• Journal of Microbiology
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• 제44권6호
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• pp.600-606
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• 2006

Spore forming actinobacteria (sporoactinobacteria) isolated from soils with an acidic pH in Pinus thunbergii forests and coal mine waste were subjected to taxonomic characterization. For the isolation of acidophilic actinobacteria, acidified starch casein agar (pH adjusted to 4-5) was used. The numbers of actinobacteria growing in acidic media were between $3.2{\times}10^4$ and $8.0{\times}10^6$ CFU/g soil. Forty three acidophilic actinobacterial strains were isolated and their 16S rDNA sequences were determined. The isolates were divided into eight distinctive phylogenetic clusters within the variation encompassed by the family Streptomycetaceae. Four clusters among them were assigned to the genus Streptacidiphilus, whereas the remaining four were assigned to Streptomyces. The clusters belonging to either Streptomyces or Streptacidiphilus did not form a monophyletic clade. The growth pH profiles indicated that the representative isolates grew best between pH 5 and 6. It is evident from this study that acidity has played a critical role in the differentiation of the family Streptomycetaceae, and also that different mechanisms might have resulted in the evolution of two groups, Streptacidiphilus (strict acidophiles) and neutrotolerant acidophilic Streptomyces. The effect of geographic separation was clearly seen among the Streptacidiphilus isolates, which may be a key factor in speciation of the genus.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2004년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.30-30
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• 2004

• 미생물학회지
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• 제52권1호
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• pp.59-64
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• 2016

본 연구에서는 차세대 염기서열분석(pyrosequencing) 기술을 이용해 조릿대(Sasa borealis) 대나무림의 낙엽층과 근권 토양 내 주요 군집인 방선균군집의 계통학적 특성을 분석하여 방선균 유전자원 다양성 확보를 위한 기반 연구를 수행하고자 하였다. 낙엽층 시료 내 세균군집은 2,588 OTUs, 다양성 지수 7.55로 나타났으며, 근권토양 시료의 경우 2,868 OTUs, 다양성 지수 8.15로 다양한 세균군집이 균등하게 분포하고 있는 것으로 확인되었다. 대나무림 토양시료 내 세균군집은 총 35개의 문으로 구성되었으며, Proteobacteria (51-60%), Bacteroidetes (16-20%), Acidobacteria (4-16%) 그리고 Actinobacteria (4-14%) 계통군이 주요 세균군집으로 확인되었다. 특히, Actinobacteria은 총 6목 35과 121속의 다양한 방선균이 분포하였으며, 전체 방선균군집의 83%가 Actinomycetales 목으로 확인되었다. 이들 Actinomycetales 목은 28개 과로 구성되었으며, Micromonosporaceae, Pseudonocardiaceae 그리고 Streptomycetaceae는 조릿대 대나무림의 낙엽층과 근권토양에서 풍부도가 가장 높고 변이가 적은 대표 방선균군집으로 확인되었다.

• 생명과학회지
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• 제28권12호
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• pp.1477-1488
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• 2018

본 연구는 제주 연안에서 채집한 오분자기(Sulculus diversicolor supertexta)를 구성하는 미생물 군집의 다양성을 알아보기 위하여 근육, 장, 생식소 각 부위별로 조사하였다. 배지로 1차 순수 분리한 결과 근육은 MA, 장 1% BHIA, 생식소 1% TSA에서 각각 최대 군락 계수가 나타났다. 16S rRNA sequence로 표준 균주와 비교 유사도 분석 결과 총 190개의 순수 colony가 분리되었다. NBLAST program 분석 결과 크게 5문 25과 39속 71종으로 나타났다. 표준 균주와 상동성은 91-100%를 나타냈다. 오분자기 내 미생물 군집은 크게 Probacteria (Gamma-proteobacteria, Alpha-proteobacteria) 48%, Actinobacteria 32.5%, Firmicutes 16.9%, Bacteroide 1.3%, Deinococcus-thermus 1.3%로 나타났다. 근육, 장, 생식소 모든 부위에서 Moraxellaceae과 Psychrobacter cibarius가 우점하였다. 근육, 장, 생식소 모든 부위에서 Alteromonadaceae, Enterobacteriaceae, Pasturellaceae, Moraxellaceae, Rhodobacteraceae, Geminicoccaceae, Dietziaceae, Intrasporangiaceae, Microbacteriaceae, Micrococcaceae, Micromonosporaceae, Streptomycetaceae, Aerococcaceae, Bacillaceae, Paenibacillaceae, Planococcaceae, Staphylcoccaceae가 공통적으로 분리되었으며, 장에서 Flavobacteriaceae, Corynebacteriaceae, Yesiniaceae, Vibrionaceae, Hahellaceae, Pseudomonadaceae가 추가 분리되었다. 분리 균주로부터 인체 유해 질병 세균에 대한 항균활성 모니터링 결과 Sterptomyces albus (96%)가 4균주 모두 항균활성을 보였고 Agrococcus baldri (99%), Psychrobacter nivimaris (99%)가 E. coli, E. aerogens에 대한 항균활성을 나타냈다. 그 외 상동성이 낮은 일부 균주가 분리되어 신균주 실험을 비롯한 항균활성물질 정제 등 추가 실험이 필요한 것으로 사료된다. 본 실험은 오분자기 미생물 군집의 다양성과 유전학적 자원을 확보하는데 의의를 두며, 응용 미생물의 개발 가능성에 있어 기초 자료를 제공하고자 하였다.

• Journal of Species Research
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• 제11권1호
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• pp.1-9
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• 2022

The phylum Actinobacteria includes many groups of aerobic, Gram-stain-positive, rod, or filamentous shaped bacteria. Actinobacteria are known for multicellular differentiation in some groups, and also for production of various secondary metabolites such as antibiotics. During a series of extensive surveys of indigenous prokaryotic species diversity in Korea, bacterial strains belonging to Actinobacteria were isolated from various sources of terrestrial environments. A total of 21 bacterial strains, belonging to 10 genera in 8 families, were isolated as unrecorded species in Korea. Among them, 11 were assigned to the family Streptomycetaceae, two species assigned to each of the families Microbacteriaceae, Mycobacteriaceae and Nocardioidaceae, and one species assigned to each of the families Euzebyaceae, Corynebacteriaceae, Micrococcaceae and Intrasporangiaceae. At the genus level, Streptomyces (10 species) was the most abundant, followed by Microbacterium and Mycolicibacterium(2 species each), and one species in each of the genera Corynebacterium, Euzebya, Arthrobacter, Terracoccus, Kribbella, Nocardioides and Yinghuangia. The detailed descriptions of each unrecorded species are provided.

• The Plant Pathology Journal
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• 제39권3호
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• pp.245-254
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• 2023

The plant microbiota plays a crucial role in promoting plant health by facilitating the nutrient acquisition, abiotic stress tolerance, biotic stress resilience, and host immune regulation. Despite decades of research efforts, the precise relationship and function between plants and microorganisms remain unclear. Kiwifruit (Actinidia spp.) is a widely cultivated horticultural crop known for its high vitamin C, potassium, and phytochemical content. In this study, we investigated the microbial communities of kiwifruit across different cultivars (cvs. Deliwoong and Sweetgold) and tissues at various developmental stages. Our results showed that the microbiota community similarity was confirmed between the cultivars using principal coordinates analysis. Network analysis using both degree and eigenvector centrality indicated similar network forms between the cultivars. Furthermore, Streptomycetaceae was identified in the endosphere of cv. Deliwoong by analyzing amplicon sequence variants corresponding to tissues with an eigenvector centrality value of 0.6 or higher. Our findings provide a foundation for maintaining kiwifruit health through the analysis of its microbial community.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제12권1호
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• pp.71-76
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• 2002

Soil samples were screened for actinomycete strains capable of producing phospholipase D, and a strain, Streptomyces sp. YU100, showing a high transphosphatidylation activity was isolated. This strain secreted phospholipase D in a culture broth after 12 h of cultivation, and its productivity continued to increase for 36 h of fermentation. In addition, its transphosphatidylation rate of phosphatidylcholine to phosphatidylserine was almost $68\%$ within 1 h. The morphological and chemotaxonomical characteristics showed that this strain could be classified as a number of the Streptomycetaceae family, particularly due to the spiral form of its spore chain consisting of 60-70 smooth spores $(0.75{\times}1.0{\mu}m$) on an aerial mycelium, FA-2c type of fatty acid profile in the cell wall, and LL-DAP component in the cell wall peptidoglycan. A phylogenetic analysis of the 16S rDNA provided a clue that the strain YU100 was actually a member of the genus Streptomyces, because the determined sequence exhibited a higher homology with Streptomyes sp. ASB27, S. peucetius JCM9920, and S. griseus ATCC10137. A dendrogram based on the 16S rDNA sequences also showed a phylogenetic relationship between the strain YU100 and these strains. However, the strain YU100 has not yet been assigned to a particular species, because of absence of any other classified species with a high matching score.

• 환경생물
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• 제28권4호
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• pp.223-230
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• 2010

제주도 연안해역 4개 지역(한림, 애월, 신촌, 함덕) 해수의 온도, 염분농도, 용존산소량(DO), 화학적 산소요구량(COD), 부유물질(SS), 암모니아성 질소($NH_3-N$), 질산성 질소($NO_3-N$) 및 아질산성 질소($NO_2-N$)와 같이 다양한 이화학적 특성을 확인하였다. 해수의 평균 온도는 $26.23{\sim}28.6^{\circ}C$, 염분농도는 31.4~32.88‰, pH는 8.15~8.35, COD는 0.48~0.91 mg $L^{-1}$, DO는 6.78~6.87 mg $L^{-1}$로 나타났다. 해수에서 분리된 해양방선균은 총 52종으로 제주시 동부지역(A, B)에서는 24균주, 서부지역(C, D)은 28균주가 분리되었다. 분리된 해양방선균은 16S rRNA 염기서열 분석을 이용하여 최종적으로 동정되었으며, 염기서열 정보를 기초로하여 유사도(similarity)를 조사하였다. 분리된 방선균의 16S rRNA 염기서열 분석을 통하여 계통 분류학적으로 어떤 division에 속하는지를 확인하여 본 결과 제주도 제주시 동부지역(Site A, B) 해양에서 분리된 방선균 24균주는 Gram positive bacteria (division)/Actinobacteria (class)/Actinomycetales (order)/Streptomy-cineae (suborder)/Streptomycataceae (family)/Streptomyces(genus)에 22 균주, Actinomycetales (order)/Streptosporangineae (suborder)/Nocardiopsaceae (family)/Nocardiopsis (genus)에 2 균주가 분리되었다. 제주시 서부지역(Site C, D) 해양에서 분리된 방선균 28균주는 Gram positive bacteria (division)/Actinobacteria (class)/Actinomycetales (order)/Streptomycineae (suborder)/Streptomycataceae (family)/Streptomyces (genus)에 27균주, Actinomycetales (order)/Streptosporangineae (suborder)/Nocardiopsaceae (family)/Nocardiopsis (genus)에 1균주가 분리되었다.

• 생명과학회지
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• 제32권9호
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• pp.721-728
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• 2022

본 논문은 제주연안에서 채집한 소라(Turbo cornutus)의 장내세균을 분리하고 군집의 다양성을 조사하였다. 표준배지를 사용하여 순수 정체 배양 결과 MA agar에서 가장 많은 군집을 나타났다. 일반 배양 CFU값은 평균 1.8×10⁵, 혐기 배양 CFU값은 평균 0.4×10으로 보다 적게 나타났다. 기존 표준균주와 16S rDNA sequence 유사도 비교 분석 결과 크게 4문 12과 26속 67종으로 분류되었다. 표준균주와의 상동성 범위는 93-100%로 나타났다. 소라장내세균 군집은 크게 Proteobacteria 39% (α-proteobacteria; Phyllobacteriaceae (1), Rhodobacteraceae (8) / γ-proteobacteria; Alteromonadaecae (1), Shewanellaceae (4), Vibrionaceae(12))로 가장 우점하였고, Firmicutes 34% (Bacillaceae (21), Paenibacillaceae (2)), Actinobacteria 21% (Cellulomonadaceae (1), Mycobacteriaceae (6), Nocardiaceae (4), Streptomycetacea (3)), Bacteroidetes 6% (Flavobacteriaceae (4))로 각각 나타났다. Bacillus sp., Vibrio sp.이 가장 우점 하였으며, 그 외 대부분의 분리 균주는 해양 유래 관련 균주로 나타났다. 이전 보고된 제주 연안에 서식하는 해양동물 장내세균군과 비슷한 양상을 보였다. 분리된 일부 균주가 단당류(Cellulose), 다당류(alginate, agar)분해능을 갖고 있는 것으로 나타났는데, 대부분이 해조류 유래 세균으로 소라의 섭이가 장내세균군과 관련됨을 알 수 있었다. 동시에 probiotics 기능을 갖고 있는 일부 균주도 분리되었다.