• Genomics & Informatics
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• 제1권1호
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• pp.40-49
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• 2003

The genes related to specific events or pathways in bacteria are frequently localized proximate to the genome of their neighbors, as with the structures known as operon, but eukaryotic genes seem to be independent of their neighbors, and are dispersed randomly throughout genomes. Although cases are rare, the findings from structures similar to prokaryotic operons in the nematode genome, and the clustering of housekeeping genes on human genome, lead us to assess the genomic association of genes as functional subunits. We evaluated the genomic association of neighboring genes on chromosomes 4 and 5 of Arabidopsis thaliana with and without respectively consideration of the scaffold/matrix­attached regions (S/MAR) loci. The observed number of functionally identical bigrams and trig rams were significantly higher than expected, and these results were verified statistically by calculating p-values for weighted random distributions. The observed frequency of functionally identical big rams and trig rams were much higher in chromosome 4 than in chromosome 5, but the frequencies with, and without, consideration of the S/MAR in each chromosome were similar. In this study, a genomic association among functionally related neighboring genes in Arabidopsis thaliana was suggested.

• The Plant Pathology Journal
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• 제18권3호
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• pp.115-120
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• 2002

Xanthomonas axonopodis pv. glycines, the causal agent of bacterial pustule of soybean, induces hypersensitive response (HR) in a non-host plant, hot pepper (Capsicum annuum). A wild-type strain (8ra) and its non-patho-genic mutant (8-13) of X. axonopodis pv. glycines were inoculated into the pepper leaf tissues and their subcellular responses to the bacterial infections were examined by electron microscopy. Intrastructural changes related to HR were found in the leaf tissues infected with 8ra from 8 h after inoculation, characterized by separation of plasmalemma from the cell wall, formation of small vacuoles and vesicles, formation of cell wall apposition, and cellular necrosis. No such responses were observed in the tissues infected with the mutant. In 8ra, the bacterial cells were attached to the cell walls, with the cell wall material dissolved into and appearing to encapsulate the bacterial cells. The bacterial cells later became entirely embedded in the cell wall material. On the other hand, in 8-13, the bacterial cells were usually not attached tightly to the plant cell wall, and no or poor encapsulation of the bacteria by the wall material occurred, although these were encircled by rather loose wall materials at the later stages.

• 대한환경공학회지
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• 제32권2호
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• pp.113-120
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• 2010

분리막의 종류 및 환원전극의 특성에 따른 전기발생량 및 미생물 군집을 비교하기 위하여, 분리막 및 환원전극의 특성이 다른 4개의 단위전지로 구성되어 있는 공기환원전극 미생물연료전지(4 air-cathode microbial fuel cell)를 회분식 운전하였다: A) PEM(Proton Exchange Membrane)-30% Wet proofing Carbon Cloth(WC), B) AEM(Anion Exchange Membrane-WC, C) CEM(Cation Exchange Membrane)-WC, D) PEM-No Wet proofing Carbon Cloth(NC). 분리막의 종류에 상관없이 최대전력밀도는 PEM-WC(510.9 $mW/m^2$), PEM-WC(522.1 $mW/m^2$), PEM-WC(504.8 $mW/m^2$)로 유사하였으나, 환원전극이 달랐던 PEM-NC는 218.3 $mW/m^2$으로 낮게 나왔다. 내부저항은 분리막의 종류에 상관없이 20.8-28.2 ${\Omega}$으로 유사하게 나타났다. PCR-DGGE, PCA, 종다양성 분석 결과, 부유미생물 군집은 시간이 경과함에 따라 다르게 나타났으며 기존 MFC 연구에서 보고되었던 uncultured bacteria가 관찰되었다. 한편, 부착미생물 군집은 분리막의 종류에 따라 큰 변화를 나타내지 않았지만, 환원전극의 특성에 따라 군집의 변화가 관찰되었다. 따라서, 기존의 이온교환막을 분리막으로 사용하는 공기환원전극 MFC에서는 환원전극의 선택도 중요한 것으로 나타났다.

• 생태와환경
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• 제37권4호통권109호
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• pp.406-410
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• 2004

2000년 두 댐 저수지와 유입 하천에서 월별 alkaline phosphatase activity (APA)을 측정하였다. 또한 2001년 여름 동안은 한 댐 저수지에서 APA의 수직변화와 관련된 요인들을 조사하였다. APA는 여름 동안 저수지 표층에서 상대적으로 높게 나타났으나 심층에서는 거의 변화가 없었다. 그러나 바닥층 바로 윗부분에서는 APA의 미미한 증가 관찰되었다. APA변화와 용존무기인 농도 변화와는 상관관계가 없었으며, 이 결과 조사 대상 저수지에서 APA는 인 이용성의 상태를 의미하지는 않는 것으로 추정되었다. 시료의 size-fractionation 분석 결과, 조사 대상 저수지들에서 APA는 $0.4{\mu}m$보다 큰 입자들에 흡착된 반면, 유입 하천에서는 용존형태로 존재하는 것으로 판단되었다. 저수지 유광층에서 엽록소-a의 농도와 APA간에 유의한 양의 상관성이 나타났다. 무광층에서 APA는 세균의 colony count와 양의 상관성을 나타냈으나 총 세균수와는 상관성이 없었다.

• 대한환경공학회지
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• 제35권6호
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• pp.449-455
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• 2013

소규모 하수처리시스템에 다양한 반송비와 고정식 담체를 적용하여 합성폐수에서 질소, 인의 제거를 검토하였다. 담체를 첨가 시 질소의 제거율은 40.1%에서 65.1%로 증가하였으나 COD와 인의 제거에는 영향이 없었다(<5%). 반송을 통해 유량을 2배(2Q)로 증가시킨 경우 질소의 제거율은 7% 정도가 증가하였으나, 인 제거율은 반송비가 증가됨에 따라 31.8에서 26.6%로 감소하였다. 무산소조에서 담체에 부착된 미생물은 약 73.4 $mg/cm^2$로 존재하였으며, FISH분석 결과 탈질 미생물인 Pseudomonas aeruginosa 존재 (약 58%)를 확인하였다.

• 한국물환경학회지
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• 제20권4호
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• pp.357-364
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• 2004

In this study, biodegradable organic matter was divided into a rapidly biodegradable fraction($BDOC_{rapid}$) and a slowly biodegradable fraction($BDOC_{slow}$) for various waters with different types of DOC. These fractions($BDOC_{rapid}$ and $BDOC_{slow}$) were defined by using a shaking incubation method modified from Carlson's method. Also, in this study, optimum incubation time and accuracy were investigated to determine $BDOC_{rapid}$ and $BDOC_{slow}$. When suspended bacteria obtained from raw water and BAC effluent, or attached bacteria from BAC was respectively used as an inoculum, the difference in total BDOC($BDOC_{total}$) was minimal. Therefore, total BDOC was determined in 7~8 days by the shaking method, which is comparable with Servais's method by which BDOC was determined in 28 days. In addition, the difference of BDOC between these two methods was within 7%. Although $BDOC_{rapid}$ and $BDOC_{slow}$ were effectively determined by a method defined by Klevens, the difference in optimal incubation time was significant for different water samples. However, when using the shaking method, optimal incubation time for $BDOC_{rapid}$ was found to be 3 days, therefore, the $BDOC_{rapid}$ was defined as the difference between $DOC_0$ and $DOC_{3days}$, and $BDOC_{slow}$ was defined as the difference between $BDOC_{total}$ and $BDOC_{rapid}$. As a conclusion, for determining the fraction of BDOC using the shaking method, the concentrations of an inoculurns and optimal incubation times used in this study were very effective.

• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.47-52
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• 2005

사람의 모발에 부착되어 있는 세균을 분리 동정한 후 이 세균들의 항생제 감수성을 확인하였다. 중환자실에 입원해 있는 환자와 건강인의 모발에서 39개의 세균을 분리한 결과, Staphylococcus epidermidis가 19주로 가장 많았으며 그 다음으로 S. aureus가 14주, S. waneri가 5주, S. pasteuri가 1주 순으로 나타났다. Amikacin, ampicillin, bacitracin, carbenicilline, cefazolin , cefoperazone , chloramphenicol, erythromycin, gentamicin, methicillin, nalidixic acid, neomycin, oxacillin, penicillin, streptomycin, tetracycline, vancomycin에 대한 내성을 디스크 확산법으로 확인하였다. 항생제에 내성을 나타내는 세균들은 모두 입원환자의 모발로부터 분리된 것들이었다. 사람의 모발에 부착된 세균을 제거하기 위해 시중에 유통되고 있는 모발 세정제와 계면활성제인 SDS를 처리하였으나 제거효과가 없었다. 이러한 결과는 사람의 모발에 부착되어 있는 세균들이 병원 등에서 교차 감염원이 될 수 있는 가능성을 보여주며, 모발에 부착되어 있는 세균 소독의 중요성을 확인시켜주었다.

• 미생물학회지
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• 제27권1호
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• pp.48-55
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• 1989

HA 비드에 부착한 S. sanguis 세포는 방사능 측정시 칵테일 속에서 비드에 여전히 부착되어 있음으로 비드에 의한 방사능의 sel-absorpiton이 일어났으며 그 정도는 염산용액으로 비드를 용해시킬 때 측정한 반사능값의 34.5% 이었다. 현탁액으로 준비한 세포의 방사능 측정과는 달리 HA 또는 SHA에 부착한 세포의 경우에는 소량의 scintillation 용액(2.5ml) 사용에서 더 좋은 측정값을 얻었다 . HA 비드에 의한 칭은 약 18% 이었다. 부착 assay 에 사용할 HA 비드 준비에 보통 이용되는 3가지의 dqkdqjqdm 비교에서는 차이가 없었다. 부착실험용의 세균세포는 초소리파로 세균사슬을 끊었는데 30초간의 파절로 세포하나 또는 두개로 주로 구성된 현탁액을 얻을 수 있었다. 본 연구에서는 HA 비드에 부착한 S. sanguis 세포를 측정할 때 self-absorpiton이 일어남을 발견하였고 부착한 세균을 비드에서 탈락하거나 또는 비드를 용해시킨 후 측정함으로써 self-absorption을 제거할 수 있었다. 그리고 부착한 세균의 방사능 측정에서는, 적정의 칵테일량을 발견하여 사용하므로 측정값을 유의하게 증가시킬 수 있었다. 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제22권9호
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• pp.1237-1242
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• 2012

정수처리 공정에서 생물활성탄(BAC) 공정은 미생물의 유기물 제거능을 극대화시킨 일종의 생물여과 공정이다. 본 연구는 낙동강 원수를 이용하여 재질이 다른 생물활성탄을 사용하고 있는 정수장을 대상으로 세균 군집을 조사하였다. 실험결과 석탄계 재질의 BAC 부착세균 생체량 및 활성도가 각각 $1.20{\sim}34.0{\times}10^7$ CFU/g, 0.61~1.10 mg-C/$m^3{\cdot}h$의 범위를 보여 세균 생체량과 DOC 제거율은 석탄계 재질이 가장 높은 것으로 나타났다. 부착세균을 동정한 결과 Pseudomonas 속이 우점하였으며, 그 다음으로 Chryseomonas 속, Flavobacterium 속, Alcaligenes 속, Acinetobacter 속, Sphingomonas 속 등의 순으로 동정되었다. 그리고 Pseudomonas cepacia는 석탄계 재질, Chryseomonas luteola는 목탄계 재질의 우점세균으로 조사되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제21권11호
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• pp.1174-1178
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• 2011

Exopolysaccharides (EPSs) are microbial polysaccharides that are released outside of the bacterial cell wall. There have been few studies on EPS-producing lactic acid bacteria that can enhance macrophage activity and the underlying signaling mechanism for cytokine expression. In the current study, EPS-overproducing Lactobacillus (L.) paracasei KB28 was isolated from kimchi and cultivated in conditioned media containing glucose, sucrose, and lactose. The whole bacterial cells were obtained with their EPS being attached, and the cytokine-inducing activities of these cells were investigated. Gas chromatography analysis showed the presence of glucose, galactose, mannose, xylose, arabinose, and rhamnose in EPS composition. EPS-producing L. paracasei KB28 induced the expression of tumor necrosis factor (TNF)-${\alpha}$, interleukin (IL)-6, and IL-12 in mouse macrophages. This strain also caused the degradation of $I{\kappa}B{\alpha}$ and phosphorylation of the major MAPKs: Jun N-terminal kinase (JNK), p38, and extracellular signal-regulated kinase (ERK)1/2. The use of pharmacological inhibitors showed that different signaling pathways were involved in the induction of TNF-${\alpha}$, IL-6 and IL-12 by L. paracasei KB28. Our results provide information for a better understanding of the molecular mechanisms of the immunomodulatory effect of food-derived EPS-producing lactic acid bacteria.