• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제51권4호
• /
• pp.449-452
• /
• 2013

Taenia pisiformis is one of the most important parasites of canines and rabbits. T. pisiformis cysticercus (the larval stage) causes severe damage to rabbit breeding, which results in huge economic losses. In this study, the genetic variation of T. pisiformis was determined in Sichuan Province, China. Fragments of the mitochondrial cytochrome b (cytb) (922 bp) gene were amplified in 53 isolates from 8 regions of T. pisiformis. Overall, 12 haplotypes were found in these 53 cytb sequences. Molecular genetic variations showed 98.4% genetic variation derived from intra-region. $F_{ST}$ and Nm values suggested that 53 isolates were not genetically differentiated and had low levels of genetic diversity. Neutrality indices of the cytb sequences showed the evolution of T. pisiformis followed a neutral mode. Phylogenetic analysis revealed no correlation between phylogeny and geographic distribution. These findings indicate that 53 isolates of T. pisiformis keep a low genetic variation, which provide useful knowledge for monitoring changes in parasite populations for future control strategies.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
• /
• 제46권1호
• /
• pp.16-23
• /
• 2023

The silkworm's dormancy and embryonic development are accomplished through the interaction of various genes. Analysis of the expression of several interacting genes can predict the embryonic stage of silkworms. In this study, we analyzed the changes in the expression level of genes at each stage during the embryonic development of dormant silkworm eggs and selected genes that can predict the hatching time. Jam123 and Jam124 silkworms were collected after egg laying, and the silkworm eggs were preserved using a double refrigeration method and expression analysis was performed for 23 genes during embryogenesis. There were 5 genes showing significant changes during embryogenesis: UDP-glucuronosyltransferases (BmUGTs), heat shock protein hsp20.8 (BmHsp20.8), Cytochromes b5-like proteins (BmCytb5), Krüppel homolog 1 (BmKr-h1), and cuticular protein RR-1 motif 41 (BmCpr41). As a result of quantitative comparison of the expression levels of these 5 genes through real-time PCR, the BmUGTs gene showed a difference between Jam123 and Jam124, making it difficult to see it as an indicator for predicting hatching time. However, the BmHsp20.8 gene had a common expression decreased at the imminent hatching stage. In addition, it was confirmed that the expression level of the BmCytb5 gene decreased to the lowest level at the time of imminent hatching, and the expression of the BmKr-h gene was made only at the time of imminent hatching. The expression of the last BmCpr41 gene can be confirmed only at the time of imminent hatching, and it was confirmed that it shows a rapid increase right before hatching. Taken together, these results suggest that expression analysis of BmHsp20.8, BmCytb5, BmKr-h1, and BmCpr41 genes can determine the stage of embryogenesis, predict hatching time, which facilitate better management of silkworm eggs.

• 환경생물
• /
• 제41권2호
• /
• pp.145-166
• /
• 2023

Parrots have been threatened by global trade to meet their high demand as pets. Controlling parrot trade is essential because parrots play a vital role in the ecosystem. Accurate species identification is crucial for controlling parrot trade. Parrots have been traded as eggs due to their advantages of lower mortality rates and more accessible transport than live parrots. A molecular method is required to identify parrot eggs because it is difficult to perform identification using morphological features. In this study, DNAs were obtained from 43 unidentified parrot eggs using a non-destructive sampling method. Partial cytochrome b (CYTB) gene was then successfully amplified using polymerase chain reaction (PCR) and sequenced. Sequences newly obtained in the present study were compared to those available in the GenBank by database searching. In addition, phylogenetic analysis was conducted to identify species using available sequences in GenBank along with sequences reported in previous studies. Finally, the 43 parrot eggs were successfully identified as seven species belonging to two families and seven genera. This non-destructive sampling method for obtaining DNA and molecular identification might help control the trade of parrot eggs and prevent their illegal trade.

• 한국어류학회지
• /
• 제29권2호
• /
• pp.139-145
• /
• 2017

최근 우리나라에서 자연발생적인 미꾸리속 알비노 개체들이 낮은 빈도로 출현하고 있으나, 색소 결핍으로 인해 형태적종 동정이 어렵다. 따라서 본 연구에서는 핵 유전자인 recombination activating gene 1 (rag1) 영역 및 미토콘드리아 유전자 cytochrome b (cytb) 영역을 이용한 분자계통학적 분석을 이용해 미꾸리속 알비노 개체의 분자동정을 수행하였다. 그 결과 rag1과 cytb의 분자계통도에서 미꾸라지, 미꾸리, 그리고 M. mohoity로 3개의 clade가 확인되었다. 확보된 M. mohoity의 염기서열을 유전자은행의 BLAST를 이용해 유사성을 검색한 결과 M. mohoity와 가장 유사하였다. 분자계통도를 기준으로 25마리의 알비노 미꾸리속 개체의 종 동정을 수행한 결과 빨간 눈 타입은 미꾸리 16마리, 미꾸라지 1마리로 판별되었고, 나머지 3개체는 미꾸라지♀${\times}$미꾸리♂ 잡종 1마리와 M. mohoity ♀${\times}$미꾸리♂ 잡종이 2마리 판별되었다. 또한 검은 눈타입 5마리는 미꾸리 1마리와 미꾸라지 3마리 및 M. mohoity 1마리로 판별되었다. 따라서 본 연구에 이용한 분자마커를 활용함으로써 미꾸리속 어류의 정확한 종 또는 잡종을 동정하기 위한 유용한 방법으로 이용될 수 있을 것이다.

• 한국어류학회지
• /
• 제35권4호
• /
• pp.217-223
• /
• 2023

잔가시고기 Pungitius kaibarae의 신규 집단인 고령(GR) 집단과 야생 집단의 특성을 규명하기 위해 미토콘드리아 cytb 유전자 영역의 886 bp 서열을 이용 총 4개 집단 (경상북도 고령(회천, GR), 포항(곡강천, PH), 경산(오목천, GYSA), 강원도 고성(배봉천, GS))을 분석하였다. 고령(GR) 집단에서 가장 낮은 haplotype 다양성을 나타냈고(H_d=0.000), 고성(GS) 집단에서 0.755로 가장 높은 haplotype 다양성을 확인하였다. Nucleotide 다양성은 고성(GS) 집단에서 0.00291로 가장 높은 다양성을 나타냈으며, 고령(GR) 집단에서 가장 0.00000로 가장 낮은 다양성을 보였다. 유전적 분화도에서 고령(GR) 집단은 포항(PH) 집단과 유전적으로 가장 가까운 것으로 나타났다. Haplotype 네트워크는 고령 (GR) 집단이 포항(PH) 집단과 군집되어 가장 유사한 것으로 나타났다. 고령(GR) 집단은 계통발생학적 tree에서 높은 지지도(98%)의 값으로 포항(PH) 집단과 군집됨을 확인하였다. 따라서 고령(GR) 집단은 포항(PH) 집단과 유사한 집단에서 유래됨을 추정하였다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
• /
• 제26권3호
• /
• pp.197-201
• /
• 2010

We sequenced the whole mitochondrial genome of Dendronephthya gigantea (Anthozoa: Octocorallia: Nephteidae), the first mitochondrial genome sequence report in the Family Nephtheidae. The mitochondrial genome of D. gigantea was 18,842 bp in length, and contained 14 protein coding genes (atp6 and 8, cox1-3, cytb, nd1-6 and 4L, and msh1), two ribosomal RNAs, and only one transfer RNA. The gene content and gene order is identical to other octocorals sequenced to date. The portion of the noncoding regions is slightly larger than the other octocorals (5.08% compared to average 3.98%). We expect that the information of gene content, gene order, codon usage, noncoding region and protein coding gene sequence could be used in the further analysis of anthozoan phylogeny.

• 한국수정란이식학회지
• /
• 제31권1호
• /
• pp.61-64
• /
• 2016

We developed a polymerase chain reaction (PCR)-based molecular method for sexing and identification using sexual dimorphism between the Zinc Finger-X and -Y (ZFX-ZFY) gene and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) for mitochondrial DNA (mtDNA) cytochrome B (CYTB) gene in meat pieces and commercial sausages from animals of different origins. Sexual dimorphism based on the presence or absence of SINE-like sequence between ZFX and ZFY genes showed distinguishable band patterns between male and female DNA samples and were easily detected by PCR analyses. Male DNA had two PCR products appearing as distinct two bands (ZFX and ZFY), and female DNA had a single band (ZFX). Molecular identification was carried out using PCR-RFLP of CYTB gene, and showed clear species classification results. The results yielded identical information on the sexes and the species of the meat samples collected from providers without any records. The analyses for DNA isolated from commercial sausage showed that pig was the major source but several sausages originated from chicken and Atlantic cod. Applying this PCR-based molecular method was useful and yielded clear sex information and identified the species of various tissue samples originating from livestock.

• 한국어류학회지
• /
• 제33권2호
• /
• pp.45-56
• /
• 2021

납자루 Tanakia lanceolata와 한강납줄개 Rhodeus pseudosericeus 간의 속간잡종으로 추정되는 수컷 1개체를 서해안 독립 하천인 보령 대천천에서 채집하였다. 해당 속간잡종 개체의 명확한 기원을 판별하기 위하여 형태학적 및 분자계통학적 분석을 수행하였다. 형태학적 분석 결과, 속간잡종 개체의 등지느러미 앞쪽 상단과 뒷지느러미 가장자리의 색상, 등과 배 쪽 색상 등은 납자루의 형태적 특징을 따랐으며, 미병부 중앙에 파란색 체측종대가 존재하는 점, 측선이 불완전한 점, 입수염이 없는 점 등은 한강납줄개의 형태적 특징을 따랐다. 또한, 미토콘드리아 DNA의 cytb 유전자 분석 결과, 속간잡종 개체는 납자루와 99.82~100%의 염기서열 유사도를 나타내어, 모계 종은 납자루로 판단되었다. 핵 DNA의 rag1 유전자 분석 결과, 속간잡종 개체는 납자루와 한강납줄개 간의 단일염기다형성 부위(38 bp)를 모두 반영하는 double peaks 양상을 나타내어, 부계 종은 한강납 줄개로 판단되었다. 따라서 본 연구에서 분석한 납자루아과 자연 잡종 추정 개체는 암컷 납자루와 수컷 한강납줄개 간의 속간잡종으로 판명되었다.

• 한국어류학회지
• /
• 제34권4호
• /
• pp.277-287
• /
• 2022

대한민국 경상북도 경주시 암곡동 형산강 지류인 덕동천 상류에서 둑중개과 (Cottidae) 둑중개속(Cottus)에 속하는 어류 2개체 (표준체장 79.3~100.8 mm)를 채집하였다. 이들은 구개골에 이빨이 없는 점, 가슴지느러미의 기조가 분지되지 않고 기조수가 12~13개인 점, 배지느러미에 뚜렷한 반점이나 무늬가 없는 점, 그리고 머리 또는 몸 앞쪽에 검은색 띠가 없는 점 등에서 C. pollux로 동정되었다. 또한, 핵 DNA의 ITS1 유전자 영역과 미토콘드리아 DNA의 cytb 유전자 영역을 이용한 분자계통학적 분석 결과, 본 표본은 일본산 C. pollux와 동일한 유전적 clade를 형성하여 상기 형태학적 특징에 의한 종 동정 결과를 뒷받침하였다. 신한국명으로는 대한민국에 분포하는 둑중개 및 한둑중개와 달리 배지느러미에 반점이나 무늬가 없는 형태적 특징에 따라 '민무늬둑중개'를 제안한다.

• 생명과학회지
• /
• 제26권7호
• /
• pp.749-757
• /
• 2016

본 연구는 미토콘드리아 DNA (mtDNA) cytochrome B (CYTB)와 NADH dehydrogenase subunit 1 (ND1) 유전자 서열의 다형성을 근거로 제주도 큰발윗수염박쥐 집단의 유전적 집단 구조와 계통 유연관계를 조사하는 데 목적이 있다. 동아시아 박쥐에서 CYTB 유전자 haplotype은 14개의 haplotype들이 발견되었고, ND1은 9개의 haplotype 들이 발견되었다. 집단별 haplotype의 분포는 지역-특이적인 양상을 보였다. ND1 haplotype 분석결과에서 제주도 집단은 4개의 haplotype을 나타내고, 한라산 소집단과 서부지역 소집단은 3개 haplotype을 나타내었으나, 동부지역 소집단에서는 제주도 전체에서 공통으로 발견되는 1개(Nd03)의 haplotype만 출현하였다. NJ tree에서 제주도 집단은 강원도 집단보다 일본 집단과 더 근연으로 확인되었다. 중국과 일본의 모계선조 계보 사이의 분화 시점은 0.789±0.063 MYBP으로 추정되었고, 제주도와 일본의 모계선조는 약 17만 년(0.168±0.013 MYBP) 전에 분리된 것 으로 판단된다. 제주도 집단은 적어도 5만 년 이전에 이주한 것으로 보인다. 또한 ND1 haplotype 분석결과는 제주도 집단이 이주 후에도 지역 내에서의 적어도 2회 이상의 유전적 분화를 겪었다는 것을 보여주고 있다. 본 연구 결과는 동아시아 큰발윗수염박쥐의 계통 유연관계를 이해하는 데 중요한 기초자료가 될 것이며, 향후 한반도의 남부와 중국, 러시아 등에서 시료 확보를 통해 집단 간 진화적 상관관계를 이해하는 데 필요한 설득력 있는 자료가 마련되어야 할 것이다.