• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.30-36
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• 2006

Tissue microarray (TMA) is an array-based technology allowing the examination of hundreds of tissue samples on a single slide. To handle, exchange, and disseminate TMA data, we need standard representations of the methods used, of the data generated, and of the clinical and histopathological information related to TMA data analysis. This study aims to create a comprehensive data model with flexibility that supports diverse experimental designs and with expressivity and extensibility that enables an adequate and comprehensive description of new clinical and histopathological data elements. We designed a Tissue Microarray Object Model (TMA-OM). Both the Array Information and the Experimental Procedure models are created by referring to Microarray Gene Expression Object Model, Minimum Information Specification For In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments (MISFISHIE), and the TMA Data Exchange Specifications (TMA DES). The Clinical and Histopathological Information model is created by using CAP Cancer Protocols and National Cancer Institute Common Data Elements (NCI CDEs). MGED Ontology, UMLS and the terms extracted from CAP Cancer Protocols and NCI CDEs are used to create a controlled vocabulary for unambiguous annotation. We implemented a web-based application for TMA-OM, supporting data export in XML format conforming to the TMA DES or the DTD derived from TMA-OM. TMA-OM provides a comprehensive data model for storage, analysis and exchange of TMA data and facilitates model-level integration of other biological models.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2006년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.33 No.1 (B)
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• pp.178-180
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• 2006

기존의 Ontology를 이용한 이미지 검색 시스템이나. 간단한 구조를 가진 메타데이터 기반의 분산 이미지 검색 시스템들의 단정들을 극복하기 위해 다양한 이미지 제공자들의 자율성을 보장하면서, 시맨틱 기반의 이미지 검색을 지원하는 분산 시각미디어 검색 프레임워크가 제안되었다. 하지만 제안된 프레임워크에서는 Visual Media Data를 제공하는 Provider와 클라이언트의 Query를 처리해서 Provider에게 전달하는 Broker 사이의 연결 상태에 대한 신뢰성이 보장되지 않았고, 다수의 클라이언트 접속에 의해 발생하는 Broker 내부 컴포넌트들의 Overhead 문제를 효과적으로 해결할 수 없었다. 본 논문에서는 기존의 프레임워크에 Monitoring 시스템을 도입하여 Broker 내부 컴포넌트들의 수행시간을 측정하여 저장함으로써, 다수의 클라이언트 요구에 의해서 Overhead가 발생하는 컴포넌트들을 Monitoring 할 수 있고, Provider의 연결 상태를 정기적으로 확인하여 Broker 내부에 등록되어 있는 Provider의 도메인 리스트를 서버 상태가 확인된 리스트로 업데이트 시켜줌으로써 연결 상태에 대한 신뢰성을 제공할 수 있도록 하기 위한 Monitoring 시스템을 제안한다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2006년도 추계학술발표대회
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• pp.23-26
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• 2006

최근 대부분의 이러닝(E-Learning)을 교육하는 사이트는 학습 콘텐츠를 검색하는 방법이 단순한 리스트의 나열과 택스트 매칭(Text matching)방법을 사용하는 단점이 있다. 이를 보완하기 위해 좀 더 컴퓨터가 정보 데이터의 의미를 분석하여 검색이 가능하도록 개념 네트워크인 시맨틱웹(Semantic Web)이 등장하였다. 본 논문에서는 이러한 시맨틱웹의 온톨로지(Ontology) 언어 중에 토픽맵(Topic Maps)을 사용하여 많은 양의 학습 정보 데이터를 쉽고도 정확하게 연결 지어 학습 콘텐츠에 대한 정보를 표현하고, 구조화할 수 있는 방법을 모색해 보고자 한다. 학습자의 관심분야 정보, 학습객체의 학습 권장자의 정보와 함께 학습 경험과 검색 빈도수를 분석한 협력 필터링과 학습 에이전트의 개인화 기법을 동시에 사용하여 선호도를 분석한다. 이 선호도를 가지고 학습자의 메타데이터를 생성하고, 로그 데이터를 따로 데이터베이스에 저장한다. 이러한 학습자의 정보와 학습 콘텐츠간의 정보를 상호 연결하여, 그 토픽맵을 사용하여 연관관계를 정의해 줌으로써 학업성취도를 높이고, 학습자 개개인의 성향에 가장 알맞은 학습 콘텐츠를 탐색해가는 네비게이터(Navigator)를 설계하였다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2006년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.33 No.1 (B)
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• pp.13-15
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• 2006

과학기술 연구분야에서 인력, 기관 등의 연구 주체와 논문, 과제, 지적재산권 등의 성과에 대한 온톨로지는, 시맨틱 웹 환경에서 이질적 과학기술 연구정보의 의미적 통합과 자동화된 유통, 그리고 암묵적 지식의 추론을 가능케 할 것이다. 이 논문에서는 현재 한국과학기술정보연구원에서 개발 중인 국가과학기술 R&D 기반정보 은톨로지를 소개하고, 그의 응용으로써 은톨로지에 내재된 암묵적 지식들을 규칙을 사용하여 추론하는 과정의 기술에 중점을 둔다. 상기 은톨로지는 인스턴스의 유일성 확보를 위해 URI(Uniform Resource identifier)서버에 기반하여 온톨로지 인스턴스에 고유한 URI를 할당하는 데 중점을 두고 설계되었으며, 논문의 특정순위저자를 모델링한 저작자정보 클래스를 은톨로지 스키마 상에 명시적으로 표현한다는 특징이 있다.

• Genomics & Informatics
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• 제3권3호
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• pp.68-73
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• 2005

Pharmacogenomics research requires an intelligent integration of large-scale genomic and clinical data with public and private knowledge resources. We developed a web-based knowledge base for KPRN (Korea Pharmacogenomics Research Network, http://kprn.snubi. org/). Four major types of information is integrated; genetic variation, drug information, disease information, and literature annotation. Eighteen Korean pharmacogenomics research groups in collaboration have submitted 859 genotype data sets for 91 disease-related genes. Integrative analysis and visualization of the large collection of data supported by integrated biomedical path­ways and ontology resources are provided with a user-friendly interface and visualization engine empowered by Generic Genome Browser.

• 한국지능정보시스템학회:학술대회논문집
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• 한국지능정보시스템학회 2007년도 추계학술대회
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• pp.451-456
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• 2007

유비쿼터스 컴퓨팅 환경을 구축하기 위해서는 사용자 및 주변 상황에 관한 인지기술이 필수적이다. 이에 따라 이기종 분산형 시스템에서 언어와 기종에 영향을 받지 않고 사용자 Context를 인지하고 표현하는 문제는 해결해야할 중요한 과제로 대두되었다. 이에 따라, 본 논문에서는 이 과제를 해결하기 위하여 시맨틱 웹 기술 및 퍼지 개념을 이용하여 사용자 Context를 기술하는 것을 제안한다. 온톨로지는 컴퓨터가 정보자원의 의미를 파악하고 자동적으로 처리할 수 있도록 고안된 지식표현 언어이므로 이기종 시스템 하에서의 사용자 Context를 표현하는데 적합하다. 한편, 사용자가 접할 실세계의 환경은 일반집합(Crisp Set)으로 표현하기 힘들기 때문에 본 논문에서는 퍼지개념과 표준 웹 온톨로지 언어 OWL이 융합된 Fuzzy OWL언어를 사용했다. 본 논문에서 제안하는 방법은 Context를 Fuzzy OWL로 표현하기 위하여 먼저 사용자가 접한 환경정보들을 수치로 표현한다. 그리고 이를 OWL로 기술하며 OWL로 표현된 사용자 Context를 Fuzzy OWL로 변환한다. 마지막으로 퍼지 개념이 포함된 사용자 Context를 이용하여 자동적인 상황인지가 가능한지 여부를 퍼지 추론 엔진인 FiRE를 사용하여 실험한다. 본 논문에서 제시한 방법을 사용하면 이기종 분산시스템에서도 사용할 수 있는 형태로 Context를 기술할 수 있다. 그리고 기술된 Context를 기반으로 현재 사용자가 접한 환경의 상태를 추론할 수 있다. 또한 퍼지 기술 로직 언어(Fuzzy Description Logic)기반 추론기인 FiRE를 이용하여 이를 검증한다.

• Genomics & Informatics
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• 제19권2호
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• pp.16.1-16.14
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• 2021

Even in the current age of advanced medicine, the prognosis of malignant peritoneal mesothelioma (MPM) remains abysmal. Molecular mechanisms responsible for the initiation and progression of MPM are still largely not understood. Adopting an integrated bioinformatics approach, this study aims to identify the key genes and pathways responsible for MPM. Genes that are differentially expressed in MPM in comparison with the peritoneum of healthy controls have been identified by analyzing a microarray gene expression dataset. Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway analyses of these differentially expressed genes (DEG) were conducted to gain a better insight. A protein-protein interaction (PPI) network of the proteins encoded by the DEGs was constructed using STRING and hub genes were detected analyzing this network. Next, the transcription factors and miRNAs that have possible regulatory roles on the hub genes were detected. Finally, survival analyses based on the hub genes were conducted using the GEPIA2 web server. Six hundred six genes were found to be differentially expressed in MPM; 133 are upregulated and 473 are downregulated. Analyzing the STRING generated PPI network, six dense modules and 12 hub genes were identified. Fifteen transcription factors and 10 miRNAs were identified to have the most extensive regulatory functions on the DEGs. Through bioinformatics analyses, this work provides an insight into the potential genes and pathways involved in MPM.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2011년도 춘계학술발표대회
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• pp.414-415
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• 2011

Due to heterogeneity in Data and Processes, healthcare systems are facing the challenge of interoperability. This heterogeneity results in different healthcare workflows of each individual organization. The compatibility of these heterogeneous workflows is possible when standards are followed. HL7 is one of the standards that is used for communicating medical data between healthcare systems. Its newer version V3 is providing semantic interoperability which is lacking in V2. The interoperability in HL7 V3 is only limited to data level and process level interoperability needs to be catered. The process level interoperability is achieved only when heterogeneous workflows are aligned. These workflows are very complex in nature due to continuous change in medical data resulting in problems related to maintenance and degree of automation. Semantic technologies plays important role in resolving the above mentioned problems. This research work is based on the integration of semantic technology in HL7 V3 standard to achieve semantic process interoperability. Web Service Modeling Framework (WSMF) is used for incorporating semantics in HL7 V3 processes and achieves seamless communication. Interaction Ontology represents the process artifacts of HL7 V3 and helps in achieving automation.

• 지능정보연구
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• 제17권2호
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• pp.39-60
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• 2011

웹 2.0 기술이 소개된 이후 소셜 네트워크 서비스는 미래 정보기술의 기초로서 중요하게 인식되고 있다. 이에, 웹2.0 환경에서 소셜 네트워크를 구축하기 위하여 온톨로지 기반의 사용자 프로필 기술 도구인 FOAF를 활용하기 위한 다양한 연구가 이뤄지고 있다. 그러나 FOAF를 이용하여 소셜 네트워크를 생성 및 관리하는 대부분의 방법은 시간의 흐름에 따라 변화하는 사용자의 소셜 네트워크를 자동적으로 반영하기 어려운 단점이 있으며 다양한 소셜 미디어 서비스가 제공되는 환경에서는 FOAF를 동적으로 관리하기가 쉽지 않다. 따라서 본 논문에서는 기존 FOAF를 이용한 소셜 네트워크 추출방법의 한계를 극복하기 위하여 사용자 프로파일 기술 언어인 FOAF와 웹 저작물 출판 매커니즘인 RSS를 OLAP 시스템에 적용시켜 동적으로 FOAF를 갱신하고 관리하기 위한 방법을 제안한다. 본 논문에서 제안하는 방법은 수집한 FOAF와 RSS 파일들을 스타스키마로 설계된 데이터베이스에 넣어 OLAP 큐브를 생성한다. 그리고 OLAP 연산을 이용하여 사용자의 연결관계를 분석하고 FOAF에 그 결과를 반영한다. 본 논문에서 제안하는 방법은 이기종 분산처리 환경 하에서 데이터의 상호호환성을 보장할 뿐만 아니라 시간의 흐름에 따른 사용자의 관심 및 이슈 등의 변화를 효과적으로 반영한다.

• 지능정보연구
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• 제15권1호
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• pp.87-102
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• 2009

최근 Web 2.0 발달과 더불어 블로그나 온라인 카페 등 웹 상의 네트워크화 된 정보 공간에 사용자가 자신의 개인적인 정보를 자유롭게 게재할 수 있도록 하는 서비스가 증가하면서, 이 사용자들 간의 관계에 초점을 맞춘 소셜 네트워크 분야의 연구가 활발히 이루어지고 있다. 이와 같은 사용자들은 단순히 사회적인 측면뿐만 아니라 교육, 정치, 경제 등의 다양한 분야의 가상의 커뮤니티를 형성함으로서 현대 사회의 주요한 한 부분으로 자리매김하고 있다. 하지만 많은 소셜 네트워크 서비스가 정보자원을 컴퓨터가 처리할 수 있는 의미적인 정보로 표현하고 있지 않기 때문에 서로 다른 도메인 간에 공유와 재사용이 제대로 이루어지지 않고 있다. 또한 사회적 개체들 간의 관계가 명확하게 정의되어 있지 않아 알려져 있지 않은 의미적 관계를 발견해내는 소셜 네트워크 분석에 어려움이 있다. 본 논문에서는 가상 커뮤니티의 사용자들이 업로드 한 사진 데이터를 이용하여 사진 속의 개체나 소유자들 간의 사회적 관계를 분석하기 위해 시맨틱 웹 기반의 소셜 네트워크 분석 시스템을 제안한다. 온톨로지를 기반으로 사진에서 추출된 얼굴 개체간의 관계와 이미 인맥 관계를 형성하고 있는 사람들의 정보적 연결성을 명확하게 정의하고 도메인 규칙을 활용하여 의미 있는 사회적 연결 관계를 추론한다. 최종적으로 이를 그래프로 시각화하여 사용자에게 제공함으로써 온라인 상에서 형성된 커뮤니티 내에서 효율적인 소셜 네트워크 분석(Social Network Analysis)을 도모하고 이를 기반으로 다양한 응용 분야에 활용하는 방법을 모색한다.