• 제목/요약/키워드: X-Ray crystallography

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2차원 격자 형태의 구리 배위 고분자: Bromo(pyrazine)copper(I), [CuBr(pyz)]의 합성 및 구조 (A Two-dimensional Grid of Copper (I) Coordination Polymer: Preparation and Structure of Bromo(pyrazine)copper(I), [CuBr(pyz)])

  • 백지영;김한나;이연경
    • 한국결정학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.5-8
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    • 2004
  • Copper(I) bromide(CuBr) 와 pyrazine($C_4H_4N_2$, pyz)의 수열 반응으로 2차원 배위 고분자 [CuBr(pyz)] (1)이 얻어졌다. X-ray 구조 결정 결과, 고분자 1은 4.0${\times}$5.7 ${\AA}$ 크기를 갖는 직사각형 격자들을 토대로 한 2차원 그물 망 구조를 갖고 있었다. 고분자 1은 b-축 방향으로 통로(channel)를 갖고 있다.

Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Analysis of Peptide Deformylase from Staphylococcus aureus

  • Kim, Hyeon-Woo;Yoon, Hye-Jin;Kim, Hyung-Wook;Mikami, Bunzo;Suh, Se-Won
    • 한국결정학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.40-43
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    • 2004
  • The peptide deformylase from the pathogenic bacterium Staphylococcus aureus has been over-expressed in Escherichia coli and crystallized in the presence of the inhibitor actinonin at 297 K using polyethylene glycol 20000 as a precipitant. X-ray diffraction data have been collected to 2.2 ${\AA}$ resolution. The crystal is trigonal, belonging to the space group $P3_121$ (or its enantiomorph $P3_221$), with unit cell parameters of a = b = 62.70 ${\AA}$ c = 108.23 ${\AA}$, ${\alpha}\;=\;{\beta}\;=\;90^{\circ},\;and\;{\gamma}\;=\;120^{\circ}$. An asymmetric unit contains a monomer of the recombinant enzyme, giving a $V_M$ of 2.84 ${\AA}^3\;Da^_{-1}$ and a solvent content of 56.7%.

Structural analysis of sialyltransferase PM0188 from Pasteurella multocida complexed with donor analogue and acceptor sugar

  • Kim, Dong-Uk;Yoo, Ji-Ho;Lee, Yong-Joo;Kim, Kwan-Soo;Cho, Hyun-Soo
    • BMB Reports
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    • 제41권1호
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    • pp.48-54
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    • 2008
  • PM0188 is a newly identified sialyltransferase from P. multocida which transfers sialic acid from cytidine 5'-monophosphonuraminic acid (CMP-NeuAc) to an acceptor sugar. Although sialyltransferases are involved in important biological functions like cell-cell recognition, cell differentiation and receptor-ligand interactions, little is known about their catalytic mechanism. Here, we report the X-ray crystal structures of PM0188 in the presence of an acceptor sugar and a donor sugar analogue, revealing the precise mechanism of sialic acid transfer. Site-directed mutagenesis, kinetic assays, and structural analysis show that Asp141, His311, Glu338, Ser355 and Ser356 are important catalytic residues; Asp141 is especially crucial as it acts as a general base. These complex structures provide insights into the mechanism of sialyltransferases and the structure-based design of specific inhibitors.

2차원 Manganese-Imidazoledicarboxylate 배위 고분자:aqua(imidazole-4,5-dicarboxylateo)manganese(II), [Mn(IDC)($H_2O$)]의 합성 및 구조 (2-Dimensional Manganese-Imidazoledicarboxylate Coordination Polymer:Preparation and Structure of aqua(imidazole-4,5-dicarboxylateo)manganese(II), [Mn(IDC)($H_2O$)])

  • 민동원;이순원
    • 한국결정학회지
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    • 제12권4호
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    • pp.212-215
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    • 2001
  • NaOAC·3H₂O 존재 하에서, manganese nitrate(Mn(NO₃)₂·H₂O )와 imidzole-4,5-dicarboxylic acid(IDCH₂)가 수열반응하여, 실험식 [Mn(IDC)(H₂O)]을 가지는 2차원 배위고분자 합성되었다. 화합물 1의 구조가 분광학적 방법(IR) 및 X-ray 회절법으로 규명되었다. 화합물의 1의 결정학적 자료: 사방정계 공간군 Pbca, a=7.257(5) Å b=13.687(5)Å, c=14.332(6)Å Z=8, R(wR₂)=0.0498(0.0999).

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trans-Dichlorobis(diisopropylaniline) palladium(II), trans-$[Pd(NH_2-C_6H_3-2, 6-i-Pr_2)_2Cl_2]$의 합성 및 구조 (Synthesis and Structure of trans-Dichlorobis(diisopropylaniline) palladium(II), trans-$[Pd(NH_2-C_6H_3-2, 6-i-Pr_2)_2Cl_2]$)

  • Hye Jin Kim;Won Seok Han;Soon Won Lee
    • 한국결정학회지
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    • 제12권3호
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    • pp.137-140
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    • 2001
  • 화합물 PdCl₂(PhC≡N)₂(1) 와 2.6-diisopropylaniline 이 반응하여 trans-[Pd(NH₂-C/sub 6/-H₃-2, 6-i-Pr₂)₂Cl₂] (2)가 합성하였다. 화합물 2의 구조가 분광학적 방법(¹H-NMR, /sup 13/C-NMR, IR) 및 X-ray 회절법으로 규명되었다. 화합물 2의 결정학 자료: 단사정계 공간군 P2₁/n, a=13.532(3)Å, b=5.749(1)Å, c=17.880(4)Å, β=103.84(2)°, Z=2, R(wR₂)=0.0466(0.1226).

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3차원 Zinc-Phosphate 배위 고분자: $Zn_3(PO_4)_2(H_2O)$의 수열합성 및 구조 (A Three-Dimensional Zinc-Phosphate Coordination Polymer: Hydrothermal Synthesis and Structure of $Zn_3(PO_4)_2(H_2O)$)

  • Dongwon Min;Ji-Young Back;Hyun Sue Hoe;Soon Won Lee
    • 한국결정학회지
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    • 제12권3호
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    • pp.145-149
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    • 2001
  • Pyrazine 존재 하에서, Zn(NO₃)₂·존재 하에서 . Zn(NO,)7·6H₂O와 K₂HPO₄가 수열반응하여 Zn₃(PO₄)₂(H₂O) (1)실험식을 갖는 3차원 zinc-phosphate 배위 고분자가 합성되었다. 화합물 1의 구조가 IR 분광법 및 X-ray 회절법으로 규명되었다. 화합물 1의 결정학적 자자료: 단사정계 공간군 P2₁/c, a=8.750(1)Å, b=4.901(1)Å, c=16.759(3)Å, β=94.98(2)°, Z=4, R(wR₂)=0.0332(0.0927).

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4중 가교 산소 리간드를 함유한 1차원 아연 배위 고분자:$[Zn_4(1,3- BDC)_3({\mu}_4-O)\; (pyridine)_2]$ (1,3-BDC : 1, 3-benzenedicarboxylate) (1-Dimensional Zinc Polymer Containing the Quadruply Bridging Oxygen Ligand : $[Zn_4(1,3- BDC)_3({\mu}_4-O)\;(pyridine)_2]$)

  • 민동원;이순원
    • 한국결정학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.69-73
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    • 2004
  • 피리딘 존재 하에서 zinc(II) nitrate $(Zn(NO_3)_2{\cdot}6H_2O)$$1,3-BDCH_2\;(1,3-BDC=1,3-benzenedicarboxylate)$의 수열, 용매 반응으로 1차원 배위 고분자 $[Zn_4(1,3- BDC)_3({\mu}_4-O)\; (pyridine)_2]$ (1)이 얻어졌다. X-ray구조 결정 결과,고분자 1이 4중 가교 산소 리간드를 갖고 있음이 밝혀졌다. 고분자 1는 2개의 띠로 구성되어 있으며, 각 띠는 1,3-BDC 리간드에 의해서 단위체들이 연결되어 된다.

BENTAZONE, $C_{10}H_{12}N_2O_3S$의 결정 및 분자구조 (The Crystal and Molecular Structure of BENTAZONE, $C_{10}H_{12}N_2O_3S$)

  • 박권일;조성일
    • 한국결정학회지
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    • 제8권2호
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    • pp.144-148
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    • 1997
  • 단결정 X-ray 회절법을 이용하여 Bentazone, C10H12N2O3S의 결정 및 부자구조를 규명하였다. 공간군은 P21/c이며 a=9.7818(9)Å, b=9.6095(9)Å, c=13.5737(9)Å, β=97.269(1)', Z=4, V=1136.1(6) Å. 직접법으로 개략적인 분자모델을 설정하고, 1396(Fo2>4σFo2)개의 독립 회절반점에 완전행력 최소자승법으로 정밀화하여 최종신뢰도값, R=0.045인 최종적인 분자모형을 구하였다. 분자내의 Thiocarbazin ring과 Isopropyl작용기는 staggered conformation을 이루고 있으며, 수소결합에 의하여 결합된 분자들은 c-축 방향으로 교차 하면서 packing 되어 있다.

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$Re(NC_6F_5)(PPh_3)_2Cl_3 $화합물의 합성 및 구조 (Preparation and Structure of $Re(NC_6F_5)(PPh_3)_2Cl_3 $)

  • 박병규;김영웅
    • 한국결정학회지
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    • 제7권2호
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    • pp.113-119
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    • 1996
  • Re(O)(PPh3)2Cl3과 2,3,4,5,6-pentafluoroaniline (C6F5NH2)의 반응으로 Re(NC6F5)(PPh3)2Cl3 생성물을 얻었다. 이 화합물의 구조를 1H-NMR, 원소분석, 그리고 X-ray 회절법으로 규명하였다. 화합물을 사방정계로 (Pna21, a=18.763Å, b=14.737(2)Å, c=16.707(3)Å, Z=4) 결정화되었다. 최소자승법으로 구조를 정밀화한 결과 신뢰도는 R(wR2) = 0.0455(0.1148)였다.

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Purification, Crystallization, Preliminary X-ray Diffraction and Molecular-Replacement Studies of White-Breasted Water hen (Amaurornis Phoenicurus) Haemoglobin

  • Jagadeesan, G.;Jaimohan, S.M.;Malathy, P.;Aravindhan, S.
    • 통합자연과학논문집
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    • 제6권4호
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    • pp.193-196
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    • 2013
  • Haemoglobin is an interesting physiologically significant protein composed of specific functional prosthetic haem and globin moieties. In recent decades, there has been substantial interest in attempting to understand the structural basis and functional diversity of avian haemoglobins (Hbs). Towards this end, purification, crystallization, preliminary X-ray diffraction and molecular-replacement studies have been carried out on Amaurornis phoenicurus Hb. Crystals were grown by the hanging drop vapor-diffusion method using PEG 2000 and NaCl as precipitants. The crystals belonged to the primitive monoclinic system $P2_1$, with unit-cell parameters $a=65.33{\AA}$, $b=93.14{\AA}$, $c=98.54{\AA}$, ${\beta}=100.48^{\circ}$; a complete data set was collected to a resolution of $2.6{\AA}$. The Matthews coefficient of $2.30{\AA}^3Da^{-1}$ for the crystal indicated the presence of two ${\alpha}_2{\beta}_2$ tetramers in the asymmetric unit.