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Backbone assignment of the intrinsically disordered N-terminal region of Bloom syndrome protein

  • Min June Yang;Chin-Ju Park
    • 한국자기공명학회논문지
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    • 제27권3호
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    • pp.17-22
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    • 2023
  • Bloom syndrome protein (BLM) is a pivotal RecQ helicase necessary for genetic stability through DNA repair processes. Our investigation focuses on the N-terminal region of BLM, which has been considered as an intrinsically disordered region (IDR). This IDR plays a critical role in DNA metabolism by interacting with other proteins. In this study, we performed triple resonance experiments of BLM220-300 and presented the backbone chemical shifts. The secondary structure prediction based on chemical shifts of the backbone atoms shows the region is disordered. Our data could help further interaction studies between BLM220-300 and its binding partners using NMR.

한국 실정에 맞는 트래픽 모델링 및 전광 WDM 기간망의 설계 (Traffic Modeling and Design of An All-Optical WDM Backbone Network in Korea)

  • 정노선;홍상기;안기석;박효준;강철신;신종덕
    • 한국통신학회논문지
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    • 제24권6B호
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    • pp.1165-1173
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    • 1999
  • 미래의 다양한 멀티미디어 통신 서비스를 효율적으로 지원하기 위해서는, 최근의 발달된 광통신 기술을 이용하여 현재의 기간망을 확충하거나 재구성할 필요가 있다. 본 논문에서는 차세대 국가 기간망으로 사용될 WDM 전광전달망의 구조를 설계하였다. 전달망을 설계하기 위하여 전국을 6개의 광역 중계국으로 구분하여 각 도시별 인구수, 광역 지역간의 거리, 그리고 각 광역 그룹의 평균 1인당 생산액에 기초한 PDG (Population-Distance-Gross Group Products) 트래픽 모델에 기초하여 6개의 광역 중개국 노드들을 연결하는 전광 전달망에서 링크 용량을 예측하여 전광 전달망에의 설계에 반영하였다. 제안된 기간망의 성능 특성을 분석하기 위하여 SLAM II를 이용하여 시뮬레이터를 구성하였다. 시뮬레이션을 통한 기간망의 성능특성 분석 결과는 2000 년대의 다양한 통신 서비스를 효율적으로 수용할 수 있음을 보여준다. 본 연구 결과는 향후 WDM 전광 전달망의 구축 시 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

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인터넷 전화 품질 기준 측면에서 인터넷 백본 네트워크의 용량 평가 (Evaluating the Capacity of Internet Backbone Network in Terms of the Quality Standard of Internet Phone)

  • 김태준
    • 한국통신학회논문지
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    • 제33권10B호
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    • pp.928-938
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    • 2008
  • 인터넷 전화와 같이 품질 보장을 요구하는 서비스가 널리 보급되고 있으나 대부분의 인터넷 백본 네트워크는 이들을 최선형 서비스와 구별할 수 없다. 따라서 백본 네트워크가 품질 보장형 서비스의 품질조건을 충족시키면서 수용할 수 있는 최대 트래픽 량인 유효 용량을 파악하는 것은 인터넷 서비스 제공자 입장에서 매우 중요하다. 본 논문에서는 인터넷 백본 네트워크의 유효 용량을 평가할 수 있는 ns-2 기반 테스트-베드를 제안한 후 이를 이용하여 인터넷 전화 품질 기준 측면에서 실험 백본 네트워크의 유효 용량을 평가한다. 평가결과 실험 백본 네트워크의 유효 용량은 최대지연 보장 확률에 따라 물리적 용량의 $12%\;{\sim}\;55%$로 추정되었으며, 인가되는 트래픽의 유형과 인터넷 전화 품질 기준에 큰 영향을 받음을 알 수 있었다. 특히 백본 네트워크의 유효 용량을 높이기 위해서 인터넷 전화의 단대단 최대 지연시간의 보장 확률을 낮출 필요가 있음을 보였다.

1g 진동대 실험을 이용한 연약 점성토 지반에서의 동적 p-y 곡선 연구 (A Study on the Dynamic p-y Curves in Soft Clay by 1 g Shaking Table Tests)

  • 한진태;유민택;최정인;김명모
    • 한국지반공학회논문집
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    • 제26권8호
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    • pp.67-75
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    • 2010
  • 본 연구에서는 연약 점성토 지반에 근입된 모형말뚝을 대상으로 다양한 입력 가속도 크기 및 진동수 조건에서 1g 진동대 실험을 수행하였다. 실험 결과를 이용하여, 각각의 동적 p-y 곡선을 산정하였으며, 이 p-y 곡선 상에서 최대지반반력이 나타나는 꼭지점들을 연결하여 연약 점성토의 동적 p-y 중추곡선(Backbone curve)을 쌍곡선 함수로 나타내었다. 이 쌍곡선 함수를 정의하는데 필요한 초기 기울기와 극한 저항력은 Matlock의 p-y 곡선 공식을 이용하여 제안하였다. 새로 제안한 동적 p-y 중추곡선은 실제 내진설계에 사용되고 있는 정적 p-y 곡선과 다른 연구자들의 원심모형실험 결과 및 수치해석 결과와 비교하여 검증하였다.

무선 센서네트워크에서 노드의 에너지와 연결성을 고려한 클러스터 기반의 백본 생성 알고리즘 (On Generating Backbone Based on Energy and Connectivity for WSNs)

  • 신인영;김문성;추현승
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제10권5호
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    • pp.41-47
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    • 2009
  • 무선 센서 네트워크(Wireless Sensor Networks)는 기존의 애드혹 네트워크(Ad-hoc Networks)보다 제한된 노드 자원, 배터리 의존성과 같은 제약사항을 가진다. 이러한 이유로 기존의 방법들과는 다른 형태의 에너지 효율적인 라우팅 연구가 진행되었지만 여전히 많은 문제점을 가지고 있다. 그러므로 본 논문에서는 노드의 에너지와 차수를 고려한 클러스터 기반의 백본 생성 알고리즘을 제안한다. 클러스터링과 같은 계층구조 방식은 본질적으로 데이터 집중 및 융합에 유리한 장점이 있으며, 클러스터 헤드의 관리에 의해서 일반 노드들을 조정하여 전력 소모도 낮출 수 있다. 또한 백본을 구성하는 백본노드만 라우팅 정보를 유지하여 제어트래픽과 같은 통신오버헤드를 크게 줄일 수 있으며, 깨어있는 노드의 수를 최소화할 수 있다. 그러나 백본노드들은 비백본 노드의 트래픽을 모두 처리해야 하므로 에너지 소모가 크다. 따라서 에너지레벨 또는 차수가 높은 노드를 클러스터헤드로 선정해서 강건한 백본을 형성하고, 헤드 주변 노드 간 패킷전달의 역할을 분산함으로써 전체 네트워크 라이프타임(Network Lifetime)을 증가시킬 수 있는 방안을 제안한다. 시뮬레이션 결과에서 제안 알고리즘은 기존 연구에 비해 클러스터헤드의 잔여에너지측면에서 약 10.36%, 차수측면에서 약 24.05%의 성능 향상을 보이며, 네트워크 라이프타임도 향상되었다.

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고속 인터넷 백본 링크상에서의 트래픽 측정에 의한 네트워크 공격 징후 탐지 방법 (Detection of Network Attack Symptoms Based on the Traffic Measurement on Highspeed Internet Backbone Links)

  • 노병희
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제5권4호
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    • pp.23-33
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    • 2004
  • 본 논문에서는, 고속의 인터넷 백본 링크상에서 네트워크 공격의 징후를 트래픽 측정에 의하여 탐지해 내기 위한 방법을 제안한다. 이를 위하여, 인터넷 백본상에서 나타나는 정상 및 공격 트래픽의 패턴을 분석하였고. 이러한 트래픽 특성을 활용하여 네트워크 공격 감지를 위한 두가지 트래픽 척도를 도출하였다. 이들은 평균 파워 스펙트럼과 패킷수 대 트래픽양 비율이다. 그리고, 이들 트래픽 척도들을 집합된 트래픽 수준에서 측정함으로써 네트워크 공격 징후 감지를 위한 방법론을 제안한다. 실험 결과는 제안된 방법이 네트워크 공격 징후를 매우 잘 감지해내고 있음을 보여준다. 제안된 방법은 개별 플로우 또는 개별 패킷들에 기반을 둔 기존의 방법들과 달리, 집합된 트래픽 수준에서 운영되므로 계산의 복잡성을 현저히 줄일수있다.

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Computer based estimation of backbone curves for hysteretic Response of reinforced concrete columns under static cyclic lateral loads

  • Rizwan, M.;Chaudhary, M.T.A.;Ilyas, M.;Hussain, Raja Rizwan;Stacey, T.R.
    • Computers and Concrete
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    • 제14권2호
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    • pp.193-209
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    • 2014
  • Cyclic test of the columns is of practical relevance to the performance of compression members during an earthquake loading. The strength, ductility and energy absorption capabilities of reinforced concrete (RC) columns subjected to cyclic loading have been estimated by many researchers. These characteristics are not normally inherent in plain concrete but can be achieved by effectively confining columns through transverse reinforcement. An extensive experimental program, in which performance of four RC columns detailed according to provisions of ACI-318-08 was studied in contrast with that of four columns confined by a new proposed technique. This paper presents performance of columns reinforced by standard detailing and cast with 25 and 32 MPa concrete. The experimentally achieved load-displacement hysteresis and backbone curves of two columns are presented. The two approaches which work in conjunction with Response 2000 have been suggested to draw analytical back bone curves of RC columns. The experimental and analytical backbone curves are found in good agreement. This investigation gives a detail insight of the response of RC columns subjected to cyclic loads during their service life. The suggested analytical procedures will be available to the engineers involved in design to appraise the capacity of RC columns.

Purification and Backbone Assignment of the Hypothetical Protein MTH1821 from Methanobacterium Thermoautotrophicum H

  • Kwak, Soo-Young;Lee, Woong-Hee;Shin, Joon;Ko, Sung-Geon;Lee, Weon-Tae
    • 한국자기공명학회논문지
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    • 제11권2호
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    • pp.73-84
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    • 2007
  • MTH1821 (UniProtKB/TrEMBL ID O27849) is a 96-residue hypothetical protein from the open reading frame of Methanobacterium thermoautotrophicum H one of the target organisms of structural genomics pilot project. Proteins which contain conserved sequence compared with MTH1821 have not been discovered yet and the functional and structural information for MTH1821 is not available. Here, we present the sequence-specific backbone resonance using multidimensional heteronuc1ear NMR spectroscopy and propose the secondary structure using GetSBY software. The backbone resonances of N, HN, $C_{\alpha}$, $C_{\beta}$, CO and $H_{\alpha}$ which are necessary for a prediction of secondary structure by GetSBY were assigned about 98% (557/568). The secondary structure of MTH1821 confirmed that it is comprised of four strand regions and two helical regions. This report will provide a valuable resource for the calculation solution structure of MTH1821 and for the other hypothetical protein that is targeted for structural-based functional discovery.

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Protein Backbone Torsion Angle-Based Structure Comparison and Secondary Structure Database Web Server

  • Jung, Sunghoon;Bae, Se-Eun;Ahn, Insung;Son, Hyeon S.
    • Genomics & Informatics
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    • 제11권3호
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    • pp.155-160
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    • 2013
  • Structural information has been a major concern for biological and pharmaceutical studies for its intimate relationship to the function of a protein. Three-dimensional representation of the positions of protein atoms is utilized among many structural information repositories that have been published. The reliability of the torsional system, which represents the native processes of structural change in the structural analysis, was partially proven with previous structural alignment studies. Here, a web server providing structural information and analysis based on the backbone torsional representation of a protein structure is newly introduced. The web server offers functions of secondary structure database search, secondary structure calculation, and pair-wise protein structure comparison, based on a backbone torsion angle representation system. Application of the implementation in pair-wise structural alignment showed highly accurate results. The information derived from this web server might be further utilized in the field of ab initio protein structure modeling or protein homology-related analyses.

3차원 2진 로봇 머니퓰레이터의 역기구학적 해석 (Inverse Kinematic Analysis of a Three Dimensional Binary Robot Manipulator)

  • 류길하;이인석
    • 한국정밀공학회지
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    • 제16권4호통권97호
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    • pp.205-212
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    • 1999
  • A three dimensional binary parallel robot manipulator uses actuators which have only two stable states and its structure is variable geometry truss. As a result, it has a finite number of states and fault tolerant mechanism because of kinematic redundancy. This kind of robot manipulator has some advantages compared to a traditional one. Feedback control is not required, task repeatability can be very high, and finite state actuators are generally inexpensive. Because the number of states of a binary robot manipulator grows exponentially with the number of actuators it is very difficult to solve and inverse kinematic problem. The goal of this paper is to develop an efficient algorithm to solve an inverse kinematic problem of three dimensional binary parallel robot manipulator using a backbone curve when the number of actuators are too much. We first derive the coordinate transformations associated with a three degree of freedom in-parallel actuated robot manipulator. The backbone curve is generated optimally by considering the maximum roll and pitch angles of the robot manipulator configuration and length of link. Then, the robot manipulator is fitted along the backbone curve with some criterion.

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