• 제목/요약/키워드: Source Coding

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Complete mitochondrial genome of Nyctalus aviator and phylogenetic analysis of the family Vespertilionidae

  • Lee, Seon-Mi;Lee, Mu-Yeong;Kim, Sun-sook;Kim, Hee-Jong;Jeon, Hye Sook;An, Junghwa
    • Journal of Species Research
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    • 제8권3호
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    • pp.313-317
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    • 2019
  • Bats influence overall ecosystem health by regulating species diversity and being a major source of zoonotic viruses. Hence, there is a need to elucidate their migration, population structure, and phylogenetic relationship. The complete mitochondrial genome is widely used for studying the genome-level characteristics and phylogenetic relationship of various animals due to its high mutation rate, simple structure, and maternal inheritance. In this study, we determined the complete mitogenome sequence of the bird-like noctule (Nyctalus aviator) by Illumina next-generation sequencing. The sequences obtained were used to reconstruct a phylogenic tree of Vespertilionidae to elucidate the phylogenetic relationship among its members. The mitogenome of N. aviator is 16,863-bp long with a typical vertebrate gene arrangement, consisting of 13 protein-coding genes (PCGs), 22 transfer RNA genes, 2 ribosomal RNA genes, and 1 putative control region. Overall, the nucleotide composition is as follows: 32.3% A, 24.2% C, 14.3% G, and 29.2% T, with a slight AT bias (61.5%). The base composition of the 13 PCGs is as follows: 30.3% A, 13.4% G, 31.0% T, and 25.2% C. The phylogenetic analysis, based on 13 concatenated PCG sequences, infers that N. aviator is closely related to N. noctula with a high bootstrap value (100%).

해양 Flavobacteria Flagellimonas eckloniae DOKDO 007T 의 유전체 염기서열 해독 (Draft genome sequence of a marine Flavobacteria Flagellimonas eckloniae DOKDO 007T)

  • 권용민;;김상진;권개경
    • 미생물학회지
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    • 제54권4호
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    • pp.460-462
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    • 2018
  • Flavobacteriaceae에 속하는 해양 Flavobacteria인 Flagellimonas eckloniae DOKDO $007^T$은 독도에서 서식하는 조류(Ecklonia kurome)에서 분리되었다. DOKDO $007^T$ 균주의 유전체는 4,132,279 bp 크기로 3,527개의 코딩 서열과 37.85%의 GC 함량을 가지며, 하나의 스케폴드에서 두 개의 콘티그로 구성되어 있다. 이 균주는 태양광을 에너지원으로써 이용할 수 있는 여러 레티날 생합성 유전자들과 마찬가지로 프로테오로돕신을 인코딩하는 유전자를 함유하고 있다. 속명과는 달리 편모 형성에 관여하는 유전자가 충분하지 못한 것을 감안하여 속명의 개정이 필요하다.

알긴산을 분해하는 세균 Tamlana sp. UJ94의 완전한 유전체 서열 (Complete genome sequence of Tamlana sp. UJ94 degrading alginate)

  • 정재준;배승섭;정다운;백경화
    • 미생물학회지
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    • 제54권4호
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    • pp.463-464
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    • 2018
  • Tamlana sp. UJ94는 해수로부터 분리되었으며 알긴산을 분해할 수 있다. 알긴산 분해 관련 특성을 이해하기 위해 이 세균의 유전체를 분석하였다. UJ94의 유전체는 4,116,543 bp의크기로 3,609개의 코딩서열을 가지고 있으며 35.2 mol%의 G + C 함량을 가진다. BLASTp 검색 결과 9개의 alginate lyase 외에도 6개의 agarase, 5개의 amylase, 4개의 carrageenase, 1개의 cellulase, 4개의 pectate lyase, 7개의 xylanase의 존재가 예측되어 UJ94의 다양한 다당류 분해 능력을 암시하였다. Tamlana sp. UJ94의 유전체는 생물전환 공정에 사용할 수 있는 다당류 분해 유전자를 제공할 수 있을 것이다.

A Systematic Design Automation Method for RDA-based .NET Component with MDA

  • Kum, Deuk Kyu
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제20권2호
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    • pp.69-76
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    • 2019
  • Recent Enterprise System has component driven real-time distributed architecture (RDA) and this kind of architecture should performed with satisfying strict constraints on life cycle of object and response time such as synchronization, transaction and so on. Microsoft's .NET platform supports RDA and is able to implement services including before mentioned time restriction and security service by only specifying attribute code and maximizing advantages of OMG's Model Driven Architecture (MDA). In this study, a method to automatically generate an extended model of essential elements in an enterprise-system-based RDA as well as the platform specific model (PSM) for Microsoft's .NET platform are proposed. To realize these ideas, the functionalities that should be considered in enterprise system development are specified and defined in a meta-model and an extended UML profile. In addition, after defining the UML profile for .NET specification, these are developed and applied as plug-ins of the open source MDA tool, and extended models are automatically generated using this tool. Accordingly, by using the proposed specification technology, the profile and tools can easily and quickly generate a reusable extended model even without detailed coding-level information about the functionalities considered in the .NET platform and RDA.

Region-based scalable self-recovery for salient-object images

  • Daneshmandpour, Navid;Danyali, Habibollah;Helfroush, Mohammad Sadegh
    • ETRI Journal
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    • 제43권1호
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    • pp.109-119
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    • 2021
  • Self-recovery is a tamper-detection and image recovery methods based on data hiding. It generates two types of data and embeds them into the original image: authentication data for tamper detection and reference data for image recovery. In this paper, a region-based scalable self-recovery (RSS) method is proposed for salient-object images. As the images consist of two main regions, the region of interest (ROI) and the region of non-interest (RONI), the proposed method is aimed at achieving higher reconstruction quality for the ROI. Moreover, tamper tolerability is improved by using scalable recovery. In the RSS method, separate reference data are generated for the ROI and RONI. Initially, two compressed bitstreams at different rates are generated using the embedded zero-block coding source encoder. Subsequently, each bitstream is divided into several parts, which are protected through various redundancy rates, using the Reed-Solomon channel encoder. The proposed method is tested on 10 000 salient-object images from the MSRA database. The results show that the RSS method, compared to related methods, improves reconstruction quality and tamper tolerability by approximately 30% and 15%, respectively.

이상 비트율 할당과 신호왜곡 문제점을 고려한 멀티미디어 신호의 연판정 양자화 방법 (Soft-Decision Based Quantization of the Multimedia Signal Considering the Outliers in Rate-Allocation and Distortion)

  • 임종욱;노명훈;김무영
    • 한국음향학회지
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    • 제29권4호
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    • pp.286-293
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    • 2010
  • 기존 데이터 압축 방식에는 크게 resolution-constrained quantization (RCQ) 방식과entropy-constrained quantization (ECQ) 방식이 있다. RCQ 방식은 고정 비트율 전송을 가능하게 하지만 셀 크기의 변화에 따른 이상 신호왜곡이 발생하며, ECQ 방식은 셀 크기가 고정된 대신에 이상 비트율 할당 문제가 발생한다. 본 논문에서는 기존 RCQ 방식의 대표적인 학습기법인 generalized Lloyd algorithm (GLA)을 개선한 cell-size constrained vector quantization (CCVQ) 방식을 제안한다. CCVQ 알고리즘은 셀 크기에 따라 유동적으로 패널티 척도를 주는 방식으로 기존의 RCQ와 ECQ 사이의 soft-decision을 가능하게 한다. 제안 알고리즘을 사용할 경우 기존의 GLA에 비해 약간의 평균왜곡 증가는 발생하나 이상 신호왜곡을 줄일 수 있다.

TECSolverApp: The equivalent seismic load solver in MATLAB App Designer and ASP.NET Core

  • Muhammet Dingil;Yakup Turedi;Murat Ornek
    • Computers and Concrete
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    • 제34권3호
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    • pp.355-365
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    • 2024
  • TECSolverApp is an application that calculates the total equivalent seismic load (base shear) and shows the design spectra in accordance with the Turkish Earthquake Code (TEC). TECSolverApp software can present the spectral acceleration-period graph and the base shear (in terms of unit building weight) in MATLAB and .NET Core frameworks according to TEC 2007 and TEC 2018. In the software, three different building period evaluation options were provided, as entering the period directly, empirical calculation, and using the period calculation formula. In different period calculation scenarios, particular design input parameters such as site-specific spectral acceleration coefficients, local soil class, building importance coefficient, and structural system behavior coefficient are expected. TECSolverApp was produced in two different programming languages and published in MATLAB App Designer and ASP.NET Core MVC environments. To be shared in MATLAB App Designer, it was aimed at availability through the program and distributability as a desktop application. By deploying in ASP.NET Core MVC, open-source cross-platform coding and web-based accessibility were targeted. One of the strongest aspects of TECSolverApp is its developability thanks to software architecture. In this respect, it can be foreseen that other international seismic codes can be added to the calculations in the future.

IMT-2000 음성부호화 알고리즘의 실시간 DSP 구현 (Real-Time DSP Implementation of IMT-2000 Speech Coding Algorithm)

  • 서정욱;권홍석;박만호;배건성
    • 대한전자공학회논문지SP
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    • 제38권3호
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    • pp.304-315
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    • 2001
  • 본 논문에서는 3GPP와 ETSI에서 IMT-2000의 음성부호화 방식 표준안으로 채택한 AMR 음성부호화 알고리즘을 분석하고 C 컴파일러와 어셈블리 언어를 이용한 최적화 과정을 거친 후, 고정 소수점 DSP 칩인 TMS320C6201을 이용하여 실시간 구현하였다. 구현된 codec의 프로그램 메모리는 약 31.06 kWords, 데이터 RAM 메모리는 약 9.75 kWords, 그리고 데이터 ROM 메모리는 약 19.89 kWords 정도를 가지며, 한 프레임(20 ms)을 처리하는데 약 4.38 ms가 소요되어 TMS320C6201 DSP 칩의 전체 가용한 clock의 21.94%만 사용하여도 충분히 실시간으로 동작 가능함을 확인하였다. 또한, DSP 보드상에서 구현한 결과가 ETSI에서 공개한 ANSI C 소스 프로그램의 수행 결과와 일치함을 검증하였고, 구현된 AMR 음성부호화기를 sound I/O 모듈과 결합하여 실험한 결과, 어떠한 음질의 왜곡이나 지연 없이 실시간으로 충분히 동작함을 확인하였다. 마지막으로, Host I/O와 LAN 케이블을 이용하여 AMR 음성부호화 알고리즘을 통한 쌍방간 실시간 통신을 full-duplex 모드로 확인하였다.

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무선 애드 혹 네트워크에서 잔여 에너지를 고려한 다중 트리 비디오 멀티캐스트 기법 (An Energy-Aware Multi-tree Video Multicast Scheme in Wireless Ad Hoc Networks)

  • 박재영;강경란;조영종
    • 한국통신학회논문지
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    • 제34권12B호
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    • pp.1336-1348
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    • 2009
  • 본 논문에서는 무선 애드 혹 네트워크에서 비디오 스트리밍 세션을 위한 무선 단말의 에너지를 고려한 다중 트리 멀티캐스트 기법인 MVM-MAODV를 제안한다. 기존의 단일 트리 멀티캐스트 기법인 MAODV를 기반으로 하여 무선 단말의 잔여 에너지와 사용자의 요구에 따라 차등화된 품질의 비디오를 전달하는 다중 멀티캐스트 트리를 구성한다. 데이터 송신자는 MDC (Multiple Description Coding)로 비디오 데이터를 인코딩하여 두 개 이상의 서브 스트림을 생성한다. 각 멤버 단말은 예상되는 스트림별 패킷 수에 근거하여 자신의 잔여 에너지로 수신 할 수 있는 서브 스트림의 개수를 결정한다. 중간 전달자 역할을 담당하는 무선 단말들도 자신의 잔여 에너지를 고려하여 전송을 지원할 수 있는 서브 스트림을 선택한다. 결과적으로 서브 스트림 별로 멀티캐스트 트리가 구성되게 되고, 데이터 송신자는 이 트리들을 사용해서 서브 스트림들을 분리하여 전송한다. 각 멤버 단말은 참여한 트리의 개수에 따라 다른 품질의 비디오를 수신하게 된다. 시뮬레이션을 통한 성능 분석에서, 단일 멀티캐스트 기법인 MAODV, 기존의 다중 멀티캐스트 트리 기법인 MT-MAODV에 비해 보다 우수한 비디오 품질을 제공할 수 있으며 네트워크 내의 무선 단말들의 에너지를 보존할 수 있음을 보였다.

Establishment of an Efficient Agrobacterium Transformation System for Eggplant and Study of a Potential Biotechnologically Useful Promoter

  • Claudiu Magioli;Ana Paula Machado da Rocha;Pinheiro, Marcia-Margis;Martins, Gilberto-Sachetto;Elisabeth Mansur
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제2권1호
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    • pp.43-49
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    • 2000
  • An efficient and reliable Agrobacterium transformation procedure based on TDZ (thidiazuron)-induced organogenesis was established and applied to six Brazilian eggp1ant varieties. Optimum transgenic plants recovery was achieved upon the study of the following parameters affecting transformation efficiency, using F-100 variety as a model: i) explant source; ii) pre-culture period; iii) physical state of the pre-culture medium and iv) coculture conditions. The highest frequency of kanamycin-resistant calli derived from leaf explants (5%) was obtained without a pre-culture period and co-cultivation for 24 h in liquid medium followed by five days on solid RM (regeneration medium). For cotyledon explants, best results were achieved upon a pre-culture of 24 h in liquid RM and a co-cultivation period of 24 h in liquid RM followed by three days in solid RM, resulting in a transformation Sequency of 22.7%. Kanamycin-resistant organogenic calli were also obtained from cultivars Emb, Preta Comprida, Round nose Shaded, Campineira and Florida Market. The expression pattern of an epidermis-specific promoter was studied using transformants expressing a chimaeric construct comprised by the promoter Atgrp-5 transcriptionally fused to the coding region of the gus gene. The expression pattern was similar to that previously observed in tobacco and Arabidopsis thaliana, with preferential expression at the epidermis and the stem phloem. These results support the idea that the Atgrp-5 promoter can be used to drive defense genes in these tissues, which are sites of pathogen interaction and spread, in programs for the genetic improvement of eggplant.

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