• Genomics & Informatics
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• 제4권4호
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• pp.170-172
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• 2006

ESTin is an easy-to-use tool that allows EST researchers to build a dbEST submission file with EST sequences and related data. The advantages of ESTin are its user-friendly interface, various editing functions, and rigorous validation function.

• 한국양식학회지
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• 제14권1호
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• pp.9-16
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• 2001

Characterization of a single pass of cDNA sequence, an expressed sequence tag (EST) has been a fast growing activity in fish genomics. Despite its relatively short history, fish EST databases (dbESTs) have already begun to play a significant role in bridging the gaps in our knowledge on the gene expression in fish genome. This review provides a brief description of the technology for establishing fish dbESTs, its current status, and implication of the ESTs to aquaculture and fisheries science with particular emphasis on the discovery of novel genes for transgenic application, the use of polymorphic EST markers in genetic linkage mapping and the evaluation of signal-responsive gene expression.

• Genomics & Informatics
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• 제2권2호
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• pp.61-66
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• 2004

Fusion proteins resulting from chimeric sequences are excellent targets for therapeutic drug development. We developed a database of chimeric sequences by examining the genomic alignment of mRNA and EST sequences in the GenBank. We identified 688 chimeric mRNA and 20,998 chimeric EST sequences. Including EST sequences greatly expands the scope of chimeric sequences even though it inevitably accompanies many artifacts. Chimeric sequences are clustered according to the ECgene ID so that the user can easily find chimeric sequences related to a specific gene. Alignments of chimeric sequences are displayed as custom tracks in the UCSC genome browser. ChimerDB, available at http://genome.ewha.ac.kr/ECgene/ChimerDB/, should be a valuable resource for finding drug targets to treat cancers.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제47권2호
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• pp.103-107
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• 2009

The genus Acanthamoeba can cause severe infections such as granulomatous amebic encephalitis and amebic keratitis in humans. However, little genomic information of Acanthamoeba has been reported. Here, we constructed Acanthamoeba expressed sequence tags (EST) database (Acanthamoeba EST DB) derived from our 4 kinds of Acanthamoeba cDNA library. The Acanthamoeba EST DB contains 3,897 EST generated from amebae under various conditions of long term in vitro culture, mouse brain passage, or encystation, and downloaded data of Acanthamoeba from National Center for Biotechnology Information (NCBI) and Taxonomically Broad EST Database (TBestDB). The almost reported eDNA/genomic sequences of Acanthamoeba provide stand alone BLAST system with nucleotide (BLAST NT) and amino acid (BLAST AA) sequence database. In BLAST results, each gene links for the significant information including sequence data, gene orthology annotations, relevant references, and a BlastX result. This is the first attempt for construction of Acanthamoeba database with genes expressed in diverse conditions. These data were integrated into a database (http://www. amoeba.or.kr).

• Molecules and Cells
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• 제23권3호
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• pp.287-303
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• 2007

Expressed sequence tags (ESTs) and differentially expressed cDNAs from the self-fertilizing fish, Kryptolebias marmoratus were mined to develop alternative biomarkers for endocrine-disrupting chemicals (EDCs). 1,577 K. marmoratus cDNA clones were randomly sequenced from the 5'-end. These clones corresponded to 1,518 and 1,519 genes in medaka dbEST and zebrafish dbEST, respectively. Of the matched genes, 197 and 115 genes obtained Unigene IDs in medaka dbEST and zebrafish dbEST, respectively. Many of the annotated genes are potential biomarkers for environmental stresses. In a differential display reverse transcriptase-polymerase chain reaction (DD RT-PCR) study, 56 differential expressed genes were obtained from fish liver exposed to bisphenol A. Of these, 16 genes were identified after BLAST search to GenBank, and the annotated genes were mainly involved in catalytic activity and binding. The expression patterns of these 16 genes were validated by real-time RT-PCR of liver tissue from fish exposed to bisphenol A. Our findings suggest that expression of these 16 genes is modulated by endocrine disrupting chemicals, and therefore that they are potential biomarkers for environmental stress including EDCs exposure.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권3호
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• pp.161-170
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• 2002

인삼 모상근의 프로테옴 분석에 의해 얻은 질량분석 스펙트럼 데이터는 MALDI/TOF/MS에서 얻는 질량 스펙트럼과 ESI/Q-TOF/MS에서 얻는 탄뎀 질량 스펙트럼으로 구분된다. 질량 스펙트럼은 단백질이 효소에 의해 분해된 펩타이드들의 분자량 정보를 제공하며, 탄뎀 질량 스펙트럼에서는 아미노산 단위로 분해된 절편 단백질의 분자량으로부터 아미노산 서열을 결과로 얻는다. 펩타이드의 아미노산 서열을 BLAST로 검색하면 유사한 단백질을 GenBank에서 검색할 수 있다. 이러한 단백질 동정 방법은 완전한 유전체 서열이 알려진 생물체의 경우 높은 정확도로 단백질을 동정할 수 있으나, 그렇지 않은 경우는 유사한 단백질이 데이터베이스에 존재하지 않아 분석이 용이하지 않다. 본 연구에서는 질량 스펙트럼 및 절편 단백질의 아미노산 서열을 EST (expressed sequence tag) 서열과 비교하여 프로테옴 데이터와 일치하는 EST 서열을 찾아내고 이를 BLAST검색에 의해 단백질 동정에 활용하였다. ESI/Q-TOF/MS 에서 얻은 아미노산 서열은 길이는 짧지만 데이터의 신뢰도가 높으므로 EST 서열과의 연관 관계를 밝힘으로써 단백질에 대한 정보를 보완할 수 있었다. ESI/Q-TOF/MS에서 얻은 펩타이드의 아미노산 서열을 EST 서열과 비교한 결과 90%의 아미노산 서열이 EST DB에서 발견되었다. NCBI의 nr 데이터베이스에서 아미노산 서열을 검색하여 찾은 단백질이 68%임에 비하여, 인삼 EST 서열에 의한 검색이 22% 더 많은 결과를 얻었다. MALDI/TOF/MS의 질량 스펙트럼에서 nr 데이터베이스로 검색한 결과와 인삼 EST 데이터베이스를 검색한 결과가 일치하는 경우는 47개 중 9개인 19%에 불과하여, 탄뎀 질량 분석으로 아미노산 서열을 얻지 않고, 단지 질량 스펙트럼으로부터 단백질을 동정하는 방법으로는 단백질 동정의 정확한 결과를 기대하기 어려움을 확인하였다.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제1권2호
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• pp.99-102
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• 2006

BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)는 서열 데이터베이스 탐색을 위하여 가장 많이 사용되는 프로그램이다. 전체 서열간의 최적 글로벌 정렬을 수행하는 대신에 지역적 유사성이 있는 부분을 찾아 서열 짝짓기를 수행하는 특징을 갖는다. 일반적인 연구자들은 서열 상동성 검색을 위해 NCBI에 접속하여 웹 브라우저를 통해 온라인으로 BLAST를 수행하게 되는데, 이 경우 사용자 각각의 네트워크 환경이나 입력할 데이터양에 따른 검색속도의 지연 및 제한 등과 같은 여러 문제에 부딪히게 되고, 또한 보안유지가 필요한 서열 데이터의 유출 가능성이 존재한다. 그러므로 대량의 서열 데이터에 대하여 빠르고 안전하게 BLAST 상동성 검색이 가능한 Local BLAST 검색 시스템의 필요성이 증대되고 있다. 본 연구에서는 NCBI의 Genbank에서 공개된 동물의 발현 유전자 단편들(ESTs)에 대한 데이터를 이용하여 소, 돼지, 닭, 등의 경제형질과 연관된 유용 유전자만을 추출하여 이들만으로 구성된 새로운 데이터베이스를 구축하였고, 또한 이들을 사용할 수 있는 새로운 검색시스템을 개발하였다 자체 제작한 Perl script를 사용하여 필요한 데이터를 축종별로 추출 하여 새로운 DB를 구축하였으며 이 속에는 소의 경우 650,046개, 돼지의 경우 368,120개, 닭의 경우 693,005개의 발현 유전자 단편들(ESTs)이 포함된다. 또한 이들 DB 분석이 가능한 Local Animal BLAST Web 검색시스템(http://bioinfo.kohost.net)을 고성능 병렬 PC Cluster 시스템과 연동하도록 자체 구축함으로써 본 시스템이 보다 효율적인 생물정보학 연구수행이 기여할 것으로 기대된다.

• 한국패류학회지
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• 제31권3호
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• pp.243-247
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• 2015

A stand-alone BLAST server is available that provides a convenient and amenable platform for the analysis of molluscan sequence information especially the EST sequences generated by traditional sequencing methods. However, it is found that the server has limitations in the annotation of molluscan sequences generated using next-generation sequencing (NGS) platforms due to inconsistencies in molluscan sequence available at NCBI. We constructed a web-based interface for a new stand-alone BLAST, called PANM-DB (Protostome DB) for the analysis of molluscan NGS data. The PANM-DB includes the amino acid sequences from the protostome groups-Arthropoda, Nematoda, and Mollusca downloaded from GenBank with the NCBI taxonomy Browser. The sequences were translated into multi-FASTA format and stored in the database by using the formatdb program at NCBI. PANM-DB contains 6% of NCBInr database sequences (as of 24-06-2015), and for an input of 10,000 RNA-seq sequences the processing speed was 15 times faster by using PANM-DB when compared with NCBInr DB. It was also noted that PANM-DB show two times more significant hits with diverse annotation profiles as compared with Mollusks DB. Hence, the construction of PANM-DB is a significant step in the annotation of molluscan sequence information obtained from NGS platforms. The PANM-DB is freely downloadable from the web-based interface (Malacological Society of Korea, http://malacol.or/kr/blast) as compressed file system and can run on any compatible operating system.

• 한국식물학회:학술대회논문집
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• 한국식물학회 2001년도 춘계학술발표대회:발표눈문요지록
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• pp.6-6
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• 2001

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2003년도 봄 학술발표논문집 Vol.30 No.1 (A)
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• pp.106-108
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• 2003

Human Genome Project와 같은 대형 Sequencing 프로젝트와 High-throughput Sequencing 기술의 발전으로 현재 Expressed Sequence Tag (EST)와 같은 대량의 DNA 서열들이 생산되고 있다. 이를 효과적이고 효율적으로 분석해야 할 필요성이 증대되고 있다. 대부분의 실험자들이 서열 분석을 위해 우선적으로 BLAST 검색을 이용하고 있다. 하지만 대량의 서열, 검색 DB의 크기, BLAST 검색 결과의 복잡성에 의해 어려움을 겪고 있다. 이에 빠르고 정리된 결과를 보여줄 수 있는 BLAST 검색 시스템의 필요성이 커지고 있다. 이에 본 논문은 미국 생명공학연구소(NCBI)에서 제공하는 유전자 서열 검색 툴인 BLAST(Basic Logical Alignment Tool)를 클러스터 수퍼 컴퓨터 구축 기술을 기반으로 한 병렬처리와 Gene Ontology를 이용하여 방대한 양의 서열 검색 결과를 요약하는 모형을 제시한다. 이것은 신약개발 및 유전자 발굴 등의 연구기간을 획기적으로 단축시켜 신약 개 발, 농업, 화학, 의료, 환경 등 생명공학 연구에 핵심적인 역할을 할 수 있다. 또한 성능 실험을 통하여 분석결과 대기시간을 최소화하는 병렬처리모형의 효율성을 검증하였다.