• 제목/요약/키워드: effective population size

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A Preliminary Population Genetic Study of an Overlooked Endemic ash, Fraxinus chiisanensis in Korea Using Allozyme Variation

  • Lee, Heung Soo;Chang, Chin-Sung;Kim, Hui;Choi, Do Yeol
    • 한국산림과학회지
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    • 제98권5호
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    • pp.531-538
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    • 2009
  • We used enzyme electrophoresis to evaluate genetic diversity in five populations of endemic ash, Fraxinus chiisanensis in Korea. Of 15 putative allozyme loci examined 26.7% were polymorphic and expected heterozygosity for the species was low (0.082). Within the range, population were highly differentiated ($F_{ST}$=0.356) and little genetic variation was explained by geography. The pattern of distribution of variation showed low genetic variation within populations and pronounced divergence among populations, which was consistent with the prediction for the effects of limited gene flow and local genetic erosion. Although the frequencies of male plants were dominant ranging from 79.3% to 89.4%, most mating events seems to be inevitable mating between relatives in small populations based on heterozygote deficiency of this species. Small effective population size and the limited dispersal contributed to the low rates of gene flow within as well as between populations.

한국 토종닭 집단의 혈통구조 및 유효집단크기 추정 (Inbreeding Levels and Pedigree Structure of Korean Indigenous Chicken Population)

  • 차재범;박병호;박미나;강하연;김용민;김종대;허강녕;추효준;강보석
    • 한국가금학회지
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    • 제44권2호
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    • pp.83-92
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    • 2017
  • 본 연구에서는 가금연구소에서 집단의 혈통 구조 및 근친 수준을 평가하기 위하여 근교계수와 유효집단크기를 추정하였으며, 추정한 근교계수의 신뢰 정도를 제시하기 위하여 혈통의 품질로써 1) 아비 어미를 모두 아는 개체의 비율과 2) 근교계수가 0이 아닌 개체의 비율을 태어난 부화 년도와 계통에 따라 제시하였다. 아비 어미를 모두 아는 개체의 비율에서 대부분 계통이 1~2년 사이에 거의 100%에 도달하였으며, 근교계수가 0이 아닌 개체의 비율에서 기초집단인 0세대부터 5~6년 사이에 비율이 100%에 가깝게 도달하는 것을 보면 가금연구소 혈통기록 시스템이 잘 이루어졌으며, 이 논문에서 추정한 근교계수가 신뢰할 수 있음을 나타낸다. 각 계통의 평균 근교계수에서는 20세대 동안 7.6~10.9%의 근교계수 상승도를 보였다. 세대당 가장 높은 근교계수 상승도를 보인 계통은 S계통으로 10세대 동안 8.2%의 근교계수 상승도를 보였으며, 평균 번식에 참여한 아비 어미의 수가 다른 계통에 비해 낮은 것이 원인인 것으로 사료된다. 평균 근교계수 변화량(${\Delta}F$)으로 추정한 유효집단크기를 보면 모든 계통에서 평균 근교계수 변화량이 0.39~0.85%로 1% 이하로 관리되는 것을 보이며, 따라서 유효집단크기도 모든 계통에서 50 이상의 값을 보였으며, 현 교배 관리에서 토종 닭 집단이 단시간에 근친퇴화나 집단의 멸종으로부터의 위험으로부터 안전하다고 사료된다. 그리고 유효집단크기를 유지하기 위하여, 즉 유전적 다양성을 유지하기 위하여, 적정 수의 아비 어미가 번식에 참여해야 된다고 사료된다.

Phospholipid polymer can reduce cytotoxicity of poly (lactic acid) nanoparticles in a high-content screening assay

  • Kim, Hyung Il;Ishihara, Kazuhiko
    • Biomaterials and Biomechanics in Bioengineering
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    • 제1권2호
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    • pp.95-104
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    • 2014
  • The objective of this study was to evaluate the cytotoxicity of poly (lactic acid) (PLA) nanoparticles. We used a water-soluble, amphiphilic phospholipid polymer, poly (2-methacryloyloxyethyl phosphorylcholine-co-n-butyl methacrylate) (PMB30W), as a stabilizer for the PLA nanoparticles. The PLA nanoparticles and PMB30W-modified PLA (PLA/PMB30W) nanoparticles were prepared by evaporating tetrahydrofuran (THF) from its aqueous solution. Precipitation of the polymers from the aqueous solution produced PLA and PLA/PMB30W nanoparticles with a size distribution of $0.4-0.5{\mu}m$. The partial coverage of PMB30W on the surface of the PLA/PMB30W nanoparticles was confirmed by X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) and dynamic light-scattering (DLS). A high-content automated screening assay (240 random fields per group) revealed that the PLA nanoparticles induced apoptosis in a mouse macrophage-like cell line (apoptotic population: 73.9% in 0.8 mg PLA/mL), while the PLA/PMB30W nanoparticles remained relatively non-hazardous in vitro (apoptotic population: 13.8% in 0.8 mg PLA/mL). The reduction of the apoptotic population was attributed to the phosphorylcholine groups in the PMB30W bound to the surface of the nanoparticle. In conclusion, precipitation of PLA in THF aqueous solution enabled the preparation of PLA nanoparticles with similar shapes and size distribution but different surface characteristics. PMB30W was an effective stabilizer and surface modifier, which reduced the cytotoxicity of PLA nanoparticles by enabling their avoidance of the mononuclear phagocyte system.

Simple Compromise Strategies in Multivariate Stratification

  • Park, Inho
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제20권2호
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    • pp.97-105
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    • 2013
  • Stratification (among other applications) is a popular technique used in survey practice to improve the accuracy of estimators. Its full potential benefit can be gained by the effective use of auxiliary variables in stratification related to survey variables. This paper focuses on the problem of stratum formation when multiple stratification variables are available. We first review a variance reduction strategy in the case of univariate stratification. We then discuss its use for multivariate situations in convenient and efficient ways using three methods: compromised measures of size, principal components analysis and a K-means clustering algorithm. We also consider three types of compromising factors to data when using these three methods. Finally, we compare their efficiency using data from MU281 Swedish municipality population.

A Cost Effective Reference Data Sampling Algorithm Using Fractal Analysis

  • Lee, Byoung-Kil;Eo, Yang-Dam;Jeong, Jae-Joon;Kim, Yong-Il
    • ETRI Journal
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    • 제23권3호
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    • pp.129-137
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    • 2001
  • A random sampling or systematic sampling method is commonly used to assess the accuracy of classification results. In remote sensing, with these sampling methods, much time and tedious work are required to acquire sufficient ground truth data. So, a more effective sampling method that can represent the characteristics of the population is required. In this study, fractal analysis is adopted as an index for reference sampling. The fractal dimensions of the whole study area and the sub-regions are calculated to select sub-regions that have the most similar dimensionality to that of the whole area. Then the whole area's classification accuracy is compared with those of sub-regions, and it is verified that the accuracies of selected sub-regions are similar to that of whole area. A new kind of reference sampling method using the above procedure is proposed. The results show that it is possible to reduce sampling area and sample size, while keeping the same level of accuracy as the existing methods.

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Sample Size and Statistical Power Calculation in Genetic Association Studies

  • Hong, Eun-Pyo;Park, Ji-Wan
    • Genomics & Informatics
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    • 제10권2호
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    • pp.117-122
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    • 2012
  • A sample size with sufficient statistical power is critical to the success of genetic association studies to detect causal genes of human complex diseases. Genome-wide association studies require much larger sample sizes to achieve an adequate statistical power. We estimated the statistical power with increasing numbers of markers analyzed and compared the sample sizes that were required in case-control studies and case-parent studies. We computed the effective sample size and statistical power using Genetic Power Calculator. An analysis using a larger number of markers requires a larger sample size. Testing a single-nucleotide polymorphism (SNP) marker requires 248 cases, while testing 500,000 SNPs and 1 million markers requires 1,206 cases and 1,255 cases, respectively, under the assumption of an odds ratio of 2, 5% disease prevalence, 5% minor allele frequency, complete linkage disequilibrium (LD), 1:1 case/control ratio, and a 5% error rate in an allelic test. Under a dominant model, a smaller sample size is required to achieve 80% power than other genetic models. We found that a much lower sample size was required with a strong effect size, common SNP, and increased LD. In addition, studying a common disease in a case-control study of a 1:4 case-control ratio is one way to achieve higher statistical power. We also found that case-parent studies require more samples than case-control studies. Although we have not covered all plausible cases in study design, the estimates of sample size and statistical power computed under various assumptions in this study may be useful to determine the sample size in designing a population-based genetic association study.

한국 특산식물 미선나무의 이화주성(Distyly) 및 개체군 크기 (Distyly and Population Size of Abeliophyllum distichum Nakai, an Endemic Plant in Korea)

  • 김소담;문애라;권신영;윤석민;김휘민;이동형;손성원
    • 한국환경생태학회지
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    • 제36권6호
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    • pp.639-650
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    • 2022
  • 미선나무(Abeliophyllum distichum Nakai)는 오직 한반도 일부 지역에 제한적으로 자생하는 특산식물이며, 지구범위 인 IUCN Red List Endangered로 평가·등재되어 있는 이화주성(distyly, 二花柱性) 특성을 가진 희귀식물이다. 본 연구는 미선나무 자생 개체군 8개 지역과 천연기념물 개체군 6개 지역 등 총 14개 지역의 정량조사 결과를 바탕으로 미선나무 이화주성에 따른 개화 특성과 개체군 크기를 비교·분석함으로써 향후 미선나무 개체군에 적합한 현지 내 보전관리방안 정립을 목적으로 수행되었다. 개체군별 출현 개체는 전수조사하였으며, 각 개체의 화기 형태로 장주화·단주화 개체를 식별해 개화 개체를 현장에서 조사·기록 후 분석하였다. 미선나무 전체 출현 개체 수는 총 13,130개체(개화 7,003개체, 미성숙 6,127개체)로 각 개체군의 장주화·단주화 개화 개체 수 적정 균형 상태가 유의적(P<0.05)이지 않고, 불균형한 상태를 나타냈다. 특히, 영동 개체군은 타 개체군 대비 매우 불균형적 형태를 나타내 타 개체군과 비교했을 때 유전다양성이 낮고, 근친교배 가능성이 클 것으로 추정된다. 관리 단위별 평균 개화·결실률은 각각 자생 개체군 39.0%, 8.5%, 천연기념물 개체군 89.2%, 55.3%로 천연기념물 개체군이 자생 개체군 대비 매우 높게 나타났다. 이는 상층 수관 울폐 차이에 따른 임내 광유입 변화와 관계된 생식 생장 크기 차이로 사료된다. 한반도 내 미선나무 전체 점유면적은 23,224.5m2이었고, 천연기념물 개체군이 자생 개체군 대비 개체군 점유 면적은 작으나 밀도는 상대적으로 높게 나타났다. 일정 면적에 대한 보호시설 설치로 개체군 확산에 제약이 있는 천연기념물 개체군 내 주기적인 관리가 천연기념물 개체군 밀도를 높인 주된 요인일 것으로 추정된다. 미선나무 보전을 위해서는 현재 인위적·유전적 교란이 의심되는 천연기념물 집단을 해제하고, 새로운 보호구역을 신규로 지정함으로써 보전 우선 개체군의 확대가 필요하다. 천연기념물 개체군의 경우 문화재청과 지자체에서 자생지 관리가 이뤄지고 있으나 자생 개체군의 경우 관리 주체가 전무한 실정으로 미선나무 전반적 관리에 대한 제도적 개선이 우선적으로 이뤄져야 할 것이다.

청소년 대상 신체상 증진 프로그램의 효과에 대한 체계적 문헌 고찰 및 메타분석 (The Effects of Programs on Body-Image Improvement in Adolescents: A Systematic Review and Meta-Analysis)

  • 윤현정;서경산;한달롱
    • 대한간호학회지
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    • 제51권5호
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    • pp.597-616
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    • 2021
  • Purpose: This study's objective was to investigate the effects of programs that improve adolescents' body image, using a systematic review and meta-analysis. Methods: A literature search was performed in eleven electronic databases, using preferred reporting items for systematic reviews and meta-analysis guidelines. Population characteristics, contents of the programs, and measured outcomes were systematically reviewed from 21 selected studies. To estimate the size of the effects, meta-analysis was conducted using Comprehensive Meta-Analysis software. Results: The contents of the programs that aimed to improve body image included physical, psychological, interpersonal, and sociocultural interventions. Sixteen studies were meta-analyzed to estimate the effect size of body-image improvement programs. Results showed that the program for body-image improvement had significant effects on body satisfaction (effect size [ES] = 0.56, 95% confidence interval [CI] = 0.23 to 0.89), and body dissatisfaction (ES = - 0.15, 95% CI = - 0.23 to - 0.08). Conclusion: The program for body image improvement in adolescents includes a combination of physical, psychological, interpersonal relationship, and socio-cultural dimensions. The program that seeks to improve body image appears to be effective at increasing body satisfaction, and at reducing body dissatisfaction in adolescents. Thus, it is necessary to develop and apply multidimensional programs for adolescents to have a positive body image.

한국 남자 군인 방한복의 신 치수체계 개발 (New Sizing System Development of Korean Male Military Winter Jacket)

  • 한현숙;한현정;조자영;정기효;김범준;고준석;박창규
    • 한국의류학회지
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    • 제40권5호
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    • pp.954-965
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    • 2016
  • This study was designed to help develop an optimized sizing system for the military winter jackets of Korean males. First, we conducted a survey on the supply rate of military winter jackets and the wearing of suitable size jackets in order to identify problems in the current sizing system. We next developed a new sizing system generation method to satisfy the coverage rate and appropriate size number: Hybrid of Grid with Optimization. The findings of this study were: 1. The survey indicated that a 90 (chest girth) size is necessary; in addition, a one-step large size jacket fit well as a right size jacket. 2. We developed three optimized sizing systems for Korean male military winter jackets using the Hybrid of Grid with an optimization method and suggested one of them as a final new sizing system. The new sizing system consisted of two primary dimension: chest girth and stature. It has a 14 size number and its extended coverage rate is larger than the current sizing system and it has a 90 (chest girth) size. It also selected an optimized size for the area of low population density. The new sizing system is therefore considered very effective for Korean male soldiers military winter jackets.

조류에 의한 갯벌의 등급화 연구 (The study for grading of the mudflat by birds)

  • 이기섭;김미란;이시완;이한수
    • 한국습지학회지
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    • 제6권1호
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    • pp.105-115
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    • 2004
  • 본 연구는 조류에 의한 갯벌 등급화 기준을 설정하여 갯벌을 평가하였다. 갯벌의 등급은 절대 등급화와 상대 등급화의 두 가지 방법이 시도되었다. 첫째, 절대 등급화는 개체수, 보호종, 보호종의 개체수, 생존 집단의 1%기준을 초과하는 종수, 국내 도래 집단의 1%기준을 초과하는 종수 등 5가지 기준 요인을 설정하였다. 이후 5개 기준의 합계 점수에 의해 갯벌 등급화를 시도하였다. 둘째, 상대 등급화는 도래 개체수, 도래 밀도, 종다양도 지수, 종풍부도 지수, 종균등도 지수, 안정지수 등을 구한 후, 상대 평가에 의해 갯벌의 순위를 부여하였다. 절대 등급이 V등급인 지역은 국제적으로 보전 가치가 있는 중요한 갯벌로 조사된 대부분의 하구 갯벌이 이에 해당되었다. 상대 등급에서는 낙동강하구와 만경강하구 갯벌이 가장 등급 가치가 높았다. 또한 동일 갯벌에 속하는 만경강하구와 동진강하구의 경우, 내측이 외측 바다 쪽 갯벌보다 더 가치가 높았다. 이와 같이 조류에 의한 갯벌 등급화는 국내 중요 갯벌 지역의 판단과 지정, 그에 따른 효율적인 보호, 관리에 있어 객관적인 기준을 제시해 줄 수 있을 것으로 사료된다.

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