The potential utility of the rockbream (Oplegnathus fasciatus) $\beta$-actin 5'-upstream sequence as a regulatory element for DNA vaccination was evaluated based on in vitro and in vivo heterologous expression assays. In the in vitro transfection experiment, the efficacy of the rockbream $\beta$-actin promoter to drive the expression of a downstream lacZ gene was significantly higher (more than fourfold) than that of the human cytomegalovirus (hCMV) promoter in two fish cell lines (grunt Haemulon plumierii fin and bluegill Lepomis macrochirus fry cell lines). In contrast, the functional activity of the rockbream $\beta$-actin promoter was hardly detectable in a mammalian mouse embryonic fibroblast cell line. Rockbream skeletal muscles injected in vivo with a GFP reporter construct driven by the $\beta$-actin promoter displayed the significantly higher expression of a GFP protein (more than threefold) than did those injected with hCMV promoter driven construct. Data from this study suggest that the homologous rockbream $\beta$-actin promoter could be used as a potential regulator for DNA vaccination in this species.
Secondary walls have recently drawn research interest as a primary source of sugars for liquid biofuel production. Secondary walls are composed of a complex mixture of the structural polymers cellulose, hemicellulose, and lignin. A matrix of hemicellulose and lignin surrounds the cellulose component of the plant's cell wall in order to protect the cell from enzymatic attacks. Such resistance, along with the variability seen in the proportions of the major components of the mixture, presents process design and operating challenges to the bioconversion of lignocellulosic biomass to fuel. Expanding bioenergy production to the commercial scale will require a significant improvement in the growth of feedstock as well as in its quality. Plant biotechnology offers an efficient means to create "targeted" changes in the chemical and physical properties of the resulting biomass through pathway-specific manipulation of metabolisms. The successful use of the genetic engineering approach largely depends on the development of two enabling tools: (1) the discovery of regulatory genes involved in key pathways that determine the quantity and quality of the biomass, and (2) utility promoters that can drive the expression of the introduced genes in a highly controlled manner spatially and/or temporally. In this review, we summarize the current understanding of the transcriptional regulatory network that controls secondary wall biosynthesis and discuss experimental approaches to developing-xylem-specific utility promoters.
Pearson, Brianna;Lau, Kin H.;Allen, Alicia;Barron, James;Cool, Robert;Davis, Kelly;DeLoache, Will;Feeney, Erin;Gordon, Andrew;Igo, John;Lewis, Aaron;Muscalino, Kristi;Parra, Madeline;Penumetcha, Pallavi;Rinker, Victoria G.;Roland, Karlesha;Zhu, Xiao;Poet, Jeffrey L.;Eckdahl, Todd T.;Heyer, Laurie J.;Campbell, A. Malcolm
Interdisciplinary Bio Central
/
v.3
no.3
/
pp.10.1-10.8
/
2011
Introduction: Hash functions are computer algorithms that protect information and secure transactions. In response to the NIST's "International Call for Hash Function", we developed a biological hash function using the computing capabilities of bacteria. We designed a DNA-based XOR logic gate that allows bacterial colonies arranged in a series on an agar plate to perform hash function calculations. Results and Discussion: In order to provide each colony with adequate time to process inputs and perform XOR logic, we designed and successfully demonstrated a system for time-delayed bacterial growth. Our system is based on the diffusion of ${\ss}$-lactamase, resulting in destruction of ampicillin. Our DNA-based XOR logic gate design is based on the op-position of two promoters. Our results showed that $P_{lux}$ and $P_{OmpC}$ functioned as expected individually, but $P_{lux}$ did not behave as expected in the XOR construct. Our data showed that, contrary to literature reports, the $P_{lux}$ promoter is bidirectional. In the absence of the 3OC6 inducer, the LuxR activator can bind to the $P_{lux}$ promoter and induce backwards transcription. Conclusion and Prospects: Our system of time delayed bacterial growth allows for the successive processing of a bacterial hash function, and is expected to have utility in other synthetic biology applications. While testing our DNA-based XOR logic gate, we uncovered a novel function of $P_{lux}$. In the absence of autoinducer 3OC6, LuxR binds to $P_{lux}$ and activates backwards transcription. This result advances basic research and has important implications for the widespread use of the $P_{lux}$ promoter.
O'Sullivan, Laura E.;Nickerson, Cheryl A.;Wilson, James W.
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.20
no.5
/
pp.871-874
/
2010
Many studies require expression analysis of the same gene/promoter across a range of bacterial genera. However, there is currently a lack of availability of reporters based on the broad-host-range IncQ replicon, which is compatible with a popular improved IncP transfer system that is self-transfer defective. We report IncQ lacZ reporter plasmids with features including (1) compatibility with IncP, IncW, and pBHR/pBBR replicons, (2) a variety of antibiotic markers (Sp-r, Sm-r, Km-r, Cm-r), (3) convenient mobilization via a novel self-transfer-defective IncP conjugation system, and (4) GenBank DNA sequences. Utility is demonstrated using three different promoters in different Gram-negative genera.
EGR1 (early growth response 1) is dysregulated in many cancers and exhibits both tumor suppressor and promoter activities, making it an appealing target for cancer therapy. Here, we used a systematic multi-omics analysis to review the expression of EGR1 and its role in regulating clinical outcomes in breast cancer (BC). EGR1 expression, its promoter methylation, and protein expression pattern were assessed using various publicly available tools. COSMIC-based somatic mutations and cBioPortal-based copy number alterations were analyzed, and the prognostic roles of EGR1 in BC were determined using Prognoscan and Kaplan-Meier Plotter. We also used bc-GenEx-Miner to investigate the EGR1 co-expression profile. EGR1 was more often downregulated in BC tissues than in normal breast tissue, and its knockdown was positively correlated with poor survival. Low EGR1 expression levels were also associated with increased risk of ER+, PR+, and HER2- BCs. High positive correlations were observed among EGR1, DUSP1, FOS, FOSB, CYR61, and JUN mRNA expression in BC tissue. This systematic review suggested that EGR1 expression may serve as a prognostic marker for BC patients and that clinicopathological parameters influence its prognostic utility. In addition to EGR1, DUSP1, FOS, FOSB, CYR61, and JUN can jointly be considered prognostic indicators for BC.
An expression vector was constructed containing the gene encoding diphtheria toxin A (DTA) which was placed after a T7 promoter. Cytoplasmic expression of the DTA gene resulted in the formation of an insoluble inclusion body. The inclusion body was collected after the complete lysis of the cell, and subsequent washing with 0.1% Triton X-100 released 16~30% of DTA protein from the inclusion body along with other contaminating proteins. The released DTA protein was purified by dialysis. The remaining pellet was dissolved in 8 M urea containing 5% ${\beta}-mercaptoethanol$, and the denatured DTA was renatured by the dilution-dialysis method. The total yield was 35%, and about 5 mg DTA was obtained from 1 L culture. The DTA protein has a free sulfhydryl group exposed to the protein surface, and was shown to have a tendency to dimerize through disulfide formation in the absence of ${\beta}-mercaptoethanol$. The utility of the sulfhydryl group was tested for the construction of recombinant toxins.
The functional utility of a transgenic marine medaka Oryzias dancena strain carrying the red fluorescent protein (RFP) gene driven by an endogenous choriogenin H (chgH) promoter was evaluated for its ability to detect waterborne $17{\alpha}$-ethinylestradiol (EE2), a synthetic estrogen derivative. The chgH:rfp transgenic marine medaka larvae showed an age-dependent tendency in the efficiency of EE2-mediated transgene expression, in which transgenic larvae older than 6 days post-hatching displayed a more effective response in their transgene expression to EE2 than did younger hatchlings. During experimental exposures to high concentrations of EE2 (200 to 1,000 ng/L), the transgenic responses in the hatchlings were broadly dose- and duration-dependent. With exposures using lower doses of EE2 (25, 50 and 100 ng/L), EE2-induced transgenic RFP was also observed in the transgenic larvae, although the lower doses required exposure of longer duration. Under the EE2 exposure and microscope assay conditions used in our study, transgenic marine medaka larvae exhibited a similar degree of EE2-mediated RFP phenotype expression at various salinity levels (0, 15 and 30 ppt).
Vu, Nguyen Thanh;Cho, Young Sun;Lee, Sang Yoon;Kim, Dong Soo;Nam, Yoon Kwon
Fisheries and Aquatic Sciences
/
v.17
no.4
/
pp.479-486
/
2014
To evaluate their potential utility as an ornamental organism, novel transgenic marine medaka Oryzias dancena strains with a highly vivid fluorescent phenotype were established through transgenesis of a cyan fluorescent protein gene (cfp) driven by the endogenous fast skeletal myosin light chain 2 gene (mlc2f) promoter. The transgenic marine medaka strains possessed multiple copies of transgene integrants and passed their fluorescent transgenes successfully to subsequent generations. Transgenic expression in skeletal muscles at both the mRNA and phenotypic levels was, overall, dependent upon transgene copy numbers. In the external phenotype, an authentic fluorescent color was dominant in the skeletal muscles of the transgenic fish and clearly visible to the unaided eye. The phenotypic fluorescent color presented differentially in response to different light-irradiation sources; the transgenics displayed a yellow-green color under normal daylight or white room light conditions, a strong green-glowing fluorescence under ultraviolet light, and a cyan-like fluorescence under blue light from a light-emitting diode.
To construct a highly sensitive detection system for endocrine disruptors (EDs), we have compared the activity of promoters with the n-alkane-inducible cytochrome P450 gene (ALK1), isocitrate lyase gene (ICL1), ribosomal protein S7 gene (RPS7), and the translation elongation factor-1${\alpha}$ gene (TEF1) for the heterologous gene in Yarrowia lipolytica. The promoters were introduced into the upstream of the lacZ or hERa reporter genes, respectively, and the activity was evaluated by ${\beta}$-galactosidase assay for lacZ and Western blot analysis for hER${\alpha}$. The expression analysis revealed that the ALK1 and ICL1 promoters were induced by n-decane and by EtOH, respectively. The constitutive promoter of RPS7 and TEF1 showed mostly a high level of expression in the presence of glucose and glycerol, respectively. In particular, the TEF1 promoter showed the highest ${\beta}$-galactosidase activity and a significant signal by Western blotting with the anti-estrogen receptor, compared with the other promoters. Moreover, the detection system was constructed with promoters linked to the upstream of the expression vector for the hER${\alpha}$ gene transformed into the Y. lipolytica with a chromosome-integrated lacZ reporter gene under the control of estrogen response elements (EREs). It was indicated that a combination of pTEF1p-hER${\alpha}$ and CXAU1-2XERE was the most effective system for the $E_2$-dependent induction of the ${\beta}$-galactosidase activity. This system showed the highest ${\beta}$-galactosidase activity at $10^{-6}\;M\;E_2$, and the activity could be detected at even the concentration of $10^{-10}\;M\;E_2$. As a result, we have constructed a strongly sensitive detection system with Y. lipolitica to evaluate recognized/suspected ED chemicals, such as natural/synthetic hormones, pesticides, and commercial chemicals. The results demonstrate the utility, sensitivity, and reproducibility of the system for identifying and characterizing environmental estrogens.
Usui, T.;Urano, K.;Suzuki, S.;Hioki, K.;Maruyama, Ch.;Tomisawa, M.;Ohnishi, Y.;Suemizu, H.;Yamamoto, S.
Toxicological Research
/
v.17
/
pp.293-297
/
2001
The international pharmaceutical and regulatory communities had been recognizing the limited utility of conventional rodent carcinogenicity study particularly on the second species, mouse, after intense investigation of carcinogenicity data base worldwide, and a new scheme for carcinogenicity testing for pharmaceuticals was proposed at the Expert Working Group on Safety in the International Conference on Harmonization (ICH) in 1996. CB6F 1-Tg rasH2 mouse carrying human prototype c-Ha-ras gene with its own promoter/enhancer is one oj the new carcinogenicity assay model for human cancer risk assessment. Studies have been conducted since 1992 to validate the transgenic (Tg) mice for rapid carcinogenicity test-ing, short term (26 weeks) studies with genotoxic (by Salmonella), non-genotoxic carcinogens, genotoxic non-carcinogens, non-genotoxic non-carcinogens revealed relatively high concordance oj the response of the Tg mouse with classical bioassay across classes of carcinogenic agents. Mechanistic basis for carcinogensis in the model are being elucidated in terms of the role of overexpression and/or point mutation of the transgene. This report review the initial studies of validation of the model and preliminary results of on-going ILSI HESI ACT project will be presented.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.