• 제목/요약/키워드: deletion analysis

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A novel human KRAB-related zinc finger gene ZNF425 inhibits mitogen-activated protein kinase signaling pathway

  • Wang, Yuequn;Ye, Xiangli;Zhou, Junmei;Wan, Yongqi;Xie, Huaping;Deng, Yun;Yan, Yan;Li, Yongqing;Fan, Xiongwei;Yuan, Wuzhou;Mo, Xiaoyang;Wu, Xiushan
    • BMB Reports
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    • 제44권1호
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    • pp.58-63
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    • 2011
  • Zinc finger (ZNF) proteins play a critical role in cell growth, proliferation, apoptosis, and intracellular signal transduction. In this paper, we cloned and characterized a novel human KRAB-related zinc finger gene, ZNF425, which encodes a protein of 752 amino acids. ZNF425 is strongly expressed in the three month old human embryos and then is almost undetectable in six month old embryos and in adult tissues. An EGFP-ZNF425 fusion protein can be found in both the nucleus and the cytoplasm. ZNF425 appears to act as a transcription repressor. Over-expression of ZNF425 inhibits the transcriptional activities of SRE, AP-1, and SRF. Deletion analysis indicates that the C2H2 domain is the main region responsible for the repression. Our results suggest that the ZNF425 gene is a new transcriptional inhibitor that functions in the MAPK signaling pathway.

Aspergillus nidulans의 광 조건하 유성분화에 관여하는 silA 유전자의 분리 및 기능분석 (Isolation and Functional Analysis of the silA Gene That Controls Sexual Development in Response to Light in Aspergillus nidulans)

  • 한상용;고진아;김종학;한규용;한갑훈;한동민
    • 한국균학회지
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    • 제36권2호
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    • pp.189-195
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    • 2008
  • Aspergillus nidulans는 빛이 없는 조건에서는 유성분화가 주로 일어나고 빛이 있는 조건에서는 유성분화가 억제되고 대신 무성분화가 유도된다. 빛에 의해서 유성분화가 억제되는 것은 빛에 반응하여 유성 또는 무성분화를 조절하는 유전자가 있다는 것을 시사한다. 따라서 빛에 의해서 조절되는 유전자를 연구하기 위하여 광 조건하에서 유성분화를 하는 silA98 돌연변이를 분리하였으며, 이를 보완하는 유전자를 분리 및 분석하고자 A. nidulans의 AMA-NotI genomic library로부터 silA98 돌연변이를 상보하는 유전자 silA를 분리하였다. silA 유전자의 예상 ORF는 2,388 bp의 염기로 구성되어지고 795개의 아미노산을 암호화하고 있었다. 이 유전자는 Saccharomyces cerevisiae의 ARO80 유전자와 상동성을 보이며 SilA 단백질의 N 말단에는 약 51.9%의 상동성을 가지는 ${Zn_2}{Cys_6}$ motif를 지니고 있었다. silA 유전자 결손돌연변이주는 광 존재 하에서뿐만 아니라 고농도의 sorbitol에서도 유성분화가 유도되었다. 이는 silA 유전자가 빛과 고삼투 조건에서 유성분화를 억제하는 조절과정에 관여하고 있음을 의미한다. silA 유전자를 niiA promoter로 과다 발현시켰을 때의 형질은 야생형과 큰 차이를 보이지 않았다.

서해남부해역의 조석 비대칭에 대한 수치모의 (Numerical Modeling of Tide Asymmetry in the Southeast Coastal Zone of Yellow Sea)

  • 정태성
    • 한국해안·해양공학회논문집
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    • 제23권6호
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    • pp.429-441
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    • 2011
  • 서해남부해역에서 관측된 조위와 조류 관측자료를 분석하여, 수심이 얕고 간사지가 넓게 분포된 연안해역에서 비선형 조석 및 조류 특성을 뚜렷하게 보이는 것을 확인하였으며, 조석 비대칭을 발생하는 원인에 대해 수치 모형을 이용하여 검토하였다. 목포항에서 30여 년간 관측된 조위자료를 조화분석하여 주요 조석의 진폭과 위상의 연 변화를 살펴본 결과, 반일주조의 진폭은 증가하고 위상은 빨라졌으며, 일주조는 진폭과 위상의 변화가 거의 없었다. 이에 따라 반일주조의 상호작용에 의해 발생되는 대표적인 비선형 조석인 $M_4$ 분조와 $MS_4$ 분조의 진폭은 증가하고, 위상이 빨라졌다. 본 연구에서는 $M_2$ 분조의 전파과정과 $M_4$ 분조의 생성과정을 2차원 조석모형을 사용하여 모의하였다. 바닥마찰응력 산정방법, 조위변화 및 비선형항의 영향, 간사지 분포 등이 $M_4$ 분조의 생성에 미치는 영향에 대해서 조사하였다. 연구해역에서 바닥마찰계수가 일정 크기까지는 작아질수록 비선형 조석이 크게 생성되는 것을 확인하였으며, 바닥마찰응력이 커지면 오히려 조석 에너지의 소산으로 수심이 얕은 연안해역에서 $M_2$ 분조와 $M_4$ 분조의 진폭이 작아 졌다. 간사지를 바다로 치환하여 모의한 결과는 비선형 조석이 거의 발생하지 않아 간사지가 비선형 조석의 생성에 큰 영향을 미친다는 것을 확인할 수 있었다.

저산소와 NO 조건에서 Mycobacterium smegmatis의 adenylyl cyclase 유전자 발현 (Expression of Adenylyl Cyclase Genes in Mycobacterium smegmatis under Hypoxic and Nitric Oxide Conditions)

  • 전한승;양기훈;고인정;오정일
    • 생명과학회지
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    • 제24권12호
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    • pp.1330-1338
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    • 2014
  • 결핵균인 Mycobacterium tuberculosis H37Rv에서는 16개의 adenylyl cyclase (AC) 유전자가, 비병원성인 M. smegmatis에서는 10개의 AC 유전자가 발견되었다. M. smegmatis에서 발견된 10개의 AC 유전자들 중 MSMEG_0228, MSMEG_3243, MSMEG_3780, MSMEG_4279, MSMEG_4477, MSMEG_6154 유전자들의 발현은 저산소 조건에서 유도되었다. 반면에 M. smegmatis가 nitric oxide (NO)에 노출이 되면 MSMEG_3780과 MSMEG_4279 유전자의 발현이 유도되었다. 유산소 조건에서 키운 M. smegmatis와 비교할 때, 저산소 조건에서 성장한 M. smegmatis 세포 내부와 성장 배지 내의 cAMP 양은 각각 450배와 9.8배 증가하였다. M. smegamtis가 NO에 노출이 되면 세포 내의 cAMP 농도는 5.8배 증가하였다. DevSR two-component system은 M. smegmatis가 저산소 조건이나 NO에 노출되었을 때 많은 유전자의 발현을 유도하는 주요 조절계로 알려져 있는데, 저산소 조건에서 발현이 유도된 6개의 AC 유전자의 발현이 M. smegmatis devR mutant에서도 wild type에서와 마찬가지로 저산소 조건에서 유도됨이 관찰되었다. 이 결과는 저산소 조건에서 발현이 유도되는 6개의 AC 유전자들이 DevSR two-component system에 의해 조절되지 않음을 나타내고 있다. 저산소 조건에서 발현이 가장 많이 유도된 MSMEG_3780 유전자의 발현조절에 관련이 있는 조절자를 발굴하기 위해 ligand fishing 분석을 수행하였고, 후보 조절자로서 MSMEG_5136을 발굴하였다.

중학교 수학에서 도입된 용어 및 기호에 관한 고찰 (A Note on the Terms and Notations Introduced in Middle School Mathematics)

  • 김흥기
    • 대한수학교육학회지:학교수학
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    • 제10권2호
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    • pp.223-257
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    • 2008
  • 수학 학습에서 가장 기본적인 것 중의 하나인 용어와 기호의 뜻을 올바르게 잘 이해하는 것은 그에 연관된 학습 내용의 이해와 활용에 매우 중요하다. 곧 용어와 기호의 정의는 수학 학습을 해나가는데 중요한 시발점이 되는 것이므로 고대로부터 그에 대하여는 많은 연구가 있어 왔다. 본 연구에서는 해방 이후 우리나라의 교육과정에 제시된 용어와 기호의 변천 상황과 현행 중학교 교과서에서 사용하고 있는 용어와 기호들에 대하여 조사 분석하였는데, 변천 상황을 조사 분석한 결과는 용어의 표현 변경, 삭제, 생성에 대하여 앞으로도 보다 심도 있는 연구가 계속되어야 하겠고, 일부 용어와 기호의 보완이 필요함을 알 수이었다. 또, 현행 중학교 몇몇 교과서에서 사용하고 있는 일부 용어의 정의에 대하여는 가능한 한 학습 내용 수준에 맞는 방법으로 서술하도록 해야 하고, 누락되었거나 올바르지 못한 표현은 보완과 수정을 해야만 함을 알 수 있었다. 그리고 용어의 정의를 외국의 경우와 비교해 필요한 경우에는 조정을 하고, 용어와 기호 정의의 서술 표현에 따른 차이에서 오는 혼란을 줄이기 위해서 용어와 기호의 해설에 대한 지침을 교육과정에 게시하는 것이 바람직할 것이다.

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3형 아데노바이러스의 면역조절 유전자 다양성 (Genetic Variation in the Immunoregulatory Gene of Adenovirus Type 3)

  • 최은화;김희섭;이환종
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제16권2호
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    • pp.199-204
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    • 2009
  • 목 적: 아데노바이러스 early region 3 (E3) 유전자 단백은 세포독성 세포와 다양한 싸이토카인이 매개하는 세포파괴를 저해하는 기능을 한다. 본 연구는 E3 유전자의 다양성이 아데노바이러스의 분자생물학적 다양성을 설명할 수 있는지 밝히기 위하여 시행되었다. 방 법: 1990년부터 2000년까지 10년 동안 서울대학교 어린이병원에서 하기도 감염증으로 치료받은 소아로부터 분리 된 3형 아데노바이러스 14 주를 대상으로 하여 E3 유전자의 변이와 유전체형과의 연관성을 분석하였다. 결 과: 3형 아데노바이러스의 E3 유전자는 표준 주(M15952)와 비교하여 98%의 일치도를 보였으며, 국내 분리 주간의 일치도는 98.7%이었다. 아미노산 서열의 변이는 20.1 kDa, 20.6kDa, truncated 7.7 kDa, 10.3 kDa, 14.9 kDa, 그리고 15.3kDa에 나타났다. 또한, 14 주 모두에서 truncated 7.7 kDa의 시작 코돈에 missense 변이가 있었으며, 58개(10주) 혹은 94개(4주)의 염기쌍이 소실되는 변이가 동반되었다. 유전체형에 따른 E3 유전자의 변이는 대개 유전체형에 특이하게 나타나 연관성이 높은 것을 알 수 있었다. 결 론: 3형 아데노바이러스 주의 면역기능 조절 유전자 E3의 다양성은 유전체형과의 연관성이 높은 것으로 나타났다.

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중등학교 상관관계 지도 내용 개선을 위한 가추적 실증 연구 (An empirical study for a better curriculum reform of statistical correlation based on an abduction)

  • 이영하;김소현
    • 대한수학교육학회지:수학교육학연구
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    • 제22권3호
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    • pp.371-386
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    • 2012
  • 본 연구는, 2007년 개정 교육과정에서 중3과정의 상관관계 내용변화가 삭제보다는 개선이 더 나았을 것이라는 점과 피아제의 인지발달 이론 중에서 논리적 사고 유형 6가지의 발달 모두를 학교 교육이 도와야 한다는 가정의 두 전제에서 출발한다. 본 연구에서는 7차 교육과정 이전에 다루던 상관관계는 피아제가 생각했던 6가지 중의 하나가 아님을 밝히고, 그 주된 원인이 심리학, 교육학, 통계학 등의 학문간 용어 차이로 인한 소통 오류였다고 추측 판단할 수 있는지 해당 학문 분야들의 대학 교재들을 비교 분석하였다. 이 과정에서 얻어진 지식과 결과를, 앞의 두 가지 전제에 비추어 보아, 장차 상관관계가 우리 교육과정에 다시 도입될 경우를 대비하여, 외국 교과서와 비교 검토를 통해 상관관계의 교육과정에 대한 시사점을 찾아보고자 하였다. 예측했던 대로 교육학에서 상관관계의 개념은 지나치게 포괄적이어서 거의 모든 관계가 다 상관관계라고 할 수 있었고, 통계학에서는 그 구분이 매우 엄격하였다. 가장 중요한 연구 결과는, 본 연구를 통해 알게 된 용어의 차이들을 반영하여 우리는 상관관계와 종속관계, 그리고 기타관계 등을 엄격히 구분하여 교육과정에 반영할 필요가 있으며, 외국교과서와 같은 상관관계의 재도입을 생각한다면 회귀직선 활용을 도입하여 일차함수 단원과의 연계를 고려하자는 것이 본 연구의 가장 중요한 제안 사항이다.

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빅데이터 환경에서의 B-tree 구조 기반 링크정보 관리서버의 개발 (A Study on the Link Server Development Using B-Tree Structure in the Big Data Environment)

  • 박승범;황종성;이상원
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제16권1호
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    • pp.75-82
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    • 2015
  • 주요 기업들과 포털들은 사용자들에게 웹 기반 환경에서 보다 효율적인 콘텐츠 이용을 지원하기 위해 이른바 콘텐츠관리시스템(CMS, Contents Management Systems)과 콘텐츠의 데이터베이스 내 물리적 주소를 연결하여 관리하는 링크 서버를 적극적으로 도입하고 있다. 이를 통해 웹브라우저 화면에서 보여지는 콘텐츠의 URL과 실제 데이터베이스 안의 콘텐츠의 물리적 주소를 자동으로 연결해 주고, URL이나 데이터베이스의 물리적 주소의 변경시 두 주소를 재 연결하는 역할을 수행한다. 최근 빅데이터 환경의 도래에 따라 디지털 콘텐츠와 사용자 접속수가 폭발적으로 증가하고 있는 상황에서 CMS와 링크 서버에서 수행해야 하는 유효 링크 검사 횟수도 따라서 증가하고 있다. Peta-Byte 또는 Eta-Byte 환경 하에서 수행되는 유효 링크 검사를 기존 URL 기반의 순차적 방식으로 수행할 경우 속도저하에 따른 데이터 링크 식별률(identification rate)의 저하와 빈번한 링크 검사에 따른 데이터베이스에 부하를 주는 요인으로 작용될 수 있다. 따라서, 본 연구는 상기와 같은 종래의 문제점을 해결하기 위해 대량의 URL에 대해 B-Tree 기반의 정보식별자의 구간별 개수 분석을 기반으로 URL 삭제 링크 및 추가 링크를 인식하고 효과적으로 관리하는 것이 가능하도록 해주는 링크 서버를 제공하는 데 있다. 본 연구를 통해 기존 방식보다 빠르고 낮은 부하를 주는 데드 링크 체크 처리가 가능해 질 것이다.

불완전한 반복측정 자료의 보정방법 (Methods for Handling Incomplete Repeated Measures Data)

  • 우해봉;윤인진
    • 한국조사연구학회지:조사연구
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    • 제9권2호
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    • pp.1-27
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    • 2008
  • 사회조사 자료를 활용한 통계분석에 있어서 불완전 자료의 문제는 거의 모든 연구자들이 경험하는 하나의 보편적인 문제이다. 불완전 자료의 문제는 특히 패널조사와 같은 종단적 자료를 활용한 연구에 있어서 중요한 이슈가 된다. 본 연구의 목적은 최근까지 이루어진 불완전 자료에 대한 보정방범을 소개하는 것이다. 특히, 본 연구는 패널자괴에서 발생한 불완전 자료의 처리에 대한 관심이 부족한 점을 고려하여 최근까지 이루어진 보정방법들을 반복측정 패널자료 분석에 적용하는데 초점을 맞춘다. 첫째, 본 연구는 불완전 자료에 대한 적절하지 못한 사후처리는 분석결과에 있어서 유의미한 차이로 이어 수 있음을 시사한다. 특히, 분석결과는 반복측정 자료를 사용하는 연구의 경우 불완전 자료의 발생은 궤적의 초기값보다는 시간의 경과에 따른 궤적의 변화를 적절히 추정하는데 문제를 가질 수 있음을 시사하고 있다. 둘째, 분석결과는 완전제거법이나 평균대체법이 EM, FIML, MICE 방법들에 비해 불완전 자료의 처리효과가 상대적으로 떨어짐을 보여준다. 특히, 완전제거법이나 평균대체법과 같은 방법에 비해 최대우도법이나 다중대체법이 갖는 상대적 우위는 MCAR 가정에 비해 보다 현실적인 가정이라고 할 수 있는 MAR 조건하에서 크게 나타난다. 본 연구의 분석결과는 또한 비록 결측치의 발생기제가 MNAR 상황이라고 하더라도 연구자가 결측치의 발생과 관련된 변수들을 보정과정에서 적절하게 활용하면 편의의 상당부분을 감소시킬 수 있음을 시사한다.

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Y 염색체 미세결실과 정자형성장애의 연관성에 대한 연구 (Relationship between Microdeletions on the Y Chromosome and Defect of Spermatogenesis)

  • 이형송;최혜원;박용석;궁미경;강인수;윤종민;이유식;서주태;전진현
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제29권4호
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    • pp.303-310
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    • 2002
  • Objective s: To estimate the frequency of Y chromosome microdeletions in the Korean population of infertile men and to evaluate the relationship between microdeletion on the Y chromosome and clinical phenotypes of infertile men with idiopathic azoospermia and oligozoospermia. Materials and Methods: Genomic DNA was extracted from blood samples collected from 330 infertile men attending the Infertility Clinic at Samsung Cheil Hospital, Korea. Six sequence tagged sites (STSs) spanning the azoospermia factor (AZF) regions of the Y chromosome were amplified by polymerase chain reactions (PCRs). Results: Microdeletions on Y chromosome were detected in 35 (10.6%) of the 330 infertile men. Most of the microdeletions (91.4%) involved AZFb or AZFc. The high incidence of microdeletions were found in AZFc region (57.1%), but the low in AZFa (8.6%) and AZFb (5.7%). Larger microdeletions involving two or three AZF regions were detected in 28.6% of cases. All patients (6 patients) with deletion of AZFa region showed no germ cell phenotypes, Sertoli cell only syndrome or Leydig cell hyperplasia in histopathologic examinations. Conclusion: Microdeletions on the Y chromosome, especially, at AZFc/DAZ regions may be the major cause of azoospermia and severe oligozoospermia. We suggest that idiopathic infertile men have genetic counselling and microdeletion analysis on the Y chromosome before IVF-ET and ART program.