• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.76.2-77
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• 2003

The complete nucleotide sequences of genomic RNA of an isolate of soybean mosaic virus (SMV-CN18), which has ability to overcome Rsv resistance of soybean, have been determined. A large open reading frame encodes a polyprotein of 3068 amino acids with a predicted Mr of 350 kDa. Based on comparison with the proposed cleavage site of other potyviral polyproteins, nine mature proteins are predicted as a following order, P1, HC-Pro, P3, CI, 6K, VPg, NIa, NIb and coat protein (CP). The mature proteins of the strain share various amino acid identity with known SMV-G2, -G7 and -N strain, with the greatest variability occurring in the P1 (91 ％, 88 ％, 96％)and the lowest variability in the CP (100 ％, 99 ％, 100 ％). In addition, 5' untranslated region determined by 5' RACE is much more various than any coding regions. Difference in amino acid sequences throughout the genome is discussed in relation to resistance and susceptibility of soybean cultivars to SMV-CNl8.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.115.2-116
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• 2003

Complete genomic nucleotide sequence of Daphe virus S (DVS), a member of the genus Carlavirus, causing leaf distortion and chlorotic spot disease symptoms in daphne plants, has been determined in this study. The genome of DVS contained six open reading fames coding for long viral replicase, triple gene block, 36 kDa viral coat protein (CP) and 12 kDa from the 5' to 3' ends, which is a typical genome structure of carlaviruses. Two Korean isolates of DVS isolates were 98.1％ and 93.6％ amino acid identical in the CP and 12kDa, respectively. The CP gene of DVS shares 25.2-55.2％ and 42.9-56.1％ similarities with that of 19 other carlaviruses at the amino acid and nucleotide levels, respectively. The 3'-proximal 12 kDa gene of DVS shares 20.2-57.8％ amino acid identities with that of 18 other members of the genus. The 3' noncoding region of DVS consists of 73 nucleotides with long excluding poly A tract, and shares 69.1-77.1％ identities to the known carlaviruses. In the phylogenetic analyses of the two proteins, DVS was closely related to Helenium virus S and Chrysanthemum virus B. This is the first complete sequence information for the DVS, and further confirms the classification of DVS as a distinct species of the genus Carlavirus.

• Applied Biological Chemistry
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• 제38권1호
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• pp.49-54
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• 1995

한국 마늘에 감염된 바이러스의 종류와 병 발생 메카니즘을 구명하기 위하여, 마늘 바이러스 cDNA clone들을 분리하였다. 24개 cDNA clone들의 부분적인 염기 서열을 결정하였고, 이 중 poly(A) tail을 가진 5개 clone들의 염기 서열을 결정하였다. 이를 이미 알려진 다른 식물 바이러스와 비교했을 때, clone V9은 일차구조가 carlavirus와 유사성을 보이므로 GLV cDNA clone으로 여겨진다. Northern blot 결과로부터 GLV genome의 크기는 8.5 knt이고, poly(A) tail을 가지고 있다는 것을 알 수 있었다. clone V9의 3' 말단부분에는 바이러스 복제과정에서 cis-acting element로 작용한다고 여겨지는 hexanucleotide motif(5'-ACCUAA)가 존재한다. 또한 carlavirus의 껍질 단백질 subgenomic RNA의 5' 말단에 보존되어 있는 5'-TTAGGT도 나타난다. 이들은 모두 carlavirus의 특징들이다. 껍질 단백질 유전자를 pRSET-A 발현 벡터에 재조합하고, E. coli BL21에서 발현시켰다. 발현된 껍질 단백질을 $Ni^{2+}$ NTA affinity chromatography에 의해 정제하였다. 껍질 단백질을 토끼에 주사하여 항체를 만든 후, immunoblot을 한 결과 GLV 껍질 단백질에 해당하는 24 kDa polypeptide가 인지되었다. 또한 다양한 마늘 품종에 대해서 immunoblot을 한 결과, GLV 껍질 단백질의 크기와 GLV의 감염정도가 마늘 품종에 따라서 차이가 있다는 것을 알 수 있었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제36권6호
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• pp.618-627
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• 2020

Although limited progress have been made about pathogen system of Hibiscus rosa-sinensis and Hibiscus latent Fort Pierce virus (HLFPV), interaction between plant host and pathogen remain largely unknown, which led to deficiency of effective measures to control disease of hibiscus plants caused by HLFPV. In this study, infection of HLFPV in Hibiscus rosa-sinensis was firstly confirmed for the first time by traditional electron microscopy, modern reverse transcription polymerase chain reaction and RNA-seq methods in China (HLFPV-Ch). Sequence properties analyzing suggested that the full-length sequences (6,465 nt) of HLFPV-Ch had a high sequence identity and a similar genomic structure with other tobamoviruses. It includes a 5'-terminal untranslated region (UTR), followed by four open reading frames encoding for a 128.5-kDa replicase, a 186.5-kDa polymerase, a 31-kDa movement protein, 17.6-kDa coat protein, and the last a 3'-terminal UTR. Furthermore, HLFPV-Ch-derived virus-derived siRNAs (vsiRNAs) ant its putative target genes, reported also for the first time, were identified and characterized from disease Hibiscus rosa-sinensis through sRNA-seq and Patmatch server to investigate the interaction in this pathogen systems. HLFPV-Ch-derived vsiRNAs demonstrated several general and specific characteristics. Gene Ontology classification revealed predicted target genes by vsiRNAs are involved in abroad range of cellular component, molecular function and biological processes. Taken together, for first time, our results certified the HLFPV infection in China and provide an insight into interaction between HLFPV and Hibiscus rosa-sinensis.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.114.1-114
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• 2003

A new isolate of rod-shaped virus was identified from grafted cactus, Gymnocalycium mihanovichii grafted onto Hylocereus trigonus, in Korea. The virus proved to be a new Tobamovirus and called previously as Tobamovirus-Ca for which we suggest the name Cactus mild mottle virus(CMMoV), because it produced systemic mild mosaic symptoms on its original host. CMMoV is distantly related to known species of the genus Tobamovirus on the basis of host range, serological and sequence analyses. Western blot analysis showed that CMMoV is serologically unrelated to Summons' Opuntia virus which is the only known species of the genus found in cactus plants. The 3'-terminal 2,910 nucleotides have been sequenced for the virus. The coat protein (CP) and movement protein (MP) genes encode 161 and 306 amino acids residues, respectively. The nucleotide and amino acid sequences of the CP were 39.6 ％ to 49.2 ％ and 26.4 ％ to 40.3 ％ identical to other tobamoviruses, respectively. The MP and 3' noncoding region shared 16.3 ％ to 23.3 ％ and 44.6 ％ to 63.4 ％ identities, respectively, with the members of the genus. Phylogenetic tree analysis of the CP gene revealed that CMMoV clusters with members of subgroup I of Tobamovirus. CMMoV particles contained genomic RNA along with two subgenomic RNAs, and this characteristics is common in the members of the subgroup II. This is the first information of sequence and comparative analysis of a Tobamovirus that infects cactus.

• 식물병연구
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• 제22권4호
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• pp.289-292
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• 2016

JYMV에 감염된 마는 잎과 엽맥에 부정형의 황화증상을 나타내었고, 마 주산단지인 경북 안동지역에서 조사한 결과 33.6%-40.8%의 감염률을 나타냈다. 마에 발생하는 JYMV 분리주 BRI 게놈의 polyprotein을 코딩하는 영역에 대한 염기서열을 결정하고 이를 JYMV isolate BRI로 명명하고 GenBank에 KU309315로 유전자 등록을 하였으며, 외피단백질 영역에 대한 유연관계 분석에서 대부분의 일본이나 중국과 분리주와는 다른 유연관계를 보이는데 이것은 분화 과정 중에 나타나는 변이주 가능성이 제시되나 추후 광범위한 조사를 통한 정밀한 분석이 필요하다.

• 식물병연구
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• 제15권3호
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• pp.170-174
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• 2009

국내의 복숭아 과수원 중에 충북 음성지역의 유명 품종에서 약한 모자이크증상 잎으로부터 Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV)를 분리 동정하였다. 지표식물을 이용한 생물검정에서 Cucumis sativus의 접종 자엽에 원형모양의 반점이 관찰되었으며 상엽으로 전이되어 모자이크와 잎기형 증상을 나타내다가 고사하는 것으로 나타났다. 접종한 Chenopodium quinoa 접종엽과 상엽에도 모틀증상을 나타내었다. 목본 지표식물 Prunus persica GF305를 활용한 검정에서는 바이러스 감염된 줄기의 눈을 인위적으로 접종한 지 3개월 후에 잎에 라인 패턴의 모자이크 증상을 관찰할 수 있었다. 인위접종한 Cucumis sativus 잎조직의 세포 검경에서 parenchyma cells과 plasmodesmata 내에 존재하는 구형 바이러스 입자가 관찰되었다. PNRSV의 외피단백질 유전자 분석을 위해 RT-PCR 진단 프라이머와 조건을 설정하고 분석한 결과 675bp 위치에서 특이적으로 증폭된 것을 확인할 수 있었다. 또한 증폭산물을 회수하여 염기서열 분석한 결과 기 보고된 4개의 PNRSV isolate와 93.9~94.7%의 유전적 상동성을 보였다. 결론적으로 복숭아 과수원에서 분리한 바이러스주의 생물적 특성과 유전자 분석결과를 종합하여 Ilarvirus에 속하는 PNRSV인 것으로 최종 동정하였다.