• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.83-89
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• 2006

Cellular functions are carried out by a concerted action of biochemical pathways whose components have genetic interactions. Abnormalities in the activity of the genes that constitute or modulate these pathways frequently have oncogenic implications. Therefore, identifying the upstream regulatory genes for major biochemical pathways and defining their roles in carcinogenesis can have important consequences in establishing an effective target-oriented antitumor strategy We have analyzed the gene expression profiles of human liver cancer samples using cDNA microarray chips enriched in liver and/or stomach-expressed cDNA elements, and identified groups of genes that can tell tumors from non-tumors or normal liver, or classify tumors according to clinical parameters such as tumor grade, age, and inflammation grade. We also set up a high-throughput cell-based assay system (cell chip) that can monitor the activity of major biochemical pathways through a reporter assay. Then, we applied the cell chip platform for the analysis of the HCC-associated genes discovered from transcriptome profiling, and found a number of cancer marker genes having a potential of modulating the activity of cancer-related biochemical pathways such as E2F, TCF, p53, Stat, Smad, AP-1, c-Myc, HIF and NF-kB. Some of these marker genes were previously blown to modulate these pathways, while most of the others not. Upon a fast-track phenotype analysis, a subset of the genes showed increased colony forming abilities in soft agar and altered cell morphology or adherence characteristics in the presence of purified matrix proteins. We are currently analyzing these selected marker genes in more detail for their effects on various biological Processes and for Possible clinical roles in liver cancer development.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제1권2호
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• pp.77-82
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• 2001

Purpose: The most important prognostic factors in gastric cancer are depth of invasion and lymph node metastasis. Therefore, the prognosis for serosa and lymph node negative gastric cancer is favorable. However, there is no general agreement on the prognostic factors in this subset of patients. This study was undertaken to evaluate the prognostic significances of venous invasion (VI), lymphatic invasion (LI), and perineural invasion (NI) in T1 and T2 gastric cancer without lymph node involvement. Materials and Methods: We retrospectively evaluated 206 patients with T1 and T2, lymph node negative gastric cancer who underwent a curative resection from 1989 to 1993 at Kangnam St. Mary's Hospital, Seoul, Korea. The Chi-square test was used to determine the statistical significance of differences, and the Kaplan-Meier method was used to calculate survival rates. Significant differences in the survival rates were assessed using the log-rank test, and the Cox regression method was used to evaluate independent prognostic significance. Results: The rate of VI, LI and NI correlated well with the depth of tumor invasion. The rates of VI (+) for T1 vs T2 was $0\%\;vs\;5.1\%$, of LI (+) was $5.6\%\;vs\;26.8\%$, and of NI (+) was $1.6\%\;vs\;26.8\%$ in NI (+). There were 13 recurrent cases, 10 cases out of the 13 were T2 gastric cancers, and the recurrence rate was higher in LI (+) and NI (+) cases than in LI (-) and NI (-) cases. The 5-year survival rates were $93.4\%$ in LI (-) cases, $77.4\%$ in LI (+) cases, $92.5\%$ in NI (-) cases, $74\%$ in NI(+) cases, $95.9\%$ in LI (-) NI (-) cases, and $73.9\%$ in LI (+) NI (+) cases. Multivariate analysis demonstrated that simultaneous LI and NI was the only significant factor influencing the prognosis. Conclusion: These results suggest that simultaneous lymphatic and perineural invasion may be an independent prognostic factor in patients with T1 and T2 gastric cancer without lymph node metastasis.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제45권1호
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• pp.204-212
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• 1998

BOOP는 미만성 침윤성 폐질환의 한 아형으로서 일반적으로 치료에 좋은 반응을 보이며 진행성 BOOP로 인해 사망하는 경우는 드물다. 최근 Cohen 및 Nizami는 조직검사상 BOOP로 진단된 환자중 전격성 경과를 취하며 사망률이 높고 만성 섬유화증으로 진행하는 일부의 질환을 진행성의 전격성 BOOP로 분류하고 예후에 대한 고찰을 통해 예후 예측 인자에 대해 보고하였다. BOOP에서 불량한 예후를 보이는 경우는 흉부엑스선상에서 간질성 침윤 양상을 보이는 경우, 기관지 폐포 세척액 검사에서 림프구의 증가없이 호증구 또는 호산구가 증가된 경우, 조직검사 소견상 폐섬유화가 동반된 경우를 들 수 있다. 그러므로 수주간의 감기증상과 방사선학적 소견상 빠르게 진행하는 폐포성 침윤을 보이는 경우 진단에서 BOOP를 고려하여 폐 조직검사를 조기에 시행함이 필요하며 부신피질호르몬제 치료를 진단 즉시 시작한다면 BOOP가 폐섬유화로 진행함을 예방할 수 있다고 판단된다. 저자들은 최근 진행성의 전격성 BOOP로 진단후 부신피질호르몬제 및 erythromycin 계열 항생제의 투여로 성공적으로 치료한 일례를 경험하였기에 이에 보고하는 바이다.

• 한국지능시스템학회논문지
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• 제18권1호
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• pp.32-40
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• 2008

데이터 속성 값이 연속적이고 애매할 때 퍼지 규칙으로 분류규칙을 표현하는 것은 매우 유용하면서도 효과적이다. 그러나 효과적인 퍼지 분류규칙을 생성하기 위한 소속함수를 결정하기는 어렵다. 본 논문에서는 진화알고리즘을 이용하여 효과적인 퍼지 분류규칙을 자동으로 생성하는 방법을 제안한다. 제안한 방법은 지도 군집화로 클래스 분포에 따라 초기 소속함수를 생성하고, 정확하고 간결한 규칙을 생성할 수 있도록 초기 소속함수를 진화시키는 방법이다. 또한 진화알고리즘의 시간에 대한 효율성을 높이기 위한 방법으로 데이터 분할 평가 진화 방법을 제안한다. 데이터 분할 평가 진화 방법은 전체 학습 데이터를 여러 개의 부분 학습 데이터들로 나누고 개체는 전체 학습 데이터 대신 부분 학습 데이터를 임의로 선택하여 평가하는 방법이다. UCI 벤치마크 데이터로 기존 방법과 비교 실험을 통해 평균적으로 제안한 방법이 효과적임을 보였다. 또한 KDD'99 Cup의 침입탐지 데이터에서 KDD'99 Cup 우승자에 비해 1.54% 향상된 인식률과 20.8% 절감된 탐지비용을 보였고 데이터 분할 평가 진화 방법으로 개체평가 시간을 약 70% 감소시켰다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제14권12호
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• pp.2783-2790
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• 2010

본 연구에서는 무선 랜 표준안인 802.11n에서 채널 부호화 알고리즘으로 채택된 LDPC부호의 복호 알고리즘의 저복잡도에 대해 연구를 하였다. 샤논의 한계에 근접하기 위해서는 큰 블록 사이즈의 LDPC 부호어 길이와 많은 반복횟수를 요구한다. 이는 많은 계산량을 요구하며, 그리고 이에 따른 전력 소비량(power consumption)을 야기 시키므로 본 논문에서는 세 가지 형태의 저복잡도 LDPC 복호 알고리즘을 제시한다. 첫째로 큰 블록 사이즈와 많은 반복 횟수는 많은 계산량과 전력 소모량을 요구하므로 성능 손실 없이 반복횟수를 줄일 수 있는 부분 병렬 방법을 이용한 복호 알고리즘, 둘째로 early stop 알고리즘에 대해 연구 하였고, 셋째로 비트 노드 계산과 체크 노드 계산 시 일정한 신뢰도 값보다 크면 다음 반복 시 계산을 하지 않는 early detection 알고리즘에 대해 연구 하였다. 위 세가지 알고리즘을 적용하여 FPGA 칩에 구현한 결과 N=648, R=1/2일 때, 복호 속도는 알고리즘을 적용하지 않았을 때 보다 거의 두배에 가까운 110Mbps이고, 약 45%의 디바이스 사용량이 감소하였다.

• 한국전산구조공학회논문집
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• 제30권4호
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• pp.307-312
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• 2017

본 연구는 철도 시설의 선로를 대상으로 하여, Building Information Modeling(BIM)을 위한 데이터 모델인 Industry Foundation Classes(IFC)의 유지관리관점의 부분집합인 Construction Operations Building information exchange(COBie)를 통해 철도 시설물 유지관리문서를 생성할 수 있는 방안을 제시하였다. 철도 선로유지관리 문서 생성에 필요한 항목을 정의하기 위해 국토교통부의 선로유지관리지침 분석을 수행하였고, 이를 COBie 스프레드시트에서 참조하기 위한 방식을 정의하였다. 철도 시설물 선로의 유지관리정보 항목을 반영한 정보모델 생성을 위하여 IFC 프레임워크 내의 사용자 정의 속성집합을 활용하였으며, 이를 통해 IFC에서 지원하지 않는 철도 선로에 대한 추가 항목을 생성하였다. BIM 소프트웨어를 통해 추가적으로 생성한 사용자 정의 속성집합을 반영한 IFC 기반의 정보모델을 생성하였고, 이를 정의된 참조방식에 따라 선로 유지관리 정보항목을 COBie 스프레드시트에 전달하고 그 결과를 확인하였다. 이를 통해 IFC 기반의 As-built 모델로부터 COBie 스프레드시트로 정보를 전달함으로써 철도 시설물 유지관리업무를 위해 필요한 문서 생성에 활용할 수 있음을 확인하였다.

• Spatial Information Research
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• 제9권2호
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• pp.239-261
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• 2001

우리 나라 국가지정통계자료는 대부분 행정구역을 기초단위로 하는 지리/지역정보로서 계량적 지역분석기법을 통해서 그 가치가 더해진다. 본 연구는 지역분석을 위한 통계정보 및 통계지도 서비스 시스템의 한 선도적 모델을 제시하는데 그 목적을 둔다. 본 연구에서는 서울시를 사례로 하여 인구주택 총조사 및 사업체기초통계 원시자료 등을 재 집계하여 지역통계 데이터베이스를 구축하였다. 통계GIS의 핵심 지역분석모듈은 사회경제 자료분석에서 활용의 빈도가 높은 지역구조 및 격차 분석, 공간 분산분석, 상관분석, 회귀 및 잔차분석, 공간적 자기상관분석 등으로 구성되었다. 시스템 설계는 지역통계 데이터베이스와 지역분석기법 모듈, 그리고 통계지고를 웹 환경에서 통합하기 위해 어플리케이션 서버를 포함한 다양한 정보기반기술을 채택하여 이루어졌다. 지역분석을 위한 입출력 과정에서 대화형 통계지도가 사용된다. 본 연구를 통해 제안된 통계 GIS의 특징은 미리 저장된 데이터와 분석기능이 사용자와의 양방향 웹 인터페이스를 통해 제한 없이 확장될 수 있다는 점이다. 사용자의 요구에 따라 분석변수의 자유로운 변형과 합성이 연산자 구문해석기를 통해 가능하고, 이를 바탕으로 새로운 지역분석 알고리즘의 구현이 실시간으로 가능하다. 또한 데이터 측면에서는 사용자가 업로드한 자료를 잠정적으로 시스템에 통합하여 확장된 가상 데이터베이스를 만들고 이에 대해 여러 분석을 수행할 수 있다. 웹 기반 통계GIS 모델의 초기평가를 통해 각종 지역통해자료로부터 주문형 통계지도의 작성과 유통이 동시에 가능함이 확인되었다.

• The Journal of Advanced Prosthodontics
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• 제7권6호
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• pp.468-474
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• 2015

PURPOSE. The aim of this study was to characterize and compare bacterial diversity on the removable partial denture (RPD) framework over time. MATERIALS AND METHODS. This descriptive pilot study included five women who were rehabilitated with free-end mandibular RPD. The biofilm on T-bar clasps were collected 1 week ($t_1$) and 4 months ($t_2$) after the RPD was inserted ($t_0$). Bacterial 16S rDNA was extracted and PCR amplified. Amplicons were cloned; clones were submitted to cycle sequencing, and sequences were compared with GenBank (98% similarity). RESULTS. A total of 180 sequences with more than 499 bp were obtained. Two phylogenetic trees with 84 ($t_1$) and 96 ($t_2$) clones represented the bacteria biofilm at the RPD. About 93% of the obtained phylotypes fell into 25 known species for $t_1$ and 17 for $t_2$, which were grouped in 5 phyla: Firmicutes ($t_1=82%$; $t_2=60%$), Actinobacteria ($t_1=5%$; $t_2=10%$), Bacteroidetes ($t_1=2%$; $t_2=6%$), Proteobacteria ($t_1=10%$; $t_2=15%$) and Fusobacteria ($t_1=1%$; $t_2=8%$). The libraries also include 3 novel phylotypes for $t_1$ and 11 for $t_2$. Library $t_2$ differs from $t_1$ (P=.004); $t_1$ is a subset of the $t_2$ (P=.052). Periodontal pathogens, such as F. nucleatum, were more prevalent in $t_2$. CONCLUSION. The biofilm composition of the RPD metal clasps changed along time after RPD wearing. The RPD framework may act as a reservoir for potentially pathogenic bacteria and the RPD wearers may benefit from regular follow-up visits and strategies on prosthesis-related oral health instructions.

• 생명과학회지
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• 제23권12호
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• pp.1532-1540
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• 2013

Tbr2는 T-box family 전사인자의 하나로써 뇌의 발달, 전구세포의 증식, 그리고 CD8+ T 세포와 자연살상세포의 분화와 기능에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 본 연구는 마우스에서 pilocarpine을 이용하여 경련중첩증을 유도한 후 나타나는 병리기전에 Tbr2의 연관성을 확인하였다. 경련중첩증은 해마의 CA3, hilus 그리고 조롱박피질 등에서 뚜렷한 신경세포의 손상을 유발하였다. 흥미롭게도 Tbr2를 이용한 조직 염색에서 경련중첩증 2일 후에 CA3와 조롱박피질에서 면역반응성이 뚜렷하게 증가하는 것을 관찰하였다. 또한 CA3와 조롱박피질에서 Tbr2를 발현하는 세포는 미세아교세포와 단핵구, CD8+ T세포 또는 자연살상세포 등 백혈구의 표지물질인 CD11b 와 이중염색되는 것을 발견하였다. Tbr2와 CD11b에 동시에 염색된 세포는 아메바 모양의 형태를 갖추고 있는 것을 발견하였다. 게다가 혈관 내피세포에서 발혈되는 platelet endothelial cell adhesion molecule-1(PECAM-1)과 이중 염색한 결과 Tbr2를 발현하는 세포가 CA3 지역의 혈관내에 다량 존재하는 것을 확인하였다. 이상의 결과를 종합할 때 Tbr2를 발현하는 세포는 뇌 조직으로 이주하는 백혈구일 가능성이 높음을 보여준다. 이러한 결과는 경련중첩증에 따른 신경병리기전에 Tbr2가 관여할 가능성이 높음을 처음으로 제시하였다.

• Molecules and Cells
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• 제43권3호
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• pp.228-235
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• 2020

The Drosophila transmembrane semaphorin Sema-1a mediates forward and reverse signaling that plays an essential role in motor and central nervous system (CNS) axon pathfinding during embryonic neural development. Previous immunohistochemical analysis revealed that Sema-1a is expressed on most commissural and longitudinal axons in the CNS and five motor nerve branches in the peripheral nervous system (PNS). However, Sema-1a-mediated axon guidance function contributes significantly to both intersegmental nerve b (ISNb) and segmental nerve a (SNa), and slightly to ISNd and SNc, but not to ISN motor axon pathfinding. Here, we uncover three cis-regulatory elements (CREs), R34A03, R32H10, and R33F06, that robustly drove reporter expression in a large subset of neurons in the CNS. In the transgenic lines R34A03 and R32H10 reporter expression was consistently observed on both ISNb and SNa nerve branches, whereas in the line R33F06 reporter expression was irregularly detected on ISNb or SNa nerve branches in small subsets of abdominal hemisegments. Through complementation test with a Sema-1a loss-of-function allele, we found that neuronal expression of Sema-1a driven by each of R34A03 and R32H10 restores robustly the CNS and PNS motor axon guidance defects observed in Sema-1a homozygous mutants. However, when wild-type Sema-1a is expressed by R33F06 in Sema-1a mutants, the Sema-1a PNS axon guidance phenotypes are partially rescued while the Sema-1a CNS axon guidance defects are completely rescued. These results suggest that in a redundant manner, the CREs, R34A03, R32H10, and R33F06 govern the Sema-1a expression required for the axon guidance function of Sema-1a during embryonic neural development.