• 제목/요약/키워드: cluster coefficient

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Genetic diversity analysis in Chinese miniature pigs using swine leukocyte antigen complex microsatellites

  • Wu, Jinhua;Liu, Ronghui;Li, Hua;Yu, Hui;Yang, Yalan
    • Animal Bioscience
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    • 제34권11호
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    • pp.1757-1765
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    • 2021
  • Objective: The swine leukocyte antigen (SLA) gene group, which is closely linked and highly polymorphic, has important biomedical significance in the protection and utilization of germplasm resources. However, genetic polymorphism analyses of SLA microsatellite markers in Chinese miniature pigs are limited. Methods: Eighteen pairs of microsatellite primers were used to amplify the SLA regions of seven miniature pig breeds and three wild boar breeds (n = 346) from different regions of China. The indexes of genetic polymorphism, including expected heterozygosity (He), polymorphic information content (PIC), and haplotype, were analyzed. The genetic differentiation coefficient (Fst) and neighbor-joining methods were used for cluster analysis of the breeds. Results: In miniature pigs, the SLA I region had the highest numbers of polymorphisms, followed by the SLA II and SLA III regions; the region near the centromere had the lowest number of polymorphisms. Among the seven miniature pig breeds, Diannan small-ear pigs had the highest genetic diversity (PIC value = 0.6396), whereas the genetic diversity of the Hebao pig was the lowest (PIC value = 0.4330). The Fst values in the Mingguang small-ear, Diannan small-ear, and Yunnan wild boars were less than 0.05. According to phylogenetic cluster analysis, the South-China-type miniature pigs clustered into one group, among which Mingguang small-ear pigs clustered with Diannan small-ear pigs. Haplotype analysis revealed that the SLA I, II, and III regions could be constructed into 13, 7, and 11 common haplotypes, respectively. Conclusion: This study validates the high genetic diversity of the Chinese miniature pig. Mingguang small-ear pigs have close kinship with Diannan small-ear pigs, implying that they may have similar genetic backgrounds and originate from the same population. This study also provides a foundation for genetic breeding, genetic resource protection, and classification of Chinese miniature pigs.

한국산 Sedum속 식물의 형태적 특성과 RAPD에 의한 유연관계 분석 (Genetic Relationship among Sedum Species Based on Morphological Characteristics and RAPD Analysis)

  • 권순태;정정학
    • 원예과학기술지
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    • 제17권4호
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    • pp.489-493
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    • 1999
  • 한국에 자생하고 있는 Sedum속 12종 15계통에 대하여 형태적 특성을 조사하여 화훼자원으로의 이용가능성을 탐색하고, 수집종들 간의 유연관계를 RAPD방법으로 조사한 결과는 다음과 같다. 기린초와 섬기린초는 황색의 꽃이 화총(花叢)을 이루면서 화려하게 피므로 화단용(花壇用)으로, 큰꿩의비름은 분홍색의 화색이 둥글게 모여 피며 화총이 아름다우면서 잎 모양이 독특하여 분화(盆花) 또는 화단용(花壇用)으로, 돌나물, 바위채송화 및 땅채송화 등은 포복형이면서 초장이 낮아 지피식물(地被植物) 및 화단용(花壇用)으로 이용 가능성이 있을 것으로 생각된다. 18개의 임의 primer를 이용하여 15계통을 RAPD분석한 결과 총 125개 밴드 중 95개의 다형성 밴드를 얻을 수 있었으며, 증폭된 DNA단편들의 크기는 224~3,675bp 사이였다. RAPD 결과 유연계수 0.418에서는 수집한 Sedum속 식물이 3개 군으로 분류되었으며, 유연계수 0.328에서는 총 12개의 종으로 분류되었다. 제I군에는 기린초, 가는기린초 및 섬기린초, 제II군은 꿩의비름, 큰꿩의비름, 새끼꿩의비름 및 둥근잎꿩의비름, 제III군은 돌나물, 바위채송화, 땅채송화로 분류되었다. 본 연구 결과 RAPD 분석에 의한 종간 유연관계가 형태적 특성에 의한 것과 대체로 유사하게 나타났다.

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부산지역에서 분리한 레지오넬라균에 대한 PFGE를 이용한 molecular typing (Molecular Typing of Legionella pneumophila Isolated in Busan, Using PFGE)

  • 박은희;김미희;김정아;한난숙;이주현;민상기;박연경;진성현;정구영;빈재훈
    • 생명과학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.161-168
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    • 2005
  • 2001년부터 2003년까지 부산지역의 냉각탑수에서 분리한 L. pneumophila (serogroup 1) 39균주에 대해 제한효소 SfiI 처리한 경우 PFGE 양상은 dice coefficient $<65\%$의 유사성을 가진 band를 Awl로 10개의 pulsotype으로 나누었고, 가장 많았던 유형은 E pulsotype으로 39주중 18주로 $46.2\%$를 나타내었으며, 그 외 A pulsotype $17.9\%$, C pulsotype $15.4\%$, F pulsotype $7.7\%$ 및 B, D, G, H, I, J pulsotype이 각각 $2.6\%$로 유전적 양상이 다양하였다. 제한효소 NotI 처리한 경우 PFGE 양상은 dice coefficient $<60\%$의 유사성을 가진 band를 $a\~h$로 8개의 pulsotype으로 나누었고, 가장 많았던 유형은 f pulsotype이 $38.5\%$였으며 그 외 d pulsotype $20.5\%$, e pulsotype $17.9\%$, a pulsotype $10.3\%$, h pulsotype $7.7\%$ 및 b, c, g pulsotype이 각각 $2.6\%$를 차지하였다. 본 연구를 통하여 부산지역에서 분리되는 레지오넬라균에 대한 유전자 유형분석 결과를 데이터베이스화하여, 레지오넬라증의 집단 발생 또는 산발적인 질병 발생이 있을 경우 분자학적 측면에서 사람과 환경에서 분리된 균으로부터 감염원과 감염경로를 규명하는 역학적인 도구로써 이용 가능할 것으로 사료되었다.

초위성 마커를 이용한 감(Diospyros kaki Thunb.)의 유연관계 분석 (Evaluation of Genetic Diversity among Persimmon Cultivars (Diospyros kaki Thunb.) Using Microsatellite Markers)

  • 황지현;박여옥;김성철;이용재;강점순;최영환;손병구;박영훈
    • 생명과학회지
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    • 제20권4호
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    • pp.632-638
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    • 2010
  • 총 20개의 감 SSR primer set을 사용하여 완전단감(PCNA) 12품종, 불완전단감(PVNA) 13품종, 불완전 떫은감(PVA) 15품종, 완전 떫은감(PCA) 8품종 등, 총 48개 유전자원의 유전적 연관성을 분석하였다. 획득된 114개의 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과 48개 품종들은 크게 2개의 그룹(cluster)으로 나뉘어졌으며, 제 1 cluster는 다시 4개의 subcluster를 형성하였다. 이는 탈삽의 특성을 기준으로 분류한 품종군과 대체로 일치 함을 알 수 있고, 품종군간의 유연관계에 있어서는 완전단감군은 불완전 단감군과, 그리고 완전 떫은감은 불완전 떫은감군과 유연관계가 더욱 높은 것으로 관찰되었다. 평균 유사도의 값은 0.499였고 품종간 가장 높은 유사도 값(0.954)를 나타낸 것은 '청도반시'와 '함안반시'였고, 가장 낮은 유사도 값(0.192)를 나타낸 것은 '대마반'과 '애탕'이었다. 본 연구에 사용된 2SSR primer 들은 유럽 감품종으로부터 개발되어 보고되었지만, 일본 및 국내 품종의 연구에서도 효과적으로 사용될 수 있었고, 이들 마커들을 통해, 48개 품종 중 청도반시(Cheongdo-Bansi)와 경산반시(Gyeongsan-Bansi)를 제외한 모든 품종간 구별이 가능하였다. 이는 향후 신품종 개발시 품종보호를 위한 품종 특이적 마커로 효율적으로 사용될 수 있음을 보여준다.

과수원(果樹園)의 잡초발생(雜草發生)과 제초제유형(除草劑類型) (단제(單劑) 및 혼제(混劑))별(別) 살초특성(殺草特性)의 비교연구(比較硏究) (Weed Emergence in Orchard and Comparison of Weeding Performance of Some Orchard-Herbicides (Single and Mixture Products))

  • 구자옥;조용우;이영만
    • 한국잡초학회지
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    • 제6권1호
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    • pp.85-96
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    • 1986
  • 평지(平地) 성목원(成木園)과 경과지(傾科地) 유목원(幼木園)의 2개 과수원에서 Paraquat, Glyphosate, Oxyfluorfen, Napropamid 및 Ustinex 등 5종(種)의 과수원용 제초제를 공시하여, 잡초의 발생특성과 제초제를 인한 잡초생태형별(雜草生態型別) 과별(科別) 발생특성의 변동양상을 조사하고, 이를 근거로 잡초 및 제초제의 유사군분류(類似群分類)를 함으로써 새로운 제초제조합(除草劑組合) 모형화(模型化)의 다음 기초자료를 얻었다. (1) 과수원의 발생초종은 7생태형, 23과, 45종으로 일년생과 다년생의 분포는 각각 24종과 22종이었다. (2) 출현빈도가 높은 잡초종이 대부분 높은 현존량을 보임으로써 출현빈도가 잡초문제의 근간을 형성하는 경향이었다. (3) Paraquat은 속효 속재생성과 하계 일년생으로의 천이경향(遷移傾向)을, Glyphosate는 다년생 잡초의 탁월한 방제특성을, Napropamid는 잡초발생전의 토양 잔류성을, Oxyfluorfen은 하계일년생과 지중형 반지중형의 일부 다년생의 방제특성을 나타내는 각각의 장단점을 보였고, Ustinex는 혼합제로서의 다양한 초종 안정적인 제초효과를 보였다. (4) 제초제별 감수성반응에 따른 잡초를 분류한 결과, 발생빈도반응에서는 3군(群)과 8개(個) 단독과(單獨科)로 분류 되었다. 두 분류 기준에서 공통적으로 단독과(單獨科)로만 분류된 잡초는 산형과(科) 닭이장풀과(科) 화본과(科) 및 마디풀과(科)였다. (5) 제초제는 방제특성에서 상호간의 차이가 독특하게 컸으므로 유사군분류(類似群分類)가 되지 않는 경향이었으며, 비유사성(非類似性)이 큰 조합(組合)은 Paraquat이나 Glyphosate, Napropamid나 Glyphosate와 Napropamid나 Oxyfluorfen의 관계에 있었다.

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행정구역에 기초한 어촌지역의 유형구분과 지역개발방향 (The Classification and Regional Development's Direction of Rural Fishing Area Based on Administrative District)

  • 김정태
    • 농촌계획
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    • 제19권4호
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    • pp.81-93
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    • 2013
  • The selection of land for fishing village development project, and the standard used to classify fishing villages has been determined based on the guidelines developed by fishing village cooperatives. The approach fishing village cooperatives follows is likely to classify fishing villages without first reflecting on the overall development environment of the region, such as other industries and workers in the area. It also acts as a barrier for business promotion or evaluation, because the cooperatives do not match the administrative districts, which are the units of administration, and the main policy enforcement agent in regional development. Against this background, this study aimed to identify categories to situate the development direction, as well as the size and distribution of fishing villages based on eup, myeon, and dong administrative units as defined by the Fishing Villages and Fishery Harbors Act. This study was based on the Census of Agriculture, Forestry, and Fisheries of 2010, and analyzed 826 eups, myeon, and dongs with fishery households using the principal component analysis, and 2-Step cluster analysis methods. Therefore, 95% of the variance was explained using the covariance matrix for types of fishing villages, but it was analyzed as one component focusing on the number and ratio of fishery households, and used the cluster-type analysis, which focused on the sizes of fishing villages. The clusters were categorized into three types: (1) the development type based on the number of fishermen in the eups, myeons and dongs was analyzed as village size (682); (2) administrative district size (121); and (3) total eups, myeons and dongs (23), which revealed that the size of most fishing villages was small. We could explain 73% of the variance using the correlation coefficient matrix, which was divided into three types according to the three principal component scores, namely fishery household power, fishery industry power, and fishing village tourism power. Most fishing villages did not have a clear development direction because all business areas within the region were diversified, and 552 regions could be categorized under the harmonious development type, which is in need of balanced development. The fishery industry type typified by industrial strength included 159 regions in need of an approach based on industrialization of fishery product processing. Specialized production areas, which specialized in producing fishery products, were 115 regions with a high percentage of fishermen. The analysis results indicated that various situations in terms of size and development of fishing villages existed. However, because several regions exist in the form of small village units, it was necessary to approach the project in a manner that directed the diversification of regional development projects, such as places for local residents to relax or enjoy tourism experiences within the region, while considering the overall conditions of the relevant eups, myeons, and dongs. Reinforcement of individual support for fishermen based on the Fisheries Act must take precedence over providing support for fishermen through regional development. In addition, it is necessary to approach the development of fishing villages by focusing on industrializing the processing techniques of fishery products. Areas specialized in the production of fishery products are required to consider the facilities for fisheries production, and must make efforts to increase fishery resources, such as releasing fry.

한국(韓國) 재래종(在來種) 지모(知母)의 특성비교(特性比較)에 따른 유연관계(類緣關係) 분석(分析) (Classification of Korean Native Anemarrhena asphodeloides Bunge by Cluster Analysis)

  • 한승호;박상일
    • 한국약용작물학회지
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    • 제5권4호
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    • pp.266-275
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    • 1997
  • 지모는 야생에서 수집하여 순화재배하고 있는 약용작물로서 근경을 주로 이용하고 있으며 주성분은 사포닌으로서 발한, 진통, 이뇨 등의 약리작용이 있는 것으로 알려져 있다. 본 시험은 전국 각지에서 수집한 지모 재래종 20계통의 작물학적 특성조사로 수집 재래종간 유연관계(類緣關係)를 밝혀 지모의 재래종을 분류하고자 하였다. 1. 화경수, 화축장 등과 같은 화경기관에 관련된 특성들의 변이가 엽장, 근경길이 등 지상부 또는 지하부에 관련된 특성들의 변이 보다 높았다. 2. 지상부 생육이 왕성할수록 화경장, 화경수등 생식기관도 잘 발달되었으나 화경의 발달은 엽의 엽록소함량과 부의 상관관계 를 나타내었다. 3. 지하부 특성은 업의 생육특성보다 화경관련 형질과 상호 관련성 이 높았다. 4. 중심 연결법에 의한 군집 분석결과 크게 2 group으로 분류되었는데 A group은 B group에 비하여 엽수, 화경수가 많고 화경장, 화경직경이 길고 굵으며 지상부 건물중이 무거운 등 지상부 생육이 왕성하였다. 5. A group은 잎의 크기, 화축장 및 화경직경에 의하여 다시 2개군으로 분류되었고 B group은 엽수, 화경수, 지상부 건물중 등에 의하여 2개군으로 분류 되었다.

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시간흐름을 고려한 특징 추출과 군집 분석을 이용한 헬스 리스크 관리 (Health Risk Management using Feature Extraction and Cluster Analysis considering Time Flow)

  • 강지수;정경용;정호일
    • 한국융합학회논문지
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    • 제12권1호
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    • pp.99-104
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    • 2021
  • 본 논문에서는 시간 흐름을 고려한 특징추출과 군집분석을 이용한 헬스 리스크 관리를 제안한다. 제안하는 방법은 세단계로 진행한다. 첫 번째는 전처리 및 특징추출 단계이다. 이는 웨어러블 디바이스를 이용하여 라이프로그를 수집하여 불완전데이터, 에러, 잡음, 모순된 데이터를 제거하며 결측 값을 처리한다. 그 다음 특징추출을 위해 주성분 분석을 통해 중요 변수를 선택하고, 상관계수와 공분산을 통해 데이터 간의 관계와 유사한 데이터들의 분류를 진행한다. 또한 라이프로그에서 추출한 특징을 분석하기 위해 시간의 흐름을 고려하여 K-means 알고리즘을 통해 동적 군집을 진행한다. 새로운 데이터는 오차 제곱합의 증가분을 기반으로 유사성 거리 측정 방법을 통해 군집을 진행하고, 시간의 흐름을 고려하여 군집에 대한 정보를 추출한다. 따라서 특징 군집을 통해 헬스 의사결정 시스템을 이용하여 신체적 특성, 생활습관, 질병여부, 헬스케어 이벤트 발생위험, 예상 정도 등의 요소를 통해 리스크를 관리할 수 있다. 성능평가는 Precision, Recall, F-measure을 사용하여 제안하는 방법과 퍼지방법, 커널기반 방법을 비교한다. 평가결과 제안하는 방법이 우수하게 평가된다. 따라서 제안하는 방법을 통해 유병자와의 유사도를 이용하여 정확한 사용자의 잠재적 건강 위험을 예측 및 적절한 관리가 가능하다.

효소 반응 예측을 위한 유사도 모델 분석 및 구현 (Similarity Model Analysis and Implementation for Enzyme Reaction Prediction)

  • 오주성;나도균;박춘구;정희택
    • 한국전자통신학회논문지
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    • 제13권3호
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    • pp.579-586
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    • 2018
  • 빅데이터에 대한 관심이 증가하면서 데이터로부터 의미 있는 정보의 추출 및 예측은 중요한 연구분야가 되고 있다. 본 연구에서는 신약개발과정에서 필요한 후보약물의 약리적인 활성을 분석하기 위한 데이터를 획득하고 이를 기반으로 의미 있는 예측 분석을 하고자 한다. 신약개발과정에서 대사반응 된 신약후보물질의 약리적인 활성 연구는 신약개발 성공률을 높이기 위해 필요한 단계이다. 본 연구에서, 약용 후보물질의 체내 효소 반응 유무를 예측하기 위해, 유사도 모델들을 적용 분석하였다. 유사도 모델의 군집별 특성을 반영하여 13개의 모델을 선택하여 효소 반응 예측을 수행하였다. 이들 모델들을 민감도와 AUC를 기반으로 비교 평가하였다. 평가 모델들 중, 효소 사이의 반응성을 예측하는데 있어서 Simpson coefficient 모델이 가장 좋은 성능을 보였다. 분석된 유사도 모델 전체를 웹 서비스로 구축하였다. 제안된 모델은 반응정보의 추가에 동적으로 대응 할 수 있으며 신약개발시간 단축 및 비용 절감에 기여할 것으로 여겨진다.

꽃도라지(Eustoma grandiflorum Shinn.) 조직배양시 발생한 변이체의 RAPD 분석 (Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Analysis of the Lisianthus (Eustoma grandiflorum Shinn.) Variants Obtained during Tissue Culture)

  • 정창호;유기원;백기엽
    • 원예과학기술지
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    • 제17권3호
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    • pp.352-354
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    • 1999
  • 꽃도라지(Eustoma grandiflorum) 조직배양시 발생한 5개의 변이체와 모본을 이용하여 PCR 반응으로 나타난 RAPDs 밴드 형태로 유전적인 변이 유무를 확인하려고 하였다. 6개의 분류군은 엽수, 옆모양, 줄기직경, 초장 그리고 옆면적과 같은 형태적인 특징이 달랐다. 실험한 20개의 임의 primers 중에서 모본과 변이체에서 모두 밴드를 나타낸 5개 PCR 반응에서 증폭밴드는 총 34개였으며 64.7%의 다형성을 나타냈다. 밴드의 유무를 코드화하여 NTSYS-PC (ver. 1.5)분석으로 나타난 변이체들의 유전적인 거리값의 차이가 변이체인 5개체와 정상 식물체간 비유사성 계수는 0.72에서 0.91로 밀접한 유사성을 나타냈으며 거리값이 0.79에서 두 그룹으로 나뉘어졌기 때문에 변이체의 형태적인 차이와 거의 일치되는 유전적인 차이를 나타냈다.

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