• 제목/요약/키워드: deletion analysis

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프로테옴 분석에 의한 Bacillus subtilis PyrR 돌연변이체의 특성 (Characterization of a PyrR-deficient Mutant of Bacillus subtilis by a Proteomic Approach)

  • 설경조;조현수;김사열
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제39권1호
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    • pp.9-19
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    • 2011
  • Bacillus subtilis의 pyrimidine biosynthetic (pyr) operon은 UMP의 de nove 생합성에 관여하는 enzyme들을 encode할 뿐만 아니라, 조절단백질인 PyrR도 encode한다. PyrR은 pyr mRNA-binding 조절 기능과 uracil phosphoribosyltransferase activity를 동시에 가지는 bifunctional 단백질이다. 본 연구에서는 Proteomic analysis를 이용하여 Uracil - 환경에서 DB104${\Delta}$pyrR의 단백질 패턴을 분석하여 단백질 레벨에서 PyrR 단백질의 실질적인 조절 양상을 관찰하였다. 두 균주의 세포질 단백질은 다양한 발현의 차이를 보였으며, Silver 염색된 2D-gel의 pI 4~10 사이에서는 1,300여개의 단백질이 검출되었으며, 단백질 발현 차이를 보이는 172개의 spot 중에서 42개의 단백질이 identification 되었다. 그 결과 pyr operon의 단백질(PyrAa, PyrAb, PyrB, PyrC, PyrD, and PyrF)이 모두 Up regulation이 이루어지고 있음을 확인할 수 있었으며, 이것은 단백질 레벨에서 Pyrimidine 생합성 과정이 PyrR에 의해서 정확히 Regulation 되어짐을 확인할 수 있었다. 또한 Pyrimidine 생합성의 Up regulation과 Down regulation 상태의 단백질의 패턴 양상도 분석할 수 있게 되었다. Pyrimidine의 생합성 과정은 DNA를 구성하는 기본적인 구성 요소를 생산하는 과정으로서 여러가지 Metabolism 가운데 중요한 위치를 차지하고 있다. 만약 Pyrimidine의 생합성 과정이 Over- expression된다면 다른 Metabolism의 균형에도 변화가 올 것이다. Proteomics Analysis에 이용한 DB104${\Delta}$pyrR 균주는 Pyrimidine 생합성의 조절에 관여하는 PyrR knock out 균주로서 Uracil - 환경에서는 전체적인 Pyrimidine 생합성 조절이 Up regulation이 되어지므로 Up regulation 동안 어떤 Metabolism에 영향을 주는지 관찰을 할 수 있게 되었다. 특히 Amino Acid Metabolism에 관계있는 단백질의 Up regulation이 이루어짐을 관찰할 수 있었으며 이것은 현재 각광을 받고 있는 단백질 산업에 응용함으로써 산업적으로 많은 기대를 할 수 있을 것으로 예상되어진다.

한국인의 대장암 세포주에서 p53 돌연변이의 발견과 발현에 관한 연구 (Study on the expression and detection of the p53 mutation in Korean colon cancer cell lines)

  • 정지연;오상진
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제1권2호
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    • pp.151-161
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    • 2001
  • Background: Inactivation in p53 tumor suppressor gene through a point mutation and deletion is one of the most frequent genetic changes found in human cancer, with 50% of an incidence. This high rate of mutation mostly suggests that the gene plays a central role in the development of cancer and the mutations detected so far were found in exons 5 to 8. Mutation of p53 locus produced accumulation of abnormal p53 protein, and negative regulation of cell proliferation and transcriptional activation as a suppressor of transformation were lost. In addition, inhibition of its normal cellular function of wild-type by mutant is an important step in tumorigenesis. Method: 4 colon cancer cell lines (SNU C1, C2A, C4, C5) were examined for mutation in exons 5 to 8 of the p53 tumor suppressor gene by PCR-SSCP analysis and expression pattern by western blotting and immunoprecipitation. p53-mediated transactivation ability were examined by CAT assay and base substitution of p53 in SNU C2A cell were detected by DNA sequencing. Results: 1) SNU C2A cell and SNU C5 cell were detected mobility shifts each in exon 5 and exon 7 of p53 gene by the PCR-SSCP method, implicating being of p53 mutation. 2) 3 colon cancer cell lines (SNU C1, SNU C2A, SNU C5) expressed wild type and mutant type p53 protein. 3) In northern blot experiment, SNU C2A and SNU C5 cell expressed high level of p53 mRNA. 4) Results of p53-mediated transactivation in colon cancer cell lines by CAT assay represented only SNU C2A cell has transcriptional activity. 5) DNA sequencing in SNU C2A cell showed missense mutation in codon 179 of one allele, histidine to arginine and wild type p53 in the other allele. Conclusion: Colon cancer cell lines showed correlation with mutation in p53 gene and accumulation of abnormal p53 protein. Colon cancer cell SNU C2A retained p53-mediated transactivation as heterozygous p53 with one mutant allele in 179 codon and the other wild-type allele.

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여성 관리자의 자기결정적 직무동기가 직무성과에 미치는 영향: 직무창의성과 창의적 자아효능감의 조절적 매개모형 (The Effects of Female Service Managers' Self-determined Motivations on Job Performance)

  • 강성호;허원무;김민성
    • 유통과학연구
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    • 제16권12호
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    • pp.69-80
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    • 2018
  • Purpose - Our primary goal of this study is to investigate the positive relationship between female managers' self-determined motivations (i.e., RAI: relative autonomy index) and job performances with the mediation of their job creativity in service industries. This study also examines the moderating role of creative efficacy on the relationship between female managers' self-determined motivations and creativities. Finally, based on mediation and moderation hypotheses, we also tested moderating effect of creative efficacy on the mediation effect of job creativity. Research design, data, and methodology - Drawing on SDT(Self-determination theory) and COR(conservation of resources) theories, we developed three research hypotheses. Service female managers from a several service organizations(i.e. banking, retailing, and restaurant/hospitality service) in South Korea were surveyed using self-administered instrument for data collection. A total of 331 usable questionnaires were obtained after list-wise deletion. To test reliability and validity of measurement model, we employed the CFA(confirmatory factor analysis) using M-plus 8.1 Software. Also, internal consistency was tested by Cronbach's α. We, furthermore, used the SPSS PROCESS MACRO 2.16, which was suggested by Hayes (2013; 2015), to test mediation, moderation, and moderated mediation. Results - Our results revealed that self-determined motivation and job performance were positively and fully mediated by job creativity. Furthermore, the positive relationship between female managers' self-determined motivations and job creativities was stronger when their creative self-efficacies were high than when it was low. In addition, female managers' creative self-efficacies also amplified the positive relationship between their self-determined motivations and job performances with the mediation of job creativity. Conclusions - Our research empirically elaborated the previous model of self-determined motivation and manager/female creativity literature by presenting the findings that female managers' self-determined motivations significantly influence their job performances via job creativity and that creative self-efficacy effectively strengthen these positive impacts. Also, our research offered new insight for practitioners (i.e. top service managers) by suggesting that they may enhance female service managers' job performance if they pay more attention to employee creativity in service marketing.

국내 보안 분야의 분류 체계에 관한 연구 (A study on the classification systems of domestic security fields)

  • 전정훈
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제20권3호
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    • pp.81-88
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    • 2015
  • 최근 보안(security)분야는 클라우드 컴퓨팅(cloud computing)이나 사물 인터넷(internet of things) 등과 같은 다양한 기술들이 등장하면서 중요성이 더욱 부각되고 있다. 이러한 가운데 국내에서는 보안 분야를 정보 보안(information security)과 물리 보안(physical security), 융합 보안(convergence security)으로 분류하고 있으며, 이와 같은 국내 보안 분류체계는 산업 분야별 현황 분석 및 통계와 로드 맵 등에 매우 중요한 기준이 되고 있다. 이러한 분류체계 중, '융합 보안'은 다양한 산업 분야로부터 많은 주목을 받고 있으나, 국내에서는 '융합 보안'에 대한 분류체계를 관련 기관별로 달리 하고 있어, 데이터의 정확성과 호환성 등에 신뢰성이 결여되는 등의 문제로 체계적인 보안 분야의 분류체계가 필요한 실정이다. 따라서 본 논문은 국내의 분류체계의 현황과 특징들을 사례를 통해 비교 분석함으로써, 분류 항목의 추가 및 삭제가 용이하고, 새로운 기술동향에 적합한 확장이 용이하도록 향상된 분류체계를 제안하고자 한다. 향후, 제안하는 분류체계는 국내 보안 분류체계의 구축을 위한 자료로 활용될 것으로 기대한다.

새로운 종양항원인 CM1을 이용한 종양 진단 ELISA kit의 개발 (Development of Tumor Screening ELISA kit by Using Novel Tumor Antigen, CM1)

  • 강재승;김대진;김영인;장가용;이왕재
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제5권2호
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    • pp.124-129
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    • 2005
  • Background: CM1 (centrocyte/-blast marker 1) is originally defined as a germinal center B cell marker. It is known that CM1 plays a critical role on B cell development in germinal center. In addition, we have found that CM1 is expressed on lymphoma cell lines, such as Raji, Ramos and IM-9. This means that CM1 might be served as a tumor marker as well. In the present study, we examined the expression of CM1 on the surface of the other tumors and the possibility of the development of tumor screening ELISA kit by using CM1. Methods: First, we have examined the expression of CM1 on stomach cancer and hepatoma, which are predominantly (discovered) occurred in Korean, by flow cytometry analysis. After purifying of CM1 antigen from Raji and Ramos, the optimal ELISA condition was determined. And then we compared the level of CM1 between normal individuals and cancer patients by ELISA. To decrease the non-specific binding of anti-CM1 mAb with serum components except CM1 and to enhance the diagnostic accuracy, albumin depletion spin column was used. Results: CM1 was highly expressed on stomach cancer and hepatoma cell lines. In addition, we have also confirmed the increased CM1 expression on cancer patients. The difference of CM1 expression between normal individuals and cancer patients were more clearly observed, after deletion of serum albumin by using albumin depletion spin column. Conclusion: Based on the results from this study, CM1 might be a useful molecule for the early diagnosis of cancer. In addition, further studies for the increase of ELISA sensitivity and appropriate albumin depletion methods should be needed.

폐암 세포주에서 FHIT 유전자 이입에 의한 Apoptosis의 기전 (Mechanism of FHIT-Induced Apoptosis in Lung Cancer Cell Lines)

  • 유정선;김철현
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제56권5호
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    • pp.450-464
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    • 2004
  • 연구배경 : FHIT 유전자의 homozygous deletion과 이와 관련된 mRNA 발현 이상, 단백질의 발현 결손은 폐암에서 매우 높은 빈도로 관찰되고 있다. 일부 연구에 의하면 FHIT 유전자를 폐암 세포 내에 이입시켰을 때 apoptosis가 유발되었고, 세포 주기의 이상 소견이 관찰되었으며, 종양형성 능력이 억제됨이 관찰되었다. 하지만 아직까지 FHIT 단백질의 기능에 대한 지식은 미진한 상태이다. 본 연구에서는 FHIT 유전자를 폐암 세포에 이입시켰을 때 유발되는 apoptosis의 기전을 규명하고자 하였다. 방 법 : FHIT 유전자가 결손된 NCI-H358 세포주에 FHIT 유전자를 stable transfection 시킨 후, cisplatin 혹은 paclitaxel을 가하고 apoptosis가 항진되어 나타나는가를 DAPI staining과 flow cytometry로 관찰해 보았다. 또한 이 과정에서 나타나는 caspase system의 변화와 Bcl-2 family의 변화를 Western blotting으로 조사해 보았다. 결 과 : FHIT를 발현시킨 세포에서는 cisplatin 혹은 paclitaxel을 투여하였을 때 유의하게 생존율이 감소하였으며, 이는 apoptosis 증가에 의한 것으로 확인 되었다. 이 과정에서 FHIT가 발현된 세포는 caspase-3, caspase-7의 활성화가 유의하게 증가되었으며, Bcl-2와 Bcl-xL 발현은 유의하게 감소하고 Bax와 Bad 발현은 유의하게 증가하였다. 결 론 : FHIT가 발현된 폐암 세포에 항암제를 투여하였을 때 유의하게 증가한 apoptosis는 caspase system과 Bcl-2 family의 활성화와 관련되어 있다.

DNA Polymorphisms in SREBF1 and FASN Genes Affect Fatty Acid Composition in Korean Cattle (Hanwoo)

  • Bhuiyan, M.S.A.;Yu, S.L.;Jeon, J.T.;Yoon, D.;Cho, Y.M.;Park, E.W.;Kim, N.K.;Kim, K.S.;Lee, J.H.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제22권6호
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    • pp.765-773
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    • 2009
  • Sterol regulatory element binding factor 1 (SREBF1) and fatty acid synthase (FASN) genes play an important role in the biosynthesis of fatty acids and cholesterol, and in lipid metabolism. This study used polymorphisms in the intron 5 of bovine SREBF1 and in the thioesterase (TE) domain of FASN genes to evaluate their associations with beef fatty acid composition. A previously identified 84-bp indel (L: insertion/long type and S: deletion/short type) of the SREBF1 gene in Korean cattle had significant associations with the concentration of stearic (C18:0), linoleic (C18:2) and polyunsaturated fatty acids (PUFA). The stearic acid concentration was 6.30% lower in the SS than the LL genotype (p<0.05), but the linoleic and PUFA contents were 11.06% and 12.20% higher in SS compared to LL (p<0.05). Based on the sequence analysis, five single nucleotide polymorphisms (SNPs) g.17924G>A, g.18043C>T, g.18440G>A, g.18529G>A and g.18663C>T in the TE domain of the FASN gene were identified among the different cattle breeds studied. Among these, only g.17924 G>A and g.18663C>T SNPs were segregating in the Hanwoo population. The g.17924G>A SNP is a non-synonymous mutation (thr2264ala) and was significantly associated with the contents of palmitic (C16:0) and oleic acid (C18:1). The oleic acid concentration was 3.18% and 2.79% higher in Hanwoo with the GG genotype than the AA and AG genotypes, respectively (p<0.05), whereas the GG genotype had 3.8% and 4.01% lower palmitic acid than in those cattle with genotype AA and AG, respectively (p<0.05). Tissue expression data showed that SREBFI and FASN genes were expressed in a variety of tissues though they were expressed preferentially in different muscle tissues. In conclusion, the 84-bp indel of SREBF1 and g.17924G>A SNP of the FASN gene can be used as DNA markers to select Hanwoo breeding stock for fatty acid composition.

균류 Coprinus cinereus에서 DNA 회복에 관여하는 RAD3 유사유전자의 분리와 특성 (Characterization of RAD3 Homologous Gene from Coprinus cinereus)

  • 최인순
    • 생명과학회지
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    • 제14권6호
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    • pp.1023-1027
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    • 2004
  • 본 연구는 출아형 효모 Saccharomyces cerevisiae에서 자외선의 상해 시 이를 정상으로 회복시키는 절제회복(excision repair) 유전자로 알려진 RADS의 특성 규명을 위하여 균류 Coprinus cinereus에서 이와 유사한 유전자를 분리하였다. RADS 유사 유전자를 분리하기 위하여 균류 C. cinereus의 염색체 DNA를 전기영동하여 분리한 다음 효모 RADS DNA를 probe로 하여 이와 hybridization하였다. 이 결과 RADS유사 유전자는 3.4kb의 insert DNA를 갖고 있었다. 또한 Southern hybridization으로 이 유사 유전자는 fungus C. cinereus의 염색체에 존재함을 확인하였다. 분리한 RADS 유사 유전자의 전사체 크기는 2.8kb 였으며, 자외선의 상해시 전혀 자외선에 대한 유도성이 없음을 Northern hybridization으로 확인하였다. 또한 유사유전자 부분을 삭제하였을 때 이 부분이 없는 세포는 전혀 생존을 못하였다. 이 결과 분리한 RADS 유사유전자는 세포의 생존에 필수적인 유전자임을 알 수 있었다.

Regulation of Vacuolar $H^+-ATPase$ c Gene Expression by Oxidative Stress

  • Kwak, Whan-Jong;Kim, Seong-Mook;Kim, Min-Sung;Kang, Jung-Hoon;Kim, Dong-Jin;Kim, Ho-Shik;Kown, Oh-Joo;Kim, In-Kyung;Jeong, Seong-Whan
    • The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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    • 제9권5호
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    • pp.275-282
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    • 2005
  • By using differential display, we identified one of the genes encoding the multi-subunit complex protein V-ATPase, c subunit gene (ATP6L), and showed alterations of the gene expression by oxidative stresses. Expression of the ATP6L gene in Neuro-2A cells was increased by the treatment with $H_2O_2$ and incubation in hypoxic chamber, implying that the expression of the ATP6L gene is regulated by oxidative stresses. To examine mechanisms involved in the regulation of the gene expression by oxidative stresses, the transcriptional activity of the rat ATP6L promoter was studied. Transcription initiation site was determined by primer extension analysis and DNA sequencing, and promoter of the rat ATP6L and its deletion clones were constructed in reporter assay vector. Significant changes of the promoter activities in Neuro-2A cells were observed in two regions within the proximal 1 kbp promoter, and one containing a suppressor was in -195 to -220, which contains GC box that is activated by binding of Sp1 protein. The suppression of promoter activity was lost in mutants of the GC box. We confirmed by electrophoretic mobility shift and supershift assays that Sp1 protein specifically binds to the GC box. The promoter activity was not changed by the $H_2O_2$ treatment and incubation in hypoxic chamber, however, $H_2O_2$ increased the stability of ATP6L mRNA. These data suggest that the expression of the ATP6L gene by oxidative stresses is regulated at posttranscriptional level, whereas the GC box is important in basal activities of the promoter.

디지털 카메라의 렌즈 왜곡 보정에 사용된 보간 패턴 추출을 통한 카메라 식별 방법 (Digital Camera Identification Based on Interpolation Pattern Used Lens Distortion Correction)

  • 황민구;김동민;하동환
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제13권3호
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    • pp.49-59
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    • 2012
  • 촬영된 카메라의 기초 정보를 담고 있는 EXIF 파일을 편집 프로그램들을 통해 삭제 또는 변형하게 되어 우리 주변에서 출처를 알 수 없는 이미지들이 상당수 존재하게 되었다. 이와 같은 문제점은 디지털 이미지의 출처를 왜곡하여 공공기관에서 사건의 분석 및 감정에 혼선을 줄 수 있다. 특히 증거의 출처를 명시하는 법정 기관에 출처가 삭제, 변형된 EXIF 파일을 가진 디지털 사진은 객관적 증거의 역할을 할 수 없다. 본 논문은 이와 같은 문제를 해결하기 위한 연구로써 촬영에 사용된 카메라의 신원을 추적하는 데 목적이 있다. 이를 위해 본 논문은 디지털카메라 이미지 프로세싱에서 사용하는 렌즈 왜곡 보정 알고리즘을 주목하였다. 렌즈 왜곡 보정은 맵핑 알고리즘을 이용하며 이 때 위신호 인공물(Aliasing artifact)와 복원 인공물(Reconstruction artifact)의 발생을 제거하기 위한 보간 알고리즘을 사용한다. 여기서 보간은 맵핑의 패턴과 유사한 형태로 나타나며 이 보간의 흔적을 찾는 것이 연구의 핵심이다. 본 논문에서는 맵핑에 사용된 보간 패턴을 검출하기 위해 미니멈 필터(Minimum Filter)를 이용한 검출 알고리즘을 제안하였다. 보간이 발생한 영역과 그렇지 않은 영역을 분류하여 두 영역에 동일한 미니멈 필터를 적용한다. 이를 DFT를 통해 각 영역간의 주파수 특성이 어떻게 나타나는지 확인하였다. 이 결과를 바탕으로 두 영역간의 차분값을 활용하여 최종 검출 맵으로 구현하였다.