• 제목/요약/키워드: Strain-based

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팽이버섯(Flammulina velutipes)의 Genome-wide SNP (Single Nucleotide Polymorphism)에 의한 계통 분석 (Genome-wide Single Nucleotide Polymorphism-based Assay for Phylogenetic Relationship of the Flammulina velutipes)

  • 우성이;김은선;한재구;장갑열;신평균;오연이;오민지;조성환;이정희;김경수;공원식
    • 한국균학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.231-238
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    • 2015
  • 팽이버섯(Flammulina velutipes) 25품종의 유전체 재분석 데이터를 표준유전체(KACC42781)와 비교하여 genomewide single nucleotide polymorphism (SNP)를 선발하였다. 균주에 따른 mapping율의 차이는 균주간 변이를 반영하였으며, genome-wide SNP분포는 homozygous SNP, heterozygous SNP로 구분되었으며 모두 균주에 따른 변이가 크게 나타났다. 수집균주들 사이의 유연관계를 살펴보기 위해, 계통수를 그려본 결과, Group I은 F. velutipes var. 계통인 ASI 4062, 4148, 4195이 묶여지고, Group II는 ASI 4188 F. elastica, ASI 4190 F. fennae, ASI 4194 F. rossica의 다른 종이 별도의 그룹을 형성하였다. 그 외 F. velutipes 19개 계통은 같은 그룹으로 나타났으며 그 유전적 자리를 잘 반영하였다. 한편 백색 group과 갈색 group을 유연관계로 분석하고자 시도하였으나 색깔에 따른 group은 이루어지지 않았다. 한국 백색 품종인 ASI 4210, 4166, 4178과 일본 백색 품종인 ASI 4209, 4167을 분석한 결과 phylogenetic tree상에서 한국 백색 품종과 일본 백색 품종간의 유전적 상동성이 매우 높음을 확인할 수 있었다.

표고 톱밥재배용 균주의 육종과 재배특성에 관한 연구 (Studies on Breeding and Cultivation Characteristics of Lentinula edodes Strains for Sawdust Cultivation)

  • 유성열;박원철;구창덕;이봉훈
    • 한국균학회지
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    • 제37권1호
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    • pp.65-72
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    • 2009
  • 톱밥배지에 적합한 품종 구비 조건으로서 요구되는 신규성, 구별성, 균일성, 안정성에 대해 교잡균주제조에 따른 균사생장, 배양일수, 생산성, 온도형 등을 비교하여 톱밥배지에 적합한 균주육종을 시도하였다. 본 실험에서는 Di-mon교배법을 이용하여 이핵 균주 21개와 일핵 균주 2개 사이의 상호교배에서 19개의 새로운 균주를 만들었다. 이 가운데 균사생장과 목재 부후력이 활발한 10개 균주를 선발하였다. 이 선발된 균주들은 100일, 125일, 150일 등으로 배양일수를 달리하여 생산성 검정을 하였다. 그 결과 100일 처리에서 KFRI 960, 961, 962, 963, 964, 971, 973균주가 생산성이 우수하였으며, 125일 처리에서 KFRI 968, 970균주가 생산성이 우수하였다. 배양일수에 따른 생산성은 100일과 150일 처리사이에서 차이가 났다. 교배 온도형의 비교는 고온성 사이의 교배와 저온성과 고온성 사이의 교배, 아직 결정되지 않은 온도형과 고온성 간의 교배의 생산성차이는 없었으며, 중온성과 고온성과의 교배로 만들어진 균주들과는 생산성 차이가 났다. 교잡균주들의 온도형 분석은 고온성 균주가 다른 온도형에 비해 우성형질을 가졌다.

Bacillus amyloliquefaciens IUB158-03이 생산하는 항진균물질의 분리와 항균활성 (Isolation of Antifungal Substances by Bacillus amyloliquefaciens IUB158-03 and Antagonistic Activity against Pathogenic Fungi)

  • 김혜영;이태수
    • 한국균학회지
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    • 제37권1호
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    • pp.96-103
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    • 2009
  • 병원성 미생물을 방제하기 위하여 국내의 고추 재배지에서 탄저병균에 감염된 고추로부터 Bacillus속 균주를 분리하였다. 이들 중 고추탄저병균인 C. gloeosporioides 균주와 식물에 회색곰팡이병을 일으키는 Botrytis cinerea 균주에 대한 길항작용이 가장 우수한 Bacillus sp. IUB158-03을 선발하였다. 선발된 균주의 형태적, 생리 생화학적 특성과 MicroLog 방법을 이용하여 동정된된 균주는 B. amyloliquefaciens IUB158-03로 명명하였다. 항진균물질 생산을 위한 최적배지 조건은 2% soluble starch, 3% yeast extract, 0.5% tryptone, 0.5% $NH_4H_2PO_4$, 1% NaCl의 pH 6.0에서 $25^{\circ}C$, 72시간 배양한 추출물에서 가장 높은 항진균활성을 나타내었다. B. amyloliquefaciens IUB158-03이 생산한 항진균물질을 butanol로 추출한 후 silica gel column chromatography, preparative thin layer chromatography, and HPLC을 이용하여 항진균물질을 정제하였다. 정제된 항진균물질은 TLC plate 상에서 $R_f$값이 0.27인 것이 확인되었으며, 이 물질은 식물병원균인 Fusarium solani, Rhizoctonia solani, Botrytis cineria, Alternata alternaria와 인체병원성 진균인 Trichophyton mentagrophytes, Epidermophyton floccosum, Cryptococcus neoformans 등에만 선택적으로 높은 항진균 활성을 보였다.

모멘트-곡률 관계에 기초한 반복하중을 받는 철근콘크리트 보의 비선형 해석 (Nonlinear Analysis of RC Beams under Cyclic Loading Based on Moment-Curvature Relationship)

  • 곽효경;김선필
    • 한국전산구조공학회논문집
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    • 제13권2호
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    • pp.245-256
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    • 2000
  • 이 논문에서는 반복하중을 받는 철근콘크리트 보의 거동을 모사하기 위한 모멘트-곡률 관계를 제안하고 있다. 기존의 제안된 모멘트-곡률 관계 모델이나 적층단면법과는 달리 제안된 모델은 부착-슬립관계와 상응하는 평형방정식을 기초로 하여 구성된 단조증가 하중에 대한 모멘트-곡률 관계를 이용하여 부착-슬립에 따른 영향을 고려하고 있다. 또한 대변형 해석시 보다 개선된 결과를 얻기 위해 철근의 응력-변형률 관계에 착안한 곡선화 된 천이곡선을 사용하고 있다. 응력-변형률 관계에 기초하여 단면을 가상의 층상구조로 모사하는 적층단면법과 비교하여 제안된 모델은 단면의 거동을 모멘트-곡률 관계로 표현하는 관계로 대형구조물의 해석시 계산시간과 저장공간을 줄일 수 있는 잇점을 가지고 있다. 나아가 고정단회전과 pinching효과를 고려하기 위한 제안된 기본모델의 수정방안이 소개되고 있다. 마지막으로 제안된 모델식의 타당성을 검증하기 위하여 해석결과와 실험값들의 비교가 이루어졌다. 본 논문은 구조물의 미시적 측면에서 유효평균탄성계수를 결정하기 위한 균질화기법인 점근적 방법을 적용하였고, 탄성값을 조사하기 위하여 유한요소법으로 정식화하였다. 수치 예로서 물성치가 각기 다른 등방성 재료를 적층한 부재의 임의 단면에서 단위요소를 해석영역으로 설정하고 산출된 탄성계수를 기존의 해석방법으로부터 산출된 값과 비교하였다. 균질화기법으로 산출된 탄성계수는 과소평가되어 나타나며, 이는 해석영역을 유한요소정식화하는 과정에서 수정항만큼 차이가 난다는 것을 증명하였다. 기존 해석방법으로는 복합재료의 탄성계수가 단순히 재료의 산술적 평균값으로 계산되는 것과는 달리, 미시적으로 복합재 단위요소의 반복성을 고려함으로써 제안된 해석방법이 보다 유용하다는 것을 보여 주었다.

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비선형 두께 변분을 갖는 두꺼운 원형판과 환형판의 3차원적 진동해석 (Three Dimensional Vibration Analysis of Thick, Circular and Annular Plates with Nonlinear Thickness Variation)

  • 장승환;심현주;강재훈
    • 한국전산구조공학회논문집
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    • 제17권2호
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    • pp.119-129
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    • 2004
  • 3차원 해석법을 이용하여 반경방향으로 비선형적 두께 변분을 가진 두꺼운 원형판과 환형판의 고유진동수를 결정하였다. 수학적으로 2차원적인 전통적 판 이론과는 달리 본 연구에서는 3차원적 등 탄성방정식을 근간으로 하였다. 반경방향, 두께방향, 원주방향으로의 변위 성분인 u/sub s/, u/sub z/, u/sub θ/를 시간에 대해서는 정현적으로, θ에 대해서는 주기적으로, s와 z방향으로는 대수 다항식의 형태로 취하였다. 판의 위치(변형률) 에너지와 운동 에너지를 정식화하고, 리츠법을 이용하여 고유치 문제를 해결하였으며, 진동수의 최소화과정을 통해 엄밀해에 대해서 상위경계치의 진동수를 구하였다. 다항식의 차수를 증가시키면 진동수는 엄밀해에 수렴하게 된다. 판의 최하위 5개의 진동수에 대한 유효숫자 4자리까지의 수렴성 연구가 이루어졌다. 수치결과로 두께가 일정하거나, 선형적 또는 2차 곡선적 변분을 갖는 자유경계의 두꺼운 원형판과 환형판의 무차원 진동수를 제공하였다. 또한 이미 발표된 2차원적인 박판이론에 의한 결과와 본 연구의 3차원 해석에 의한 결과를 서로 비교하였다.

Cordycepin이 사염화탄소 유발 간손상 흰쥐의 조직 과산화 지질 농도 및 항산화 활성에 미치는 영향 (Effect of Cordycepin-increased Cordyceps militaris Powder on Tissues Lipid Peroxidation and Antioxidative Activity in Carbon Tetrachloride-induced Hepatic Damage in Rats)

  • 안희영;박규림;김유라;차재영;조영수
    • 생명과학회지
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    • 제23권7호
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    • pp.904-912
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    • 2013
  • 눈꽃 동충하초, 번데기 동충하초, Cordycepin 고함유 번데기 동충하초 분말을 식이 중에 각각 3% 수준으로 첨가하여 4주간 흰쥐에 급여한 후, 해부하기 2일 전에 2회 사염화탄소를 복강주사하여 급성 간손상을 일으켜 임상생화학적 특성 및 조직 내 항산화 활성 및 간 조직에 미치는 영향을 검토하였다. 체중 증가량과, 식이 섭취량 및 음료섭취량은 각 실험군 모두 감소하는 경향을 보였다. 간 손상 임상 지표인 AST, ALT, LDH 활성도 각 실험군 모두 유의적으로 감소하였으나, 그 중 Cordycepin 고함유 번데기 동충하초 분말을 투여한 군에서 가장 낮은 활성을 보였다. 각 조직과 혈청의 과산화지질(TBARS)을 측정한 결과 Cordycepin 고함유 번데기 동충하초는 높은 과산화지질 억제작용을 나타내어 조직 내 항산화 물질로 잘 알려진 glutathione농도 또한 모든 조직과 혈청내에서 높은 함량을 보였다. 미네랄 함량 측정결과 지방의 산화를 촉진하는 비헴철과 항산화 성분인 아연이 정상수준까지 회복되는 경향을 보였다. 이상의 실험결과 Cordycepin 고함유 번데기 동충하초는 사염화탄소로 유발된 간 독성을 저하시키며 혈청과 간지질 대사를 개선하는 효과가 있는 것으로 사료되며 향후 간 기능 개선과 지질대사 개선효능을 가지는 건강식품 개발의 소재로 활용될 가능성이 높은 것으로 판단되어진다.

16S rRNA 분석에 의한 Subsection IV cyanobacteria 균주들의 다계통성 기원의 증거 (Evidence for Polyphyletic Origin of the Members of the Subsection IV Cyanobacteria as Determined by 16S rRNA Analysis)

  • 신용국;서필수
    • 생명과학회지
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    • 제26권10호
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    • pp.1202-1206
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    • 2016
  • Subsection I과 II의 시아노박테리아 균주들은 단세포성이며, Subsection III의 시아노박테리아 균주들은 섬유상의 다계통성, 이형 사이토시스 형성성 균주들인 반면, Subsections IV와 V는 단일계통성으로 보고되어있다. 본 연구에서 13 균주의 시아노박테리아의 the small subunit rRNA (16S rRNA) 염기서열들이 - Subsection III의 Oscillatoria nigro-viridis PCC7112, Subsection IV에 속하는 Anabaena, Nostoc, Tolypothrix, Calothrix 및 Scytonema속을 포함한 6 균주, Subsection V에 속하는 Hapalosiphon, Fischerella and Chlorogloeopsis 속의 6 균주 - 결정되었다. 결정된 16S rRNA 염기서열을 이용하여 시아노박테리아의 분자계통분석을 수행하였다. 그러나, 16S rRNA의 염기서열 결정을 근거로 한 본 연구의 계통분석결과 Subsection IV는 단일 계통성이 아닌 다계통성이며, 반면 Subsection V는 이전에 보고되어진 것처럼 단일 계통성임을 나타내었다. 또한, 본 연구 결과는 Scytonema속이 이형 사이토시스 형성성 시아노박테리아인 Subsection IV 및 V의 공통 조상일 수 있음을 강력하게 나타낸다. 부가적으로, 본 연구의 분자계통 분석을 통해 Anabaena속은 다계통성으로 계통학적으로 다양한 종들로 구성되어 있음을 나타내고 있다. 본 연구 결과는 Anabaena속이 좀 더 세밀하게 재분류 되어져야 함을 나타낸다.

초산비닐수지계 접착제를 사용한 탄소섬유강화플라스틱 복합집성재의 휨 성능 (Bending Performance of Glulam Beams Reinforced with Carbon Fiber-Reinforced Plastics Bonded with Polyvinyl Acetate-Based Adhesive)

  • 박준철;신윤종;홍순일
    • Journal of the Korean Wood Science and Technology
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    • 제37권4호
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    • pp.364-371
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    • 2009
  • 본 연구에서는 체적비 0.7%, 2.1%의 탄소섬유강화플라스틱 강화 낙엽송 집성재 보를 제작하여 휨강도 성능을 평가하였다. 휨강도 시험 결과 복합집성재의 파괴형상은 인장응력부 최하층에서 1차 파괴가 일어났지만 탄소 섬유 보강층 상층부는 파괴되지 않았다. 인장응력부위에서 1차 파괴가 일어난 후에도 보강층 상층부는 강도를 유지하고 있어 계속 하중이 증가하면 보강층 상층부에서 2차 파괴가 일어났다. 탄소섬유강화플라스틱 복합집성재의 휨강도는 체적비 0.7%를 보강한 집성재의 경우 대조군 집성재(control 재)에 비해 1차 파괴시 휨강도는 28% 향상되었다. 보강층 상층까지 완전한 파괴가 일어났을 때의 휨강도는 55% 향상되었다. 탄소섬유강화플라스틱을 체적비의 2.1% 보강한 경우 대조군 집성재에 비해 휨강도가 77% 증가하였다. Romani가 제안한 파괴모드를 이용하여 산출된 탄소섬유강화플라스틱 복합집성재의 예측 중립축과 스트레인 게이지로 측정된 실측 중립축의 높이가 1.03으로 잘 일치하는 것을 확인할 수 있었다.

Caenorhabditis elegans 생체대체모델을 이용한 한국 영유아분변 유래 프로바이오틱스 균주의 in vivo 장 우점능 검토 (Rapid in vivo Colonization Screening of Probiotic Bacteria Isolated from Human Infants using Caenorhabditis elegans Surrogate Host)

  • 박미리;정은선;오상남;송민호;두재균;정용섭;문용일;김영훈
    • 한국축산식품학회지
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    • 제33권4호
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    • pp.522-530
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    • 2013
  • Probiotic 기능성이 우수한 유산균을 선발하기 위하여 9개월 미만의 모유수유아로부터 100종의 Lactobacillus균을 분리하였다. C. elegans를 이용한 in vivo 실험으로 장내 우점능을 검사하여 L. rhamnosus GG와 비교했을 때 다른 균주들보다 상대적으로 장환경에 대하여 우수한 우점특성을 갖는 probiotic 유산균주 9종을 선발하였다. Mucin을 이용한 in vitro 부착능력 검토결과, L. rhamnosus GG대비 90% 이상의 부착능을 보였으며, pH 2.5에서의 내산성 및 0.5% oxgall을 함유한 내담즙성에서 각각 97% 이상과 99% 이상의 높은 생존율을 나타냈다. 또, 81% 이상의 높은 콜레스테롤 저해능과 다양한 prebiotics 이용가능성을 확인하였고 최종적으로 L. rhamnosus 4종, L. plantarum 5종인 것으로 동정되었다. 이상의 결과로부터 in vivo 실험을 통해 우선 선발한 균주들이 프로바이오틱스 균주로서 요구되는 조건을 우수하게 충족시킨다는 것을 알 수 있었으며, 따라서 in vivo 모델로서 C. elegans을 이용한 장내우점능력 검토는 내산성, 내담즙성, 콜레스테롤 저하, 그리고 prebiotic 기질 이용능 등의 고기능성의 probiotic 균주 선발에 직접적으로 이용할 수 있을 것으로 기대된다.

Antibacterial Activity and Probiotic Potential of Lactobacillus plantarum HKN01: A New Insight into the Morphological Changes of Antibacterial Compound-Treated Escherichia coli by Electron Microscopy

  • Sharafi, Hakimeh;Maleki, Hadi;Ahmadian, Gholamreza;Zahiri, Hossein Shahbani;Sajedinejad, Neda;Houshmand, Behzad;Vali, Hojatollah;Noghabi, Kambiz Akbari
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제23권2호
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    • pp.225-236
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    • 2013
  • Among several bacteria examined, an antibacterial-producing Lactobacillus strain with probiotic characteristics was selected and identified based on 16S rRNA gene sequencing. Subsequent purification and mode of action of the antibacterial compounds on target cells including E. coli were investigated. Maximum production of the antibacterial compound was recorded at 18 h incubation at $30^{\circ}C$. Interestingly, antibacterial activity remained unchanged after heating at $121^{\circ}C$ for 45 min, 24 h storage in temperature range of $70^{\circ}C$ to room temperature, and 15 min exposure to UV light, and it was stable in the pH of range 2-10. The active compounds were inactivated by proteolytic enzymes, indicating their proteinaceous nature, and, therefore, referred to as bacteriocin-like inhibitory substances. Isolation and partial purification of the effective agent was done by performing ammonium sulfate precipitation and gel filtration chromatography. The molecular mass of the GFC-purified active compound (~3 kDa) was determined by Tris-Tricine SDS-PAGE. To predict the mechanisms of action, transmission electron microscopy (TEM) analysis of ultrathin sections of E. coli before and after antibacterial treatment was carried out. TEM analysis of antibacterial compounds-treated E. coli demonstrated that the completely altered bacteria appear much darker compared with the less altered bacteria, suggesting a change in the cytoplasmic composition. There were also some membrane-bound convoluted structures visible within the completely altered bacteria, which could be attributed to the response of the E. coli to the treatment with the antibacterial compound. According to the in vivo experiments oral administration of L. plantarum HKN01 resulted in recovery of infected BALB/c mice with Salmonella enterica ser. Typhimurium.