• Title/Summary/Keyword: Single cell gel electrophoresis

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Benzopyrene에 노출된 광어(Conger myriaster) 혈액 cells과 개조게(Saxidomus purpurata) 조직 cells을 이용한 in vivo DNA single strand breakage

  • 김소정;오로라;하병혁;최은석;장만;이택견
    • 한국환경생물학회:학술대회논문집
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    • 한국환경생물학회 2002년도 학술대회
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    • pp.145-153
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    • 2002
  • 유해 화학 물질류에 의해 오염된 해양 환경 시료의 환경독성 수준을 평가하기 위하여 다양한 화학물질에 대해 민감성이 우수한 생물학적 독성평가기법을 개발 하고자하였다. 지속성 유기오염 물질 중 다환 방향 족 탄화수소(PAHs)를 처리한 광어(Conger myriaster)와 개조개(Saxidomus pupurata)의 DNA 손상정도를 single cell gel electrophoresis assay(comet assay)를 통해 분석하였다. PAHs 중 광양만에서 높은 농도로 검출되는 benzo(a)pyrene을 농도별(0, 10, 50, 100 ppb)로 처리한 후 2일과 4일에 광어의 혈액세포와 개조개의 근육세포를 채취해 comet assay를 실시하였다. benso(a)pyrene에 대한 DNA 손상정도를 처리된 농도와 생물종에 따라 다르게 나타났는데 광어의 혈액세포는 2일에 가장 DNA 손상정도가 높았고, 4일에는 회복되는 경향을 나타냈다. 개조개의 근육세포는 시간이 지나면서 DNA 손상정도가 증가하는 경향을 보였다. 이와 같은 결과는 comet assay 기법이 유해 화학물질로 오염된 해양생물 종의 환경독성을 검색하는 유용한 수단이 될 수 있음을 보여준다.

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Comet 분석을 통한 방사선처리 고추세포의 핵 DNA 손상평가 (Assessment of Nucleus-DNA Damage in Red Pepper Cells Treated with γ-Radiation through Comet Assay)

  • 안정희;백명화;김재성;정정학;권순태
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제31권3호
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    • pp.225-230
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    • 2004
  • 방사선에 노출된 고추유묘의 잎으로부터 세포핵을 분리하여 단세포전기영동방법인 comet 분석을 통하여 핵 DNA의 손상정도를 조사하였다. Comet 분석에서 꼬리부분의 길이 (T)와 머리부분의 길이 (H)를 측정하여 T/H 비율을 조사하였다. 무처리세포는 T/H 비율이 1.28이었으나 50 및 100 Gy의 방사선을 처리한 세포는 각각 3.54 및 3.39로 방사선처리에 의해 상당량의 핵 DNA가 손상을 입은 것으로 나타났다. Comet의 head-DNA량은 무처리가 76.8%였으나 50 및 100 Gy를 처리한 세포는 각각 55.9% 및 59.5%를 보였다. 고선량의 방사선을 처리하기 전에 미리 20 Gy 이하의 저선량 방사선을 종자에 전처리하였을 경우 종자의 발아 및 생장에 대한 영향은 없었지만, 후속 고선량에 대한 핵 DNA의 손상은 경감되는 경향을 보였다.

Arthrobacter luteus가 생산(生産)하는 효모(酵母) 세포벽(細胞壁) 용해(溶解) 촉진인자(促進因子)의 정제(精製) 및 그 이화학적(理化學的) 성질(性質) (Purification and Properties of the Factor from Arthrobacter luteus, Capable of Accelerating the Lysis of Yeast Cell Walls)

  • 오홍록;아이조노 야스오;시모다 타다히사;마사루 푸나트수
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제12권4호
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    • pp.387-394
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    • 1983
  • zymolyase(${\beta}-1$, 3-glucanase)의 효모(酵母) 세포벽(細胞壁)에 대한 용해작용(溶解作用)을 촉진(促進)시키는 인자(因子)를 zymolyase의 조효소(粗酵素)로부터 분리(分離)하여 Sephadex G-75 gel 여과(濾過) 및 조제용(調製用) PAG-전기영동법(電氣泳動法)에 의하여 전기영동적(電氣泳動的)으로 균일(均一)하게 정제(精製)하였다. SDS-PAG 전기영동법(電氣泳動法)에 의하여 측정한 정제(精製) 인자(因子)의 분자량(分子量)은 40,500이었고, 등전점(等電點)은 pH 9.6이었다. 정제(精製)된 촉진인자(促進因子)는 395개(個)의 아미노산 잔기(殘基)로 구성(構成)되는 단일(單一) polypeptide의 염기성(鹽基性) protease임이 밝혀졌으며, 이 protease의 흡광계수(吸光係數)($E_{208,cm}^{1%}$)는 11.9, 분자흡광계수(分子吸光係數)(${\varepsilon}_{280,}mole/l$)는 $4.83{\times}10^4$이었다.

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FISH기법 및 단세포전기영동기법을 이용한 저선량 방사선에 의한 DNA 상해 및 염색체이상 평가 (Assessment of DNA damage and Chromosome aberration in human lymphocyte exposed to low dose radiation detected by FISH(fluorescence in situ hybridization) and SCGE(single cell gel electrophoresis))

  • 정해원;김수영;김병모;김선진;김태환;조철구;하성환
    • Journal of Radiation Protection and Research
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    • 제25권4호
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    • pp.223-232
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    • 2000
  • 단세포전기영동법은 저선량 방사선에 의한 DNA손상을 민감하게 측정할 수 있는 방법으로 그 활용성이 증대되고 있다. 또한 각 염색체에 특이한 DNA probe를 이용하는 FISH기법은 염색체의 구조적 변화를 측정하는 매우 효과적인 방법으로서 그 유용성이 증대되고 있는 추세이다. 본 연구에서는 저선량 방사선의 측정을 위한 생물학적 선량계로서 FISH 기법과 단세포전기영동법의 활용가능성을 조사하고자 하였다. 5, 10, 30, 및 50 cGy의 저선량 방사선 조사에 의한 염색체이상빈도는 상호전좌의 경우 1, 2, 4번 염색체가 전체 genome상에서 차지하는 비율을 감안하여, 전체 세포수로 환산했을 때 cell equivalent당 0.0375, 0.0407, 0.0727 및 0.0814로 나타났으며, 이동원염색체의 경우 0.0125, 0.0174, 0.02291, 및 0.0407로 나타나 선량 증가에 따라 증가하는 것을 알 수 있었다. 또한 $5{\sim}50cGy$의 저선량 방사선 조사 후 단세포전기영동법을 통해 DNA 상해정도를 살펴본 결과 선량이 증가할수록 DNA 상해가 증가하는 결과를 얻었다. 따라서 FISH 기법은 저선량 방사선 피폭시 염색체이상을 보다 정확하고 쉽게 관찰할 수 있으며, 단세포전기영동법은 DNA 손상을 민감하게 감지할 수 있어 저선략 방사선 피폭 시 유용한 생물학적 선량계로서 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

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Tetra Primer ARMS PCR Optimization to Detect Single Nucleotide Polymorphisms of the CYP2E1 Gene

  • Suhda, Saihas;Paramita, Dewi Kartikawati;Fachiroh, Jajah
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제17권7호
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    • pp.3065-3069
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    • 2016
  • Single nucleotide polymorphism (SNP) detection has been used extensively for genetic association studies of diseases including cancer. For mass, yet accurate and more economic SNP detection we have optimized tetra primer amplification refractory mutation system polymerase chain reaction (ARMS PCR) to detect three SNPs in the cytochrome P450 2E1 (CYP2E1) gene locus; i.e. rs3813865, rs2070672 and rs3813867. The optimization system strategies used were (1) designing inner and outer primers; (2) determining of their optimum primer concentration ratios; and (3) determining of the optimum PCR annealing temperature. The tetra primer ARMS PCR result could be directly observed using agarose gel electrophoresis. The method succesfully determined three SNPs in CYP2E1 locus, the results being consistent with validation using DNA sequencing and restriction fragment length polymorphisms (RFLP).

디젤분진이 체세포에서의 DNA 손상에 미치는 영향 (Genotoxic Effects of Diesel Exhaust Particle Extract in NIH/3T3 Cells)

  • 허찬;김남이;정규혁;문창규;허문영
    • Environmental Analysis Health and Toxicology
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    • 제19권4호
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    • pp.335-344
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    • 2004
  • Diesel exhaust particle (<2.5 ${\mu}{\textrm}{m}$, DEP$_{2.5}$) is known to be probarbly carcinogenic (IARC group 2A). DEP$_{2.5}$ contains organic compounds such as polycyclicaromatic hydrocarbon (PAH), heterocyclic compounds, phenols, and nitroarenes. Reactive oxygen species (ROS) are generated by DEP$_{2.5}$ without any biological activation system. Therefore, an alternative mechanism by which DEP$_{2.5}$ could be carcinogenic is known by the generation of oxidative DNA damage. The aim of this study was to investigate genotoxic effects of DEP$_{2.5}$ using single cell gel electrophoresis. In order to evaluate the mechanisms of DEP$_{2.5}$ genotoxicity, the rat micro-some mediated and DNA repair enzyme treated comet assays together with routine comet assay were performed. DEP$_{2.5}$ was collected from diesel engine bus and dichloromethane extract was obtained. The organic extract of DEP$_{2.5}$ revealed DNA damage itself in NIH/3T3 cells. And it showed both oxidative and microsome mediated DNA damages. Vitamin C as an model antioxidant reduced DNA damage in endonuclase III treated comet assay. One of flavonoid, galangin as a CYP1A1 inhibitor reduced DNA damage in the presence of S-9 mixture. Our results show that DEP$_{2.5}$ are genotoxic and a great source of oxidative stress, but antioxidants can significantly reduce oxidative DNA damages. And DEP$_{2.5}$ may contain indirect mutagens which can be inhibited by CYP inhibitors.d by CYP inhibitors.

김치로부터 분리된 우세 균주들의 in vitro 항유전 독성효과 (Antigenotoxic Effect of Dominant Bacterial Isolates from Kimchi in vitro)

  • 최준원;박종흠;지승택;최옥병;신현길
    • 한국식품과학회지
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    • 제31권4호
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    • pp.1071-1076
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    • 1999
  • 본 연구에서는 김치발효에 관여하는 우세 발효균들의 집락을 분리하고, 발암원인 MNNG에 대하여 이들 분리주들이 갖는 DNA 손상 억제효과를 조사하였다. 이를 위해서 세포의 DNA 손상 및 복구를 측정하는데 이용되는 매우 신속하고 감도가 높은 Single Cell Gel Electrophoresis(SCGE 법, 또는 comet assay)를 사용하였다. 배추김치에서 분리한 3개의 분리주중에서 B-3를 제외한 B-1과 B-2는 양성 대조구와 비교하였을 때 우수한 항유전 독성효과를 나타내었으며(p<0.01), 율무김치의 3 개의 분리주(Y-1, Y-2, Y-3)와 1개의 분리주(Y-4)도 각각 항유전 독성효과를 나타내었다(p<0.05, p<0.01). 총각김치의 5 개 분리주중에서 3개의 분리주와 깍두기의 9개의 분리주중에서 2 개의 분리주들도 각각 항유전 독성효과를 나타내었다(p<0.05, p<0.01).

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Purification and Characterization of Streptococcus mutans Cell Wall Hydrolase from Bacillus subtilis YL-1004

  • OHK, SEUNG-HO;YUN-JUNG YOO;DONG-HOON BAI
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제11권6호
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    • pp.957-963
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    • 2001
  • Bacillus subtilis YL-1004 was isolated from soil for the development of agents to control dental caries. This strain produced an extracellular lytic enzyme that hydrolyzed the Streptococcus mutans cell wall. The lytic enzyme was purified to homogeneity by affinity chromatography and gel permeation chromatography to give a single band on SDS-PAGE and non-denaturing polyacrylamide gel electrophoresis. The molecular weight of the enzyme was deduced from SDS-PAGE and gel chromatography to be 38 kDa and the PI to be 4.3 from isoelectric focusing. Sirty $\%$ of its lytic activity remained after incubation at $50^{\circ}C$ for 30 min, and its optimal temperature was $37^{\circ}C$ . The enzyme showed its highest activity at pH 8.0 and was stable at pHs ranging from 4.0 to 9.0. Treatment with several modifiers showed that a cysteine residue was involved in the active site of the enzyme. This lytic enzyme from Bacillus subtilis YL-1004 exhibited specificity towards Streptococci and also showed autolytic activity on Bacillus subtilis YL-1004.

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