• 제목/요약/키워드: Substitutions

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New genotype classification and molecular characterization of canine and feline parvoviruses

  • Chung, Hee-Chun;Kim, Sung-Jae;Nguyen, Van Giap;Shin, Sook;Kim, Jae Young;Lim, Suk-Kyung;Park, Yong Ho;Park, BongKyun
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제21권3호
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    • pp.43.1-43.13
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    • 2020
  • Background: Canine parvovirus (CPV) and feline panleukopenia (FPV) cause severe intestinal disease and leukopenia. Objectives: In Korea, there have been a few studies on Korean FPV and CPV-2 strains. We attempted to investigate several genetic properties of FPV and CPV-2. Methods: Several FPV and CPV sequences from around world were analyzed by Bayesian phylo-geographical analysis. Results: The parvoviruses strains were newly classified into FPV, CPV 2-I, CPV 2-II, and CPV 2-III genotypes. In the strains isolated in this study, Gigucheon, Rara and Jun belong to the FPV, while Rachi strain belong to CPV 2-III. With respect to CPV type 2, the new genotypes are inconsistent with the previous genotype classifications (CPV-2a, -2b, and -2c). The root of CPV-I strains were inferred to be originated from a USA strain, while the CPV-II and III were derived from Italy strains that originated in the USA. Based on VP2 protein analysis, CPV 2-I included CPV-2a-like isolates only, as differentiated by the change in residue S297A/N. Almost CPV-2a isolates were classified into CPV 2-III, and a large portion of CPV-2c isolates was classified into CPV 2-II. Two residue substitutions F267Y and Y324I of the VP2 protein were characterized in the isolates of CPV 2-III only. Conclusions: We provided an updated insight on FPV and CPV-2 genotypes by molecular-based and our findings demonstrate the genetic characterization according to the new genotypes.

Complete mitochondrial genome of the Japanese oak silkmoth, Antheraea yamamai (Lepidoptera: Saturniidae), from Jeju Island, Korea

  • Kim, Kee-Young;Park, Jeong Sun;Lee, Keon Hee;Kim, Min Jee;Kim, Seong-Wan;Park, Jong-Woo;Kang, Sang-Kuk;Kim, Nam-Suk;Kim, Iksoo
    • International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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    • 제44권2호
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    • pp.65-71
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    • 2022
  • The wild silkmoth Antheraea yamamai Guérin-Méneville, 1861 (Lepidoptera: Saturniidae) is an important producer of silk that is superior to the silk produced by traditional domesticated silkworm. In this study, we sequenced the complete mitochondrial genome (mitogenome) of An. yamamai collected from Jeju Island, which is the southernmost island approximately 100 km offshore southward from the Korean Peninsula. Determining this sequence will be necessary for tracing the biogeographic history of the species and developing molecular markers for identifying the origin of commercial products. Comparison of the sequence divergence among two available and the current mitogenomes revealed a low but substantial number of substitutions, totaling 23 nucleotides in the whole genome. CytB and ND5 showed the highest variability with five and four variations, respectively, suggesting that these regions will be prior regions to target for subsequent biogeographic and diagnosis study. Phylogenetic reconstruction based on all available sequences of Saturniidae showed that An. yamamai is a sister to the congeneric species An. pernyi, corroborating that Antheraea is a highly supported monophyletic group. The tribe Saturniini was clearly non-monophyletic and interrupted by Attacini and Bunaeini.

Survey of Oxolinic Acid-Resistant Erwinia amylovora in Korean Apple and Pear Orchards, and the Fitness Impact of Constructed Mutants

  • Ham, Hyeonheui;Oh, Ga-Ram;Park, Dong Suk;Lee, Yong Hoon
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제38권5호
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    • pp.482-489
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    • 2022
  • Fire blight caused by Erwinia amylovora (Ea) is a devastating disease in apple and pear trees. Oxolinic acid (OA), a quinolone family antibiotic that inhibits DNA gyrase, has been employed to control fire blight in South Korea since 2015. The continuous use of this bactericide has resulted in the emergence of OA-resistant strains in bacterial pathogens in other countries. To investigate the occurrence of OA-resistant Ea strains in South Korea, we collected a total of 516 Ea isolates from diseased apple and pear trees in 2020-2021 and assessed their sensitivities to OA. We found that all isolates were susceptible to OA. To explore the possibility of emerging OA-resistant Ea by continuous application of OA, we exposed Ea stains to a range of OA concentrations and constructed OA-resistant mutant strains. Resistance was associated with mutations in the GyrA at codons 81 and 83, which result in glycine to cysteine and serine to arginine amino acid substitutions, respectively. The in vitro growth of the mutants in nutrient media and their virulence in immature apple fruits were lower than those of wild-type. Our results suggest that OA-resistance decreases the fitness of Ea. Future work should clarify the mechanisms by which OA-resistance decreases virulence of this plant pathogen. Continuous monitoring of OA-resistance in Ea is required to maintain the efficacy of this potent bactericide.

New phenomenological creep model for predicting creep of concrete with silica fume

  • Zgheib, Elise;Sawma, Rodolph;El Khoury, Judith;Raphael, Wassim
    • Advances in concrete construction
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    • 제14권1호
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    • pp.71-77
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    • 2022
  • Creep phenomenon affects the stability and integrity of concrete structures. An inaccurate prediction of these strains may lead to the appearance of cracks and excessive deflections which may cause in some cases the demolition of structures. In fact, the measured values of these uncontrolled strains appear often to be clearly different and larger than the expected ones. Therefore, an accurate prediction of concrete deformations is a necessity. As a matter of fact, the codified descriptions of this phenomenon are unreliable and don't consider the effect of admixtures. The physical nature of creep is not well understood and almost all creep models are mainly of empirical nature. To overcome this issue, a study of the correlation between different parameters affecting concrete creep is performed and a new model for predicting creep of concrete is elaborated. This new model considers the effect of admixtures, specifically the silica fume, in predicting concrete creep and allows an accurate prediction of this phenomenon. The proposed model is based on the observation of physical behavior of creep phenomenon. It targets at expressing creep compliance in terms of structural and environmental parameters. In fact, the experimental observations show that creep curves follow two kinetic regimes leading to a model called Phenomenological Creep Model. By adequate regressions and substitutions, and according to this model, we can express creep compliance in terms of structural, environmental parameters and admixture types and percentage. The proposed new Phenomenological Creep Model Silica Fume (PCM19SF) calculates accurately creep of concrete by considering the effect of silica fume.

Formulation of functional mayonnaise with defatted wheat germ flour as egg yolk substitute: Rheological, textural and stability analyses

  • Mehran Aalami;Mahshid Rahbari;Salar Ali Ahmed;Alireza Sadeghi Mahoonak;Mahdi Kashaninejad;Hamed Hassanzadeh
    • 한국식품저장유통학회지
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    • 제30권3호
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    • pp.405-418
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    • 2023
  • The aim of this research was to study the feasibility of the defatted wheat germ flour (DWGF) alone or in combination with xanthan gum (XG) as egg yolk substitutes in mayonnaise formulation. In this research, DWGF was used at different levels (0, 25, 75 and 100%) alone or in combination with the XG (0.2%) as egg substitutes. The effects of these substitutions on the stability, textural and rheological characteristics of mayonnaise were investigated. According to the results, DWGF can be used as an egg yolk substitute in mayonnaise. Combining DWGF and XG as egg yolk substitute, improved the stability, textural and rheological properties. Mayonnaise with 100% egg yolk replacement showed the hardest structure, while the lowest firmness value was obtained in the control containing 100% egg yolk. Also, the highest adhesiveness value occurred in the sample with 100% DWGF. The thixotropic behavior was observed for all investigated mayonnaise samples over the all ranges of the studied shear rate (0.05-450/sec). Furthermore, the highest content of consistency coefficient value was observed in the sample with 100% DWGF and 0.2% XG. Therefore, it can be concluded that low-cholesterol mayonnaise with proper stability, textural and rheological characteristics are achievable by applying of the desirable combination of DWGF and XG.

Sourdough 대체가 호밀-밀 혼합빵의 품질 특성에 미치는 영향 (Effects of Sourdough on the Quality Characteristics of Rye-Wheat Mixed Bread)

  • 김문용;전순실
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제37권5호
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    • pp.625-632
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    • 2008
  • 본 연구에서는 sourdough의 대체량을 20%, 40%, 60% 및 80%로 달리하여 제조한 호밀-밀 혼합빵의 품질 특성을 실험하였다. Sourdough의 pH와 총산도는 배양시간이 길어질수록 pH는 감소하는 경향을 나타내었고, 총산도는 증가하였다. 호밀-밀 혼합반죽의 sourdough 대체량이 증가할수록 pH는 감소하는 경향을 나타내었고, 총산도는 감소하는 경향을 나타내었다. 호밀-밀 혼합빵의 pH는 대조군보다 sourdough 대체군들이 유의적으로 낮게 나타났고, 총산도는 높게 나타났다. 발효팽창력은 발효시간이 길어질수록 유의적으로 증가하는 경향을 나타내었으며, sourdough 20% 대체군이 111.43%로 가장 높게 나타났다. 비용적은 sourdough 20% 대체군이 1.87 mL/g로 가장 높았다. 굽기 손실률은 sourdough 80% 대체군이 7.39%로 가장 낮았다. 수분활성도는 대조군이 0.919로 가장 높았고, 대조군보다 sourdough 대체군들이 유의적으로 낮게 나타났다. 명도, 적색도 및 황색도는 sourdough 대체군들이 대조군보다 유의적으로 높게 나타났다. 견고성, 점착성 및 씹힘성은 대조군이 가장 낮았고, 대조군보다 sourdough 대체군들이 유의적으로 높게 나타났다. 한편, 부착성은 대조군이 가장 높았고, sourdough 대체군들이 대조군보다 유의적으로 낮게 나타났다. 부서짐성, 응집성 및 복원성은 대조군과 sourdough 대체군들 간에는 유의적인 차이가 나타나지 않았다. 탄력성은 sourdough 20% 대체군이 0.746으로 가장 높았고, 40% 대체군이 0.629로 가장 낮았다. Sourdough 20% 대체군을 제외하고, 겉껍질과 로프의 양 옆면 사이에 브레이크(break)와 슈레드(shred)가 관찰되었다. 관능검사 결과에서 빵 속살의 색상, 기공의 균일성, 빵 속살의 경도, 입안에서의 점착성 및 전체적인 기호도는 sourdough 대체량이 증가할수록 유의적으로 감소하는 경향을 보였고, 호밀향과 쓴맛은 이와 반대의 경향을 보였다. 기공의 밀도, 탄력성 및 신맛은 대조군보다 sourdough 대체군들의 점수가 유의적으로 높게 나타났다. 이상의 결과를 종합해 보면, 대조군의 호밀-밀 혼합빵이 관능검사에서 가장 높은 점수를 나타냈고, sourdough 대체량이 많아질수록 관능검사 점수가 다소 떨어지기는 하였지만, 전체적인 품질특성을 고려해 보면 $20{\sim}60%$ 대체는 sourdough의 향과 맛을 지니면서도 상당히 우수한 빵제품을 생산해 낼 수 있을 것으로 사료된다.

다시마 분말과 밥을 첨가한 햄버거 패티의 품질 특성 (Quality Characteristics of the Hamburger Patties with Sea Tangle (Laminaria japonica) Powder and/or Cooked Rice)

  • 오현경;임현숙
    • 한국축산식품학회지
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    • 제31권4호
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    • pp.570-579
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    • 2011
  • 본 연구는 생리활성이 높은 다시마와 소비를 촉진해야 할 쌀을 이용하여 햄버거 패티가 지닌 고에너지, 고지방 및 고콜레스테롤의 문제점을 해결하면서 건강기능성이 향상된 패티를 개발하고자 수행되었다. 표준패티는 지방을 첨가하지 않는 재료 조성으로 제조하였고, 세 종류의 실험패티는 표준패티 재료 중 육류의 2.5%를 다시마 분말로 대체한 패티 L과 육류의 25% 또는 50%를 동 분말을 함유한 밥으로 대체한 패티 LI과 LII이었다. 이들 세 종류의 실험패티에 대해 일반성분과 나트륨 및 콜레스테롤 함량을 분석했고, 품질 특성을 측정했으며, 관능성과 기호도를 평가했다. 실험패티의 일반성분은 표준패티와 크게 달라졌다. 즉 탄수화물 함량은 L은 낮았으나 LI과 LII는 높았고, 조지방과 콜레스테롤 함량은 세 실험패티 모두 낮았는데 LII와 LI은 더욱 낮았으며, 조단백 함량은 LI과 LII만 낮았다. 회분과 나트륨 함량은 세 실험패티 모두 높았는데 이중에서도 L이 가장 높았다. 실험패티의 품질특성도 표준패티와 상당히 변화되었다. 즉 가열 후 중량 감소율은 세 실험패티 모두 낮았는데 LII가 가장 낮았으며, 직경 감소율은 세 실험패티 모두 적었고, 반면에 두께 감소율은 L과 LII가 높았다. 색도는 세 실험패티 모두 명도와 적색도가 낮은 반면에 황색도는 높았다. 수분 함량은 세 실험패티 모두 높았는데 특히 LI과 LII가 크게 높았다. pH 값은 세 실험패티 모두 높았다. 경도는 L은 높았으나 반대로 LI과 LII는 낮았다. MDA 함량은 세 실험패티 모두에서 낮았으며, LII, LI 및 L 순으로 낮았다. 패티의 관능평가 결과, LI과 LII는 표준패티에 비해 대칭성, 색상, 윤기, 경도 및 다즙성이 우수하였고, 향미, 이취, 고소함, 느끼함, 맛, 이미 등 6개 항목을 같았다. 패티의 기호도 평가에서는 세 실험패티 모두 표준패티에 비해 윤기가 높았고, 이외에 전체 풍미를 포함한 11개 항목은 동일하였다. 이들 패티를 이용하여 제작한 버거의 기호도 역시 전체 풍미를 비롯한 10개 항목은 모두 차이를 보이지 않았다. 이러한 본 연구결과는 패티 재료 중 육류의 2.5%를 다시마 분말로 대체하거나 25% 또는 50%를 동 분말을 함유한 밥으로 대체하면 패티의 수분 함량은 높아지고, 에너지와 지방 및 콜레스테롤 함량은 낮아지며, 품질 특성에 긍정적인 효과가 있고 또한 관능성이나 기호도에 바람직한 영향을 끼친다는 점을 확인해주었다. 이러한 결과는 다시마 분말이나 동 분말을 함유한 밥을 이용한 건강기능성 패티의 개발이 매우 긍정적이며 가능성이 높음을 알려준다.

푸마르산 수산화효소 유전자 결함에 따른 다발성 피부 평활근종의 치험례 (Multiple Cutaneous Leiomyoma Derived from the Mutation in Fumarate Hydratase Gene: A Case Report)

  • 김융수;탁경석;조정남;정찬민;오석준;이민진
    • Archives of Plastic Surgery
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    • 제34권5호
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    • pp.659-662
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    • 2007
  • Purpose: Multiple skin leiomyoma and uterine myoma bearing autosomal dominant traits are benign smooth muscle tumors which originate in skin or female uterus. Skin leiomyoma occurs after gene mutation originating from arrector pili muscle of hair follicle where its clinical manifestations vary significantly from person to person. Our department hereby reports the histological findings and genetic evaluations of this very rare disease. Methods: A 57-year-old woman presented in our institute with multiple tumors in the left and central parts of her back that started to appear since 19 years ago. The patient was diagnosed as having uterine myoma 15 years ago and underwent hysterectomy. Biopsy has been done on the specimen, and genomic DNA was separated from Fumarate hydratase gene for it to go through PCR amplification. The results of PCR amplification were aligned by sequencer. Results: According to the results of biopsy, tumor cells were spindle-shaped and were aligned in a bundle where there was no dysplasia or mitosis. Moreover, these cells had abundant eosinophilic cytoplasm with elongated nucleus, and benign leiomyoma that showed positive reactions to SMA stain were found. In genetic examination, mutations such as heterozygous single nucleotide substitutions were found in alignments of amplified DNA. Conclusion: Multiple skin leiomyoma and uterine myoma are relatively uncommon diseases that are transmitted through autosomally dominant traits from genetic mutations. When a patient's chief complaint lies upon skin-colored or brown masses that occur in multiples appearing in the trunk or extremities with characteristic clinical symptoms and histological findings, and when the patient's family history is acknowledged such as skin or uterine leiomyoma or renal tumor, necessary genetic examination on multiple skin leiomyoma and uterine myoma could be done, and thereby precise diagnosis could also be made.

Single Stranded Conformation Polymorphism 분석에 의한 돼지 Duroc 품종의 미토콘드리아 DNA 유전적 변이 (Genetic Variation of Mitochondrial DNA in Duroc (Sus Scrofa) Using Single Stranded Conformation Polymorphism Analysis)

  • 조인철;정용환;정진관;성필남;김병우;이정규;전진태
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제45권6호
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    • pp.911-916
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    • 2003
  • 돼지 Duroc 품종의 mitochondria DNA D-loop전체 유전자를 증폭하기 위하여 많은 동물에서 고도로 상동성이 높은 tRNA-Pro와 tRNA-Phe 염기서열 일부를 이용하여 oligonucleotide primer를 제작하였다. 그 결과 Duroc 품종의 D-loop 전체 유전자는 1,145 base pairs 였으며, 그 중간위치에 10bp의 Sus Scrofa-specific sequence (TACACGTGCG)가 10개 존재하고 있었다. 돌연변이 검출을 위하여 가장 변이가 심한 지역을 primer 제작하여 345 bp의 DNA 단편을 증폭하였으며, Single Stranded Conformation Polymorphism(SSCP) 분석은 8% polyacrylamide gel에서 200 V, 16시간 전기영동하여 ethidium bromide (EtBr)로 10분간 염색하여 UV image analyzer로 관찰하였다. 그 결과 두 개의 서로 다른 밴드유형을 관찰하였으며, 21개 부위에서 염기서열 변이가 관찰되었다. 이러한 결과는 유전적 다양성 변이를 검출하는데 SSCP 분석이 유용한 도구라고 사료된다.

소나무속 잎 변이와 그의 ITS DNA 염기서열 (Leaf variants of Pinus and their ITS DNA sequences)

  • 구자춘;황성수
    • 식물분류학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.63-68
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    • 2013
  • 소나무속내 속생 잎의 수가 1개인 종류와 한 개체에서 2~3개의 속생 잎 수를 갖는 종류의 기원을 밝히고자 ITS DNA 지역의 염기서열을 조사하였다. 또한 속생 잎 수 변이가 출현하는 지역에서 생육하는 소나무, 리기다소나무 그리고 잣나무 등의 동일지역 염기서열을 비교 조사하였다. 확인된 ITS1, 5.8S 그리고 ITS2 DNA 등 3지역의 총 길이는 종류에 따라서 580~584 염기이었으며, ITS1 지역에서 가장 변이가 크게 나타났다. 5.8S 지역은 잣나무의 2개 염기 치환을 제외하면 조사된 모든 종류에서 일치하였다. 조사된 일부 ITS1 지역은 5.8S 위쪽으로 종에 따라 181~185 염기이며, 1개 또는 2~3개의 속생 잎 수를 갖는 변이들은 소나무와 동일한 염기서열로 확인되었다. ITS2 지역은 모두 237 염기이며, 소나무와 잎 변이들의 염기서열은 일치하였다. 확인된 염기서열을 이용하여 유집분석을 수행한 결과는 소나무와 속생 잎 수 변이들이 유사도 100%로 유집되었다. 따라서 조사된 속생 잎 수 변이들은 소나무의 속생 잎 수 변이로 최종 판별되었다.