• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권3호
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• pp.348-355
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• 2023

Epifluorescence microscopy with image analysis was evaluated as a biofilm quantification method (i.e., quantification of surface area colonized by biofilms), in comparison with crystal violet (CV) staining. We performed different experiments to generate multispecies biofilms with natural and artificial bacterial assemblages. First, four species were inoculated daily in 16 different sequences to form biofilms (surface colonization, 0.1%-56.6%). Second, a 9-species assemblage was allowed to form biofilms under 10 acylase treatment episodes (33.8%-55.6%). The two methods comparably measured the quantitative variation in biofilms, exhibiting a strong positive relationship (R² ≥ 0.7). Moreover, the two methods exhibited similar levels of variation coefficients. Finally, six synthetic and two natural consortia were allowed to form biofilms for 14 days, and their temporal dynamics were monitored. The two methods were comparable in quantifying four biofilms colonizing ≥18.7% (R² ≥ 0.64), but not for the other biofilms colonizing ≤ 3.7% (R² ≤ 0.25). In addition, the two methods exhibited comparable coefficients of variation in the four biofilms. Microscopy and CV staining comparably measured the quantitative variation of biofilms, exhibiting a strongly positive relationship, although microscopy cannot appropriately quantify the biofilms below the threshold colonization. Microscopy with image analysis is a promising approach for easily and rapidly estimating absolute quantity of multispecies biofilms.

• 한국식품과학회지
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• 제50권2호
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• pp.244-247
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• 2018

유세포분석기, 형광현미경 계수법과 현재 주로 활용하는 숙주감염에 의한 용균반검사법에 의한 박테리오파지를 계수하는 방법을 Weissella cibaria 박테리오파지로 비교 연구하였다. 상관관계 분석은 피어슨 상관 통계분석, 회귀분석, 차이검정등으로 하였다. 12개의 시료로 유세포분석기와 용균반검사에 의한 계수법을 비교한 결과는 피어슨 분석으로는 96.7%의 상관관계(상관값 r=0.967, $R^2=0.9352$)와 차이검정은 1.063을 보였다. 형광현미경과 용균반검사에 의한 계수법 비교결과는 피어슨 분석으로는 99.0% (상관값 r=0.990, $R^2=0.9811$) 상관관계와 차이검정은 1.605이였다. 그러므로 유세포분석기와 형광현미경 계수법은 용균반검사 계수법과 같이 W. cibaria 박테리오파지 계수에 적합할 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.61-65
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• 2001

식물잎권의 잎표면세균에 대한 직접관찰과 이들을 분리시킨 용액 내 세균에 대한 간접관찰을 위하여 형광염료인 4', 6-diamidino-2-phenylindole(DAPI)와 acridine orange(AO)로 염색한 후 형광현미경을 사용하였다. AO로 염색한 잎표면은 배경형광이 진한 주홍색 이나 적색을 띠어 잎표면세균의 관잘 및 계수가 극히 힘들었으나 DAPI로 염색된 잎권세균은 뚜렷한 형광 영상을 나타내었다. 반면 잎표면세균 분리용액의 여과지에 대한 형광염색 결과는 DAPI와 AO 모두가 관찰이 가능하였다. 다만 DAPI가 AO에 비하여 형광 영상이 좀 더 뚜렷하였고 AO 염색과정에서는 염색된 여과지에 대한 세척과정이 필수적이었다. 최적의 DAPI 염색법은 잎과 여과지 모두가 5 $\mu$g/ml의 농도에서 5분 동안 염색하는 것이었다. 잎권의 형광현미경 관찰에 있어서 핵심적인 요소는 잎에서 나오는 수분을 최소화하는 것으로서 염색된 잎 시료를 거름종이 위에 올려놓고 공기 중에서 말리는 대신 $70^{\circ}C$를 유지한 건조기에서 2분 동안 말린 다음 바로 현미경으로 관찰하는 것이 가장 종은 방법인 것으로 확인되었다. 이렇게 확립된 형광현미경 관찰법을 떡갈나무의 잎권세균을 성공적으로 관찰하고 계수할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권5호
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• pp.899-901
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• 2001

Comparison of the abundances of heterotrophic bacteria in the East and South China Seas by stanctard epifluorescence was miscounted as heterotrophic bacteria in DAPI stained samples. This could result in 5-31% oversestimations of heterotrophic bacterial abundance in the study areas.

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 2000년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.129.2-130
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• 2000

No Abstract, See Full Text

• 한국가시화정보학회지
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• 제21권3호
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• pp.65-74
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• 2023

Compared to epifluorescence(EPI) microscopy which captures fluorescence from the entire depth of sample, total internal reflection fluorescence(TIRF) can selectively visualize only a single surface of it. TIRF uses a thin evanescent field generated by the total internal reflection of laser light on surface. However, conventional TIRF system are designed for total internal reflection to occur at the upper surface of sample, making them unsuitable for sessile droplet imaging. We designed a TIRF system suitable for a sessile droplet imaging by utilizing slide glass as a lightguide. We presented the details for constructing the TIRF system using a prism, slide glass, air slit, and optical trap. Then, we compared the TIRF with EPI by imaging the droplet with fluorescent particles during its drying process. As a result, TIRF allows us to distinctly visualize the drying pattern on the bottom surface of droplet.

• 한국기계가공학회지
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• 제12권4호
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• pp.29-33
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• 2013

Here we report a partially aminated micropattern via direct functionalization and examine eleven different solution-phase probe DNAs hybridizing with the same target DNA on both hydrogen and oxygen terminated diamond. The hybridization intensities determined by epifluorescence microscopy were compared and are influenced strongly by the negatively charged surface and mismatched position of its sequence with immobilized probe DNA.

• 한국환경농학회지
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• 제1권1호
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• pp.48-52
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• 1982

수중미생물(水中微生物)의 계수방법(計數方法)은 크게 둘로 나누인다. 첫째 방법(方法)은 replicon개염(槪念)에 기초(基礎)를 둔 것으로 살아있는균(菌)과 죽은 균(菌)을 구별할 수 있으나 사용(使用)되는 배지(培地)가 생리적(生理的)으로 다른 다양(多樣)한 세균(細菌)들로 구성된 수중세균(水中細菌)의 생육(生育)에 적합하지 않아서 전(全) 세균수(細菌數)를 계수(計數)할 수 없다. 둘째 방법(方法)은 직접 검경하여 계수(計數)하는 방법(方法)으로 살아있는 균(菌)과 죽은균(菌), 세균(細菌)과 particle의 구별(區別)이 곤란하다. 그러나 최근 세균염색수(細菌染色術)의 발달(發達)로 수중세균(水中細菌)을 육안(肉眼)으로 쉽게 구별(區別)하여 계수(計數)할 수 있는 방법(方法)이 가능(可能)하게 되었다. 이 방법(方法)은 형광현징경(螢光顯徵鏡)을 사용(使用)하여 acridine orange로 염색(染色)된 수중(水中)의 전세균수(全細菌數)를 측정(測定)하는 방법(方法)이다. 따라서 본(本) 연구(硏究)는 상수도원(上水道源)의 세균오염도(細菌汚染度)를 측정(測定)하는데 새로운 방법(方法)으로서 epifluorcscence microscopy를 제시(提示)하는데 있으며 이의 사용성가능여부(使用性可能與否)를 진단(診斷)하기 위해 chlorine과 chloramine을 시료수(試料水)에 처리(處理)하여 경시적으로 세균수(細菌數)를 조사(調査)하여 평판법(平板法)과 비교(比較)하였다. 시료수(試料水)(sample water)의 전세균수(全細菌數)는 형광검경법(螢光檢鏡法)에 의(依)해 정확(正確)히 측정(測定)되었으며 분리능력(分離能力)(resolution)에 있어서 탁월(卓越)하였고 또한 경제적(經濟的)이고도 간편하였다. 그리고 소독살균제(消毒殺菌劑)로는 chloramine이 감소(監素)보다 수중세균(水中細菌)에 미치는 영향(影響)은 훨씬 컸다.

• The Korean Journal of Physiology
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• 제28권2호
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• pp.203-214
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• 1994

Using the methods of stopped-flow and epifluorescence microscopy with entrapped fluorophore, membrane permeability of $NH_3$ and weak acids in liposomes, renal brush border (BBMV) and basolateral membrane vesicles (BLMV), and primary culture cells from renal proximal tubule was measured. Permeability coefficient (cm/sec) of $NH_3$ was $(2.9{\times}10^{-2}$ in phosphatidylcholine liposome $25^{\circ}C)$, $5.9{\times}10^{-2}$ in renal proximal tubule cell $(37^{\circ}C)$, $4.0{\times}10^{-2}\;and\;2.4{\times}10^{-2}$ in BBMV and BLMV $(25^{\circ}C)$, respectively. Formic acid has the highest permeability coefficient among the weak acids tested, which was $4.9{\times}10^{-3}$ in liposome, $5.0{\times}10^{-3}$ in renal proximal tubule cell, $9.1{\times}10^{-3}$ in BBMV and $3.8{\times}10^{-3}$ in BLMV. There was a linear relationship between external concentration of nonionized formic acid and initial rate of flux of formic acid in liposome, and the slope coincided with the value of permeability coefficient of formic acid measured in pH 7.0. These results show that techniques of stopped-flow and epifluorescence microscopy with entrapped fluorophore provide the precise method of measurement of very rapid transport of nonelectrolytes through membranes with the advantages of instantaneous mixing effect, good resolution time and easy manipulation.

• 미생물학회지
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• 제28권4호
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• pp.331-336
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• 1990

Annual distribution of hiterotrophic marine bacteria and seasonal characteristics were investigated in the intertidal waters and sediments in the vicinity of Kunsan of Yellow Sea, Korea. Annual distribution of heterotrophic marine bacteria ranged from $ 7.5*10^{2}$ to $1.1*10^{5}$ c.f.u./ml in water and from $1.6*10 ^{4}$ to $4.8*10^{6}$ c.f.u.per g dry sediments. As for the morphological distribution measured by epifluorescence microscopy, rod-form bacteria were distributed more than 74% of total observed bacteria during surveying periods. Average biovolume of sampled bacteria ranged from $3.19\;+-\;0.59*10^{-2}$ to $6.19\;+-\;0.76*10^{-2}$ $\mu$$m^{3}$ for coccus-form bacteria. Isolated bacteria showed various utilization of carbon sources such as glucose, maltose, lactose, xylose and arabinose, and showed tolerance at various range of salinity. It was isolated 82 genus in seawater and 114 genus in sediments. Dominant genera were Pseudomonas, Vibrio, Flavobacterium and Acinetobacter in seawater, and Pseudomonas, Acinetobacter, Vibrio, and Mycobacterium in sediments.