 평균 2.747m에서 2.112m로 0.635m 감소되는 것을 확인하였으며 연산량은 AP 환경에 따라 33%이상 감소하는 것을 확인하였다.

해양유출유의 형광지문에 의한 식별연구 (Identification of Spilled Oils in the Marine Environment by Fluorescence Fingerprints and Library Search System)

  • 박용철;김영희;이창섭;이기복
    • 한국해양학회지
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    • 제26권4호
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    • pp.295-303
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    • 1991
  • 해양에 유출되는 유류오염의 정확하고 신속한 식별을 기하기 위하여 국내에 반입 되는 33종의 원유와 기타 6종 등 총 39종 유류의 형광특성을 연구하였다. 연구결과 각 유류는 내포되어 있는 방향족 화합물의 특성에 따라 독특한 유류지문도를 보였다. 이 들에 대한 다변량 통계분석의 결과 대체로 2개의 유류군으로 대분되었다. 이들 유류가 해양에 유출된 뒤 10일이 경과되어도 물리화학적 풍화작용과 미생물에 의한 분해작용 에도 불구하고 본 연구의 기법으로 오염 유류원을 식별할 수 있었다. 이에 반하여 GC 에 의한 조사에서는 6일 경과된 풍화유출유의 경우 탄소수가 12 이하인 화합물의 상당 부분이 소실되어 나타나 유류식별이 어려웠다. 따라서 본 연구로 해양에 유출된 유류 의 정확하고 신속한 유류원 판별 식법으로 형광지문이 검증되었으며 풍화과정이 형광 지문특성에 미치는 영향과 형광특성 측정을 이용한 응용방법이 논의되었다.

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