• 제목/요약/키워드: dihedral groups

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Tertiary Structure of Ginsenoside Re Studied by NMR Spectroscopy

  • Kang, Dong-Il;Jung, Ki-Woong;Kim, Seoung-Keum;Lee, Sung-Ah;Jhon, Gil-Ja;Kim, Yang-Mee
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제28권12호
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    • pp.2209-2213
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    • 2007
  • Ginseng has long been used as a traditional medicine in Asian countries including Korea and China. In recent years, it has been reported that the biological activities of ginseng are due to its active components, ginsenosides. Ginsenosides are represented by triterpenes of the dammarane type. Ginsenoside Re consists of two glucose rings, one rhamnose ring, and the triterpene ring. In the present study ginsenoside Re has been isolated from the Korean ginseng (Panax ginseng) and the tertiary structure has been determined using NMR spectroscopy. Flexibilities around each linkages described by seven torsion angles were considered. The structures of ginsenoside Re obtained by NMR spectroscopy show the rigidity around the glucopyranosyl ring II and alkene side chain. The dihedral angles of φ5, φ6, φ7 are about 150o, 50o and 45o, respectively. In addition, flexibility exists around rhamnopyranosyl and glucopyronosyl moiety. The linkage around the rhamnopyranosyl and glucopyranosyl ring I, are divided into three groups. This flexibility seems to play important role in regulation of the hydrophobic surface exposed to the solvent. Because of the growing need for the structural determination of ginsenoside, this result can help to understand their well-accepted pharmacological effects of ginsenoside Re.

25,26,27,28-테트라아세트오키시[4]에렌${\cdot}$일수화물의 결정 및 분자구조 (The Crystal and Molecular Structure of 25,26,27,28-Tetrnacetoxy[4]Arene${\cdot}$Monohydrate)

  • 안중태;노광현
    • 대한화학회지
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    • 제37권3호
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    • pp.344-350
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    • 1993
  • 25,26,27,28-테트라아세트오키시[4]에렌·일수화물은 사방정계의 Pbca의 공간군을 갖고 있으며 a = 14.979(4), b = 15.154(4), c = 27.890(3) ${\AA}$, Z = 8, V = 6330.6 ${\AA}^{-3}$, D$_c$ = 1.28 $g{\cdot}cm^{-3}$, ${\lambda}$(Mo K${\alpha}$) = 0.71069 ${\AA}$, ${\mu}$ = 0.86 cm$^{-1}$, F(000) = 2600이고, 1.0 ${\sigma}$(I)보다 큰 강도를 가진 3376갱의 관측된 회절반점에 대하여 최종 R값은 0.069이다. 직접적에 의하여 구조를 풀었으며, 계단식 대각최소자승법에 의하여 정밀화하여, 모든 C-H 결합길이 (=0.96 ${\AA}$) 및 메칠기와 메칠렌기는 이상적인 기하학적 구조에 맞추어 계산하였다. 큰 고리는 1,3 alternate conformation을 하고 있으며 메칠렌기의 평균 평면으로부터 벤젠고리는 각각 110.7, 68.4, 113.7 및 60.8$^{\circ}$를 이루고 있으며, 4개의 각 아세트오키시기는 그들 자신의 벤젠고리와 각각 68.2, 97.6, 78.9 및 71.3$^{\circ}$의 각을 만들고 있다. 반대편에 마주 위치한 벤젠고리 (1)과 (3)은 135.6$^{\circ}$, (2)과 (4)는 135.2$^{\circ}$의 상대적 각을 이루고 있다. 물분자는 메칠렌기를 포한하고 잇는 큰고리의 평면의 z-좌표와 거의 같은 높이에 있으며, 분자내의 O(8)부터 2.942(5) ${\AA}$, 타분자의 O(2)(1/2-x, -1/2+y, z)부터는 2.901 ${\AA}$의 거리에 있으며, 가장 짧은 분자간 거리는 O(4) 와 C(3)(1/2+x, 1/2-y,-z)의 3.193 ${\AA}$이다.

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6-(2-pyridyl)-3, 5-hexadiyn-1-ol의 용매 비의존 분자구조 (The Solvent-Independent Structure of 6-(2-pyridyl)-3, 5-hexadiyn-1-ol)

  • 서일환;이진호
    • 한국결정학회지
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    • 제6권1호
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    • pp.36-42
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    • 1995
  • 상기제목의 화합물의 두가지 단결정이 n-hexane/CH2C12 과 n-hexane/Et2O 의 용매에 의하여 얻어졌으며, 그들의 서로 다른 공간군에도 불구하고 그들의 분자구조는 동일함이 밝혀졌다. C22H18N2O2 (I), Mr=343.70, Monoclinic, Pa, a=14.595(2), b=5.413(2), c=12.218(2)Å, β=96.86(1)°, V=958.3Å3, Z=2, Dx=1.19 Mgm-3, λ(MoKα)=0.71069Å, μ=0.072mm-1, F(000)=360.0, T=292K, 756 유일한 반사강도에 대하여 R=0.104이다. 한 비대칭단위는 분자간의 두 개의 N-H…O 수소결합으로 연결된 dimer이다. C11H9NO (II), Mr=171.85, Monoclinic, P21/a, a=14.611(2), b=5.423(6), c=12.191(2)Å, β=96.89(1)°, V=959.0Å3, Z=4, Dx=1.19 Mgm-3, λ(MoKα)=0.71069Å, μ=0.072mm-1, F(000)=360.0, T=293K, 824 개의 유일한 반사강도에 대한 R=0.066이다. 한 분자가 비대칭단위를 이루고 있으며 대칭중심관계에 있는 두 개의 N-H…O 수소결합으로 dimer 를 형성한다. 양쪽 구조에서 공히 선형인 diyne chain에 의하여 연결된 pyridyl 고리와 C(10)-C(11)-O가 만드는 평면간의 이면각은 수직에 가까우며, 그 분자들은 b-축을 반복주기로하여 b-축을 따라 쌓여있다.

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