• 한국식물병리학회지
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• 제11권3호
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• pp.265-270
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• 1995

Transposon mutation of Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (Xcv) was induced by using transposon omegon ($\Omega$)-Km (Tn $\Omega$Km), which was confirmed by resistance to kanamycin (KMr), and nonpathogenic mutants were selected through the inoculation test on pepper plants. The mutagenesis frequency was about 6$\times$10-8, and 53 out of 2,000 Kmr bacterial colonies tested were nonpathogenic to the pepper cultivar Cheung-Hong. Optimum conditions for the Tn $\Omega$Km mutagenesis of Xcv were Luria Bertani (LB) broth medium for culture of Xcv, yeast extract-dextrose-CaCO3 (YDC) agar medium for selection of Tn $\Omega$Km-mediated mutants, and over 1 to 2 in the ratio of the donor (Escherichia coli S17-1 with the plasmid pJFF350 $\Omega$Km) and the recipient (Xcv) in the culture for the mutagenesis. One of the 4 nonpathogenic mutants (WNP1, WNP3, WNP4 and WNP5), which had been reconfirmed through the inoculation on pepper cv. Dabokgun, showed no differences in the production of exoenzymes such as protease and polygalacturonase and extracellular polysaccharides in vitro and the bacterial growth rate from those of the wild type of Xcv.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제21권11호
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• pp.1179-1183
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• 2011

In this study, the chromosome-encoded pcuRCAXB genes that are required for p-cresol degradation have been identified by using a newly constructed green fluorescent protein (GFP)-based promoter probe transposon in the long-chain alkylphenol degrader Pseudomonas alkylphenolia. The deduced amino acid sequences of the genes showed the highest identities at the levels of 65-93% compared with those in the databases. The transposon was identified to be inserted in the pcuA gene, with the promoterless gfp gene being under the control of the pcu catabolic gene promoter. The expression of GFP was positively induced by p-cresol and was about 10 times higher by cells grown on agar than those in liquid culture. In addition, p-hydroxybenzoic acid was detected during p-cresol degradation. These results indicate that P. alkylphenolia additionally possesses a protocatechuate ortho-cleavage route for p-cresol degradation that is dominantly expressed in colonies.

• Molecules and Cells
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• 제21권3호
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• pp.360-366
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• 2006

Up to 35% of the rice genome consists of various kinds of transposons, and CACTA and MITE are two of the major class 2 DNA transposons in the genome. We have employed the consensus sequences of Rim2/Hipa CACTA, Stowaway MITE Pangrangja, and Tourist MITE Ditto for transposon display (TD) analysis to locate them on a genetic map, with 58 SSR markers used to anchor them. The TD analysis produced a high profile of the polymorphisms between the parental lines, Oryza sativa var. Gihobyeo/O. sativa var. Milyang, in intraspecific $F_{15}$ RIL lines, locating 368 markers of Rim2/Hipa CACTA, 78 markers of Tourist MITE Ditto, and 22 markers of Stowaway MITE Pangrangja. In the segregation analysis, non-parental segregating bands and segregation distortion bands were observed. The recombinant genetic map spans 3023.9 cM, with 5.7 cM the average distance between markers. The TD markers were distributed unequally on the chromosomes because many TD markers were located in pericentric chromosomal regions except in the cases of chromosomes 2, 3, 6 and 9. Although the number of transposon markers was not sufficient to include all rice class 2 transposons, the current map of CACTA and MITE transposons should provide new insight into the genome organization of rice since no previous DNA transposon map is available.

• 생명과학회지
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• 제15권2호
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• pp.182-185
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• 2005

IS1096 transposon을 사용하여 결핵균군에 작용하는 항생제인 PA-824에 내성을 나타내는 Mycobacterium bovis BCG의 돌연변이 균주를 얻고자 하였고, 그 결과 24종류의 서로 다른 돌연변이 균주를 얻을 수 있었다. Transposon이 insertion된 부위를 알아내기 위해서 각각의 돌연변이 균주로 inverse PCR을 수행하였고, PPE 유전자를 포함한 여러 가지 부위에 insertion된 transposon의 위치를 확인할 수 있었다. PPE 유전자에 insertion돌연변이가 발생한 5개 균주의 세포 추출물을 HPLC로 분석한 결과, 3개에서는 야생균주에서 관찰되는 coenzyme $F^{420}$이 존재하지 않았고, 그 생합성 경로의 중간산물인 F0만 존재하였다. 또한 나머지 2개에서는 F0 또는 $F^{420}$어느 것도 존재하지 않았다. 이 결과는 PPE 유전자들의 산물들이 coenzyme $F^{420}$에 어떤 식으로든 관여하고 있음을 나타낸다고 할 수 있다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제5권2호
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• pp.110-113
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• 1995

Transposon Tn5 was used to induce random insertional mutations in Bradyrhizobium japonicum, a soybean endosymbiont. By genomic Southern blot analysis, transposition events were found to have occurred randomly throughout the B. japonicum genome. After screening 3, 626 mutants by auxotrophy test, a histidine auxotroph was isolated. Upon plant infection test, the His mutant showed a 3~4 day delay in nodule formation.

• 미생물학회지
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• 제26권4호
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• pp.305-311
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• 1988

Slow growing R. japonicum R-l68 균주로부터 spectinomycin 내성 균주를 선발하고 이 Rhizobium내에 Tn-5를 도입시키기 위하여 Tn5가 함유된 E. coli WA 803/pGS9과의 conjugation을 통한 transposon mutagenesis를 실시하였다. 이때 C conjugation을 통한 Tn5 전이 빈도는 $1.0\times 10^{-5}-5.0\times 10^{-7}$ 범위 이였으며, 얻어진 transconjugant들은 spectinomycin (($100{\mu}$g/ml)과 kanamycin ($50{\mu}$g/ml)을 함유한 yeast extract-mannitol 배지에서 8-10일 배양후 colony를 형성하였다. 또한 transconjugant들은 genome상에 Tn-5를 함유하고 있음을 hybridization-을 통하여 확인하였다. 한편 nodule은 형성 하나 질소고정 활성이 없는 돌연변이주 R. japonicum RMa 75 $nod^{+}fix^{-}$ 균주를 선발하였는데 이 균주는 nodule내에 leghemoglobin이 결핍되어 있음이 확인되었다.

• Journal of Microbiology
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• 제42권2호
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• pp.139-142
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• 2004

To identify genes involved in the decolorization of brilliant green, we isolated random mutants generated by transposon insertion in brilliant green-decolorizing bacterium, Citrobacter sp. The resulting mutant bank yielded 19 mutants with a complete defect in terms of the brilliant green color removing ability. Southern hybridization with a Tn5 fragment as a probe showed a single hybridized band in 7 mutants and these mutants appeared to have insertions at different sites of the chromosome. Tn5-inserted genes were isolated and the DNA sequence flanking Tn5 was determined. By comparing these with a sequence database, putative protein products encoded by bg genes were identified as follows: bg 3 as a LysR-type regulatory protein; bg 11 as a MalG protein in the maltose transport system; bg 14 as an oxidoreductase; and bg 17 as an ABC transporter. The sequences deduced from the three bg genes, bg 2, bg 7 and bg 16, showed no significant similarity to any protein with a known function, suggesting that these three bg genes may encode unidentified proteins responsible for the decolorization of brilliant green.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권1호
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• pp.25-31
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• 2003

아닐린을 분해할 수 있는 Deiftia acidovoran 51-A가 기존에 분리되어 아닐린 분해능이 우수함이 보고되었다. 이 균주로부터 아닐린 분해관련 유전자를 선발하기 위하여 Tn5-B20삽입 변이체들을 유도하여 영양요구형이 아니면서 아닐린을 분해할 수 없는 변이균주 D. acidovorans 10-4-2 균주를 선발하였다. Southern hybridization 결과 이 변이균주에는 Tn5-B20이 한 copy만 삽입된 것으로 나타났다 이 변이균주의 Tn5-B20삽입의 인접 유전자들을 분리하여 염기서열을 분석한 결과 아닐린 분해의 첫 단계에 해당하는 아닐린의 catechol로의 산화적 deamination에 관련되어 있는 것으로 추정하는 tdnQ, tdnT tdnAl 유전자들이 동정되었고 Tn5-B2O은 tdnAl의 바로 밑에 삽입된 것을 알 수 있었다. TdnA2 및 downstream의 유전자 기능을 상실하여 아닐린을 catechol로 전환하는 과정에 변이가 발생하고 따라서 아닐린을 탄소원으로 이용하지 못하는 표현형을 가지게 된 것으로 결론지을 수 있었다. Tn5-B20 의 일부 DNA 조각을 probe로 Southern hybridization 결과 transposon 삽입이 대형의 플라스미드에 삽입된 것으로 나타나 tdn 유전자들이 pTDN51이라고 명명한 100-kb 이상의 대형 플라스미드에 위치함을 알 수 있었다. 이상의 결과는 D. acidovorans 51-A의 pTDN51상의 tdn유전자들이 아닐린의 분해에 관여함을 보여준다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제7권2호
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• pp.119-126
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• 2003

본 연구실에서는 이전의 실험에서 suppression subtractive hybridization(SSH)을 통하여 생쥐의 생후 1일자 난소와 5일자 난소에서 차이 나게 발현하는 유전자들의 목록을 얻었고 그 중에서 MT transposon-like element, clone MTi7(MTi7)이 성장하는 난포에서 더 높게 발현한다는 것을 알아냈다(Park et al., 2002). In situ hybridization과 RNA interference를 이용한 연구결과, MTi7은 난자에서 특이 적으로 발현하는 유전자로 특히 난자성숙에 관여하는 것으로 관찰되었다(Park et at., 2003). 그러나 현재까지 MTi7의 염기서열은 생쥐에서만 알려져 있다. 따라서 본 연구는 두 부분으로 나누어서 첫째, MTi7이 다른 포유류에도 존재하는지 알아보기 위해 소,돼지, 흰쥐 그리고 사람 등 각기 다른 네 종의 난소 cDNA를 사용하여 새로운 MTi7을 분리하고자 하였으며, 둘째, 생쥐의 MTi7이 transposon의 특징을 갖고 있어 다른 유전자에 삽입되어 있는지를 알아보기 위해 inverse PCR을 시행하여 MTi7주변의 유전자가 있는지를 조사하였다. 네 종의 난소 cDNA를 사용하여 생쥐의 MTi7과 매우 유사한 염기서열을 갖고 있음을 알았다(87%∼98%). Inverse PCR 결과, 생쥐의 MTi7은 beta-carotene 15, 15'-monooxygenase(Bcdo) 유전자 혹은 serine protease inhibitor, Kunitz type I(Spint 1) 유전자에 삽입되어 있음을 알 수 있었다. 본 연구의 결과로 여러 포유류의 MTi7 sequence를 알아내고, 또한 생쥐의 MTi7이 삽입되어 있는 유전자를 알아냄으로써 머지 않은 장래에 난자형성 및 난포형성과정에 있어서 MTi7의 역할을 밝혀 낼 수 있을 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제14권1호
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• pp.21-25
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• 2004

Crystal violet와 malachite green색소 분해에 관여하는 유전자들을 규명하기 위하여 색소분해능을 가진 Citrobacter sp.의 염색체 DNA속에의 transposon 도입에 의해 생성된 무작위 변이주들이 분리되었다. 이들 변이 주들로부터 두가지 색소분해능을 소실한 14개의 변이주들이 선별되었고, 이들로부터 염색체 DNA를 분리하여 EcoRl으로 절단한 후 Tn5 단편을 probe로하여 Southern hybridization을 행한 결과, 염색체 DNA상의 각각 다른 부위에 Transposon이 Single 삽입된 5개의 변이주 (Cmg2, Cmg6, Cmg8, Cmgll, Cmg12)가 최종적으로 분리되었다. 이들 변이주들의 Transposon 삽입부위 주위의 염기서열과 이로부터 유추되는 아미노산서열을 database상에 등록되어 있는 유전자의 염기서열과 단백질의 아미노산 서열에 대한 상동성을 비교한 결과, Cmg2는 대장균 maltose trnasporter (Mal C)이고, Cmg6은 LysR-type 전사조절 단백질이며, Cmg12는 산화환원효소를 코드하는 유전자인 것으로 알려졌고, 나머지 Cmg8과 Cmg11은 아직까지 기능이 알려져 있지 않은 단백질을 코드하는 유전자인 것으로임이 판명되었다.