• Mycobiology
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• 제50권4호
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• pp.254-257
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• 2022

Wolfiporia cocos is a wood-decay brown rot fungus belonging to the family Polyporaceae. While the fungus grows, the sclerotium body of the strain, dubbed Bokryeong in Korean, is formed around the roots of conifer trees. The dried sclerotium has been widely used as a key component of many medicinal recipes in East Asia. Wolfiporia cocos strain KMCC03342 is the reference strain registered and maintained by the Korea Seed and Variety Service for commercial uses. Here, we present the first draft genome sequence of W. cocos KMCC03342 using a hybrid assembly technique combining both short- and long-read sequences. The genome has a total length of 55.5 Mb comprised of 343 contigs with N50 of 332 kb and 95.8% BUSCO completeness. The GC ratio was 52.2%. We predicted 14,296 protein-coding gene models based on ab initio gene prediction and evidence-based annotation procedure using RNAseq data. The annotated genome was predicted to have 19 terpene biosynthesis gene clusters, which was the same number as the previously sequenced W. cocos strain MD-104 genome but higher than Chinese W. cocos strains. The genome sequence and the predicted gene clusters allow us to study biosynthetic pathways for the active ingredients of W. cocos.

• 대한전자공학회논문지SD
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• 제41권6호
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• pp.25-31
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• 2004

본 논문에서는 나노 스케일 확산 공정 모사를 위한 방법으로 동력학적 몬테칼로(kinetic Monte Carlo)를 소개하고자 한다. 먼저 동력학적 몬테칼로의 이론과 배경을 살펴보고 실제적인 이해를 돕기 위하여 실리콘 기판에 이온(전자) 주입 후 열처리과정에서 일어나는 점결함의 확산을 동력학적 몬테칼로를 이용하여 모사하는 간단한 예를 보여주고 있다. 동력학적 몬테칼로는 몬테칼로의 일종이지만 기존의 몬테칼로에서 구현하지 못하였던 물리적인 시간을 포아송 확률 과정을 통하여 구현하였다. 동력학적 몬테칼로 확산 공정 모사에서는 연속 확산 미분 방정식의 해를 구하는 기존의 유한 요소 수치 해석적 방법과 달리원자 상호간 혹은 원자와 결함 또는 결함들 간의 화학적 반응과 입자들의 확산 과정을 포아송 확률 과정에 따라 일어나는 화학적 반응, 입자들의 확산 사건의 연속으로 본다. 사건마다 고유의 사건 발생 확률을 갖고 이 사건 발생 확률에 따라 일어나는 확률적 사건의 연속적 발생으로 실제의 반도체 확산 공정을 시간에 따라 직접적으로 모사할 수 있다. 입자들 간의 화학적 반응 사건 확률과 입자들의 확산 공정에 필요한 확률적 인자들은 분자 동역학, 양자 역학적 계산, 흑은 실험으로 얻어진다.