• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제53권6호
• /
• pp.511-516
• /
• 2011

Fas gene known to associate with intramuscular fat content in Korean cattle was selected for DNA marker development. Fas (APO-1, CD95), a member of the tumor necrosis factor (TNF) receptor superfamily, is a cell membrane protein that mediates apoptosis (programmed cell death). We discovered single nucleotide polymorphisms (SNPs) within Fas gene in order to develop novel DNA markers at genomic level. Of this gene to search for SNP, sequences of whole exon and 1kb range of both front and back of the gene using 24 cattle were determined by direct-sequencing methods. As a result, 16 SNPs in exon, 37 SNPs in intron and 2 SNPs in promoter region, a total of 55 SNPs were discovered. In these SNPs, thirty-one common polymorphic sites were selected considering their allele frequencies, haplotype-tagging status and Linkage Disequilibrium (LD) for genotyping in larger-scale subjects. Selected SNPs were confirmed genotype through SNaPshot method (n=274) and were examined for possible genetic association of Fas polymorphisms with carcass weight (CWT), eye muscle area (EMA), and backfat thickness (BF). So, the SNP have been identified significant g.-12T>G, g.1112T>G and g.32548T>C. These results suggest that polymorphism of Fas gene was associated with meat quality traits in Hanwoo.

• 대한유전성대사질환학회지
• /
• 제6권1호
• /
• pp.96-107
• /
• 2006

Citrin deficiency resulting from mutations of SLC25A13is associated with two major clinical phenotypes; neonatal intrahepatic cholestasis caused by citrin deficiency (NICCD) and adult-onset type 2 citrullinemia (CTLN2). In Korea, 7 cases of citrin deficiency have been diagnosed based on biochemical and molecular findings. Four NICCD cases were identified by newborn screening using MS/MS or presenting symptoms like cholestatic jaundice. They are all males, presenting with conjugated hyperbilirubinemia, elevated liver enzymes, hypoalbuminemia, mild hyperammonemia, elevated citrullin, methionine and threonine. All of them have been spontaneously recovered from hepatic manifestation by the age of 6-8 months. Mutation analysis has been performed using their genomic & cDNAs obtained from skin fibroblasts. They turned out to be compound heterozygotes carrying each of 851del4, IVS11+1G>A, and IVS13+1G>A. Three CTLN2 patients were identified. Two adult male patients presented with a sudden loss of consciousness, seizure, vomiting, hyperammonemia and citrullinemia in their twenties. They carried an IVS13+1G>A, 851del4, and IVS11+1G>A mutant alleles. The other CTLN2 patient was 52 year old female patient, manifesting lethargy, altered consciousness, irritability and hyperammonemia. Similar clinical symptoms had recurred at the delivery of first and second babies in her past medical history. She was managed by hemodialysis and survived with neurological sequellae. Also, we screened the presence of 9 common mutations in 500 Korean newborns using dried blood spot of filter papers. Only a allele carried 854del4 mutation. In conclusion, the entire picture of citrin deficiency in Korea including incidence, genotype, clinical features and natural courses, is still vague at the present time.

• Molecules and Cells
• /
• 제23권2호
• /
• pp.246-251
• /
• 2007

Osteoporosis is a common metabolic bone disease characterized by low bone mineral density (BMD) with an increased risk of fracture. Low bone mass results from an imbalance between bone formation by osteoblasts and bone resorption by osteoclasts. Microphthalmia-associated transcription factor (MITF) plays a critical role in osteoclast development and thus is an important candidate gene affecting bone turnover and BMD. In order to investigate the genetic effects of MITF variations on osteoporosis, we directly sequenced the MITF gene in 24 Koreans, and identified fifteen sequence variants. Two polymorphisms (+227719C > T and +228953A > G) were selected based on their allele frequencies, and then genotyped in a larger number of postmenopausal women (n = 560). Areal BMD ($g/cm^2$) of the anterior-posterior lumbar spine and the non-dominant proximal femur was measured by dual-energy X-ray absorptiometry. We found that the MITF + 227719C > T polymorphism was significantly associated with low BMD of the trochanter (p = 0.005-0.006) and total femur (p = 0.02-0.03) (codominant and dominant models), while there was no association with BMD of the lumbar spine. The MITF+228953A > G polymorphism was also associated with low BMD of the femoral shaft (p = 0.05) in the recessive model. Haplotype analysis showed that haplotype 3 of the MITF gene (MITF-ht3) was associated with low BMD of the trochanter (p = 0.03-0.05) and total femur (p = 0.05) (dominant and codominant models). Our results suggest that MITF variants may play a role in the decreased BMD of the proximal femur in postmenopausal women.

• Genomics & Informatics
• /
• 제7권4호
• /
• pp.187-194
• /
• 2009

Cytochrome P450 2E1 (CYP2E1) is a member of the cytochrome P450 superfamily, and it is a key enzyme responsible for the metabolic activation of many smallmolecular-weight compounds such as alcohol, which is classified as a human carcinogen. In this study, we identified 19 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in CYP2E1 in Korean population. In these SNPs, we examined possible genetic association of CYP2E1 polymorphisms with HBV clearance and the risk of hepatocellular carcinoma (HCC). Five common polymorphic sites were selected, CYP2E1 polymorphisms at rs381-3867, rs3813870, rs2070673, rs2515641 and rs2480257, considering their allele frequencies, haplotype-tagging status and LDs for genotyping in larger-scale subjects (n=1,092). Statistical analysis demonstrated that CYP2E1 polymorphisms and haplotypes show no significant association with HBV clearance, HCC occurrence and onset age of HCC (p>0.05). Previous studies, however, have shown contradictory findings on associations of CYP2E1 polymorphisms with CYP2E1 activities and HCC risk. Comparing the contrasting results of previous researches suggest that CYP2E1 polymorphism is associated with CYP2E1 activity induced by ethanol, but is not directly associated with HCC risk. CYP2E1 variation/haploype information identified in this study will provide valuable information for future studies on CYP2E1.

• Journal of Preventive Medicine and Public Health
• /
• 제42권1호
• /
• pp.1-4
• /
• 2009

Objectives : Isolated cleft lip with or without cleft palate(CL/P) is among the most common human birth defects, with a prevalence of approximately 1 in 700 live births. The B-Cell Leukemia/lymphoma 3(BCL3) gene has been suggested as a candidate gene for CL/P based on association and linkage studies in some populations. This study tests for an association between markers in BCL3 and isolated, non-syndromic CL/P using a case-parent trio design, while considering parent-of-origin effects. Methods : Forty case-parent trios were genotyped for two single nucleotide polymorphisms(SNPs) in the BCL3 gene. We performed a transmission disequilibrium test(TDT) on individual SNPs, and the FAMHAP package was used to estimate haplotype frequencies and to test for excess transmission of multi-SNP haplotypes. Results : The odds ratio for transmission of the minor allele, OR(transmission), was significant for SNP rs8100239(OR=3.50, p=0.004) and rs2965169(OR=2.08, p=0.027) when parent-of-origin was not considered. Parentspecific TDT revealed that SNP rs8100239 showed excess maternal transmission. Analysis of haplotypes of rs2965169 and rs8100239 also suggested excess maternal transmission. Conclusions : BCL3 appears to influence risk of CL/P through a parent-of-origin effect with excess maternal transmission.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제32권7호
• /
• pp.939-948
• /
• 2019

Objective: Extension and Agouti loci play a key role for proportions of eumelanin and pheomelanin in determining coat color in several species, including goat. Mongolian goats exhibit diverse types of coat color phenotypes. In this study, investigation of the melanocortin 1 receptor (MC1R) coding region in different coat colors in Mongolian goats was performed to ascertain the presence of the extension allele. Methods: A total of 105 goat samples representing three goat breeds were collected for this study from middle Mongolia. A 938 base pair (bp) long coding region of the MC1R gene was sequenced for three different breeds with different coat colors (Gobi Gurwan Saikhan: complete black, Zalaa Jinstiin Tsagaan: complete white, Mongolian native goat: admixture of different of coat colors). The genotypes of these goats were obtained from analyzing and comparing the sequencing results. Results: A total of seven haplotypes defined by five substitution were identified. The five single nucleotide polymorphisms included two synonymous mutations (c.183C>T and c.489G>A) and three missense (non-synonymous) mutations (c.676A>G, c.748T>G, and c.770T>A). Comparison of genotypes frequencies of two common missense mutions using chi-sqaure ($x^2$) test revealed significant differences between coat color groups (p<0.001). A logistic regression analysis additionally suggested highly significant association between genotypes and variation of black versus white uniform combination. Alternatively, most investigated goats (60.4%) belonged to H2 (TGAGT) haplotype. Conclusion: According to the findings obtained in this study on the investigated coat colors, mutations in MC1R gene may have the crucial role for determining eumelanin and pheomelanin phenotypes. Due to the complication of coat color phenotype, more detailed investigation needed.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제15권1호
• /
• pp.369-374
• /
• 2014

Background: Colorectal cancer (CRC) is the fourth most common cause of cancer death in the world. Genetic variants in 8q24.21 including rs10505477 and rs6983267 have been hypothesized to be involved in susceptibility to CRC. This study aims to investigate the possible association between these loci and their haplotypes with CRC risk in Iranian population. Materials and Methods: Subjects were recruited from two hospitals in Tehran. The rs10505477 and rs6983267 polymorphisms were genotyped by TaqMan real time PCR using subject genomic DNA, extracted either from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue of patients or from blood of the controls by standard methods. Results: A total of 715 subjects (380 CRC patients and 335 matched controls) were genotyped in this study. Allele and genotype analysis of the rs10505477 and rs6983267 polymorphisms by gender, age at diagnosis, tumor location, tumor grade, and tumor node metastasis (TNM) showed no significant association with CRC risk. There was a significant relationship between GG haplotype and susceptibility to age at diagnosis for both <60 and ${\geq}60$ (p=0.0005 and p=0.000004, respectively) and between GT and CRC in the age at diagnosis ${\geq}60$ (Table 3: p=0.031). The GG haplotype was less frequent in CRC patients with the age at diagnosis <60, but was more common in subjects with the age at diagnosis ${\geq}60$. Conclusions: Results of this study suggests that the rs6983267 and rs10505477 polymorphisms alone may not be relevant to CRC risk, but their GG haplotype plays a notable role in age at diagnosis of CRC in the Iranian population.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제65권6호
• /
• pp.487-494
• /
• 2008

연구배경: p53 유전자의 돌연변이가 모든 조직형의 폐암에서 가장 흔한 유전적 이상으로 알려져 있다. 이전의 연구에도 불구하고, 폐암 조직에서 p53 단백질의 과발현과 생존과의 관계에 대해서는 아직도 논란이 있다. 본 연구의 목적은 수술로 절제한 병리학적 병기 1기인 비소세포폐암 환자에서 p53 단백질 과발현과 관련된 임상적 특징을 평가하고, p53 단백질 과발현과 예후와의 관계를 평가하는 것이다. 방 법: 본 연구는 삼성서울병원에서 2003년 1월부터 2004년 6월까지 폐암으로 치료 받은 환자 중 병리학적 병기 제 1기의 비소세포폐암 환자를 대상으로 한 후향적 연구이다. 폐암 환자의 종양 조직을 이용하여 p53 단백질에 대한 면역조직화학 염색이 시행되었다. 성별, 연령, 흡연력, 조직형 및 병기 등의 임상적 특징들에 따른 p53 과발 현 여부를 단변량 및 다변량 분석으로 평가하였다. 한편, p53의 과발현 여부에 따른 DFS, DSS 및 OS은 Kaplan-Meier 방법으로 평가하였고, 군간 비교는 log-rank test를 이용하였다 결 과: 125명의 연구 대상 환자에서 p53 면역 염색양성 종양 세포 빈도의 중앙값은 10%였다. 편평세포암에서 p53 과발현(${\geq}10%$)의 빈도가 66%로 선암의 38%보다 통계적으로 유의하게 증가되어 있었다(p=0.002). 병리학적 병기가 IB인 경우 p53 과발현의 빈도가 59%로 IA의 38%보다 증가되어 있었다(p=0.024). 흡연의 기간은 p53이 과발현 된 경우(27년)에 그렇지 않은 경우(20년)보다 통계적으로 유의하게 길었다(p=0.032). 25갑년 이상의 흡연력도 p53이 과발현 된 경우(58%)에 그렇지 않은 경우(38%)보다 더 흔하게 관찰되었다(p=0.024). 다변량 분석에서 p53 과발현과 관련된 인자는 편평세포암의 조직형뿐인 것으로 평가 되었다(p=0.002). 한편, p53 과발현 여부에 따른 DFS, DSS 및 OS의 차이는 없었으며, 편평세포암과 선암의 세부 군 분석에서도 생존의 차이는 없었다. 결 론: 수술로 절제한 제 1기 비소세포폐암 조직에서 면역조직화학 염색으로 평가한 p53 과발현은 조직형, 병기 및 흡연력과 관련이 있었고, 다변량 분석에서 조직형만이 p53 과발현과 관련된 독립적 인자였다. 하지만, p53 과발현과 환자의 생존과는 관련이 없었다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제45권7호
• /
• pp.884-890
• /
• 2002

목 적 : Henoch-Schonlein purpura(이하 HSP) 신염은 HSP 환자의 약 25-50%에서 발생하여, 소아 연령에서 발생하는 사구체 신염의 중요한 원인 중의 일부를 차지하고 있다. 저자들은 HSP 환자들을 대상으로 하여 신장의 침범이 있는 군과 없는 군으로 분류하여 양군 사이에 ACE 유전자 다형성의 분포에 차이가 있는지를 조사하고, HSP 신염 환자군을 대상으로 ACE 유전자 다형성이 임상양상과 특히 단백뇨와 관련이 있는 지를 조사하였다. 방 법 : 1996년 1월부터 2001년 6월까지 부산백병원 소아과를 방문하여 Henoch-Schonlein purpura로 진단된 61명의 환자를 대상으로 하였다. 이들 중 신장의 침범이 확인된 환자는 33명이었다. ACE 유전자형은 PCR로 측정하였다. 결 과 : 1) ACE 유전자형의 분포는 Henoch-Schonlein purpura(HSP)군에서 DD형이 25%, ID형이 50%, 그리고 II형이 25%이었다. HSP 신염군에서는 DD형이 24%, ID형이 46%, II형이 30%으로 HSP 신염군과 HSP군 사이에는 유전자형 분포의 유의한 차이는 없었다(P=0.90). 2) HSP 신염군에서 각각의 유전자형에 따른 심한 현미경적 혈뇨(>many/HPF), 단백뇨의 동반, 사구체 여과율, 혈청 알부민, 혈청 크레아티닌치 등은 초기와 추적 관찰 후의 검사 모두에서 유전자형에 따른 유의한 차이가 없었다. 3) 단백뇨의 발생빈도와 24시간 채집뇨의 단백량은 유전자형에 따른 유의한 차이는 없었다. 중등도 이상의 단백뇨(${\geq}500mg/m^2/day$)를 가진 경우도 유전자 형에 따른 유의한 차이가 없었다. DD형과 ID형을 합하여 II형과 비교분석을 하였을 때, DD+ID형에서 초기와 추적 관찰 후 단백뇨의 발생빈도, 그리고 24시간 채집뇨 단백량은 II형에 비해 높은 경향을 나타내었으나 통계적으로 유의하지 않았다. 중등도 이상의 단백뇨(${\geq}500mg/m^2/day$)를 가진 경우도 DD+ID형의 경우 II형에 비해 높았으나 통계적으로 유의하지 않았다. 결 론 : 본 연구에서 소아 HSP 신염 환자에서 ACE 유전자형의 분포는 HSP 환자 군과 유의한 차이가 없었다. DD 혹은 ID형의 경우 II형에 비해 단백뇨의 빈도나 24시간 채집뇨의 단백량이 높은 경향을 보였으나 통계적으로 유의하지 않았다. HSP 신염에서 ACE 유전자 다양성의 영향을 보다 정확하게 확인하기 위해서는 장기간의 추적 관찰이 필요하리라 생각된다.

• Childhood Kidney Diseases
• /
• 제8권1호
• /
• pp.10-17
• /
• 2004

목 적 : HSP 사구체 신염은 소아 만성 사구체신염의 흔한 원인이다. 본 연구에서는 HSP 환자들을 신장 침범이 있는 군과 없는 군으로 분류, 양 군 사이에 AGT 유전자의 235번 아미노산이 methionine에서 threonine으로 치환되는 AGT M235T 유전자 다형성의 분포에 차이가 있는지를 조사하고, HSP 신염 환자군을 대상으로 AGT M235T 유전자 다형성이 임상양상과 관련이 있는지를 조사하였다. 방 법 : 1996년 1월부터 2001년 6월까지 부산백병원 소아과를 방문하여 HSP로 진단된 61명의 환자를 대상으로 하였다. AGT M235T 유전자형은 PCR로 측정하였다. 결 과 : 1) AGT M235T 유전자형의 분포는 HSP군에서 MM형이 75%, MT형이 25%, 그리고 TT형이 0%이었다. HSP 신염군에서는 MM형이 64%, MT형이 36%, TT형이 0%으로 HSP 신염군과 HSP 군 사이에 유전자형 분포의 유의한 차이는 없었다. 2) HSP 신염군에서 각각의 유전자형에 따른 단백뇨의 동반, 사구체 여과율, 혈청 알부민, 혈청 크레아티닌치 등은 초기와 추적 관찰 후의 검사에서 유전자형에 따른 유의한 차이가 없었다. 추적기간 동안 말기 신부전으로 진행되어 신장이식을 받은 1명은 MT형이었으며 나머지 환자는 모두 정상 신기능을 유지하였고, 고혈압의 발생도 관찰되지 않았다. 3) 24시간 채집뇨의 단백량은 초기와 추적관찰 후 각각 MT형이 MM형에 비해 높은 경향을 나타내었으나, 통계적으로 유의하지 않았다(P=0.3529, P=0.8469). 중등도 이상의 단백뇨(≥500 $mg/m^2/day$)를 가진 경우도 초기와 추적 관찰 후 각각 MM형에서 29%, 20%, MT형에서 42%, 36%로 MT형이 MM형에 비해 높은 경향을 나타내었으나, 통계적으로 유의하지 않았다. 결 론 : 본 연구에서 소아 HSP 신염 환자에서 AGT M235T 유전자형의 분포는 HSP 환자군과 유의한 차이가 없었다. 본 연구의 경우 추적 관찰기간은 평균 25개월이므로 보다 정확한 HSP 신염에 대한 AGT 유전자 다형성의 영향을 확인하기 위해서는 보다 많은 증례를 대상으로 하여 장기간의 추적 관찰이 필요하리라 생각한다.