• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2000년도 International Symposium on Bioinformatics
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• pp.21-22
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• 2000

Expressed sequence tags (EFTs) are the partial segments of cDNA produced from 5 or 3 single-pass sequencing of cDNA clones, error-prone and generated in highly redundant sets. Advancement and expansion of Genomics made biologists to generate huge amount of ESTs from variety of organisms-human, microorganisms as well as plants, and the cumulated number of ESTs is over 5.3 million, As the EST data being accumulate more rapidly, it becomes bigger that the needs of the EST analysis tools for extraction of biological meaning from EST data. Among the several needs of EST analyses, the extraction of protein sequence or functional motifs from ESTs are important for the identification of their function in vivo. To accomplish that purpose the precise and accurate identification of the region where the coding sequences (CDSs) is a crucial problem to solve primarily, and it will be helpful to extract and detect of genuine CD5s and protein motifs from EST collections. Although several public tools are available for EST analysis, there is not any one to accomplish the object. Furthermore, they are not targeted to the plant ESTs but human or microorganism. Thus, to correspond the urgent needs of collaborators deals with plant ESTs and to establish the analysis system to be used as general-purpose public software we constructed the pipelined-EST analysis system by integration of public software components. The software we used are as follows - Phred/Cross-match for the quality control and vector screening, NCBI Blast for the similarity searching, ICATools for the EST clustering, Phrap for EST contig assembly, and BLOCKS/Prosite for protein motif searching. The sample data set used for the construction and verification of this system was 1,386 ESTs from human intrathymic T-cells that verified using UniGene and Nr database of NCBI. The approach for the extraction of CDSs from sample data set was carried out by comparison between sample data and protein sequences/motif database, determining matched protein sequences/motifs that agree with our defined parameters, and extracting the regions that shows similarities. In recent future, in addition to these components, it is supposed to be also integrated into our system and served that the software for the peptide mass spectrometry fingerprint analysis, one of the proteomics fields. This pipelined-EST analysis system will extend our knowledge on the plant ESTs and proteins by identification of unknown-genes.

• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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• 제32권3호
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• pp.263-275
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• 2005

대규모 DNA 데이타베이스를 대상으로 원하는 서열을 빠르게 검색하기 위해 인덱싱 기법을 많이 사용하고 있다. 그러나 대부분의 인덱싱 기법은 원래 데이타베이스보다 더 큰 저장공간을 사용하고 DBMS와의 밀 결합이 어렵다는 문제점을 가지고 있다. 본 논문에서는 완전 매치, 와일드카드 매치, k-미스매치와 같은 근사 매치 질의 처리를 위해 작은 공간을 사용하는 디스크 기반의 효율적인 인덱싱 기법과 질의 처리 기법을 제안한다 인덱싱을 위해서 DNA 염기서열에 일정 크기의 슬라이딩 윈도우를 위치시킨 후, 윈도우 내에서 각 문자의 출현 빈도를 이용해 서명을 추출해서 R*-트리와 같은 다차원 공간 인덱스에 저장한다. 특히 윈도우 내의 각 위치에 따라서 가중치를 줌으로써 서명들이 인덱스 공간에 집중되는 현상을 억제한다. 제안된 질의 처리방법은 질의 시퀀스를 다차원 사각형으로 변환하고 그 사각형과 중첩되는 서명들을 인덱스로부터 찾아낸다 제안된 방법을 실제 생물학자들이 사용하는 데이타를 이용해 실험한 결과 서픽스 트리 기반의 방법에 비해서 완전 매치인 경우 3배 이상, 와일드카드 매치인 경우 2배 이상, k-미스매치인 경우 수십 배 이상의 성능향상을 보였다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제17D권2호
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• pp.129-146
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• 2010

최근 다양한 분야에서 폭넓게 활용되고 있는 XML 문서는 유연하고도 개방적인 특성으로 인해 정보교환이나 전송을 위한 수단으로 널리 이용되고 있다. 한편 XML 문서를 위한 시각적, 직관적 질의 언어인 XML-GL은 질의에 대한 의미와 결과 문서의 구조를 시각적으로 표현할 수 있기 때문에 XML 문서에 대한 구조 검색과 정보의 공유가 용이하다. 그리고 UML은 정해진 표기법과 다양한 다이어그램을 이용하여 객체지향 분석과 설계를 위한 도구로 사용되고 있다. 따라서 본 논문은 XML-GL의 데이터 모델인 XML-GDM을 기반으로 표현된 XML 문서를 UML 클래스 다이어그램으로 사상하기 위한 새로운 객체 모델링 방안을 제안한다. 이를 통해서 XML 문서를 직관적인 방법으로 객체지향데이터로 변환하고 저장/관리할 수 있다. 또한 객체지향 검색방법을 적용하면 보다 효율적으로 XML 문서를 검색할 수가 있다.

• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제12권1호
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• pp.66-77
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• 2006

본 논문에서는 ON/OFF 스위치 및 ON/OFF 센서만을 이용하여 홈 거주자의 위치탐색 및 추적하고, 이 과정을 원격으로 실시간 모니터링 서비스를 제공할 수 있는 시스템을 설계하였다. 구현환경으로 본 시스템은 우리가 개발해온 분산객체그룹 프레임워크 기반에서 구현되었다. 홈 거주자의 위치를 파악하기 위해서 우리는 개폐기능을 가지는 실내 고정된 위치에 있는 구조/시설물 및 가전제품 등에 ON/OFF스위치 및 ON/OFF 센서들을 부착한 한 흠 구조를 보인다. 홈 거주자에 의해 이들이 개폐(ON/OFF)될 때, ON/OFF 스위치 및 ON/OFF 센서로부터 발생된 신호를 흠 서버 시스템에서 수신한다. 이때 신호가 발생한 실위치가 곧 홈 거주자의 위치가 된다. 홈 서버시스템에서는 실제공간에서 검출된 홈 거주자의 위치를 원격 데스크 탐 시스템이나 이동 단말기의 화면인 가상공간상에 이를 사상(mapping)하여 홈 거주자의 위치를 표현하고, 또한, 탐색된 위치를 시간별로 분석하여 홈 거주자의 이동패턴과 이동영역, 운동량 등을 얻어 헬스케어 정보를 구축하도록 하였다. 마지막으로 본 시스템은 이들 정보를 원격 모니터링 서비스를 위해 제공하도록 하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제47권3호
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• pp.218-226
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• 2020

유전체 정보가 공공 데이터베이스 내에 빠르게 축적이 되면서 유전체 데이터의 활용도를 높이기 위한 재가공 기술과 공유 기술이 지속적으로 중요해지고 있다. 특히 분자육종을 가속화하기 위해서 다양한 목적에 맞는 분자 마커 개발이 중요하다. 본 연구는 이러한 요구를 해소하기 위해 유전자 단위에서 haplotype을 기본단위로 구분하고 해당 유전자의 haplotype을 대변하는 tag-SNP를 선발하여 분자 마커 등을 개발하는데 사용할 수 있도록 관련 정보를 웹 사이트를 통해서 제공하고자 웹 데이터베이스를 구축하였다. 본 연구를 통해 선발된 각 tag-SNP는 하나의 유전자를 대변할 수 있고, 각 유전자의 haplotype을 구분할 수 있으며, 해당 유전자의 염색체 내 위치 정보, non-synonymous SNP의 정보를 담고 있다. 따라서 기존 무작위 방식으로 선발되어 사용되던 SNP에 비하여 정보력이 높은 tag-SNP를 활용해서 haplotype block을 확장할 수 있을 것이다. Haplotype의 기본 단위를 유전자로 설정함으로써 집단이 바뀜에 따라 발생하는 SNP의 유무, LD block의 크기 등이 변하는 문제점을 극복하고, 표준화된 haplotype library 작성이 가능할 것이며 이는 또한 분자육종을 위한 분자 마커를 선발하는데 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 대한기계학회논문집 C: 기술과 교육
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• 제1권2호
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• pp.199-204
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• 2013

국가 연구 개발 사업을 통해 수행된 도시형 자기 부상 열차 실용화 사업은 중저속 자기부상열차시스템 개발기술을 확보하고 시범노선 구축 및 시험운행을 통해 상용화를 목적으로 자기부상열차로서 국내에서는 최초의 상용화이며 완전무인운전시스템 구현을 목표하고 있다. 본 연구는 사업에 참여하는 기업, 연구소들의 시스템엔지니어링 활동의 핵심이라고 할 수 있는 도시형자기부상열차 시스템요구사항을 개발하고, 요구사항을 기반으로 도출된 추적성 기법을 제안하였다. 본 논문에서는 사업 전주기에 걸쳐 관리할 수 있는 체계를 정립하고, 카테고라이징 및 DB화를 통하여, 사용자 중심의 엔지니어링 도구를 개발함으로써, 도시형 자기부상열차 시스템의 개발 및 구축을 효과적으로 지원할 수 있도록 하였다.

• 한국가스학회지
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• 제2권2호
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• pp.48-54
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• 1998

본 연구에서는 주 시스템이라고 할 수 있는 안전관리정보시스템(SMIS Ver 1.0, Safety Management Information System)과 이에 대한 자료 관리를 위한 부 시스템(subsystem)인 데이터베이스들을 개발하였다. 기업의 안전관리 정보화는 관리적인 측면과 기술적인 측면이 함께 고려되어야 하나 본 연구의 안전관리정보시스템은 안전기술에 대한 정보화를 위해 기술적인 측면의 관련 요소들을 크게 4가지 모듈로 구분하여 구성하였다. 이들을 상호 연관시켜서 가스산업의 안전정보를 효율적으로 운영하고, 위험성을 평가하며, 그 결과를 안전운전지침이나 비상계획 수립에 반영할 수 있게 하였다. 그리고 안전관리정보시스템을 지원 할 수 있는 사고관련 자료, 물질자료 및 장치관련 자료 등에 대하여 3개의 모듈로 데이터베이스를 구성하였다. 이를 통하여 현장에 분산되어 있던 자료를 입력 검색하게 함으로써 보다 체계적으로 자료를 관리할 수 있게 하였다. 또한 개발된 프로그램을 사례적용을 통하여 검증한 결과, 자료의 검색 및 저장 등이 용이하고, 특히 데이터베이스와 안전관리정보시스템의 연계로 안전 정보를 활용하는 구조체계가 간소화되어 기존의 문서화 작업에 소요되었던 인력 및 시간이 절약됨을 알 수 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권2호
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• pp.170-178
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• 2005

An in silico approach was developed to survey the genes expressed in four internal organs of pig: liver, kidney, spleen and small intestine. The major procedures of the approach included: (1) BLAST searching against GenBank "est_others" database using human cDNA sequences as queries to screen the porcine orthologous expressed sequence tags (ESTs), (2) classifying the porcine ESTs records by resources according to certain criteria and (3) analyzing data for ESTs specifically expressed in each organ. In order to do so, four Java programs were developed. Based on the ESTs available in the GenBank database, it was found that there were at least 2,100 genes expressed in these four organs, including 128 in the liver, 81 in the kidney, 780 in the spleen, and 1,423 in the small intestine respectively (a few genes co-expressed in these tissues). Gene expression patterns, such as co-expressed genes, preferentially expressed genes and basic active genes were also compared and characterized among these organs. This study provides a comprehensive model on how to use the bioinformatics approach and Genbank databases to facilitate the discovery of new genes in livestock species.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제27권5호
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• pp.551-562
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• 2000

영상의 시각적 특성을 이용하여 영상 데이타베이스를 검색하는 내용 기반 영상 검색 시스템에서 사용자가 직접 작성한 질의 영상에 존재하는 불완전성을 극복하기 위하여, 물체의 정확한 좌표값 대신 물체간의 위치 관계를 비교하는 기법이 많이 사용된다. 본 논문에서는 물체간의 8 방향 위치 관계 정보를 이용하여 영상을 검색하는 시스템을 위한 질의 변환 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘은 영상내에 존재하는 물체들간의 위치 관계에 추이성(transitivity)이 존재하는 경우 정보가 중복된다는 사실로부터, 질의에 존재하는 추이성을 모두 제거함으로써 질의 영상을 최소 에지의 그래프로 변환한다. 제안된 알고리즘에 의해 생성된 프라임 에지 그래프는 동일한 위상 관계(topology)를 표현하는 그래프 중 최소 개수의 에지를 가지게 되므로 검색 중의 위치 관계 비교 회수를 최적화 할 수 있다. 실험 결과, 위치 관계의 추이성을 고려하지 않은 기존 알고리즘에 비해 평균 비교 회수를 크게 감소시켜 탐색 모듈의 효율을 향상시킴을 알 수 있다

• 대한한방부인과학회지
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• 제33권3호
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• pp.60-79
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• 2020

Objectives: This review plans to assess the efficacy and effectiveness of oriental medicine for the treatment of Ovarian Hyperstimulation Syndrome (OHSS) through literature research and overview. Methods: Database searching was conducted to identify relevant randomized controlled trials (RCTs) on oriental medicine for the treatment of Ovarian Hyperstimulation Syndrome. Studies were searched from Journal of Korean Obstetrics and Gynecology, Korean Medical Database, Korean studies Information Service System, China National Knowledge Infrastructure, Cochrane library, PubMed and EmBase up to 21^st May, 2020. Results: Seventeen studies were finally selected. Fifteen studies intervened with oral Chinese herb medicine, two studies intervened with acupuncture and moxibustion. Nine studies concluded that intervention with oriental medicine significantly relieved OHSS symptoms. Three studies reporting ovary diameter, four studies reporting abdominal circumference and other four studies reporting pelvic effusion showed significant reduction compared to control groups. Six studies showed significantly shorter duration for hospitalization in intervention groups. Only one study showed significantly higher pregnancy rate. Factors related with vascular permeability and blood cell coagulation were significantly lowered in intervention groups in general. Conclusions: From seventeen studies, oriental medicine relieved OHSS symptoms and showed treatment effectiveness. Further strictly designed studies and long-term observed studies are needed to establish evidences.