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Some characters of bacterial cellulases in goats' rumen elucidated by metagenomic DNA analysis and the role of fibronectin 3 module for endoglucanase function

  • Nguyen, Khanh Hoang Viet;Dao, Trong Khoa;Nguyen, Hong Duong;Nguyen, Khanh Hai;Nguyen, Thi Quy;Nguyen, Thuy Tien;Nguyen, Thi Mai Phuong;Truong, Nam Hai;Do, Thi Huyen
    • Animal Bioscience
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    • 제34권5호
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    • pp.867-879
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    • 2021
  • Objective: Fibronectin 3 (FN3) and immunoglobulin like modules (Ig) are usually collocated beside modular cellulase catalytic domains. However, very few researches have investigated the role of these modules. In a previous study, we have sequenced and analyzed bacterial metagenomic DNA in Vietnamese goats' rumen and found that cellulase-producing bacteria and cellulase families were dominant. In this study, the properties of modular cellulases and the role of a FN3 in unique endoglucanase belonging to glycosyl hydorlase (GH) family 5 were determined. Methods: Based on Pfam analysis, the cellulases sequences containing FN3, Ig modules were extracted from 297 complete open reading frames (ORFs). The alkaline, thermostability, tertiary structure of deduced enzymes were predicted by AcalPred, TBI software, Phyre2 and Swiss models. Then, whole and truncated forms of a selected gene were expressed in Escherichia coli and purified by His-tag affinity column for assessment of FN3 ability to enhance enzyme activity, solubility and conformation. Results: From 297 complete ORFs coding for cellulases, 148 sequences containing FN3, Ig were identified. Mostly FN3 appeared in 90.9% beta-glucosidases belonging to glycosyl hydrolase family 3 (GH3) and situated downstream of catalytic domains. The Ig was found upstream of 100% endoglucanase GH9. Rarely FN3 was seen to be situated downstream of X domain and upstream of catalytic domain endoglucanase GH5. Whole enzyme (called XFN3GH5 based on modular structure) and truncate forms FN3, XFN3, FN3GH5, GH5 were cloned in pET22b (+) and pET22SUMO to be expressed in single and fusion forms with a small ubiquitin-related modifier partner (S). The FN3, SFN3 increased GH5 solubility in FN3GH5, SFN3GH5. The SFN3 partly served for GH5 conformation in SFN3GH5, increased modules interaction and enzyme-soluble substrate affinity to enhance SXFN3GH5, SFN3GH5 activities in mixtures. Both SFN3 and SXFN3 did not anchor enzyme on filter paper but exfoliate and separate cellulose chains on filter paper for enzyme hydrolysis. Conclusion: Based on these findings, the presence of FN3 module in certain cellulases was confirmed and it assisted for enzyme conformation and activity in both soluble and insoluble substrate.

국내 이공계 대학 유학생들의 전공기초 학습 경험 탐색 (Exploring the Foreign Students' Learning Experiences in Natural Science Basic Course at College of Engineering in Korea)

  • 김수철
    • 예술인문사회 융합 멀티미디어 논문지
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    • 제9권2호
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    • pp.259-269
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    • 2019
  • 본 연구는 국내 이공계 대학 유학생들의 전공기초 학습 경험을 탐색하여 유학생들이 이공계 학부 과정을 이수하는데 실제로 필요로 하는 것이 무엇인지 살펴보고 국내 이공계 대학의 교육 경쟁력 강화를 위한 시사점을 제공하고자 수행되었다. 연구 대상은 국내 이공계 대학에 재학 중인 유학생 7명이며, 출신 국가는 중국, 베트남, 우즈베키스탄, 말레이시아 등 4개국이다. 연구자는 자발적인 참여 의사를 밝힌 유학생 7명에 대하여 서답형 설문 조사를 실시하였으며, 이 중 4명에 대해서는 개별적인 심층 면담도 진행하였다. 면담 시간은 30분에서 1시간 정도 소요되었으며, 반구조화된 면담 기법을 활용하였다. 면담 내용은 참여자들의 동의 하에 모두 녹음되었으며, 녹음된 자료는 전사하여 면담노트와 함께 관리되었다. 전사된 자료는 연속 비교법의 단계에 따른 부호화 및 범주화 과정을 토대로 분석하였으며, 그 결과, 이공계 전공기초 과목 수강에 따른 한국어 능력 부족으로 인한 문제, 전공기초 과목에서 등장하는 용어나 개념 이해의 문제, 전공기초 과목의 보충학습 방법, 전공기초 교육프로그램 개설의 필요성 및 대학의 관심과 지원 요청 등의 네 가지 주제들이 도출되었다.

대학의 플립드 러닝에서 우수 학습자 역량모델링 (University-level Flipped Classroom Learner Competency Modeling)

  • 김랑;송해덕
    • 교육공학연구
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    • 제33권4호
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    • pp.1001-1024
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    • 2017
  • 최근 대학에서 학습자 중심 교수학습방법으로 플립드 러닝이 활발히 적용되고 있다. 학습자의 적극적인 참여를 유도하는 학습환경으로서 플립드 러닝의 장점에도 불구하고, 강의식 수업에 익숙한 다수의 학습자들은 보다 능동적인 역할이 요구되는 플립드 러닝 환경에 쉽게 적응하지 못한다는 지적이 제기되고 있다. 이에 본 연구에서는 플립드 러닝에서 성공적인 학습활동을 지원하기 위하여 역량모델링을 통하여 플립드 러닝 환경에서 우수한 학습자의 역량과 행동지표를 탐색하였다. 본 연구에서 역량모델링은 1) 자료수집, 2) 역량도출 및 모형개발, 3) 역량모형 타당화의 절차로 진행되었다. 먼저, 자료수집을 위해 서울 시내에 소재한 한 대학에서 플립드 러닝으로 운영된 강좌를 수강한 학습자 8명을 대상으로 행동사건면담을 실시하였다. 우수 학습자들은 플립드 러닝으로 진행된 대학 강좌에서 형성 평가와 팀 프로젝트 평가에서 상위 10%이내의 성적을 받았으며 학습과정에서 우수한 수행으로 교수자의 추천을 받은 학생들이었다. 이들에 대한 면담 자료를 분석 후, 대학의 플립드 러닝에서 우수 학습자 역량을 도출하였다. 연구 결과, 대학의 플립드 러닝에서 우수 학습자 역량으로 '피드백 도움 요청', '성실한 학습관리', '지식 확장', '동료 상호작용', '학습지향성'이 도출되었으며, 이에 대한 세부적인 행동지표들을 개발하였다. 도출된 역량모형의 타당화를 위하여 플립드 러닝 수강생 134명을 대상으로 요인분석을 실시하였다. 끝으로 플립드 러닝의 수업 전과 수업 중의 두 단계에 따라 보다 중요시되는 역량들을 확인함으로써 플립드 러닝의 수업단계에 따라 성공적인 학습을 위해 요구되는 최종 역량모형을 제시하였다.

대학축제체험이 축제만족, 재참가의도, 교우관계에 미치는 영향: 대학생활 참여정도를 중심으로 (The Effect of College Festival Participants' Experience on Festival Satisfaction, Re-participation and Peer Relation Enhancement: Focusing on College Life Participation)

  • 양승훈
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제19권7호
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    • pp.246-257
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    • 2019
  • 본 연구는 대학축제의 성과를 일상으로의 확대 가능성을 모색하는데 목적이 있다. 대학축제는 지금까지 구성원의 공동체 결집을 통해 대학문화 창조의 중추적 역할을 해왔다. 그러나 최근에 연예인 공연과 기업의 스폰서십 등 상업화에 대한 비판과 함께 대학축제의 기능회복에 대한 목소리가 높다. 대학축제는 일상의 대학생활이 만들어낸 텍스트이기 때문에 일상과 무관할 수 없으며 대학축제 역시 일상의 회복에 그 역할을 수행하여야 한다. Pine & Gilmore의 체험모델을 적용하여 양질의 대학축제 체험을 통해서 만족과 더 나가 일상과의 연결고리로서 교우관계를 개선한다는 것 그리고 학생들의 학교생활에 대한 참여정도 차이에 따라 축제체험 등이 차별적으로 나타난다는 것을 알아보고자 하였다. 대학축제 참가자 195명을 대상으로 자기기입식 설문조사를 진행하였으며 수집된 자료를 토대로 변수간의 관계를 알아보기 위한 회귀분석, 집단 간의 차이를 알아보기 위한 t검정을 실시하였다. 분석결과 대학축제체험은 축제만족에 유의한 영향을 주고(가설1), 축제만족은 재참가의도와 교우관계(가설2, 가설3)에 유의한 영향을 주었다. 또한 대학생활 참여정도가 높은 집단은 그러하지 못한 집단에 비하여 대학축제체험, 축제만족, 재참가의도, 교우관계에 있어 차이를 보여주었다(가설4). 이론적, 실무적 시사점 및 연구의 한계점은 연구 말미에 포함시켰다.

기계학습을 이용한 소스코드 정적 분석 개선에 관한 연구 (A Study on the Improvement of Source Code Static Analysis Using Machine Learning)

  • 박양환;최진영
    • 정보보호학회논문지
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    • 제30권6호
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    • pp.1131-1139
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    • 2020
  • 소스코드에 대한 정적 분석은 광범위한 소스코드에 대해서 잔존하는 보안약점을 찾는 것으로 정적 분석 도구를 활용하여 점검을 하고, 그 결과에 대해서 정적 분석 전문가가 정탐 및 오탐 분석을 한다. 이 과정에서 분석양이 많고 오탐의 비율이 높아 많은 시간과 노력이 들어가게 되어 효율적으로 분석하는 방안이 요구되고 있다. 또한 전문가들은 정·오탐 분석을 할 때 결함이 발생한 라인의 소스코드만 보고 분석을 하는 경우는 드물다. 결함의 유형에 따라서 주변의 소스코드를 같이 분석하고 최종 분석 결과를 내리게 된다. 이러한 정적 분석 도구를 사용하여 전문가가 정·오탐을 판별하는 어려움을 해결하기 위해서 본 논문에서는 정적 분석 도구가 찾은 보안약점이 정탐인지 아닌지를 전문가가 아닌 인공지능을 통해 판별하는 방법을 제안한다. 또한 이러한 기계학습에 사용되는 학습 데이터(결함주변 소스코드)의 크기가 성능에 어떤 영향을 미치는지 실험을 통해 최적의 크기를 확인하였다. 이 결과를 통해 정적 분석 후 정·오탐을 분류하는 정적 분석 전문가의 업무에 도움을 줄 것으로 기대한다.

피처 프레임 구성 방안에 따른 피처 맵 압축 효율 및 머신 태스크 성능 분석 (Analysis of Feature Map Compression Efficiency and Machine Task Performance According to Feature Frame Configuration Method)

  • 이성배;이민석;김규헌
    • 방송공학회논문지
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    • 제27권3호
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    • pp.318-331
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    • 2022
  • 최근 하드웨어 연산 장치와 소프트웨어 기반 프레임워크의 발전으로 딥러닝 네트워크를 활용한 머신 태스크가 다양한 산업 분야 및 개인 IoT 장비에서의 활용이 기대되고 있다. 그러나 딥러닝 네트워크를 구동하기 위한 장치의 고비용 문제와 서버에서 머신 태스크 결과만을 전송받을 때 사용자가 요구하는 결과를 받지 못할 수 있다는 제한 사항을 극복하기 위하여 Collaborative Intelligence (CI)에서는 피처 맵의 전송을 그 해결 방법으로 제시하였다. 본 논문에서는 CI 패러다임을 지원하기 위하여 방대한 데이터 크기를 갖는 피처 맵의 효율적인 압축 방법을 실험을 통해 분석 및 제시하였다. 해당 방법은 전통적인 비디오 코덱에서의 압축 효율을 높이기 위하여 피처 맵의 재정렬을 적용하여 중복성을 높였으며, 정지 영상 압축 포맷과 동영상 압축 포맷을 동시에 활용하여 압축 효율을 높이고 머신 태스크의 성능을 유지하는 피처 맵 방법을 제시하였다. 본 논문에서는 이와 같은 방법의 분석을 통해 MPEG-VCM의 피처 압축 앵커 대비 BPP와 mAP의 BD-rate에서 14.29%의 성능이 향상됨을 검증하였다.

자연어 처리 모델을 활용한 블록 코드 생성 및 추천 모델 개발 (Development of Block-based Code Generation and Recommendation Model Using Natural Language Processing Model)

  • 전인성;송기상
    • 정보교육학회논문지
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    • 제26권3호
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    • pp.197-207
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    • 2022
  • 본 논문에서는 코딩 학습 중 학습자의 인지 부하 감소를 목적으로 자연어 처리 모델을 이용하여 전이학습 및 미세조정을 통해 블록 프로그래밍 환경에서 이미 이루어진 학습자의 블록을 학습하여 학습자에게 다음 단계에서 선택 가능한 블록을 생성하고 추천해 주는 머신러닝 기반 블록 코드 생성 및 추천 모델을 개발하였다. 모델 개발을 위해 훈련용 데이터셋은 블록 프로그래밍 언어인 '엔트리' 사이트의 인기 프로젝트 50개의 블록 코드를 전처리하여 제작하였으며, 훈련 데이터셋과 검증 데이터셋 및 테스트 데이터셋으로 나누어 LSTM, Seq2Seq, GPT-2 모델을 기반으로 블록 코드를 생성하는 모델을 개발하였다. 개발된 모델의 성능 평가 결과, GPT-2가 LSTM과 Seq2Seq 모델보다 문장의 유사도를 측정하는 BLEU와 ROUGE 지표에서 더 높은 성능을 보였다. GPT-2 모델을 통해 실제 생성된 데이터를 확인한 결과 블록의 개수가 1개 또는 17개인 경우를 제외하면 BLEU와 ROUGE 점수에서 비교적 유사한 성능을 내는 것을 알 수 있었다.

웃음요법이 시설거주 노인의 우울과 수면 장애에 미치는 효과 : 체계적 고찰 및 메타분석 (Effects of Laughter Therapy on Depression and Sleep Wake Disorders of the Elderly in Residential Facilities : A Systematic Review and Meta-analysis)

  • 김은정;양진향
    • 한국엔터테인먼트산업학회논문지
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    • 제15권8호
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    • pp.291-303
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    • 2021
  • 본 연구는 최근 증가하고 있는 시설거주 노인을 대상으로 건강문제로 보고되고 있는 우울과 수면장애에 대하여 웃음요법의 적용 효과를 확인하기 위한 연구이다. 이를 위해 시설거주 노인에게 웃음요법을 적용한 국내·외 실험연구들을 대상으로 체계적 고찰을 통해 연구 특성을 파악하고, 메타분석을 통해 우울과 수면장애에 대한 전체 효과크기와 중재 변인에 따른 효과크기를 파악하는 것을 목적으로 하고 있다. 최종 선정된 12편의 실험연구를 체계적으로 고찰하고 결과 변수에 영향을 미치는 전체 효과크기를 분석한 결과, 웃음요법은 시설거주 노인의 우울 감소에 유의한 효과가 있었으며, 수면장애 감소에는 유의한 효과가 없었다. 중재 변인에 따라 분석한 결과 웃음요법은 시행 횟수 10회 미만, 중재 소요 시간 400분 미만이나 400-1,000분 미만에서 우울 감소에 효과적이었다. 수면장애의 경우 전체 효과크기는 유의하지 않았으나 중재 소요 시간 300분 미만에서 수면장애 감소에 효과적이었다. 이러한 결과는 웃음요법이 시설거주 노인의 우울 감소에 효과적이며, 이를 적용할 때 시행 횟수와 중재 소요 시간과 같은 중재 변인을 고려하는 것이 필요함을 시사한다. 시설거주 노인의 수가 증가하고 있고, 우울과 수면장애와 같은 건강문제의 발생률이 증가하고 있는 점을 감안할 때 추후 연구에서 본 연구 결과를 토대로 시설거주 노인의 우울과 수면장애 감소를 위한 적용지침이 개발될 필요가 있다.

초등 예비교사가 제작한 과학교육용 앱의 특징과 앱 제작 교육에 대한 초등교사의 생각 (Characteristics of Science Education Apps Developed by Preservice Elementary Teachers and Elementary Teachers' Thoughts about Education Developing Apps)

  • 나지연
    • 한국초등과학교육학회지:초등과학교육
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    • 제42권1호
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    • pp.17-33
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    • 2023
  • 본 연구는 초등 예비교사들이 제작한 앱의 특징과 앱 제작 교육에 대한 초등교사의 생각을 살펴보고 이를 통해 초등 예비교사를 위한 TPACK 교육에 시사점을 도출하는 데에 그 목적이 있다. 과학교육 앱 제작 경험을 제공한 사례를 수집하고, 3명의 초등교사를 대상으로 해당 사례에 관한 생각을 조사하였다. 예비교사들이 제작한 앱의 특징을 분석한 결과는 다음과 같다. 첫째, 예비교사들이 앱을 제작하면서 의도한 교육목표는 탐구가 가장 높게 나타났고, 도구형과 학습자·교수자간 상호작용이 일어나는 앱을 제작한 경우가 상대적으로 높게 나타났다. 둘째, 대부분의 예비교사들이 교육과정 목표에 부합하도록 앱을 제작하였으나 건설적 차원과 협력적 차원에서는 낮은 수준의 유형에 해당하는 앱의 특징을 보여 주었다. 예비교사들이 제작한 앱과 앱 제작 교육에 대한 초등교사들의 생각을 분석한 결과는 다음과 같다. 첫째, 초등교사들은 예비교사들이 제작한 앱의 효과성에 가장 낮은 점수를 주었고, 이를 해결하기 위해 교육과정 성취기준 분석과 기 개발된 앱 평가 및 수정 활동을 제안하였다. 둘째, 초등교사들은 예비교사의 TPACK 향상을 위하여 앱을 직접 제작해보는 경험을 제공하는 것이 적절하다고 응답하였다. 셋째, 초등교사들은 앱 인벤터를 활용하여 앱을 제작할 수 있는 블록 코딩 문해력 정도가 예비교사에게 필요하다고 생각하였다. 넷째, 예비교사의 TPACK을 향상시키기 위해 앱 제작 교육에서 모의수업과 앱을 통해 데이터를 수집하고 다루어 보는 경험을 강조할 필요가 있다고 하였다.

The complete plastid genome and nuclear ribosomal transcription unit sequences of Spiraea prunifolia f. simpliciflora (Rosaceae)

  • Jeongjin CHOI;Wonhee KIM;Jee Young PARK;Jong-Soo KANG;Tae-Jin YANG
    • 식물분류학회지
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    • 제53권1호
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    • pp.32-37
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    • 2023
  • Spiraea prunifolia f. simpliciflora Nakai is a perennial shrub widely used for horticultural and medicinal purposes. We simultaneously obtained the complete plastid genome (plastome) and nuclear ribosomal gene transcription units, 45S nuclear ribosomal DNA (nrDNA) and 5S nrDNA of S. prunifolia f. simpliciflora, using Illumina short-read data. The plastome is 155,984 bp in length with a canonical quadripartite structure consisting of 84,417 bp of a large single-copy region, 18,887 bp of a short single-copy region, and 26,340 bp of two inverted repeat regions. Overall, a total of 113 genes (79 protein-coding genes, 30 tRNAs, and four rRNAs) were annotated in the plastome. The 45S nrDNA transcription unit is 5,848 bp in length: 1,809 bp, 161 bp, and 3,397 bp for 18S, 5.8S, and 26S, respectively, and 261 bp and 220 bp for internal transcribed spacer (ITS) 1 and ITS 2 regions, respectively. The 5S nrDNA unit is 512 bp, including 121 bp of 5S rRNA and 391 bp of intergenic spacer regions. Phylogenetic analyses showed that the genus Spiraea was monophyletic and sister to the clade of Sibiraea angustata, Petrophytum caespitosum and Kelseya uniflora. Within the genus Spiraea, the sections Calospira and Spiraea were monophyletic, but the sect. Glomerati was nested within the sect. Chamaedryon. In the sect. Glomerati, S. prunifolia f. simpliciflora formed a subclade with S. media, and the subclade was sister to S. thunbergii and S. mongolica. The close relationship between S. prunifolia f. simpliciflora and S. media was also supported by the nrDNA phylogeny, indicating that the plastome and nrDNA sequences assembled in this study belong to the genus Spiraea. The newly reported complete plastome and nrDNA transcription unit sequences of S. prunifolia f. simpliciflora provide useful information for further phylogenetic and evolutionary studies of the genus Spiraea, as well as the family Rosaceae.