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BioCC: An Openfree Hypertext Bio Community Cluster for Biology

  • Gong Sung-Sam;Kim Tae-Hyung;Oh Jung-Su;Kwon Je-Keun;Cho Su-An;Bolser Dan;Bhak Jong
    • Genomics & Informatics
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    • 제4권3호
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    • pp.125-128
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    • 2006
  • We present an openfree hypertext (also known as wiki) web cluster called BioCC. BioCC is a novel wiki farm that lets researchers create hundreds of biological web sites. The web sites form an organic information network. The contents of all the sites on the BioCC wiki farm are modifiable by anonymous as well as registered users. This enables biologists with diverse backgrounds to form their own Internet bio-communities. Each community can have custom-made layouts for information, discussion, and knowledge exchange. BioCC aims to form an ever-expanding network of openfree biological knowledge databases used and maintained by biological experts, students, and general users. The philosophy behind BioCC is that the formation of biological knowledge is best achieved by open-minded individuals freely exchanging information. In the near future, the amount of genomic information will have flooded society. BioGG can be an effective and quickly updated knowledge database system. BioCC uses an opensource wiki system called Mediawiki. However, for easier editing, a modified version of Mediawiki, called Biowiki, has been applied. Unlike Mediawiki, Biowiki uses a WYSIWYG (What You See Is What You Get) text editor. BioCC is under a share-alike license called BioLicense (http://biolicense.org). The BioCC top level site is found at http://bio.cc/

Interpretation of Association Networks among Protein Sequence Motifs

  • Kam, Hye J.;Lee, Junehawk;Lee, Doheon;Lee, Kwang H.
    • Genomics & Informatics
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    • 제1권2호
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    • pp.75-79
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    • 2003
  • Every protein can be characterized by either a distinct motif or a combination of motifs. Nevertheless, little is known about the relationships among (more than two) the motifs. Some of the proteins in the world are share motifs for evolutional or other biological benefits - they can save energy, time and resource for controlling and managing a variety of proteins. In some cases of motifs, the tendency is quite common and they can act the 'hub' motif of a network of the motif associations. The hubs are structurally and functionally important in themselves and also important in disease-related mutations. They will be highly resistant mutation to conserve their functions. But, in case of the a rare mutation, mutations on the position of hub can more easily cause fatal diseases.

QR 코드를 이용한 의료정보 시스템 설계 및 구현 (Design and Implementation of Medical Information System using QR Code)

  • 이성권;정창원;주수종
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제16권2호
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    • pp.109-115
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    • 2015
  • 신규 의료기기 개발 기술의 발전으로 다양한 형태로 손쉽게 생체 정보 및 의료 정보를 얻을 수 있는 기술이 증가하고 있다. 이러한 정보 수집 기술과 기기들의 증가로 생체 정보는 일상생활의 라이프로그와 함께 의료서비스의 주요 정보로 활용되고 있다. 그러나 다양한 생체신호의 활용성이 증가하고 있지만 보안적인 측면을 고려하지 않는 문제점을 갖고 있다. 또한, 의료현장에서 환자의 생체신호와 의료영상정보는 개별적인 디바이스에 의해 생성되며, 통합 관리되지 못하는 실정이다. 이러한 문제점을 해결하기 위해서, 본 논문에서는 생체신호와 의사의 소견정보를 포함하여 QR 코드화하고 이와 연계된 의료영상정보와 통합하고자 한다. 이를 위해, 의료영상정보 표준인 DICOM(Digital Imaging and Communication in Medicine)과 기존 생체신호 계측기들로부터 수집된 생체신호를 QR 코드화하여 의료영상정보에 통합한 이미지 파일 스킴을 제시한다. 그리고 시스템 구현 환경은 의료영상기기와 생체신호 수집을 위한 생체신호 계측기 그리고 스마트 디바이스와 PC로 구성하였다. 의료기기나 생체 신호 계측장치로부터 데이터를 전송 받기 위한 의료영상이미지 정보와 생체신호의 ROI 추출을 위하여 .NET Framework를 사용하여 QR 서버 모듈을 윈도우 서버 2008 운영체제에서 운영되도록 구현하였다. QR 서버 모듈의 주요기능은 의료영상기기로부터 생성된 DICOM파일을 파싱하고, 식별 ROI 정보를 추출하여 데이터베이스에 저장하여 관리한다. 또한, EMR, OCS와 같은 환자의 의료정보는 기본 정보 및 긴급상황 시 필요한 ROI 정보를 추출하여 QR코드화 하여 관리한다. 또한 생체 계측 기기로 환자 식별에 사용될 PID (patient identification) 와 함께 생체 정보를 전송 받을 경우 생체 정보의 크기에 따라 이를 해당 환자의 ROI와 함께 QR코드화 하여 관리하며, 생체 정보 파일 또한 저장하여 관리한다. 전송받은 생체정보가 QR코드로 변환할 최대 사이즈 이상일 경우 서버를 통해 생체정보에 접근할 수 있는 URL 정보를 QR코드화 한다. 또한 QR 코드 형태로 제공되는 정보는 .NET 프레임워크가 설치된 PC와 Android기반의 스마트 단말기상에 뷰어 프로그램을 통해 확인함으로 인증된 클라이언트만이 관련 정보를 확인할 수 있도록 하였다. 끝으로 응용 서비스의 수행결과를 통해 기존 의료영상정보와 생체신호 그리고 환자의 건강정보가 통합되어 의료현장에서 적용하는데 적합한 의료정보 서비스를 제공함을 보였다.

BioAPI v2.0 기반 BSP 표준 적합성 시험 도구의 설계 및 구현 (Design and Implementation of BioAPI v2.0 based BSP Conformance Test Suite)

  • 장지현;이동근;김재성;김학일
    • 정보보호학회논문지
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    • 제16권3호
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    • pp.129-141
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    • 2006
  • 본 논문은 BioAPI(Biometric Application Programming Interface) v2.0 기반의 BSP(Biometric Service Provider) 표준 적합성 시험 도구의 설계 및 구현을 목적으로 한다. 제안한 BioAPI 적합성 시험 도구는 프레임워크(Framework) 없이 독립적으로 BSP를 시험할 수 있으며, 향후 XML 형태의 Test Assertion을 이용할 수 있도록 테스트 스케줄링 툴을 구현하였다. 또한 적합성시험 도구를 검증하기 위해 상용 지문 인식 검증(verification) 및 식별(identification) BSP를 이용하여 실험을 수행하였다. 이에 따라 BioAPI v2.0을 기반으로 한 BSP들이 요구사항에 적합하게 개발되었는지를 판단 할 수 있었다.

REPEATOME: A Database for Repeat Element Comparative Analysis in Human and Chimpanzee

  • Woo, Tae-Ha;Hong, Tae-Hui;Kim, Sang-Soo;Chung, Won-Hyong;Kang, Hyo-Jin;Kim, Chang-Bae;Seo, Jung-Min
    • Genomics & Informatics
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    • 제5권4호
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    • pp.179-187
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    • 2007
  • An increasing number of primate genomes are being sequenced. A direct comparison of repeat elements in human genes and their corresponding chimpanzee orthologs will not only give information on their evolution, but also shed light on the major evolutionary events that shaped our species. We have developed REPEATOME to enable visualization and subsequent comparisons of human and chimpanzee repeat elements. REPEATOME (http://www.repeatome.org/) provides easy access to a complete repeat element map of the human genome, as well as repeat element-associated information. It provides a convenient and effective way to access the repeat elements within or spanning the functional regions in human and chimpanzee genome sequences. REPEATOME includes information to compare repeat elements and gene structures of human genes and their counterparts in chimpanzee. This database can be accessed using comparative search options such as intersection, union, and difference to find lineage-specific or common repeat elements. REPEATOME allows researchers to perform visualization and comparative analysis of repeat elements in human and chimpanzee.