Meat and carcass quality attributes are of crucial importance influencing consumer preference and profitability in the pork industry. A set of 400 Berkshire pigs were collected from Dasan breeding farm, Namwon, Chonbuk province, Korea that were born between 2012 and 2013. To perform genome wide association studies (GWAS), eleven meat and carcass quality traits were considered, including carcass weight, backfat thickness, pH value after 24 hours (pH24), Commission Internationale de l'Eclairage lightness in meat color (CIE L), redness in meat color (CIE a), yellowness in meat color (CIE b), filtering, drip loss, heat loss, shear force and marbling score. All of the 400 animals were genotyped with the Porcine 62K SNP BeadChips (Illumina Inc., USA). A SAS general linear model procedure (SAS version 9.2) was used to pre-adjust the animal phenotypes before GWAS with sire and sex effects as fixed effects and slaughter age as a covariate. After fitting the fixed and covariate factors in the model, the residuals of the phenotype regressed on additive effects of each single nucleotide polymorphism (SNP) under a linear regression model (PLINK version 1.07). The significant SNPs after permutation testing at a chromosome-wise level were subjected to stepwise regression analysis to determine the best set of SNP markers. A total of 55 significant (p<0.05) SNPs or quantitative trait loci (QTL) were detected on various chromosomes. The QTLs explained from 5.06% to 8.28% of the total phenotypic variation of the traits. Some QTLs with pleiotropic effect were also identified. A pair of significant QTL for pH24 was also found to affect both CIE L and drip loss percentage. The significant QTL after characterization of the functional candidate genes on the QTL or around the QTL region may be effectively and efficiently used in marker assisted selection to achieve enhanced genetic improvement of the trait considered.
Jecminkova, Katerina;Muller, Uwe;Kyselova, Jitka;Sztankoova, Zuzana;Zavadilova, Ludmila;Stipkova, Miloslava;Majzlik, Ivan
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
제31권11호
/
pp.1721-1728
/
2018
Objective: The use of genetic markers can help to enhance reproduction in cattle, which is a very important trait for profitability in dairy production systems. This study evaluated the association between genotypes of leptin (LEP), toll-like receptor 4 (TLR4), and chemokine receptor of interleukin 8 C-X-C motif (CXCR1) genes and fertility traits in Czech Fleckvieh cattle. Methods: Phenotypic data from 786 Czech Fleckvieh cows raised on 5 farms in the Czech Republic were used, along with information from the 1st three parities. To determine genotype, the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism method was used. Results: Except for LEP g.-963C>T, all studied genotype frequencies of single nucleotide polymorphisms (SNPs) were distributed according to the Hardy-Weinberg equilibrium. Two LEP SNPs (g.-963C>T and c.357C>T) were associated with the age at the 1st calving, days open (DO), pregnancy rate after 1st service (PR), and calving interval (CLI). In LEP g.-963C>T the TT genotype heifers firstly calved 24 days earlier than CC genotype and the CT genotype cow showed a tendency for shorter DO and higher PR. In LEP c.357C>T we observed longer CLI and DO period in TT cows. In general, we can propose the TT genotype of g.-963C>T as favorable and the TT genotype of c.357C>T as unfavorable for a cow's fertility. Heterozygotes in TLR4 c.-226C>G were significantly associated with shorter CLI, and presented a nonsignificant tendency to be associated with higher PR. In CXCR1 c.777 C>G, we did not observe any relationship of this SNP with reproduction. Conclusion: Overall, the results showed that LEP could be an effective marker for improving reproduction in Czech Fleckvieh cattle. This study also provides novel insights into the relationship between TLR4 and CXCR1 SNPs and reproduction in dual-purpose cattle.
Lee, Dong Ju;Hwang, Jung Hye;Ha, Jeongim;Yu, Go Eun;Kwon, Seulgi;Park, Da Hye;Kang, Deok Gyeong;Kim, Tae Wan;Park, Hwa Chun;An, Sang Mi;Kim, Chul Wook
한국축산식품학회지
/
제38권4호
/
pp.703-710
/
2018
Bromodomain-containing protein 2 (BRD2) is a nuclear serine/threonine kinase involved in transcriptional regulation. We investigated the expression and association of the BRD2 gene as a candidate gene for meat quality traits in Berkshire pigs. BRD2 mRNA was expressed at relatively high levels in muscle tissue. Statistical analysis revealed that the c.1709G>C polymorphism of the BRD2 gene was significantly associated with carcass weight, meat color ($a^*$, redness), protein content, cooking loss, water-holding capacity, carcass temperatures 4, 12 and 24 h postmortem, and the 24 h postmortem pH in 384 Berkshire pigs. Therefore, this polymorphism in the porcine BRD2 gene may be used as a candidate genetic marker to improve meat quality traits in pigs.
Park, Woo Bum;An, Sang Mi;Yu, Go Eun;Kwon, Seulgi;Hwang, Jung Hye;Park, Da Hye;Kang, Deok Gyeong;Kim, Tae Wan;Park, Hwa Chun;Ha, Jeongim;Kim, Chul Wook
한국축산식품학회지
/
제37권6호
/
pp.926-930
/
2017
High-quality meat is of great economic importance to the pig industry. The 1-acylglycerol-3-phosphate-O-acyltransferase 5 (AGPAT5) enzyme converts lysophosphatidic acid to phosphatidic acid in the mitochondrial membrane. In this study, we found that the porcine AGPAT5 gene was highly expressed in muscle tissue, influencing meat characteristics, and we also identified a non-synonymous single-nucleotide polymorphism (nsSNP) (rs196952262, c.673 A>G) in the gene, associated with a change of isoleucine 225 to valine. The presence of this nsSNP was significantly associated with meat color (lightness), lower cooking loss, and lower carcass temperatures 1, 4, and 12 h after slaughter (items T1, T4, and T12 on the recognized quality scale, respectively), and tended to increase backfat thickness and the water-holding capacity. These results suggest that nsSNP (c.673A>G) of the AGPAT5 gene is a potential genetic marker of high meat quality in pigs.
Mitochondrial DNAs has been used frequently as genetic markers for the population genetic studies of salmonid fishes. Samples used in this experiment were chum salmons (Oncorhynchus keta) from Korea. We analyzed variation of mitochondrial NADH dehydrogenase subunit 3 gene (ND3) among 4 individuals of the Korea population. Genomic DNA was extracted from the liver of the chum salmon samples. Then, the ND3 gene was amplified by polymerase chain reaction (PCR) including the 3' region of cytochrome oxidase III gene (COIII) and the 5` region of NADH dehydrogenase subunit 4L gene (ND4L). The size of the PCR product was 752 Up and the sequences showed some genetic variation among those four individuals. Genetic variations were observed in 7 sites as single nucleotide polymorphism (SNP). Within the open reading frame of the ND3 gene which encodes 116 amino acids, 5 nucleotide substitutions were found. Both transitional and transversional changes occurred more frequently with transitional changes. Comparison of these sequences with the others of a Japanese chum salmon in GenBank showed 5 sites of SNPs. This study provided the basic information of SNP in ND3 gene among Korean chum salmons and demonstrated the possible use of the SNP data as a genetic marker.
HGD (homogentisate1,2-dioxygenase)유전자는 소의 1번 염색체에 존재하며, tyrosine과 phenylalanine의 이화 작용을 돕는 효소 중 하나로 알려져 있다. 또한 소에서 도체중과 등심단면적에 영향을 주는 유전자로 보고된 바 있다. 본 연구는 한우 집단을 대상으로 HGD유전자내 변이지역을 탐색하고, 경제형질과의 연관성을 분석하기 위하여 실시하였다. 총 14개의 Exon지역을 바탕으로 변이지역을 탐색한 결과, 10개의 SNPs를 확인하였고, 이 중 genotype의 Frequency (MAF>0.1)를 고려하여 6개의 SNPs (G34256T, G34257C, T34284C, T42333G, T42348C, T42468C)를 발굴하여 경제형질과의 연관성을 분석하였다. 그 결과 G34256T에서 근내지방도와 유의적인 연관성이 확인되었고, G34257C에서 등심단면적과 근내지방도에서 유의적인 연관성이 확인되었다. 따라서 본 연구 결과에서 확인된 HGD 유전자의 SNP유전자형은 한우선발 및 개량을 위한 분자육종의 기초 자료로 이용할 수 있을 것으로 사료된다.
멜론은 세계 각지에서 재배되는 경제적으로 중요한 작물중의 하나이다. 본 연구는 농업유전자원센터에서 수집 보관중인 멜론 유전자원을 대상으로 다양한 생육 특성을 특성을 조사하고, 멜론의 중요한 육종 형질중의 하나인 과육색의 유전형과 표현형을 조사하여 멜론 육종에 필요한 육종 재료 확보를 위한 기초 자료를 마련하고자 수행되었다. 총 219개의 멜론 유전자원을 대상으로 19개의 생육 특성과 PCA분석을 수행하고, 멜론의 중요한 육종 형질중의 하나인 과육색의 유전형을 조사하여 표현형과 비교하였다. 과육색은 오렌지색, 백색, 녹색, 유백색, 황색의 5가지로 분류하였으며, 이중 오렌지색이 87개로 가장 많았으며, 그 다음으로 백색이 75개였다. 그리고, 오렌지색과 녹색 과육 구별용 마커를 적용한 결과, 녹색 과육 21개의 경우는 표현형과 유전형 일치율이 100%였으며, 오렌지색의 경우는 98%, 백색은 97%, 유백색의 경우는 80%의 일치율을 보였다. 표현형과 유전형이 일치하는 않는 총 8개 유전자원의 염기서열을 분석한 결과, 3곳의 위치에서 단일염기다형성(SNP; single nucleotide polymorphism)이 있었다. 이러한 결과는 멜론의 과육색을 결정하는 아직 알려지지 않은 유전기작이 존재한다는 것을 제시하였으며, 본 연구에서 얻어진 다양한 유전자원의 생육조사 결과는 멜론 육종에 유용하게 쓰일 것으로 생각된다.
Objective: Loin muscle area (LMA) is an important target trait of pig breeding. This study aimed to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) and genes associated with LMA in the Duroc×(Landrace×Yorkshire) crossbred pigs (DLY). Methods: A genome-wide association study was performed using the Illumina 50K chip to map the genetic marker and genes associated with LMA in 511 DLY pigs (255 boars and 256 sows). Results: After quality control, we detected 35,426 SNPs, including six SNPs significantly associated with LMA in pigs, with MARC0094338 and ASGA0072817 being the two key SNPs responsible for 1.77% and 2.48% of the phenotypic variance of LMA, respectively. Based on previous research, we determined two candidate genes (growth hormone receptor [GHR] and 3-oxoacid Co A-transferase 1 [OXCT1]) that are associated with fat deposition and muscle growth and found further additional genes (MYOCD, ARHGAP44, ELAC2, MAP2K4, FBXO4, FBLL1, RARS1, SLIT3, and RANK3) that are presumed to have an effect on LMA. Conclusion: This study contributes to the identification of the mutation that underlies quantitative trait loci associated with LMA and to future pig breeding programs based on marker-assisted selection. Further studies are needed to elucidate the role of the identified candidate genes in the physiological processes involved in LMA regulation.
A major aim of cattle genome research is to identify candidate genes associated with meat quantity and quality through QTL analysis for application in the livestock industry. Therefore, this study focused on discovery of useful SNPs within the LOC534614 gene, containing 12273_165 SNP which is located on the same site as the QTL on chromosome 6, and evaluation of the association between SNP and body weight and cold carcass weight in Hanwoo (Korean cattle) As a result of a BLAST search of the NCBI web site, we discovered that the mRNA sequence of the LOC534614 gene was similar to that of the coiled-coil domain containing 158 (CCDC158) for dog and human. According to the direct DNA sequence from the CCDC158 gene, we identified 19 polymorphic SNPs within exons and their flanking regions. Among them, 17 polymorphic SNPs were selected for genotyping in Hanwoo (n = 476) and seventeen marker haplotypes containing 12273_165 SNP (frequency >0.1) were identified. As a result of the association between 17 polymorphic SNPs and Hanwoo (n = 476), g.8778G>A SNP in exon 6 was found to be a non-synonymous SNP, and was significantly associated with body weight and cold carcass weight (p<0.05). We discovered 19 polymorphic SNPs in the CCDC158 gene on the QTL region of BTA 6 in Hanwoo and identified that the g.8778G>A SNP was significantly associated with body weight and cold carcass weight (p<0.05), which causes an amino acid variation from valine to methionine. Furthermore, statistical analysis demonstrated that the CCDC158 gene is strongly associated with body weight and cold carcass weight in Hanwoo. In this regard, the g.8778G>A SNP in the CCDC158 gene can be useful as a positional candidate for body weight and cold carcass weight for marker-assisted selection in Hanwoo.
Sodhi, Simrinder Singh;Jeong, Dong Kee;Sharma, Neelesh;Lee, Jun Heon;Kim, Jeong Hyun;Kim, Sung Hoon;Kim, Sung Woo;Oh, Sung Jong
한국가금학회지
/
제40권3호
/
pp.223-234
/
2013
Poultry industry is abounding day by day as it engrosses less cost of investment per bird as compared to large animals. Poultry have the most copious genomic tool box amongst domestic animals for the detection of quantitative trait loci (QTL) and marker assisted selection (MAS). Use of multiple markers and least square techniques for mapping of QTL affecting quality and production traits in poultry is in vogue. Examples of genetic tests that are available to or used in industry programs are documented and classified into causative mutations (direct markers), linked markers in population-wide linkage disequilibrium (LD) with the QTL (LD markers), and linked markers in population wide equilibrium with the QTL (LE markers). Development of genome-wide SNP assays, role of 42 K, 60 K (Illumina) and 600 K (Affymetrix$^{(R)}$ Axim$^{(R)}$) SNP chip with next generation sequencing for identification of single nucleotide polymorphism (SNP) has been documented. Hybridization based, PCR based, DNA chip and sequencing based are the major segments of DNA markers which help in conducting of MAS in poultry. Economic index-marker assisted selection (EI-MAS) provides platform for simultaneous selection for production traits while giving due weightage to their marginal economic values by calculating predicted breeding value, using information on DNA markers which are normally associated with relevant QTL. Understanding of linkage equilibrium, linkage dis-equilibrium, relation between the markers and gene of interest are quite important for success of MAS. This kind of selection is the most useful tool in enhancing disease resistance by identifying candidate genes to improve the immune response. The application of marker assisted selection in selection procedures would help in improvement of economic traits in poultry.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.