• 제목/요약/키워드: detection and analysis

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시계열 고해상도 항공영상을 이용한 소나무재선충병 감염목 탐지 - 강원대학교 학술림 일원을 대상으로 - (Detection of Pine Wilt Disease tree Using High Resolution Aerial Photographs - A Case Study of Kangwon National University Research Forest -)

  • 박정묵;최인규;이정수
    • 한국지리정보학회지
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    • 제22권2호
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    • pp.36-49
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    • 2019
  • 본 연구는 강원대학교 학술림을 대상으로 현장조사 기반(Field Survey Based)에 의한 감염목(FSB_감염목)과 객체분류기반(Object Classification Based)에 의한 감염목(OCB_감염목)을 추출하고 감염목에 대한 공간적 분포특성 및 발생강도 평가를 목적으로 하였다. OCB 최적 가중치는 Scale 11, Shape 0.1, Color 0.9, Compactness 0.9, Smoothness 0.1로 선정되었으며, 전체 분류정확도는 약 94%, Kappa 계수는 0.88로 매우 높았다. OCB_감염목 지역은 약 2.4ha로 전체 면적의 약 0.05% 발생하였다. OCB_감염목와 FSB_감염목의 임분구조 분포특성 및 지형 지리적 요인을 비교 하면, OCB_감염목 영급은 IV영급의 분포비율이 약 44%로 가장 높았으며, FSB_감염목의 영급도 IV영급의 분포비율이 약 55%로 가장 높았다. OCB_감염목의 IV영급 비율은 FSB_감염목보다 약 11% 낮았다. OCB_감염목 경급은 소경목과 중경목이 약 93%로 대부분을 차지한 반면, FSB_감염목 경급은 중경목과 대경목이 약 87%로 전체 대상지의 경급 분포와 상이하였다. 한편, OCB_감염목 표고 분포비율은 401-500m에서 약 30%로 가장 높은 반면, FSB_감염목은 301-400m에서 약 45%로 상이하였으며, 임도로부터 접근성 분포 비율은 OCB_감염목과 FSB_감염목 모두 100m이하에서 각각 약 24%와 31%로 가장 높아 임도로부터 접근성이 높을수록 감염목이 높았다. OCB_감염목 핫스팟은 31임반과 32임반으로 영급과 경급이 높은 지역에서 높게 분포하였다.

Temporal Transcriptome Analysis of SARS-CoV-2-Infected Lung and Spleen in Human ACE2-Transgenic Mice

  • Jung Ah, Kim;Sung-Hee, Kim;Jung Seon, Seo;Hyuna, Noh;Haengdueng, Jeong;Jiseon, Kim;Donghun, Jeon;Jeong Jin, Kim;Dain, On;Suhyeon, Yoon;Sang Gyu, Lee;Youn Woo, Lee;Hui Jeong, Jang;In Ho, Park;Jooyeon, Oh;Sang-Hyuk, Seok;Yu Jin, Lee;Seung-Min, Hong;Se-Hee, An;Joon-Yong, Bae;Jung-ah, Choi;Seo Yeon, Kim;Young Been, Kim;Ji-Yeon, Hwang;Hyo-Jung, Lee;Hong Bin, Kim;Dae Gwin, Jeong;Daesub, Song;Manki, Song;Man-Seong, Park;Kang-Seuk, Choi;Jun Won, Park;Jun-Won, Yun;Jeon-Soo, Shin;Ho-Young, Lee;Jun-Young, Seo;Ki Taek, Nam;Heon Yung, Gee;Je Kyung, Seong
    • Molecules and Cells
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    • 제45권12호
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    • pp.896-910
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    • 2022
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a highly transmissible and potentially fatal virus. So far, most comprehensive analyses encompassing clinical and transcriptional manifestation have concentrated on the lungs. Here, we confirmed evident signs of viral infection in the lungs and spleen of SARS-CoV-2-infected K18-hACE2 mice, which replicate the phenotype and infection symptoms in hospitalized humans. Seven days post viral detection in organs, infected mice showed decreased vital signs, leading to death. Bronchopneumonia due to infiltration of leukocytes in the lungs and reduction in the spleen lymphocyte region were observed. Transcriptome profiling implicated the meticulous regulation of distress and recovery from cytokine-mediated immunity by distinct immune cell types in a time-dependent manner. In lungs, the chemokine-driven response to viral invasion was highly elevated at 2 days post infection (dpi). In late infection, diseased lungs, post the innate immune process, showed recovery signs. The spleen established an even more immediate line of defense than the lungs, and the cytokine expression profile dropped at 7 dpi. At 5 dpi, spleen samples diverged into two distinct groups with different transcriptome profile and pathophysiology. Inhibition of consecutive host cell viral entry and massive immunoglobulin production and proteolysis inhibition seemed that one group endeavored to survive, while the other group struggled with developmental regeneration against consistent viral intrusion through the replication cycle. Our results may contribute to improved understanding of the longitudinal response to viral infection and development of potential therapeutics for hospitalized patients affected by SARS-CoV-2.

개의 네 품종에서 기능 유전자들에 대한 정량적 발현 분석 (Quantitative Expression Analysis of Functional Genes in Four Dog Breeds)

  • 김정안;김상훈;이희은;정호임;남규휘;김민규;허재원;최봉환;김희수
    • 생명과학회지
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    • 제25권8호
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    • pp.861-869
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    • 2015
  • 가축화된 동물종 중 하나인 개는, 다양한 목적을 위해 인간에 의하여 선택적으로 육종되었다. 개는 많은 품종을 갖고 있고, 특정한 행동과 형태를 갖도록 인공적으로 선택되어 왔다. 개들은 그들의 삶을 안내, 구조 혹은 탐지 등의 특수 목적에 대하여 인간에게 헌신하고 있다. 특수 목적견에게 요구되는 좋은 품성, 이를테면 온순함, 강건성, 그리고 인내심과 같은 특성은 그들의 특수 임무를 수행하는 데 필요하다. 많은 연구들이 우수한 특수 목적견의 선정을 위한 유전적 마커를 찾는 데 집중되었다. 본 연구에서는, 뇌에서 발현함으로써 기능하는 것으로 알려진 총 8개의 유전자(ABAT; 4-Aminobutyrate Aminotransferase, PLCB1; Phospholipase C, Beta 1, SLC10A4; Solute Carrier Family 10, Member 4, WNT1; Wingless-Type MMTV Integration Site Family, Member 1, BARX2; BarH-Like Homeobox 2, NEUROD6; Neuronal Differentiation 6, SEPT9; Septin 9 그리고 TBR1; T-Box, Brain, 1)들의 정량적인 발현 양상을 개의 네 품종의 뇌 조직에서 확인하였다. 특히, BARX2, SEPT9, SLC10A4, TBR1 그리고 WNT1 유전자들은 비글과 진돗개에서 많이 발현되는데 반하여, 삽살이와 세퍼드에서는 반대되는 발현 양상을 보여 주었다. 본 연구의 유전자들에 대한 Gene ontology (GO) 결정을 위하여 DAVID (Database for annotation, visualization and integrated discovery) 분석이 수행되었고, 이러한 유전자들이 뇌 발생과 개체의 지능에 중요한 기능을 제공할 것이라고 예상하였다. 결론적으로, 이러한 결과들을 통하여, 뇌에서의 기능과 관련된 인자들과 관련된 바이오마커를 발굴하는 데 중요한 단서를 제공해 줌과 동시에, 우수한 특수 목적견을 선발하는 데 도움을 줄 것이라 기대한다.

열처리 방법에 따른 품종별 콩 단백질의 항원성 변화 (Allergenicity Change of Soybean Proteins by Thermal Treatment Methods)

  • 설희경;고유진;김은정;이경란;김도경;이정옥;안강모;류충호
    • 생명과학회지
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    • 제22권4호
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    • pp.524-531
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    • 2012
  • 콩은 우리나라에서 과민성 알레르기를 일으키는 대표적인 식품 중의 하나로, 식품으로 섭취 시에 가열 및 발효가공을 통한 형태로 섭취한다. 이에 본 연구에서는 콩에 알레르기 반응을 일으키는 7명의 환아 혈청과 1명의 정상인 혈청을 이용하여 열처리 방법에 따른 품종별 콩(대풍, 대원, 태광)의 알레르기성에 미치는 영향을 조사하였다. 단백질을 추출하여 SDS-PAGE, immunoblotting 및 ELISA 방법을 통하여 반응성을 조사한 결과, SDS-PAGE 상에서 열처리하지 않은 세가지 품종의 경우 9-76 kDa 위치에서 다양한 단백질 밴드를 보였는데 특히 9, 21, 34, 52, 72 그리고 76 kDa의 단백질들은 각각 LTP, Kunits trypsin inhibitor, $Gly$ m Bd 30K, ${\beta}$-conglycinin의 ${\beta}$-subunit, ${\alpha}$-subunit와 ${\alpha}$'-subunit로 주요한 콩 알레르겐으로 알려져 있다. 반면에 볶은 콩, 발효한 콩에서는 35 kDa 이하로 완전히 분해되어 열처리 방법을 통해 단백의 항원성이 줄어드는 것을 확인할 수 있었다. IgE immunoblotting 을 통한 세 가지 품종의 볶은 콩과 콩 알레르기 환아 혈청과의 반응에서는 공통적으로 38-40 kDa과 10-15 kDa에서 단백질 밴드를 보였으나 발효한 콩에서는 대부분 반응성이 약하거나 나타나지 않았다. ELISA 결과, immunoblotting 분석과 동일하게 대부분의 환아 혈청과 반응시에 볶은 콩과 발효한 콩에서 비교적 낮은 수치를 보였다. 결론적으로 콩에 존재하는 알레르겐 단백질은 열처리와 발효 미생물이 분비하는 단백질 분해효소에 의해 대부분의 환아에서 콩 단백질과의 반응성이 약화되는 것으로 사료된다.

옥수수 수염에서 Maysin 및 유사물질의 동정 (Identification of Maysin and Related Flavonid Analogues in Corn Silks)

  • 김선림;;김이훈;박철호
    • 한국작물학회지
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    • 제45권3호
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    • pp.151-157
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    • 2000
  • 옥수수수염에 함유되어 있는 maysin 및 유사 flavonoid 물질의 분리 및 정제법을 확립하여 신품종 육성의 기초적인 자료를 제공하고자 본 시험을 수행하였으며 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. Preparative $C_{18}$ 컬럼에서 10% MeOH에 용출된 물질은 neochlorogenic acid, chlorogenic acid 및 4-caffeoylquinic acid였으며 30% MeOH로 용출된 물질은 rhamnosyl isoorientin이었고 maysin은 50%의 MeOH에서 용출되었다. 2. Silicic acid 컬럼으로 maysin 조추출물의 1차 정제시 100% ethyl acetate 500$m\ell$로 컬럼에 흡착되어 있는 maysin을 용출시켰으며, 이때 수거된 maysin의 순도는 75% 이상에 해당하였고, $C_{18}$ 컬럼($\frac{1}{2}$$\times$43")으로 maysin의 2차 정제시 maysin의 순도는 95% 이상에 달하였다. 3. FAB-MS에 의한 maysin의 분자량은 577M+H m/z이고, fragmentation으로 보아 431M+H m/z은 rhamnose에 해당하였고, $^1$H 및 $^{13}$C NMR에 의한 spectrum을 확인한 결과 분리한 물질이 maysin임을 확인할 수 있었다. 있었다.

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한국인 제 1형 당뇨병 환자들의 HLA 유전자형 및 자가면역성 갑상선 질환의 병발 양상 (Human Leukocyte Antigen(HLA) Genotypes and Thyroid Autoimmunity in Korean Patients with Type 1 Diabetes)

  • 강소영;신충호;양세원;박명희;유지숙
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제48권6호
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    • pp.624-633
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    • 2005
  • 목 적 : 본 연구는 한국인 제 1형 당뇨병 환자들에서 HLADR과 DQ 유전자형 및 갑상선 자가항체(항 TPO 자가항체와 항 thyroglobulin 자가항체)를 분석함으로써, 한국인 제 1형 당뇨병과 관련 있는 특정 HLA 유전자형을 알아보고자 하였고, 이들 제 1형 당뇨병 환자들에서의 갑상선 자가항체의 유병률, 갑상선 질환으로의 발현 및 이들 자가면역성 갑상선염과 HLA 유전자형과의 관련성을 알아보고자 하였다. 방 법 : 총 59명[남아 26명, 검사시 연령 13.7세(5.7-29.9세), 당뇨병 유병기간 7.6년(-1.7-22.5년)]의 제 1형 당뇨병 환자를 대상으로 하였고, 갑상선 질환의 병력 및 가족력이 없는 건강한 200명의 한국인의 HLA 유전자형을 대조군으로 하였다. 59명의 환자 중 갑상선 자가항체 양성인 17명은 중앙기간 3.96년(1일-10.7년) 동안 진찰 및 anti-TPO, anti-TG, $T_3$, $T_4$ 또는 free $T_4$, TSH 검사를 시행하면서 추적 관찰하였다. HLA-DR과 DQ의 유전자 분석은 PCR-SSO, PCR-SSCP, PCR-RFLP 및 PCR-SSP 방법을 이용하였다. 결 과 : 제 1형 당뇨병 환자들에서 대조군에서보다 HLADRB1*0301, *090102, DQB1*0201, *030302, DRB1*0301/*090102, DRB1*090102/*090102, DQB1*0201/*030302, *030302/*030302, *0201/*0302의 빈도가 높았다(Pc<0.05). 15명(25.4%)에서 TPO에 대한 자가항체 양성이었고, 12명(20.3%)에서 TG 자가항체 양성이었으며, 17명(28.8%)은 두 가지 항체 중 한 가지 이상의 항체를 갖고 있었다. 10명(16.9%)은 두 종류의 항체를 모두 갖고 있었다. 갑상선 항체 양성을 보인 이후부터의 추적기간 동안 갑상선기능저하증을 보인 경우는 없었다. 3명(5.1%)의 여아에서 당뇨병 진단 전 또는 후에 갑상선기능항진증이 진단(8.5세, 11세, 13.2세)되었다. 갑상선 자가항체의 유무 및 각각의 항체 종류에 따른 대상군간의 제 1형 당뇨병 진단연령, 갑상선 검사시 연령, 당뇨병 유병기간 및 성별의 차이는 보이지 않았다(P>0.05). 결 론 : 한국인에서는 HLA-DRB1*0301, *090102, DQB1*0201, *030302, DRB1*0301/*090102, *090102/*090102, DQB1*0201/*030302, *030302/*030302, *0201/*0302 등이 제 1형 당뇨병에 대한 감수성 인자였고, 코카시안과는 다른 HLA-DR 및 DQ의 분포가 한국인에서 제 1형 당뇨병의 발생률이 낮은 이유중의 하나를 차지하리라고 생각되었다. 한편, 제 1형 당뇨병 환자들에서 갑상선 자가항체 양성률은 28.8%였고, 이는 한국인 제 1형 당뇨병 환자에서도 갑상선 자가항체 검사가 규칙적으로 시행되어야 함을 시사한다고 하겠다. 한국인 제 1형 당뇨병 환자에서 자가면역성 갑상선 질환에 대한 선별검사 시작 시기와 횟수 등에 대해서는 이들 환자들의 장기적인 추적관찰을 통해 추후 좀더 연구가 필요하리라 생각된다.

율무 새싹 추출물의 Riboflavin과 Coixol의 동시 분석법 검증 및 항산화 활성 (Validation of a Method and Evaluation of Antioxidant Activity for the Simultaneous Determination of Riboflavin and Coixol in Coix lacryma-jobi var. ma-yuen Stapf Sprouts)

  • 이지연;박정용;박춘근;김동휘;지윤정;최수지;오명원;황호섭;이윤지;정진태;이정훈;서경혜
    • 한국작물학회지
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    • 제64권4호
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    • pp.452-458
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    • 2019
  • 율무 새싹 추출물의 riboflavin과 coixol의 원료표준화를 위한 동시분석 조건을 검증하고, 율무 새싹의 전초와 잎 추출물의 항산화 활성과 함량의 상관관계에 대해 조사하였다. 1. HPLC 분석을 위한 riboflavin과 coixol의 피크가 각각 분리되어 특이성을 확인하였고, 일내 및 일간 정확성은 모두 회수율이 100.28%에서 103.98% 사이이며 정밀성은 모두 1.93%이하를 나타내므로 본 실험의 분석조건은 높은 정확성과 정밀성을 가지고 있다. 2. Riboflavin과 coixol의 동시분석 조건의 검출한계(LOD) 및 정량한계(LOQ)를 조사한 결과 검출한계는 0.71 및 0.31 ㎍/mL, 정량한계는 2.71 및 0.94 ㎍/mL이므로 확립된 HPLC 분석조건은 riboflavin과 coixol의 동시분석하기에 무리가 없는 분석법으로 조사되었다. 3. 율무 새싹의 전초와 잎의 riboflavin과 coixol의 함량을 본 연구에서 얻어진 동시분석법을 적용하여 잎의 환류 추출물에서 가장 높은 함량이 나타났다. 4. 항산화 활성 측정 시, DPPH와 ABTS+ 소거능에서 모두 율무 새싹의 전초보다 잎에서, 상온 추출보다 환류 추출이 더 낮은 IC50값을 나타내었다. 율무 새싹 추출물의 riboflavin과 coixol 및 항산화 활성과의 상관관계를 실시한 결과, coixol이 증가할수록 DPPH와 ABTS+ 소거능의 IC50값이 유의적으로 감소하는 경향이 나타나므로 원료표준화 지표뿐만 아니라 기능성 지표로 활용이 가능할 것으로 판단되었다.

새우에서 분리된 Vibrio species 동정을 위한 VITEK 2 system방법과 species-specific PCR방법 비교 평가 (Comparative Evaluation of the VITEK 2 System and Species-specific PCR Methods for the Detection of Vibrio Species Isolated from Shrimp)

  • 이정민;이원준;김민주;조용선;이진성;이현진;윤상우;김근성
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제30권3호
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    • pp.281-288
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    • 2015
  • Vibrio 속에 속한 세균에 의한 식중독은 오염된 해산물 식품의 섭취로 인하여 빈번하게 발생하고 있다. 그러므로 해산물을 날것으로 섭취하는 한국인의 특성을 고려할 때, 빠르고 정확한 Vibrio 검출기술은 식품위생 및 공중보건의 측면에서 매우 중요하다. 이와 관련하여 본 연구에서는 전통적인 배지를 이용한 동정방법의 단점을 보완할 수 있는 생화학적 방법인 Vitek 2 system방법과 분자생물학적 방법인 species-specific PCR 방법을 사용하여 얻은 동정결과를 비교 평가하고자 하였다. 본 연구에서는 5개의 Vibrio 표준균주와 16S rRNA gene sequencing 결과에 의하여 Vibrio 속으로 확인된 24개의 분리균주가 이용되었다. Vitek 2 system방법을 이용한 경우, 이와 같이 본 연구에 사용된 29개 균주 중 Vibrio 표준균주 2개(2/5, 40%), 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 15개(15/24, 62.5%) 등의 총 17개 균주(17/29, 58.6%)가 Vibrio 종으로 동정되었다. 그리고 species-specific PCR방법을 이용한 경우, 위의 29개 균주 중 Vibrio 표준균주 5개(5/5, 100%), 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 16개(16/24, 66.7%) 등의 총 21개 균주(21/29, 72.5%)가 Vibrio 종으로 동정되었다. Vitek 2 system방법과 species-specific PCR방법을 이용하여 동정된 결과를 비교하였을 때 표준균주 중 V. parahaemolyticus, V. mimicus 등의 2개(2/5, 40%), 새우분리균주 24개 중에서 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 7개 (7/24, 29.2%) 등의 총 9개(9/29, 31%) 균주들에 대한 동정결과만이 일치하였다.

식용유지류 중 벤조피렌의 함량 분석 및 안전성 평가 (Analysis and Risk Assessment of Benzo(a)pyrene in Edible Oils)

  • 장미라;홍미선;정소영;최부철;이경아;금진영;김일영;김정헌;채영주
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.141-145
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    • 2014
  • 식용유지류의 섭취로 인해 발생하는 PAHs의 대표적인 발암물질인 벤조피렌의 안전성을 판단하기 위해 시중에 유통되는 288건의 식용유지제품에 함유된 벤조피렌 함량을 분석한 후 위해성을 평가하였다. 사용된 제품은 옥수수기름, 포도씨유, 올리브유, 들기름, 미강유, 참기름, 콩기름, 해바라기유 등이며 벤조피렌의 검출 범위는 불검출 ${\sim}4.78{\mu}g/kg$이었고 평균 농도는 $0.11{\mu}g/kg$로 나타났다. 국민건강영양조사 5기 2차년도(2011) 자료를 이용하여 전체인구집단과 섭취군의 식용유지류 섭취량을 산출하여 만성 1일 인체노출량을 평가한 결과 식용유지류 섭취로 인한 벤조피렌 노출량은 전체인구집단의 경우 $4.26{\times}10^{-3}ng/kg$ b.w./day, 식용유지류 섭취군의 경우 $7.64{\times}10^{-3}ng/kg$ b.w./day로 나타났다. 인체 위해정도를 파악하기 위해 벤조피렌의 mouse 위상부암에 대한 $BMDL_{10}$값인 0.31~0.74 mg/kg b.w./day와 만성 1일 인체노출량을 이용하여 산출한 MOE 값은 전체인구집단에서는 $7.28{\times}10^7{\sim}1.74{\times}10^8$, 섭취자군에서는 $3.95{\times}10^7{\sim}9.42{\times}10^7$ 수준이었다. 따라서 식용유지류 섭취로 인한 벤조피렌 인체노출의 위해정도는 매우 낮은 것으로 판단된다.

기능성 쌀의 잔류농약 및 이산화황 안전성 실태조사 (Monitoring and Safety Assessment of Pesticide Residues and Sulfur Dioxide on Functional Rice Products)

  • 이유진;박명기;김기유;박은미;강흥규;임지현;조욱현;김윤호;이선영;용금찬;윤미혜
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제32권6호
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    • pp.493-499
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    • 2017
  • 본 연구는 경기도에 유통되는 기능성 쌀을 대상으로 농약 및 이산화황의 잔류실태를 조사하고 위해성평가를 실시하였다. 2016년 2월부터 10월까지 대형마트 및 재래시장에서 유통되는 기능성 쌀 91건을 수거하여 수행하였다. GC/ECD, GC/NPD, GC/TOF/MS, LC/PDA, LC/FLD를 이용한 다종농약다성분 분석법으로 220종의 잔류농약검사를 실시한 결과 3건(3.3%)에서 2종의 농약성분이 검출되었다. 검출된 농약은 살균제 농약인 propiconazole과 살균제 및 식물생장조절제 농약인 isoprothiolane이며, 검출수준은 0.0340~0.0566 mg/kg으로 MRL (Maximum Residues Limits) 대비 각각 34%, 2.8% 이하로 검출되었다. Monier-Williams 변법을 이용하여 이산화황(sulfur dioxide)을 분석한 결과 91건의 시료 모두 불검출 이었다. 농약 검출량을 바탕으로 일일섭취추정량(EDI)과 일일섭취허용량(ADI)을 이용하여 위해성평가를 한 결과 %ADI (Hazard Index)는 0.24~1.25%로 안전한 수준이었다.