• Title/Summary/Keyword: Site-specific mapping

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Control of Trophoblast Gene Expression and Cell Differentiation

  • Cheon, Jong-Yun
    • 대한생식의학회:학술대회논문집
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    • 2001.03a
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    • pp.195-205
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    • 2001
  • 태반 영양배엽 (trophoblast)은 포유동물의 발생과정 중 가장 먼저 분화되는 세포로서, 자궁환경내에서 배아가 착상, 발생, 및 분화하기 위해서 반드시 필요한 태반을 형성하는 색심적인 세포이다. 영양배엽 세포의 분화과정중의 결함은 배아의 사산이나 임신질환 등의 치명적 결과를 초래한다. 하지만, 영양배엽 세포의 분화를 조절하는 분자생물학적인 메카니즘은 아직 규명되지 않고 있다. 영양배엽 세포의 분화를 조절하는 경로를 규경하기 위한 선결과제는 분화된 영양배엽 세포에서만 발현하는 많은 유전자들이 밝혀져야만 한다. 본 연구팀은 최근에 분화된 영양배엽 세포에서만 발현하는 두 종류의 새로운 유전자들을 찾았다. 한 종류는 homeobox를 보유하고 있는 조절 유전자 Psx이고, 다른 한 종류는 임신호르몬인 태반 프로락틴 라이크 단백질 유전자 PLP-C${\beta}$이다. 본 연구과제의 목표는 이들 유전자의 기능과 조절 메카니즘을 규명함으로써, 영양배엽 세포의 분화를 조절하는 조절경로를 밝히는 것이다. 이를 위하여 다음과 같은 일련의 연구를 수행할 것이다. 1) Psx 유전자가 분화된 영양배엽 세포에서만 발현케 하는 조절 메카니즘을 규명하기 위해 functional assays, in vitro footprinting, gel mobility shift assays, 생쥐형질전화, UV crosslinking, Southwestern blot 등의 방법을 통해 Psx 유전자의 cis-acting 요인과 trans-acting factor를 밝혀 분석한다. 2) 영양배엽 세포의 분화조절 경로를 규명하기 위해 random oligonuclotide library screening, DD-PCR, subtractive screening 등의 방법을 이용하여 Psx 유전자에 의해 조절되는 하부유전자를 밝힌다. 3) Psx 유전자를 knock-out시켜 영양배엽 세포가 발달 및 분화하는데 미치는 역할을 밝힌다. 4) Yeast two-hybrid screening방법을 이용하여 태반 프로락틴 유전자의 수용체를 찾아 이들의 신호전달 기전을 밝힌다. 제1차년 연구결과로서, mouse와 rat으로부터 각각 Psx 유전자의 genomic DNA를 클로닝하여, 유전자 구조를 비교한 결과, mouse Psx (mPsx2)는 4개의 exons으로 이루어져 있는 반면에, rat Psx (Psx3)는 3개의 exons으로 구성되어 있었다. 즉, rPsx3는 mPsx2의 exon1이 없었다. Notrhern blot과 in situ hybridization 분석에 의해 mouse와 rat에서 Psx 유전자가 다르게 발현 조절되는 현상을 밝혔다. 실제로 mPsx2와 rPsx3의 5'-flanking지역을 클로닝하여 염기서열 분석 결과 전혀 homology를 찾을 수 없었다. 또한, 이들 각각 promoter의 activity를 luciferase reporter를 이용하여 조사한 결과 Rcho-1 trophoblast cells에서 각기 다른 activity를 보여 주는 것을 발견하였다. Psx 유전자의 transcription start sites는 Primer extension에 의해 밝혔다. 또한 Psx2 유전자를 knock-out 시키기 위해 targeting vector를 Osdupde1에 제작하였다. 본 과제를 시작할 때 새로운 프로락틴 유전자 하나를 클로닝하여 이 유전자를 PLP-I라고 이름을 붙였다. 이 후 이 유전자 (PLP-I)는 PLP-C${\beta}$라고 이름을 붙이게 되었다. Mouse PLP-C${\beta}$ 유전자의 counterpart를 rat에서 찾아 염기서열을 비교한 결과 mouse와 rat에서 PLP-C${\beta}$유전자의 homology는 약 79% (amino acid level)였다. 본 연구과정을 통해 또 하나의 새로운 PLP-C subfamily member를 mouse로부터 클로닝 하였고, 이 유전자를 PLP-C${\gamma}$라 하였다. PLP-C${\beta}$와 PLP-C${\gamma}$의 발현 유형은 Northern blot과 in 냐셔 hybridization 분석에 의해 태반의 제한된 spongitrophoblast와 trophoblast giant cells에서만 발현하는 것을 밝혔다. 놀랍게도 이들 두 새로운 유전자는 alternative splicing에 의해 두 종류의 isoform이 있음을 밝혔다. PLP family member 유전자로서 splicing에 의한 isoforms을 보여 주는 유전자로는 PLP-C${\beta}$와 PLP-C${\gamma}$가 최초이다. 이들 isoform mRNAs의 발현 유형은 RT-PCR 방법을 이용하여 규명하였다. 또 하나의 새로운 발견은 PLP-C${\beta}$와 PLP-C${\gamma}$가 독특한 유전자 구조를 갖고 있었다. 즉, PLP-C${\beta}$는 exon3의 alternative splicing에 의해 5개 혹은 6개의 exons을 갖는 two isoforms이 생긴다. 반면에 PLP-C${\gamma}$는 exon2가 alternative splcing이 되면서 7개의 exons을 갖거나 6개의 exons을 갖는 isoforms을 만든다. 그리고, PLP-C${\gamma}$의 promoter activity를 trophoblast Rcho-l${\gamma}$ 세포주를 이용하여 PLP-C${\gamma}$ 의 1.5 kb 5'-flanking 지역이 trophoblast-specific promoter activity를 갖고 있음을 밝혔다. PLP-C${\gamma}$ 유전자의 transcription start site는 Primer extension에 의해 밝혔다. 제 1차 년도의 연구결과를 토대로, 2차년에서는 다음단계의 연구를 수행하고자 한다. 즉, 1) mPsx2와 rPsx3의 promoter를 비교분석 함으로서 mouse와 rat에서 Psx 유전자가 다르게 조절되는 메카니즘 규명, 2) Psx와 PLP-C 유전자의 promoter에 있는 cis-acting elements 탐색, 3) Psx2와 Psx3의 단백질을 이용하여 이들이 binding하는 target sequence 규명, 4) 제작한 Psx2 targeting vector를 이용하여 ES cells에서 Psx2 유전자 knock-out, 5) Psx 유전자를 과발현시키는 세포주를 만들고 Psx에 의해 조절되는 유전자 탐색, 6) 새로 밝히 PLP-C members 유전자들의 조절기전을 Rcho-1 세포주를 이용하여 여러 거지 성장인자와 다른 호르몬에 대한 반응을 탐색, 7) Psx와 PLP-C${\gamma}$ 유전자의 chromosomal mapping 등을 밝힐 것이다.

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Applications of "High Definition Digital Climate Maps" in Restructuring of Korean Agriculture (한국농업의 구조조정과 전자기후도의 역할)

  • Yun, Jin-I.
    • Korean Journal of Agricultural and Forest Meteorology
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    • v.9 no.1
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    • pp.1-16
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    • 2007
  • The use of information on natural resources is indispensable to most agricultural activities to avoid disasters, to improve input efficiency, and to increase lam income. Most information is prepared and managed at a spatial scale called the "Hydrologic Unit" (HU), which means watershed or small river basin, because virtually every environmental problem can be handled best within a single HU. South Korea consists of 840 such watersheds and, while other watershed-specific information is routinely managed by government organizations, there are none responsible for agricultural weather and climate. A joint research team of Kyung Hee University and the Agriculture, forestry and Fisheries Information Service has begun a 4-year project funded by the Ministry of Agriculture and forestry to establish a watershed-specific agricultural weather information service based on "high definition" digital climate maps (HD-DCMs) utilizing the state of the art geospatial climatological technology. For example, a daily minimum temperature model simulating the thermodynamic nature of cold air with the aid of raster GIS and microwave temperature profiling will quantify effects of cold air drainage on local temperature. By using these techniques and 30-year (1971-2000) synoptic observations, gridded climate data including temperature, solar irradiance, and precipitation will be prepared for each watershed at a 30m spacing. Together with the climatological normals, there will be 3-hourly near-real time meterological mapping using the Korea Meteorological Administration's digital forecasting products which are prepared at a 5 km by 5 km resolution. Resulting HD-DCM database and operational technology will be transferred to local governments, and they will be responsible for routine operations and applications in their region. This paper describes the project in detail and demonstrates some of the interim results.

Hydrogeochemical Characteristics, Occurrence, and Distribution of Natural Radioactive Materials (Uranium and Radon) in Groundwater of Gyeongnam and Gyeongbuk Provinces (경상남북도 지하수 중 자연방사성물질 우라늄과 라돈의 산출특징과 함량분포에 대한 수리지화학적 연구)

  • Cho, Byong Wook;Choo, Chang Oh;Yun, Uk;Lee, Byeong Dae;Hwang, Jae Hong;Kim, Moon Su
    • The Journal of Engineering Geology
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    • v.24 no.4
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    • pp.551-574
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    • 2014
  • The occurrence, distribution, and hydrogeochemical characteristics of uranium and radon in groundwater within different lithologies in Gyeongnam and Gyeongbuk provinces were investigated. A total of 201 groundwater samples from sedimentary rocks taking a large portion of the geology and from igneous rocks taking a small portion of the geology were analyzed and examined using factor analysis. Their radionuclide levels were used to construct detailed concentration maps. The groundwater types, defined using a Piper diagram, are mainly Ca-$HCO_3$ with less Na-$HCO_3$. Among the samples, one site exceeds $30{\mu}g/L$ of uranium (i.e., the maximum contaminant level of the USEPA) and three sites exceed 4,000 pCi/L of radon (i.e., the alternative maximum contaminant level). No samples were found to exceed the 15 pCi/L level of gross alpha or the 5 pCi/L level of radium. The concentration of uranium ranges from 0.02 to $53.7{\mu}g/L$, with a mean of $1.56{\mu}g/L$, a median of $0.47{\mu}g/L$, and a standard deviation of $4.3{\mu}g/L$. The mean concentrations of uranium for the different geological units increase in the following order: Shindong Group, Granites, Hayang Group, Yucheon Group, and Tertiary sedimentary rocks. The concentration of radon ranges from 2 to 8,740 pCi/L, with an mean of 754 pCi/L, a median of 510 pCi/L, and a standard deviation of 907 pCi/L. The mean radon concentrations for the investigated geological units increase in the following order: Granites, Yucheon Group, Tertiary sedimentary rocks, Hayang Group and Shindong Group. According to the factor analysis for each geological unit, uranium and radon behave independently of each other with no specific correlation. However, radionuclides show close relationships with some components. Regional investigations of radionuclides throughout the country require an integrated approach that considers the main lithological units as well as administrative districts.