Gel 표준 물질의 핵자기 공명적 완화 성질들이 다공성 매체내 유체의 핵자기 공명적 완화 성질들과 잘 부합될 수 있기 때문에, agarose gel은 다공성 매체내 유체의 성질을 측정하기 위한 표준 물질로 사용될 수 있다. 다공성 매체의 세공도(porosity)와 포화도(saturation)를 결정하기 위한 표준물질의 사용을 논의하였고, gel의 핵자기 공명적 성질에 대한 필요조건들도 제시하였다. 2.0 Tesla에서 측정된 agarose gel의 완화시간은 agarose 농도와 상자기성 불순물의 ($CuSO_4$) 농도 함수로 표시하였고, agarose gel 조성과 완화시간 사이의 실험적 결과를 나타내었다. 세공도 분포에 대한 평균값은 17.7%이고, 이 값은 중량 분석법에 의해 계산된 값과 잘 일치한다. 끝으로, agarose gel을 표준 물질로 사용한 비혼화성 2상 유체실험을 수행하였다. 포화 profile들은 균일한 다공성 매체내에서 일차원 치환실험을 했을 때 계산된 결과와 잘 일치하고 있다.
제주도산 우뭇가사리로부터 agar를 제조하여 분석용 등급의 agarose 제조를 위하여 cetylpyridium chloride (CPC), polyethylene glycol (PEG), chitosan을 처리하여 agaropectin을 제거하여 agarose를 분리, 정제하였다. 3가지 방법중 chitosan을 처리하여 정제한 agarose는 황산기 함량이 가장 낮았으며, electroendosomosis도 가장 낮은 수치를 나타내어 분석용 agarose 제조를 위한 가장 효율적인 방법으로 나타났으며 실제 DNA 전기영동 실험에서도 가장 우수한 resolution을 나타내었으며 교차면역 전기영동에서도 시판되고 있는 제품에 비하여 품질이 양호함을 알 수 있었다.
Saccharomyces cerevisiae로 부터 glucose-6-phosphate dehydrogenase을 신속하고 간편하게 정제하는 과정을 affinity chromatography를 이용하여 개발하였다. 이 효소를 정제하는데 적절한 affinity medium을 조사해 본 결과, $NADP^+ -agarose$와 Affi-gel Blue(Cibacron Blue F3GA)가 Affi-gel Red(Procion Red HE-3B), AMP-agarose, ATP-agarose, 그리고 $NADP^+ -agarose$보다 유용함이 밝혀졌다. 이 두가지 affinity media에 흡착된 효소를 분리 하는데 가장 적합한 elution 조건을 조사하였는데 KCI gradient( (0-1.OM)가 효소의 순도 및 수회율을 가장 높일 수 있는 적합한 방법이었다. 특히 Affi-gel Blue를 사용할 경우, KCI gradient로 효소를 용출시키기 전에 NAD-(15mM)로NAD+에 친화역을 갖는 효소들을 제거하는 것이 enzyme의 순도를 높이는데 매우 효과적이었다. 그 결과 glucose-6-phosphate dehydrogenase를 baker's yeast로 부터 기존의 간단한 정제 과정과 affinity chromatography를 병행한 방식을 샤용하여 분리 하였는데, affinity medium으로 Affi-gel Blue를 사용했을 때는 180배 정도, NADP+-agarose를 사용했을 때는 2,000배 정도로 정제 되었다. 대량으로 glucose-6-phosphate dehydrogenase를 정제하는 경우, Affi-gel Blue를 사용하던 효소의 순도는 NADP+-agarose보다 낮으나, 효소의 회수율은 훨씬 더 높았다. 또한 G-6-P dehydrogenase에 대한 affinity medium의 capacity도 Affi-gel Blue가 NADP+-agarose보다 5배정도 높았으며 더우기 Affi-gel Blue는 여러번 반복적으로 사용될 수 있고, 그 제조 과정도 NADP+-agarose보다 간단하며 경비도 적게 들었다.
In this study, diffusion coefficients of 20 kDa FITC-dextran in 2% agarose gel with different cell concentrations were measured using fiberoptic-based fluorescence recovery after photobleaching technique. As increasing cell concentration suspended in agarose gel, the diffusion coefficients were decreased. The diffusion coefficient of agarose gel which contains $10{\times}10^6$ cells/ml was decreased to 11% that of in agarose gel without cells. The distribution of fluorescence dye in 3D scaffold was also simulated. The simulation result shows that the diffusion coefficient is more significant factor than the scaffold structure.
An improved procedure for the rapid purification of glucose-6-phosphate dehydrogenase from extracts of Saccharomyces cerevisiae was developed by using affinity chromatography. Among six affinty media tested, NADP$^{+}$-agarose and Affi-gel Blue were more effective than others (i.e., Affi-gel Red, AMP-agarose, ATP-agarose, and NAD$^{+}$-agarose). Conditions to desorb the enzyme bound to the affinity media were examined to increase the purity as well as yield. The best result was obtained when the column was developed with a linear gradient of KCl (0-1.0M). In case of Affi-gel Blue, introduction of NAD$^{+}$ (15mM) washing step prior to the salt gradient was most effective to remove NAD$^{+}$-binding proteins. For a large scale preparation of G-6-P dehydrogenase higher recovery was obtained by Affi-gel Blue than NADP$^{+}$-agarose, however, the purity of the enzyme was decreased by 10 times if the former was used as the affinity medium. The capacity of Affi-gel Blue for G-6-P dehydrogenase was found to be 5 times higher than that of NADP$^{+}$-agarose. Furthermore Affi-gel Blue could be reused repeatedly and its preparation is relatively easier and less expensive than NADP$^{+}$-agarose.X> +/-agarose.
The RNA transcripts produced from in vitro transcription reaction of BTV core were analyzed on agarose-urea gel. Fast migrating abortive RNAs, in addition to full length species of RNA, were observed. Fast migrating RNAs extracted from agarose-urea gel were hybridized to all 10 segments of genomic ds RNA, while solw migrating RNAs extracted from agarose-urea gel were hybridized only to the large and medium size genomic ds RNA. These results indicate that fast migrating RNA transcripts are most likely the products of abortive transcription.
Agar로부터 agarose 제조 시 유기용매를 이용해서 황을 제거하는 방법이 일반적으로 많이 사용되어진다. 하지만 agar의 황을 가수 분해하는 효소를 사용할 경우 agarose 제조 시공정과정을 획기적으로 간소화할 수 있다. 따라서 arylsulfatase로 agaropectin에서 황 제거를 통해 agarose로 바꾸는 공정은 간단하고 높은 수율을 얻을 수 있기 때문에 agarose 생산에 효율적으로 적용할 수 있다. 본 연구에서는 arylsulfatase를 세포표면에 발현하는 효모생촉매를 이용하여 제조한 agarose의 황 함량과 gel 강도를 측정하였다. 처리한 효모(효)소의 농도가 증가할수록 증가된 탈황 반응에 의해 황함량이 줄어들었고, 특히 35 unit/mL의 효소 농도로 처리하였을 때 황 함량은 0.2%까지 감소하는 것을 확인할 수 있었다. 황 함량을 가장 낮출 수 있는 최적 조건은 0.6% agar(Junsei) 용액에 효모 표층 arylsulfatase 35 unit/mL로 처리하고 $40^{\circ}C$에서 3시간 반응시켰을 때 였다. 또한 1.0% DNA 전기 영동용 agarose의 gel 강도는 효모 표층 arylsulfatase 처리로 제조된 agarose의 경우 $559.8{\pm}0.12$로 상업적 agarose의 gel 강도($880.6{\pm}0.15\;g/cm^2$와) 보다는 낮았다. 따라서 효모 S. cerevisiae의 세포 표면에서 발현된 재조합 arylsulfatase 효소를 이용하여 agar로부터 전기영동용 agarose의 생산 공정에 적용 가능함을 알 수 있었다.
Direct colony hybridization on agarose gel plate was established for the identification of recombinant plasmids. The hybridization of the probe to nucleic acids on dried gel without transferring to solid supports was more effective and simpler than hybridization of such probes to materials immobilized on filters such as nitrocellulose or nylon. D-cycloserine in overlaying agamse was essential for releasing the nucleic acids from colony.
Agarose hydrogel, a solid electrolyte, was investigated voltammetrically in terms of transport properties and natural convection effects using a ferrocenyl compound as a redox probe. To confirm the diffusion properties of solute on the agarose interface, the diffusion coefficients (D) of ferrocenemethanol in agarose hydrogel were determined by cyclic voltammetry (CV) according to the concentration of agarose hydrogel. While the value of D on the agarose interface is smaller than that in the bulk solution, the square root of the scan rate-dependent peak current reveals that the mass transport behavior of the solute on the agarose surface shows negligible convection or migration effects. In order to confirm the reduced natural convection on the gel interface, scan rate-dependent CV was performed in the solution phase and on the agarose surface, respectively. Slow scan voltammetry at the gel interface can determine a conventional and reproducible diffusion-controlled current down to a scan rate of 0.3 mV/s without any complicated equipment.
Agar was extracted from Gelidium amansii, which was harvested at the shores of Jeju Island in South Korea. As a unique solvent, the ability of dimethyl sulfoxide (DMSO) was used to separate agarose from agar by removing agaropectine and quality of the resultant agarose was characterized for chromatography purposes. Agar sample was agitated by motor-driven stirrer with DMSO in a water bath (at 70$^{\circ}C$ for 2 h) and centrifuged (3,000 rpm for 20 min). Resultant upper agarose layer was gelled, washed, dried and milled. The quality of agarose was evaluated by the analysis of proximate chemical composition, sulfate content, gelling strength and DNA migration. In this study, the separated agarose showed low sulfate amount (0.28%) and showed high gel strength (1190 g ${\cdot}\;cm^{-2}$). The resolution power and the ligase activities gave clear picture about the suitability of the present agarose for practical purposes.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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