• 제목/요약/키워드: cluster analyses

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Hycanthone Inhibits Inflammasome Activation and Neuroinflammation-Induced Depression-Like Behaviors in Mice

  • Kyung-Jun, Boo;Edson Luck, Gonzales;Chilly Gay, Remonde;Jae Young, Seong;Se Jin, Jeon;Yeong-Min, Park;Byung-Joo, Ham;Chan Young, Shin
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제31권2호
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    • pp.161-167
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    • 2023
  • Despite the various medications used in clinics, the efforts to develop more effective treatments for depression continue to increase in the past decades mainly because of the treatment-resistant population, and the testing of several hypotheses- and target-based treatments. Undesirable side effects and unresponsiveness to current medications fuel the drive to solve this top global health problem. In this study, we focused on neuroinflammatory response-mediated depression which represents a cluster of depression etiology both in animal models and humans. Several meta-analyses reported that proinflammatory cytokines such as interleukin 6 (IL-6) and tumor necrosis factor-α (TNF-α) were increased in major depressive disorder patients. Inflammatory mediators implicated in depression include type-I interferon and inflammasome pathways. To elucidate the molecular mechanisms of neuroinflammatory cascades underlying the pathophysiology of depression, we introduced hycanthone, an antischistosomal drug, to check whether it can counteract depressive-like behaviors in vivo and normalize the inflammation-induced changes in vitro. Lipopolysaccharide (LPS) treatment increased proinflammatory cytokine expression in the murine microglial cells as well as the stimulation of type I interferon-related pathways that are directly or indirectly regulated by Janus kinase-signal transducer and activator of transcription (JAK-STAT) activation. Hycanthone treatment attenuated those changes possibly by inhibiting the JAK-STAT pathway and inflammasome activation. Hycanthone also ameliorated depressive-like behaviors by LPS. Taken together, we suggest that the inhibitory action of hycanthone against the interferon pathway leading to attenuation of depressive-like behaviors can be a novel therapeutic mechanism for treating depression.

Establishing a pre-mining baseline of natural radionuclides distribution and radiation hazard for the Bled El-Hadba sedimentary phosphate deposits (North-Eastern Algeria)

  • S. Benarous;A. Azbouche;B. Boumehdi;S. Chegrouche;N. Atamna;R. Khelifi
    • Nuclear Engineering and Technology
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    • 제54권11호
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    • pp.4253-4264
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    • 2022
  • Since the implementation of the phosphate project in Bled El-Hadba (BEH) deposit, western region of Tébessa, no detailed study has been conducted to assess the natural radioactivity distribution and the associated radiological risk parameter for this open-pit mine. For the sake of determining a credible premining reference database for the region of interest, 21 samples were collected from different geological layers of the above-mentioned deposit. Gamma Spectrometry was applied for measuring radioactivity using a high resolution HPGe semiconductor detector. The obtained activity results have shown a significant broad variation in the radioactive contents for the different phosphate samples. The total average concentrations (in Bq·kg-1) for 226Ra, 238U, 235U, 232Th and 40K computed for the different type of phosphate layers were found to be 570 ± 169, 788 ± 280, 52 ± 18, 66 ± 6 and 81 ± 18 respectively. The mean activity concentrations of the measured radionuclides were compared to other regional and worldwide deposits. The ratios between the detected radioisotopes have been calculated for spatial distribution of natural radionuclides in the study area. Based on the aforementioned activity concentrations, the corresponding radiation hazard parameters were assessed. Correlations between the obtained parameters were drawn and a multivariate statistical analysis (Pearson Correlation, Cluster and Factor analysis) was carried out in order to identify the existing relationships.

A Heuristic Method of In-situ Drought Using Mass Media Information

  • Lee, Jiwan;Kim, Seong-Joon
    • 한국수자원학회:학술대회논문집
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    • 한국수자원학회 2020년도 학술발표회
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    • pp.168-168
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    • 2020
  • This study is to evaluate the drought-related bigdata characteristics published from South Korean by developing crawler. The 5 years (2013 ~ 2017) drought-related posted articles were collected from Korean internet search engine 'NAVER' which contains 13 main and 81 local daily newspapers. During the 5 years period, total 40,219 news articles including 'drought' word were found using crawler. To filter the homonyms liken drought to soccer goal drought in sports, money drought economics, and policy drought in politics often used in South Korea, the quality control was processed and 47.8 % articles were filtered. After, the 20,999 (52.2 %) drought news articles of this study were classified into four categories of water deficit (WD), water security and support (WSS), economic damage and impact (EDI), and environmental and sanitation impact (ESI) with 27, 15, 13, and 18 drought-related keywords in each category. The WD, WSS, EDI, and ESI occupied 41.4 %, 34.5 %, 14.8 %, and 9.3 % respectively. The drought articles were mostly posted in June 2015 and June 2017 with 22.7 % (15,097) and 15.9 % (10,619) respectively. The drought news articles were spatiotemporally compared with SPI (Standardized Precipitation Index) and RDI (Reservoir Drought Index) were calculated. They were classified into administration boundaries of 8 main cities and 9 provinces in South Korea because the drought response works based on local government unit. The space-time clustering between news articles (WD, WSS, EDI, and ESI) and indices (SPI and RDI) were tried how much they have correlation each other. The spatiotemporal clusters detection was applied using SaTScan software (Kulldorff, 2015). The retrospective and prospective cluster analyses were conducted for past and present time to understand how much they are intensive in clusters. The news articles of WD, WSS and EDI had strong clusters in provinces, and ESI in cities.

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Whole genome sequence analyses of thermotolerant Bacillus sp. isolates from food

  • Phornphan Sornchuer;Kritsakorn Saninjuk;Pholawat Tingpej
    • Genomics & Informatics
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    • 제21권3호
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    • pp.35.1-35.12
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    • 2023
  • The Bacillus cereus group, also known as B. cereus sensu lato (B. cereus s.l.), is composed of various Bacillus species, some of which can cause diarrheal or emetic food poisoning. Several emerging highly heat-resistant Bacillus species have been identified, these include B. thermoamylovorans, B. sporothermodurans, and B. cytotoxicus NVH 391-98. Herein, we performed whole genome analysis of two thermotolerant Bacillus sp. isolates, Bacillus sp. B48 and Bacillus sp. B140, from an omelet with acacia leaves and fried rice, respectively. Phylogenomic analysis suggested that Bacillus sp. B48 and Bacillus sp. B140 are closely related to B. cereus and B. thuringiensis, respectively. Whole genome alignment of Bacillus sp. B48, Bacillus sp. B140, mesophilic strain B. cereus ATCC14579, and thermophilic strain B. cytotoxicus NVH 391-98 using the Mauve program revealed the presence of numerous homologous regions including genes responsible for heat shock in the dnaK gene cluster. However, the presence of a DUF4253 domain-containing protein was observed only in the genome of B. cereus ATCC14579 while the intracellular protease PfpI family was present only in the chromosome of B. cytotoxicus NVH 391-98. In addition, prophage Clp protease-like proteins were found in the genomes of both Bacillus sp. B48 and Bacillus sp. B140 but not in the genome of B. cereus ATCC14579. The genomic profiles of Bacillus sp. isolates were identified by using whole genome analysis especially those relating to heat-responsive gene clusters. The findings presented in this study lay the foundations for subsequent studies to reveal further insights into the molecular mechanisms of Bacillus species in terms of heat resistance mechanisms.

빅데이터를 활용한 메타패션 의미구조 분석에 관한 연구: '메타버스' + '패션디자인' 키워드를 중심으로 (Analysis of Meta Fashion Meaning Structure using Big Data: Focusing on the keywords 'Metaverse' + 'Fashion design')

  • 김지연;이신영
    • 한국의류산업학회지
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    • 제25권5호
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    • pp.549-559
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    • 2023
  • Along with the transition to the fourth industrial revolution, the possibility of metaverse-based innovation in the fashion field has been confirmed, and various applications are being sought. Therefore, this study performs meaning structure analysis and discusses the prospects of meta fashion using big data. From 2020 to 2022, data including the keyword "metaverse + fashion design" were collected from portal sites (Naver, Daum, and Google), and the results of keyword frequency, N-gram, and TF-IDF analyses were derived using text mining. Furthermore, network visualization and CONCOR analysis were performed using Ucinet 6 to understand the interconnected structure between keywords and their essential meanings. The results were as follows: The main keywords appeared in the following order: fashion, metaverse, design, 3D, platform, apparel, and virtual. In the N-gram analysis, the density between fashion and metaverse words was high, and in the TF-IDF analysis results, the importance of content- and technology-related words such as 3D, apparel, platform, NFT, education, AI, avatar, MCM, and meta-fashion was confirmed. Through network visualization and CONCOR analysis using Ucinet 6, three cluster results were derived from the top emerging words: "metaverse fashion design and industry," "metaverse fashion design and education," and "metaverse fashion design platform." CONCOR analysis was also used to derive differentiated analysis results for middle and lower words. The results of this study provide useful information to strengthen competitiveness in the field of metaverse fashion design.

국가별 창업생태계 비교분석 및 시사점 (Comparative Analysis of Entrepreneurial Ecosystems by Country and Implications)

  • 김진철;정상희;신동협;최환석;이승혜
    • 분석과 대안
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    • 제8권2호
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    • pp.117-140
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    • 2024
  • 주요국들이 경제성장과 고용 촉진 등을 도모하기 위해 창업 활성화 정책을 적극적으로 추진하고 있다. 한편, 대한민국의 창업생태계는 코로나 펜데믹 이후 건실한 양적성장을 보여주고 있으나, 전 세계 주요국들과 비교했을 때는 아직 미비한 점들이 지적되고 있다. 이를 바탕으로, 본 연구는 대한민국의 혁신적인 창업생태계 조성과 지속가능한 성장을 위해 국가별 혁신창업 종합지수를 도출하고자 한다. 구체적으로, 먼저 창업 관련 선행연구 분석 및 국가별 창업생태계를 분석한다. 이후, 글로벌기업가정신모니터, 글로벌기업가정신지수, 월드뱅크 등의 자료를 바탕으로 국가별 혁신창업 종합지수를 산출한다. 마지막으로, 산출된 국가별 혁신창업 종합지수를 군집분석을 통해 국가별 유형을 분석하여 한국의 혁신창업 종합지수 유형과 향후 발전 방향을 제시하였다.

국내(國內) 6개(個) 은행(銀杏)나무 식재지(植栽地)에 있어서 I-SSR 변이체(變異體)의 다양성(多樣性) (Diversity of I-SSR Variants in Gingko biloba L. Planted in 6 Regions of Korea)

  • 홍용표;조경진;홍경낙;신은명
    • 한국산림과학회지
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    • 제90권2호
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    • pp.169-175
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    • 2001
  • 6개지역에 식재된 은행나무 182개체의 잎으로부터 DNA를 추출하여 I-SSR과 RAPD 표지자를 분석하였다. 15개 I-SSR primer를 사용하여 PCR을 수행해서 227개의 증폭산물 변이체를 확인하였고, 5개 RAPD primer를 사용하여 67개의 증폭산물 변이체를 확인했다. 6개 집단에 있어서 집단내의 유전적 다양성 정도는 유사한 것으로 나타났다(Shannon's Index, I-SSR : 0.35~0.40; 평균 0.38, RAPD : 0.31~0.38; 평균 0.35, 통합 : 0.35~0.40; 평균 0.37). 3개의 자료(I-SSR 표지자, RAPD 표지자 및 통합 자료)로부터 평가된 유전적 다양성 정도의 등급은 상호간에 일치하지 않았다. 유전적 다양성의 대부분이 집단내 개체간에 존재하는 것으로 나타났으며(I-SSR : 94.31%, RAPD : 93.62%, 통합 : 93.57%), 결과로써 집단간 분화정도는 상당히 낮게 나타났다. 수나무와 암나무 그룹간의 유전적 분화정도는 매우 낮았으며(I-SSR : 0.03, RAPD : 0.091, 통합 : 0.043), 수나무와 암나무들 동시에 채집한 3개 지역만을 대상을 분석했을 경우에는 약간의 변동이 있었다(I-SSR : 0.038, RAPD : 0.084, 통합 : 0.047). UPGMA법을 이용해서 분석한 집단간의 유전적 유연관계는 지리적 거리와 일치하지 않았는데, 이는 몇몇 지역들이 종자 공급원을 공유하고 있기 때문일 것으로 추정된다. I-SSR과 RAPD data를 성별로 재편성해서 유집분석을 수행한 결과, 모든 수나무 집단들과 암나무 집단들이 각각 별개의 성별 분지군을 형성하는 양상을 보였으나, 2개의 data를 통합해서 유집 분석을 수행했을 경우에는 성에 따른 명백한 분지군이 형성되지 않았다.

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컨조인트 분석을 이용한 영유아 김 선택 속성의 상대적 중요도 분석 (Assessing Relative Importance of Laver Attributes for Infants Using Conjoint Analysis)

  • 이호진;이민아;박혜경
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제45권6호
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    • pp.894-902
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    • 2016
  • 본 연구에서는 부모의 영유아(0~36개월) 김의 선택 속성과 수준을 조사 및 분석하고 최적의 영유아 김 속성 및 수준을 도출하여 부모가 가장 선호하는 영유아 김의 속성을 제시함으로써, 향후 영유아 식품 시장에서의 소비자 니즈를 충족시킬 수 있는 차별화된 상품 개발 및 마케팅 전략 구축을 위한 기초자료를 제공하고자 하였다. 이를 위해 FGI(Focus Group Interview) 형태의 예비 조사를 통해 부모가 가장 선호하는 영유아 김의 선택 속성 및 수준을 도출하였으며, 이를 바탕으로 본 조사를 통해 영유아 김 최적 모형 도출을 위한 설문조사 및 분석을 실시하였다. 예비 조사 결과 도출된 영유아 김의 속성은 '인증 종류', '기름 종류', '식감', '조미 종류', '김 장당 사이즈', '풍미'로 구성되었으며, 속성 중 '인증 종류'는 '유기농 인증'과 'HACCP'으로 수준을 구분하였으며, '기름 종류'는 '들기름', '참기름', '올리브유' 3개의 수준으로 구분하였다. 속성 중 '식감'은 '부드러운 식감', '중간 식감', '질긴 식감' 3개의 수준으로 부드러움의 정도를 표시하였으며, '조미 종류'는 '간장', '소금', '무조미' 3개의 수준으로 간의 정도를 구분하였다. 속성 중 '김 장당 사이즈'는 '기존 사이즈'와 '1/2 사이즈'로 수준을 구분하였으며, '풍미' 는 '일반 풍미', '당근 풍미', '양파 풍미' 3개의 수준으로 구분하였다. 따라서 총 6개의 속성과 16개의 수준을 바탕으로 18개의 프로파일을 디자인하여 본 조사를 한 결과 N모델(유기농, 참기름, 부드러운 식감, 무조미, 1/2 사이즈, 일반 풍미)에 대한 선호도가 가장 높은 것으로 나타났다. 또한 영유아 김 선택 속성의 상대적 중요도를 분석한 결과 '조미 종류', '풍미', '식감', '기름 종류', '사이즈', '인증' 순으로 나타났으며, 선택 속성의 수준에 대한 효용값을 살펴보면 '조미 종류' 는 '무조미', '간장 조미', '소금 조미' 순으로 선호하는 것으로 나타났다. '풍미'에 대한 효용값을 살펴보면 '일반 풍미', '양파 풍미', '당근 풍미' 순이며, '식감'의 경우 '부드러운 식감', '중간 식감', '질긴 식감' 순으로 선호하였다. '기름 종류' 에 대한 효용값은 '들기름', '올리브유', '참기름' 순이며, '사이즈'는 '1/2 사이즈', '기존 김 사이즈' 순이고, '인증 종류' 에 대한 효용값은 '유기농', 'HACCP' 순으로 선호도가 높은 것으로 나타났다. 각 속성과 속성 수준들의 효용값을 이용하여 부모들이 가장 선호하는 가상의 최적 영유아 김 수준을 도출한 결과 '무조미', '일반 풍미', '부드러운 식감', '1/2 사이즈', '유기농', '들기름'으로 영유아 김 선호 예측 점수는 77.71점, BTL 모형을 바탕으로 예측된 시장점유율은 53.7 %로 나타났다. 또한, 현재 판매되는 대표적인 영유아 김의 속성 결합은 '간장 조미', '일반 풍미', '중간 식감', '기존 사이즈', 'HACCP', '참기름'을 바탕으로 구성된 모형을 바탕으로 선호 예측 점수는 67.78점, BTL 모형을 바탕으로 예측된 시장점유율은 46.3%로 나타났다. 따라서 전체 조사 대상자는 '무조미' 김에 대한 요구도가 '간장 조미' 김보다 높았으나, 도출된 효용값을 시장 세분화 변수로 활용하여 군집분석(Cluster analysis)을 통한 사후적 시장 세분화를 실시한 결과 군집 1은 현재 판매되는 대표적인 영유아 김의 특징인 '간장 조미김'에 대한 중요도가 높았으며, 군집 2는 컨조인트 분석을 통해 구성한 최적의 영유아 김의 특징인 '무조미 김'에 대한 중요도가 높은 것으로 나타났다. 따라서 본 연구에서 실시한 사후적 시장 세분화 결과를 바탕으로 향후 소비자 라이프스타일에 따른 특성이나 영유아 식품 브랜드 선호도, 충성도에 대한 추가적인 조사를 통해 사전적 시장 세분화 결과를 도출하여 비교한다면, 보다 세분화된 제품의 개발 방향 및 마케팅 전략을 마련할 수 있으리라 판단된다.

일천궁의 연작재배에 따른 토양 이화학성 및 토양세균군집 연구 (The Study of Soil Chemical Properties and Soil Bacterial Communities on the Cultivation Systems of Cnidium officinale Makino)

  • 김기윤;한경민;김현준;전권석;김충우;정충렬
    • 한국환경농학회지
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    • 제39권1호
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    • pp.1-9
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    • 2020
  • 본 연구에서는 일천궁의 연작재배에 따른 토양 이화학성 및 토양세균군집을 비교 분석하기 위해 천궁 중에서 재배 빈도수가 높은 일천궁의 초작 및 연작 재배지를 선정하여 토양 이화학성 및 토양세균군집 특성을 분석하고, 토양 이화학성 및 토양세균군집 간의 상관관계를 구명하고자 하였다. 토양 이화학성은 농촌진흥청 토양분석법을 이용하였고, 토양세균군집 분석은 Illumina Miseq sequencing system을 이용하여 상대적 빈도수 및 주좌표 분석을 하였다. 토양 이화학성과 토양세균군집 간의 상관관계는 DISTLM과 Spearman's 상관관계 분석을 이용하였다. 일천궁 재배지의 토양세균군집은 일천의 재배법에 따라 뚜렷하게 2개의 cluster로 군집화를 이루었고, 초작 및 연작 재배지 모두 Proteobacteria와 Alphaproteobacteria가 우점종으로 나타났다. 주좌표 분석과 DISTLM 분석에서는 일천궁 재배지의 토양 pH와 Ca이 토양세균의 군집화에 유의적으로 영향을 주고 있음을 확인하였고, Spearman's 상관관계 분석을 통해 일천궁의 재배법에 따라 유의적인 차이를 보였던 Acinobacteria와 Acidobacteria의 상대적 빈도수는 토양 pH, Ca 함량과 유의적인 상관관계를 보이는 것으로 나타났다. 본 연구는 일천궁의 재배법에 따른 토양 이화학성 및 토양세균군집의 변화와 상관관계를 구명하는데 중요한 자료가 될 것으로 판단된다. 또한, 토양 이화학성과 토양세균군집의 변화에 따른 일천궁 재배지의 연작장해 원인을 구명하는데 있어 도움을 줄 수 있을 것이다. 향후 본 연구를 바탕으로 향후 일천궁의 재배법에 따른 곰팡이(fungi)의 군집과 병원성 미생물군집의 변화를 확인하고 토양 이화학성과의 상관관계를 분석할 수 있다면 일천궁의 연작장해 원인을 명확하게 구명하는데 도움을 줄 수 있을 것으로 사료된다.

낙동강에서 분리된 Aphanizomenon flos-aquae (Cyanophyceae) 균주의 목표 유전자를 이용한 잠재적 독소 생성능 및 계통학적 분석 (Analysis of Potential Toxigenicity and Phylogeny using Target Genes in Aphanizomenon flos-aquae (Cyanophyceae) strains isolated from the Nakdong River)

  • 류희성;안성민;임창건;신라영;박종근;이정호
    • 생태와환경
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    • 제50권1호
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    • pp.137-147
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    • 2017
  • 독소 생성 분류군의 정의는 분리균주에 의해서 동정되고, 단일배양에 의한 독소 생성 여부 및 유전적 검토가 확인된 분류군을 의미한다. 이러한 관점에서 Aphanizomenon flos-aquae의 독소 생성능은 세계적으로 아직 논쟁의 여지가 있다. 본 연구는 낙동강에서 분리한 Aphanizomenon flos-aquae (DGUC001, DGUC003)을 대상으로 16S rRNA 염기서열을 이용하여 계통학적 위치를 확인하고, 남세균독소인 saxitoxin (STX)과 cylindrospermopsin (CYN)의 잠재적 생성능력을 유전자 수준에서 검토하였다. 연구에 사용된 균주는 2016년 8월과 2016년 10월에 낙동강 본류구간의 하천수에서 분리되었다. 계통학적 분석에는 16S rRNA가 사용되었으며, 독소 생성 유전자는 CYN과 STX 생합성에 관여하는 cyrA, cyrJ, sxtA, sxtI 유전자가 선택되었다. 분리된 균주 DGUC001과 DGUC003은 육안으로 관찰 가능한 크기의 다발(fascicles)을 형성하였으며, 세포사(trichome)가 병렬 형태로 나열되고, 세포사의 양쪽 끝에 위치한 말단 세포(terminal cell)가 거의 투명하거나 긴 끈 형태의 세포질을 가지고 있었다. 또한, 두 개의 균주는 98.4%의 유전적 유사도를 나타내어 동일종으로 판단되었고, 유전자 은행에서 선별한 Cluster I의 Aph. flos-aquae strains과도 계통수에서 66~82%의 bootstrap value의 지지도로 단일 cluster에 포함되었다. 확보된 두 개 균주의 유전자 정보는 유전자은행 NCBI에 등록되었으며, KY327795, KY327796의 Accession no.를 부여받았다. 한편, 세포독소 CYN의 생합성에 관여하는 유전자 cyrA와 cyrJ는 두 개 균주 모두에서 확인되지 않았다. STX의 생합성을 담당하는 유전자 중 sxtA 유전자는 두 개의 균주에서 확보되었으며, 독소생합성 과정의 분자생물학적 지표 역할을 하는 sxtI 유전자는 발견되지 않았다. 따라서 낙동강 현장시료에서 분리된 두 개의 균주는 형태학적 및 계통분류학적으로 동일종인 Aphanizomenon flos-aquae Ralfs ex Bornet et Flahault 1888로 동정되었으며, 두 개의 균주는 CYN과 STX의 잠재적인 독소 비생성 균주로 확인되었다. 이 결과를 통하여 Aph. flos-aquae가 독소 생성 분류군으로 분류되는 것에 대한 보다 면밀한 검토가 필요할 것으로 판단되었다.