• 한국지능시스템학회논문지
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• 제24권3호
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• pp.323-329
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• 2014

구어 연구에서는 음성 데이터를 문자로 옮기는 전사(Transcription)라는 과정이 필요하다. 전사 작업을 보조하는 프로그램을 전사도구라고 하는데, 발화 내용을 비롯하여, 발화 시간, 화자 정보 등의 많은 정보를 기록하는 다양한 기능을 제공한다. 이로 인하여 컴퓨터 사용에 익숙하지 않은 사용자는 숙지하는데 어려움이 있다. 또한 전사 도구는 국내에서 개발된 것이 거의 없어서 한국어 환경에 적합하지 않는 경우가 많다. 본 논문에서는 효율적인 한국어 전사를 지원하면서 비숙련자도 도구를 쉽고 빠르게 적응할 수 있는 전사 도구를 제안한다. 이를 위해 비숙련자를 위한 사용자 친화적인 인터페이스 환경을 제공한다. 또한 전사 과정에서 발생할 수 있는 실수를 최소화하기 위해 전사 지원 기능을 제공한다. 마지막으로 데이터 신뢰성을 위한 시스템 구조를 제공한다. 제안하는 도구에 대해 전사 경험의 유무에 따라 사용성 평가를 하였으며, 평가결과는 전체적으로 전사 속도 향상 및 전사 지원 기능이 편리한 것으로 나타났다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권2호
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• pp.299-302
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• 2006

A combinatorial library of artificial transcription factors (ATFs) was introduced into the bacterial cells that expressed the Akt1-GFP fusion protein. By measuring the level of fluorescence generated by the transformed E. coli cells, we were able to obtain clones in which ATFs increased the solubility of the Akt1. Our results show that ATF library is a useful tool for increasing the solubility of selected recombinant proteins in E. coli.

• Molecules and Cells
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• 제21권3호
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• pp.376-380
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• 2006

Gene expression is regulated in large part at the level of transcription under the control of sequence-specific transcriptional regulatory proteins. Therefore, the ability to affect gene expression at will using sequencespecific artificial transcription factors would provide researchers with a powerful tool for biotechnology research and drug discovery. Previously, we isolated 56 novel sequence-specific DNA-binding domains from the human genome by in vivo selection. We hypothesized that these domains might be more useful for regulating gene expression in higher eukaryotic cells than those selected in vitro using phage display. However, an unpredictable factor, termed the "context effect", is associated with the construction of novel zinc finger transcription factors--- DNA-binding proteins that bind specifically to 9-base pair target sequences. In this study, we directly selected active artificial zinc finger proteins from a zinc finger protein library. Direct in vivo selection of constituents of a zinc finger protein library may be an efficient method for isolating multi-finger DNA binding proteins while avoiding the context effect.

• 한국미생물생명공학회:학술대회논문집
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• 한국미생물생명공학회 2003년도 2003 Annual Meeting, BioExhibition and International Symposium
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• pp.106-111
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• 2003

• 한국미생물생명공학회:학술대회논문집
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• 한국미생물생명공학회 2002년도 학술발표대회
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• pp.80-80
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• 2002

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권4호
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• pp.631-638
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• 2008

Tandem affinity purification (TAP) method combined with LC-MS/MS is the most accurate and reliable way to study the interaction of proteins or proteomics in a genome-wide scale. For the first time, we used a TAP-tag as a mutagenic tool to disrupt protein interactions at the specific site. Although lots of commonly used mutational tools exist to study functions of a gene, such as deletional mutations and site-directed mutagenesis, each method has its own demerit. To test the usefulness of a TAP-tag as a mutagenic tool, we applied a TAP-tag to RNA polymerase II, which is the key enzyme of gene expression and is controlled by hundreds of transcription factors even to transcribe a gene. Our experiment is based on the hypothesis that there will be interrupted interactions between Pol II and transcription factors owing to the TAP-tag attached at the C-terminus of each subunit of Pol II, and the abnormality caused by interrupted protein interactions can be observed by measuring a cell-cycle of each yeast strain. From ten different TAP-tagged strains, Rpb7- and Rpb12-TAP-tagged strains show severe defects in growth rate and morphology. Without a heterodimer of Rpb4/Rpb7, only the ten subunits Pol II can conduct transcription normally, and there is no previously known function of Rpb7. The observed defect of the Rpb7-TAP-tagged strain shows that Rpb7 forms a complex with other proteins or compounds and the interruption of the interaction can interfere with the normal cell cycle and morphology of the cell and nucleus. This is a novel attempt to use a TAP-tag as a proteomic tool to study protein interactions.

• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2004년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2
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• pp.132-132
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• 2004

• BMB Reports
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• 제42권12호
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• pp.823-828
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• 2009

Techniques for analyzing protein-DNA interactions on a genome-wide scale have recently established regulatory roles for distal enhancers. However, the large sizes of higher eukaryotic genomes have made identification of these elements difficult. Information regarding sequence conservation, exon annotation and repetitive regions can be used to reduce the size of the search region. However, previously developed resources are inadequate for consolidating such information. CONVIRT is a web resource for the identification of transcription factor binding sites and also features comparative genomics. Genomic information on ortholog-independent conserved regions, exons, repeats and sequences is integrated into the virtual chromosome, and statistically over-represented single or combinations of transcription factor binding sites are sought. CONVIRT provides regulatory network analysis for several organisms with long promoter regions and permits inter-species genome alignments. CONVIRT is freely available at http://biosoft.kaist.ac.kr/convirt.

• 생명과학회지
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• 제15권5호
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• pp.779-782
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• 2005

Coupled transcription/translation cocktail을 이용하여 R. glutinis EH 유전자를 in vitro에서 합성하고 활성을 평가하였다. SDS-PAGE 및 immunoblotting을 통하여 45 kDa 크기의 EH 단백질이 발현되었음을 확인하였고, NBP assay 및 chiral GC 분석을 통해 발현된 단백질이 (R)-styrene oxide에 대한 입체선택성이 있음을 확인하였다. 따라서 무세포 단백질 합성 시스템을 이용하여 입체선택성을 유지시킨 EH 유전자 발현이 가능하며, 이러한 방법은 putative EH 유전자 탐색 등에 효율적으로 응용될 것이다.

• 한국지능시스템학회논문지
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• 제25권6호
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• pp.585-591
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• 2015

구어 연구를 위한 전사 과정에서 문자로 표현된 발화를 녹음 음성에 연결해주는 작업을 레이블링이라고 한다. 기존 레이블링 도구들은 대부분 수동으로 작업이 이루어진다. 제안하는 반자동 레이블링은 자동화 모듈과 수동 조정 모듈로 구성된다. 자동화 모듈은 G.Saha 알고리즘을 활용하여 음성구간을 추출하고, 기구축된 발화텍스트의 발화 수와 발화의 길이 정보를 이용하여 발화구간을 예측한다. 본 논문에서는 기존 수동 도구의 정확성을 유지하기 위하여 자동 레이블링된 발화구간을 보정하기 위한 수동 조정 사용자 인터페이스를 제공한다. 제안하는 반자동 레이블링 알고리즘으로 구현한 도구는 기존 수동 레이블링 도구와 비교하여 작업 속도가 평균 27% 향상되었다.