• 제목/요약/키워드: binary sequences

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Visualization of Multicolored in vivo Organelle Markers for Co-Localization Studies in Oryza sativa

  • Dangol, Sarmina;Singh, Raksha;Chen, Yafei;Jwa, Nam-Soo
    • Molecules and Cells
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    • 제40권11호
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    • pp.828-836
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    • 2017
  • Eukaryotic cells consist of a complex network of thousands of proteins present in different organelles where organelle-specific cellular processes occur. Identification of the subcellular localization of a protein is important for understanding its potential biochemical functions. In the post-genomic era, localization of unknown proteins is achieved using multiple tools including a fluorescent-tagged protein approach. Several fluorescent-tagged protein organelle markers have been introduced into dicot plants, but its use is still limited in monocot plants. Here, we generated a set of multicolored organelle markers (fluorescent-tagged proteins) based on well-established targeting sequences. We used a series of pGWBs binary vectors to ameliorate localization and co-localization experiments using monocot plants. We constructed different fluorescent-tagged markers to visualize rice cell organelles, i.e., nucleus, plastids, mitochondria, peroxisomes, golgi body, endoplasmic reticulum, plasma membrane, and tonoplast, with four different fluorescent proteins (FPs) (G3GFP, mRFP, YFP, and CFP). Visualization of FP-tagged markers in their respective compartments has been reported for dicot and monocot plants. The comparative localization of the nucleus marker with a nucleus localizing sequence, and the similar, characteristic morphology of mCherry-tagged Arabidopsis organelle markers and our generated organelle markers in onion cells, provide further evidence for the correct subcellular localization of the Oryza sativa (rice) organelle marker. The set of eight different rice organelle markers with four different FPs provides a valuable resource for determining the subcellular localization of newly identified proteins, conducting co-localization assays, and generating stable transgenic localization in monocot plants.

이동 카메라 영상에서 움직임 정보와 Support Vector Machine을 이용한 다수 보행자 검출 (Multiple Pedestrians Detection using Motion Information and Support Vector Machine from a Moving Camera Image)

  • 임종석;박효진;김욱현
    • 융합신호처리학회논문지
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    • 제12권4호
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    • pp.250-257
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    • 2011
  • 본 논문에서는 이동 카메라 영상에서 움직임 정보와 SVM(Support Vector Machine)을 이용하여 다수의 보행자를 검출하는 방법을 제안하였다. 먼저 연속된 영상의 특징점을 이용하여 카메라 자체의 움직임 보상용 한 후 차 영상과 프로젝션 히스토그램을 통해 움직이는 보행자를 검출한다. 차 영상을 이용한 보행자 검출은 간단한 방법이지만 움직임이 없는 보행자는 검출하지 못하는 단점이 있다. 따라서 이러한 단점을 보완하기 위하여 SVM을 이용하여 움직이지 않는 보행자를 검출하였다. SVM은 보행자 검출과 같은 이진 분류 문제에 우수한 성능을 보이는 것으로 알려져 있다. 하지만 영상 내에 보행자가 서로 인접해 있거나 팔과 다리를 과도하게 움직이는 경우 검출하지 못하는 단점이 있다. 그러므로 본 논문에서는 움직임 정보와 SVM을 이용하여 움직임이 없는 보행자와 보행자가 서로 인접해 있거나 과도한 동작을 취하는 경우에도 강건하게 검출할 수 있는 방법을 제안하였다. 본 논문에서 제안된 방법의 성능을 평가하기 위하여 다양한 실세계 영상을 이용하여 수행하였으며, 그 결과 평균 검출률이 94%, FP(False Positive)가 2.8%로 제안된 방법의 우수성을 입증하였다.

비동기 W-CDMA 시스템을 위한 코드블럭 내의 코드위치변조를 이용한 고속 셀 탐색 알고리즘 (A Fast Cell Search Algorithm using Code Position Modulation within code block in Asynchronous W-CDMA System)

  • 최정현;김낙명
    • 한국통신학회논문지
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    • 제25권5A호
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    • pp.611-617
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    • 2000
  • 비동기 방식 W-CDMA 시스템은 동기식 방식보다 복합적인 셀 구조를 갖는 차세대 이동통신 시스템에 적합하다는 장점이 있다. 그러나, 이 경우 각 기지국마다 서로 다른 코드를 부여하기 때문에 단말기가 통화가능한 셀을 찾고 코드 동기를 이루는 데에 오랜 시간이 걸린다. 셀 획득의 지연은 통화 실패로 이어질 수 있으므로, 비동기 방식 W-CDMA 시스템을 구현하기 위해서는 고속 셀 탐색 알고리즘이 필수적인 기술이다. 본 논문에서는 도약 코드 시퀀스에 의하여 셀을 구분하고, 코드 블록 내의 이진코드이 위치를 도약코드를 사용하여 변화시킴으로써 기지국의 셀을 찾아내는 코드블럭 내의 코드 위치변조를 이용한 고속 셀 탐색 알고리즘을 제안한다. 제안된 방식은 기존의 방식에 비하여 보다 빠른 시간내에 셀을 찾을 수 있으며, 수신기도 더 간단하게 구현될 수 있다는 장점이 있다.

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Detection and Molecular Identification of Human Enteric Viruses in Urban Rivers in Korea

  • Lee, Cheong-Hoon;Kim, Sang-Jong
    • 한국미생물학회:학술대회논문집
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    • 한국미생물학회 2008년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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    • pp.171-171
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    • 2008
  • We monitored the occurrence of human enteric viruses in urban rivers by cell culture-PCR and RT-nested PCR. Water samples were collected monthly or semimonthly between May 2002 and March 2003 in four urban tributaries. Enteric viruses were detected by RT-nested PCR and cell culture-PCR based on a combination of Buffalo Green monkey kidney (BGMK) and A549 cell lines, followed by phylogenetic analysis of amplicons. By RT-nested PCR analysis, 45 (77.6%), 32 (55.2%), 32 (55.2%), 26 (44.8%), 12 (20.7%), 2 (3.4%), 4 (6.9%), and 4 (6.9%) of 58 samples showed positive results with adenoviruses, enteroviruses, noroviruses (NV) genogroup I (GI) and II (GII), reoviruses, hepatitis A viruses, rotaviruses and sapoviruses, respectively. Adenoviruses were most often detected and only eight (13.8%) samples were negative for adenoviruses and positive for other enteric viruses in the studied sites. Thirty-one (77.5%) of the 40 samples were positive for infectious adenoviruses and/or enteroviruses based on cell culture-PCR, and the frequency of positive samples grown on A549 and BGMK (65.0%) was higher than that grown on BGMK alone (47.5%). The occurrence of each enteric virus, except reoviruses and hepatitis A viruses was not statistically correlated with the water temperature and levels of fecal coliforms according to Binary logistic regression model. By sequence analysis, most strains of adenoviruses and enteroviruses detected in this study are similar to the causative agent of viral diseases in Korea and most NV GI- and GII-grouped strains were closely related to the reference strains from China and Japan, and GII/4-related strains had similar sequences to strains recognized as a worldwide epidemic outbreak. Our results suggested that monitoring human enteric viruses is necessary to improve microbial quality and cell culture-PCR using the combination of A549 and BGMK cells and the adenovirus detection by PCR could be useful for monitoring viral contamination in the aquatic environment.

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CART를 이용한 Tree Model의 성능평가 (Using CART to Evaluate Performance of Tree Model)

  • 정용규;권나연;이영호
    • 서비스연구
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    • 제3권1호
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    • pp.9-16
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    • 2013
  • 데이터 분석가에게 많은 노력이 요구되지 않으면서 사용자가 쉽게 분석결과를 이해할 수 있는 범용 분류기법으로서 가장 대표적인 것은 Breiman이 개발한 의사결정나무를 들 수 있다. 의사결정나무에서 기본이 되는 2가지 핵심내용은 독립변수의 차원 공간을 반복적으로 분할하는 것과 평가용 데이터를 사용하여 가지치기를 하는 것이다. 분류문제에서 반응변수는 범주형 변수여야 한다. 반복적 분할은 변수 의 차원 공간을 겹치지 않는 다차원 직사각형으로 나눈다. 여기서 변수는 연속형, 이진 혹은 서열의 척도이다. 본 논문에서는 새로운 사례를 분류함에 있어서 분류의 성능을 평가하기 위해 분류나무의 정확도 정밀도 재현률 등을 실험하고자 한다.

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문자열을 포함하는 자연 영상에서의 효과적인 문자 추출 기법 (Efficient Character Segmentation Technique in the Natuaral Images Containing Character Sequences)

  • 김종호;박상현;강의성
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2011년도 추계학술대회
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    • pp.907-910
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    • 2011
  • 제철소에서 생산된 철판의 물류 자동화 시스템을 구축하는데 있어 각 철판에 기록된 정보를 정확하게 파악하여 효과적인 적재 및 운반 시스템을 갖추는 것이 관건이다. 이를 위하여 본 논문에서는 생산 및 운반 정보가 기록된 철판 영상을 분석하여 자동화 시스템을 구축하기 위한 문자 추출 기법을 제안한다. 철판 영상은 가로 방향으로 철판의 정보를 나타내는 문자열을 포함하고 있고, 이러한 문자열이 세로 방향으로 배치되어 있기 때문에 각 문자를 분리하기 위해서는 2차원 기법을 적용하도록 한다. 영상을 획득하는 환경에 따라 문자 분리 성능에 미치는 영향을 최소화하기 위하여 국부 특징을 반영한 효율적인 이진화 기법을 제안하고, 잡음 등에 민감한 특성을 제거하기 위하여 CCA(Connected Component Analysis)를 이용한 문자 여부를 판단하는 방법을 제안한다. 이렇게 분석된 영상에 대해 2차원 투영 기법을 적용하여 철판에 기록된 각 문자를 정확하게 분리하도록 한다. 제안된 문자 추출 기법은 높은 성능을 나타내면서도 저 복잡도를 가지도록 설계하여 제한된 자원을 이용하는 기기에 효과적으로 응용될 수 있다.

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3차원 신호 전송을 위한 체계적인 역사상 알고리즘 (A Systematic Demapping Algorithm for Three-Dimensional Signal Transmission)

  • 강석근
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제18권8호
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    • pp.1833-1839
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    • 2014
  • 본 논문에서는 3차원 격자형 신호성상도를 위한 체계적인 역사상 알고리즘을 제시한다. 제안된 알고리즘은 8분 공간 결정, 원점과의 거리 계산, 심볼 좌표 결정 등의 세부 기능으로 구성된다. 이는 세부 기능의 조정에 따라 체계적인 확장이 가능하므로 더 큰 격자형 신호성상도에도 적용이 가능하다. 제시된 알고리즘의 검증을 위하여 3차원 신호전송시스템을 구현하여 모의실험을 수행하였다. 여기서는 field programmable gate array를 이용한 하드웨어 기반 시스템과 $Matlab^{(R)}$을 이용한 소프트웨어 기반 시스템을 구현하여 시스템의 동작과 성능을 비교하였다. 그 결과, 가산성 백색 가우시안 잡음 환경에서 두 시스템은 거의 동일한 오류성능을 가지는 것으로 나타났다. 또한 하드웨어 기반 시스템은 정보원 이진 데이터열의 3차원 신호로의 변환과 이로부터 원래의 이진열을 완벽하게 복원함을 확인하였다. 이로부터 제안된 알고리즘과 구현된 3차원 전송시스템은 정확하게 동작하는 것으로 판단된다.

Construction of a cDNA library of Aphis gossypii Glover for use in RNAi

  • KWON, HyeRi;KIM, JungGyu;LIM, HyounSub;YU, YongMan;YOUN, YoungNam
    • Entomological Research
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    • 제48권5호
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    • pp.384-389
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    • 2018
  • Aphis gossypii Glover is an important insect pest that functions as a viral vector and mediates approximately 45 different viral diseases. As part of a strategy for control of A. gossypii, we investigated the functions of genes using RNAi. To this end, a cDNA library was constructed for various genes and for selecting appropriate targets for RNAi mediated silencing. The cDNA library was constructed using the Gateway cloning system with site-specific recombination of bacteriophage ${\lambda}$. It was used to carry out single step cloning of A. gossypii cDNAs. As a result, a cDNA library with a titer of $8.4{\times}10^6$ was constructed. Since the sequences in this library carry att sites, they can be cloned into various binary vectors. This library will be of value for various studies. For later screening of selected genes, it is planned to clone the library into virus-induced gene silencing (VIGS) vectors, which makes it possible to analyze gene function and allow subsequent transfection of plants. Such transfection experiments will allow testing of RNAi-induced insecticidal activity or repellent activity to A. gossypii, and result in the identification of target genes. It is also expected that the constructed cDNA library will be useful for analysis of gene functions in A. gossypii.

피드백 구조를 갖는 Self-Timed Ring 기반의 경량 TRNG (A Self-Timed Ring based Lightweight TRNG with Feedback Structure)

  • 최준영;신경욱
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제24권2호
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    • pp.268-275
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    • 2020
  • 정보보안 응용에 적합한 self-timed 링 (ring) 기반 TRNG (true random number generator)의 경량 하드웨어 설계에 관해 기술한다. TRNG의 하드웨어 복잡도를 줄이기 위해 피드백 구조의 엔트로피 추출기를 제안하였으며, 이를 통해 링 스테이지 수를 최소화 하였다. 본 논문의 FSTR-TRNG는 동작 주파수와 엔트로피 추출 회로를 고려하여 링 스테이지 수가 11의 배수가 되도록 결정되었으며, 링 발진기가 등간격 모드로 진동할 수 있도록 토큰 (token)과 버블(bubble) 개수의 비를 결정하였다. FSTR-TRNG는 FPGA 디바이스에 구현하여 난수 생성 동작을 검증하였다. Spartan-6 FPGA 디바이스에 구현된 FSTR-TRNG로부터 2,000만 비트의 데이터를 추출하여 NIST SP 800-22에 규정된 통계학적 무작위성 테스트를 수행한 결과, 15개의 테스트가 모두 기준을 만족하는 것으로 확인되었다. Spartan-6 FPGA 디바이스로 합성한 FSTR-TRNG는 46 슬라이스로 구현이 되었으며, 180 nm CMOS 표준셀로 합성하는 경우에는 약 2,500 등가 게이트로 구현되었다.

초음파 영상에서 변형된 직교 골레이 코드를 이용한 동시 다중 송신 집속 기법 (Multiple Transmit Focusing Method With Modified Orthogonal Golay Codes for Ultrasound Imaging)

  • 김배형;송태경
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제24권3호
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    • pp.217-231
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    • 2003
  • 상보적인 특성을 갖는 골레이 수열을 이용하여 코드화된 신호를 송신하는 것은 SNR과 침투도를 향상시킬 수 있는 효과적인 방법이다. 그러나 각 주사선을 형성하기 위해 두 개의 상보적인 이진 코드를 연속하여 두 번 송신하기 때문에 프레임 율이 반으로 감소하게 된다 특히 이 방법은 측방향 해상도를 향상시키기 위해 다중 집속 기법(multi-zone focusing method)을 적용하면 송신 집속점의 개수에 따라 송신 횟수가 늘어나므로 프레임 율(frame rate)이 크게 저하된다. 본 논문에서는 이러한 문제를 해결하기 위해 변형된 직교 골레이 코드를 이용한 동시 다중 송신 집속 기법을 제안하였다 제안한 방법은 프레임 율의 저하 없이도 두 쌍의 직교 골레이 코드를 사용하여 서로 다른 위치에 동시에 송신 집속할 수 있다. 그리고 수신시에 정합 과정을 통해 분리, 압축한 다음 일반적인 다중 집속 기법과 같이 집속된 빔들을 결합함으로써 기존의 골레이 코드를 사용하는 송신 고정 집속 기법과 같은 프레임 율을 유지하면서도 측방향 해상도를 개선할 수 있다. 실제 초음파 영상을 위해 송신 신호로 사용되는 골레이 코드는 전송 전력 효율(Transmit Power Efficiency)을 높일 수 있도록 변형되었다. 컴퓨터 모사 실험과 실제 실험 결과는 제안한 방법이 기존의 방법에 비해 매우 향상된 측방향 해상도와 침투도를 갖는 초음파 영상을 제공한다는 것을 보여준다.