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Epigenetic Regulation of Fungal Development and Pathogenesis in the Rice Blast Fungus

  • Jeon, Junhyun
    • 한국균학회소식:학술대회논문집
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    • 한국균학회 2014년도 추계학술대회 및 정기총회
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    • pp.11-11
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    • 2014
  • Fungal pathogens have huge impact on health and economic wellbeing of human by causing life-threatening mycoses in immune-compromised patients or by destroying crop plants. A key determinant of fungal pathogenesis is their ability to undergo developmental change in response to host or environmental factors. Genetic pathways that regulate such morphological transitions and adaptation are therefore extensively studied during the last few decades. Given that epigenetic as well as genetic components play pivotal roles in development of plants and mammals, contribution of microbial epigenetic counterparts to this morphogenetic process is intriguing yet nearly unappreciated question to date. To bridge this gap in our knowledge, we set out to investigate histone modifications among epigenetic mechanisms that possibly regulate fungal adaptation and processes involved in pathogenesis of a model plant pathogenic fungus, Magnaporthe oryzae. M. oryzae is a causal agent of rice blast disease, which destroys 10 to 30% of the rice crop annually. Since the rice is the staple food for more than half of human population, the disease is a major threat to global food security. In addition to the socioeconomic impact of the disease it causes, the fungus is genetically tractable and can undergo well-defined morphological transitions including asexual spore production and appressorium (a specialized infection structure) formation in vitro, making it a model to study fungal development and pathogenicity. For functional and comparative analysis of histone modifications, a web-based database (dbHiMo) was constructed to archive and analyze histone modifying enzymes from eukaryotic species whose genome sequences are available. Histone modifying enzymes were identified applying a search pipeline built upon profile hidden Markov model (HMM) to proteomes. The database incorporates 22,169 histone-modifying enzymes identified from 342 species including 214 fungal, 33 plants, and 77 metazoan species. The dbHiMo provides users with web-based personalized data browsing and analysis tools, supporting comparative and evolutionary genomics. Based on the database entries, functional analysis of genes encoding histone acetyltransferases and histone demethylases is under way. Here I provide examples of such analyses that show how histone acetylation and methylation is implicated in regulating important aspects of fungal pathogenesis. Current analysis of histone modifying enzymes will be followed by ChIP-Seq and RNA-seq experiments to pinpoint the genes that are controlled by particular histone modifications. We anticipate that our work will provide not only the significant advances in our understanding of epigenetic mechanisms operating in microbial eukaryotes but also basis to expand our perspective on regulation of development in fungal pathogens.

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실버형 멀티미디어 정보 시스템 설계 (Design of Multimedia Information System for the Aged)

  • 한정수
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제8권10호
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    • pp.151-157
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    • 2008
  • 본 연구는 점차로 확대되고 있는 실버 관련 전문정보의 체계적인 수집과 관리에 대한 요구를 바탕으로 멀티미디어 DB를 기반으로 한 실버포탈사이트를 구축하고 실버 관련 정보제공을 위한 디지털 콘텐츠 개발을 통하여 실버형 멀티미디어 정보 시스템을 구축하고자 한다. 또한 온-오프라인을 포괄하는 노인전문 온톨로지 기반 정보저장소를 구축하고자 한다. 실버형 정보를 분석하여 각 정보에 대한 의미적 관계를 추출하고 각종 어휘에 대한 계층적 구조를 파악하고 이를 통한 에이전트별 기능을 설계하여 온톨로지 기반 정보저장소를 설계 구축한다. 또한, 다양한 정보 및 디지털 콘텐츠를 개발하여 국내 노인복지시설에 대한 체계적인 멀티미디어 DB망을 구축하고 국내의 각 노인복지 시설에 대한 자동 등록이 가능한 웹 프레임웍을 개발하여, 업체별 시설별 이용현황과 통계 현황을 지원할 수 있도록 설계하였다.

The World as Seen from Venice (1205-1533) as a Case Study of Scalable Web-Based Automatic Narratives for Interactive Global Histories

  • NANETTI, Andrea;CHEONG, Siew Ann
    • Asian review of World Histories
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    • 제4권1호
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    • pp.3-34
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    • 2016
  • This introduction is both a statement of a research problem and an account of the first research results for its solution. As more historical databases come online and overlap in coverage, we need to discuss the two main issues that prevent 'big' results from emerging so far. Firstly, historical data are seen by computer science people as unstructured, that is, historical records cannot be easily decomposed into unambiguous fields, like in population (birth and death records) and taxation data. Secondly, machine-learning tools developed for structured data cannot be applied as they are for historical research. We propose a complex network, narrative-driven approach to mining historical databases. In such a time-integrated network obtained by overlaying records from historical databases, the nodes are actors, while thelinks are actions. In the case study that we present (the world as seen from Venice, 1205-1533), the actors are governments, while the actions are limited to war, trade, and treaty to keep the case study tractable. We then identify key periods, key events, and hence key actors, key locations through a time-resolved examination of the actions. This tool allows historians to deal with historical data issues (e.g., source provenance identification, event validation, trade-conflict-diplomacy relationships, etc.). On a higher level, this automatic extraction of key narratives from a historical database allows historians to formulate hypotheses on the courses of history, and also allow them to test these hypotheses in other actions or in additional data sets. Our vision is that this narrative-driven analysis of historical data can lead to the development of multiple scale agent-based models, which can be simulated on a computer to generate ensembles of counterfactual histories that would deepen our understanding of how our actual history developed the way it did. The generation of such narratives, automatically and in a scalable way, will revolutionize the practice of history as a discipline, because historical knowledge, that is the treasure of human experiences (i.e. the heritage of the world), will become what might be inherited by machine learning algorithms and used in smart cities to highlight and explain present ties and illustrate potential future scenarios and visionarios.

의사들의 전문의약품 사이버영업사원 사용의도에 대한 영향요인 (Influencing Factors of Physician's Intention to Use Cyber Salesperson of Ethical Drugs)

  • 심재원;백수경;한인구;류시원
    • 한국병원경영학회지
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    • 제14권4호
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    • pp.124-148
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    • 2009
  • Objectives : The purpose of this study was to investigate influencing factors on physician's intention to use cyber salesperson(cSP) to promote ethical drugs of pharmaceutical company. We considered influencing factors based on technology acceptance model(TAM) such as usefulness, easy of use, and attitude about cSP, and included trust and joyfulness of cSP. Methods : Measure items were developed from the previous studies. Data were collected from 1,012 physicians by using web-based self-administered structured questionnaire. Results : The major findings were as follows; First, attitude and intention to use cSP were not significantly varied by socio-demographic variables, such as sex, age, location, and Internet surfing time per day. Also, physician's characteristics such as training and professional level and type of employment were not significant to the variation of attitude and intention to use cSP. Second, structural equation modeling(SEM) analysis shows that usefulness and joyfulness were influencing factors of intention to use. Attitude was revealed as significant mediating factor to intention to use. Usefulness has indirect effect on intention to use via attitude. However, trust has not significant effect on intention to use, due to suppression effect. Conclusions : This results implies that cSP will be a useful agent to promote the ethical drugs to physician. Usefulness and joyfulness should be considered as important factors in designing and operating cSP in the Internet.

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연관규칙기법과 분류모형을 결합한 상품 추천 시스템: G 인터넷 쇼핑몰의 사례 (The Product Recommender System Combining Association Rules and Classification Models: The Case of G Internet Shopping Mall)

  • 안현철;한인구;김경재
    • 경영정보학연구
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    • 제8권1호
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    • pp.181-201
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    • 2006
  • 오늘날 인터넷이 확산되어감에 따라, e-CRM에 대한 관심이 증대되고 있다. 그 중에서도 특히 '추천시스템'은 e-CRM의 여러 응용분야 중에서도 실무적으로 그리고 학문적으로 가장 활발하게 연구되고 있는 분야 중 하나다. 추천을 위한 여러가지 방법들 중에서, 지금까지 주류를 이뤄온 방법들은 협동 필터링(Collaborative Filtering) 기법과 내용 기반(Content-Based) 접근법이다. 그러나 이러한 기존 방법들은 몇 가지 태생적인 한계점으로 인해 고객의 구매 이력이 많지 않은 중소형 인터넷 쇼핑몰에 적용하기 어렵다는 단점이 있다. 이에, 본 연구에서는 고객의 인구통계 및 구매정보에 2가지 데이터마이닝 기법들(연관 관계 기법과 분류 기법)을 적용하고, 이 결과를 조정 에이전트를 통해 결합하는 형태의 새로운 추천 시스템의 모형과 시스템 구조 체계를 제안한다. 제안된 연구 모형의 유용성을 검증하기 위해, 본 연구에서는 실제 사례에 적용한 웹 기반 프로토타입을 개발, 활용하였다. 프로토타입의 유용성을 실제 사용자들로부터 설문을 통해 조사해 본 결과, 본 연구에서 제안한 추천모형이 생성한 맞춤 정보가 사용자들에게 매우 유익하게 인지됨을 확인하였다.

BIO 정보 통합 활용을 위한 웹 서비스 기반 멀티 에이전트 플렛폼

  • 김일곤
    • 한국생물정보학회:학술대회논문집
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2002년도 제1차워크샵
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    • pp.123-137
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    • 2002
  • 생물정보공학을 위한 학문적/실용적 접근은 전산학, 생물학, 유전공학, 수학/통계학등이 유기적으로 통합되어 이루어져야 한다. 그러나 각계의 전문가가 서로의 특정 지식을 활용하기 위한 물리적인 기반이 갖추어져 있지 않은 상태에서는 각 분야의 전문적 지식 활용이 용이하지 않다. 현재의 의료 서비스 제공자/병원이 가진 방대한 의료 데이터를 생물정보공학 령역에서 활용할 수 있도록 해야 하고, 진료 데이터에 근거한 유전적 정보 분석을 위해 생물학 전문가들이 생성하는 인간 질병에 관한 유전적 분석, 연구 결과를 다시 의료 서비스 제공자에게 돌려주는 순환적 사이클이 필요하고, 이러한 순환적 사이클 지원자는 정보 기술이라고 생각한다. 인간 질병 극복과 좀 더 나은 진료, 예방책을 제공할 수 있도록 생물정보공학, 의료정보학, 컴퓨터과학의 통합 활용 목표를 설정할 수 있다. 각계의 전문가가 지식을 공유할 수 있고 기존의 병원 시스템 및 유전 연구소 등의 시스템을 통합하여 유기적으로 엮음으로써 데이터를 의미 있게 해석하고 공유할 수 있도록 지원하는 프레임워크가 절실히 요구된다. 본 세미나에서는 의료정보학과 생물정보공학에서 활용하는 시스템 통합, 전문 지식의 통합적 활용을 위해 각 전문가를 대신하는 에이전트로 구성된 멀티에이전트 플랫폼을 제시하여, 각 분야가 갖는 전문성 확보, 광고, 유기적 연결을 멀티에이전트 시스템에게 위임함으로써 각 영역에서 서비스 할 수 있는 내용과 서비스 제공 주체인 각계의 전문가 집단을 유기적으로 통합하고자 한다. 의료 영역에서 이루어진 의료 영상 통신 시스템 (Picture Archiving and Communication Systems), 의료 정보 표준화를 위한 HL7 (Health Level 7)에 대해서 경북대학교 지능정보 연구실에서 연구, 개발한 내용을 발표한다. 의료 정보 시스템과 생물학 영역의 유전체 정보 데이터베이스 시스템 사이에 의미 있는 데이터 전송, 지식 획득을 위해 정보 기술 분야에서 활용해야 할 영역으로 XML Web Services, Multi-agent Systems, 전문가 컴뮤니티를 위한 그룹웨어 연구 개발에 관해 사례 중심으로 발표한다.

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웹 로봇 에이전트의 하이퍼링크 분석기법을 이용한 음란메일 차단 시스템의 구현 (Implementation of Anti-Porn Spam System based on Hyperlink Analysis Technique's of the Web Robot Agent)

  • 이승만;정희석;한상;송우석;이도한;홍지영;반의환;양준영
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2007년도 한국컴퓨터종합학술대회논문집 Vol.34 No.1 (C)
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    • pp.332-335
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    • 2007
  • 이메일은 누구나 쉽게 정보를 교환할 수 있는 편리함 때문에 인터넷에서 가장 중요한 수단으로 사용되고 있다. 그러나 순수한 의사소통의 수단이 아닌 스팸메일의 범람은 성인뿐만 아니라, 어린이 청소년에게도 무차별적으로 전송됨으로써 심각한 부작용을 낳고 있다. 본 논문은 점차 지능화 되는 신 유형의 음란 스팸메일로부터 청소년을 보호하기 위하여 새로운 방법의 음란메일 차단시스템을 제안하고자 한다. 기존의 스팸메일 차단시스템은 사용자가 직접 음란한 메일이라고 판단되는 메일에 대해 일일이 키워드를 설정하거나, 메일 내용 중에 텍스트만을 추출하여 패턴 매칭방법으로 분류하는 것이 대부분이었지만, 본 논문은 기존 방법의 문제점을 해결하기 위하여 이미지 내 Skin-Color분포의 Human Detection 알고리즘과 웹 로봇 에이전트의 하이퍼링크 분석기법을 사용하였다. 성능 측정결과, 형태소 분석과 Human Detection 알고리즘을 병합하여 적용한 경우 성능 측정에서 90% 정도의 F-measure를 보였지만, 추가적으로 웹 로봇 에이전트의 하이퍼링크 분석기법을 병합하여 적용한 경우 97% 이상의 F-measure를 보이며, 신뢰성이 높은 음란스팸메일 차단 시스템을 구현할 수 있다는 것을 증명하였다.

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구글 검색엔진을 활용한 키워드 검색결과 수 관리 시스템 설계 및 구현 (A design and implementation of the management system for number of keyword searching results using Google searching engine)

  • 이주연;이중화;박유현
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제20권5호
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    • pp.880-886
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    • 2016
  • 인터넷 상에 많은 정보들이 발생하면서 검색 엔진은 사용자에게 필요한 흩어진 정보를 모아주는 중요한 역할을 하고 있다. 일부 검색 엔진에서는 검색어가 포함된 검색 결과 페이지뿐만 아니라 검색 결과 수도 함께 제공하고 있다. 구글 검색엔진에서 제공하는 검색 결과 수는 인터넷에서 해당 검색어에 대한 전체적인 추세를 파악하는데 활용될 수 있다. 본 논문에서는 구글 검색엔진에서 제공하는 검색결과 수를 효과적으로 관리할 수 있는 구글 검색엔진을 활용한 키워드 검색결과 수 관리 시스템을 설계하고 구현하고자 한다. 제안하는 시스템은 웹으로 작동하며 검색 에이전트, 저장 노드, 검색 노드로 구성되어 키워드 및 검색 결과 수를 관리하고 검색을 수행한다. 최종 검색 결과로는 검색 키워드, 검색 결과 수, 검색 결과 수를 활용하여 두 키워드의 거리를 계산하는 NGD(Normalized Google Distance)가 제공된다.

품질 정보 수집을 위한 프록시 클라이언트 코드의 자동 생성 방안에 관한 연구 (A Study on Automatic Generation Method of Proxy Client Code to Quality Information Collection)

  • 서영준;한정수;송영재
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2007년도 추계 종합학술대회 논문집
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    • pp.121-125
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    • 2007
  • 본 논문에서는 모니터링 에이전트를 통한 웹 서비스 선정 과정의 자동화를 위해 프록시 클라이언트 코드를 자동 생성하는 방안을 제안한다. 본 논문의 기법은 템플릿 룰에 따라 WSDL 문서의 특정 엘리먼트의 속성 값을 가져옴으로써 서비스 사용자에게 프록시 클라이언트의 소스 코드를 제공할 수 있게 해 준다. 즉 XSLT 스크립트 파일은 클라이언트 코드 생성시 필요한 동적 호출 인터페이스 모델의 코드 골격을 제공한다. 이러한 코드 자동생성 기법은 이동 에이전트 기술과 더불어 선정 아키텍처에서의 기아 상태를 해결하기 위해 필요하다. 선정 서비스를 제외하더라도 검색 결과상의 모든 서비스들에 대한 요청 HTTP 메시지를 발생시키기 위해서는 코드 자동 생성 기법이 필요하다. 생성된 프록시 클라이언트 프로그램 코드는 검색된 서비스들에 대한 더미 메시지를 발생시킨다. 본 논문에서 제시한 클라이언트 코드 생성 방안은 자동 생성 프로그래밍 영역에서의 적용 가능성을 보여준다.

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온라인 쇼핑환경에서 민감도분석을 이용한 최적공급자선정모형 (An Optimal Supplier Selection Model with a Sensitivity Analysis in the Online Shopping Environment)

  • 장용식
    • 지능정보연구
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    • 제10권1호
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    • pp.13-25
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    • 2004
  • 온라인 쇼핑환경에서 소비자들은 최적공급자선정에 많은 어려움을 겪고 있다. 비교쇼핑 및 공급자평가사이트들은 이를 부분적으로 지원하고 있으나, 동적인 소비자의 구매 및 공급자의 공급조건을 종합적으로 고려하지 않기 때문에 최적공급자 선정에 한계가 있으며, 소비자의 시간 소모적인 노력이 많이 든다. 본 연구는 다양하고 동적인 소비자의 구매조건, 공급자의 공급조건, 공급자평가정보 등을 종합적으로 고려하여 최적공급자를 선정하는 모형으로서, 최적공급자선정요인을 분류하고 이차계획법의 최적공급자선정모형을 개발하였으며, 민감도분석을 통해 최적공급자 대안을 제시하는 의사결정지원모형을 제안하였다. 최적공급자선정요인은 구매필수조건을 만족하는 후보공급자선별을 위한 필터링요인과 선별된 후보공급자로부터 구매선호조건별 공급자대안을 선정하기 위한 민감도분석요인으로 분류하여 단계적으로 문제를 풀어 해를 제시한다. 한편, 프로토타입을 통하여 소비자들이 여러 구매대안별로 효과적으로 최적공급자를 선정할 수 있는 구매의사결정지원 환경이 될 수 있음을 보였다.

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