• Mycobiology
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• 제45권4호
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• pp.401-408
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• 2017

Colletotrichum gloeosporioides is an economically important fungal pathogen causing substantial yield losses indifferent host plants. To understand the genetic diversity and molecular epidemiology of this fungus, we have developed a novel, high-resolution multi-locus microsatellite typing (MLMT) method. Bioinformatic analysis of C. gloeosporioides unannotated genome sequence yielded eight potential microsatellite loci, of which five, CG1 $(GT)_n$, CG2 $(GT1)_n$, CG3 $(TC)_n$, CG4 $(CT)_n$, and CG5 $(CT1)_n$ were selected for further study based on their universal amplification potential, reproducibility, and repeat number polymorphism. The selected microsatellites were used to analyze 31 strains of C. gloeosporioides isolated from 20 different host plants from India. All microsatellite loci were found to be polymorphic, and the approximate fragment sizes of microsatellite loci CG1, CG2, CG3, CG4, and CG5 were in ranges of 213-241, 197-227, 231-265, 209-275, and 132-188, respectively. Among the 31 isolates, 55 different genotypes were identified. The Simpson's index of diversity (D) values for the individual locus ranged from 0.79 to 0.92, with the D value of all combined five microsatellite loci being 0.99. Microsatellite data analysis revealed that isolates from Ocimum sanctum, Capsicum annuum (chili pepper), and Mangifera indica (mango) formed distinct clusters, therefore exhibited some level of correlation between certain genotypes and host. The developed MLMT method would be a powerful tool for studying the genetic diversity and any possible genotype-host correlation in C. gloeosporioides.

• 한국수자원학회:학술대회논문집
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• 한국수자원학회 2023년도 학술발표회
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• pp.487-487
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• 2023

농업 분야에서 미생물은 영양분 가용화, 유기물 분해 등 토양 영양분 공급에 중요한 역할을 하며, 토양 건강성 증진, 식량 안보 및 식품 건강 면에서 많은 활용 가능성을 지니고 있다. 최근 유역 환경 건강성, 생물 다양성 보존, 효율적인 고품질 농산물 생산에 대한 관심이 커져, 지속 가능한 농업 중 하나인 유기농업과 관행농업 토양의 이화학적 및 생물학적 특성에 관한 비교 연구가 진행되고 있다. 미생물은 지속 가능한 농업 발전의 중요한 요소 중 하나로써, 미생물 다양성이 풍부할수록 토양 비옥도, 작물 성장 면에서 긍정적인 영향을 미친다고 알려져 있다. 본 연구는 이에 대한 기초 데이터를 제공하기 위해 논 경작지를 대상으로 유기 및 관행농업 토양의 미생물 군집조성과 Alpha diversity analysis(Chao1, Shannon, Simpson index)을 통해 비교하였다. 경기도 양평군에서 유기 및 관행 논 지역을 각각 1지점씩 선정하였으며, 8월부터 11월까지 총 4회 현장 조사를 진행하였다. 미생물 분석은 차세대염기서열분석을 실시하였으며, bacteria는 16S rRNA V3-4 영역, fungi는 ITS 3-4 영역을 sequencing 하였다. 미생물 군집조성은 문수준에서는 큰 차이가 없었으나, 속수준에서는 fungi 군집조성에 차이를 보였다. 예로 Ustilaginoidea 속은 관행 논 토양에서만 발견되었으며, 벼 이삭누룩병을 일으키는 병원균으로 과도한 질소 비료 시비가 원인으로 추정된다. 종 다양성은 bacteria diversity의 경우 관행 논 토양에서 높게 측정되는 반면, fungi diversity의 경우 유기 논 토양에서 높게 측정되었다. 결론적으로 체계적인 시비 관리 통해 미생물 군집은 조절될 수 있으며, 관행농업은 적절한 시비를 통해 토양 건강성 및 식품 건강성 면에서 유기농업과 비슷한 효과를 보여줄 가능성이 있다고 판단된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제86권4호
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• pp.294-303
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• 2023

Background: The human lung serves as a niche for a unique and dynamic bacterial community related to the development and aggravation of multiple respiratory diseases. Therefore, identifying the microbiome status is crucial to maintaining the microecological balance and maximizing the therapeutic effect on lung diseases. Therefore, we investigated the histological type-based differences in the lung microbiomes of patients with lung cancer. Methods: We performed 16S rRNA sequencing to evaluate the respiratory tract microbiome present in bronchoalveolar lavage fluid. Patients with non-small cell lung cancer were stratified based on two main subtypes of lung cancer: adenocarcinoma and squamous cell carcinoma (SqCC). Results: Among the 84 patients analyzed, 64 (76.2%) had adenocarcinoma, and 20 (23.8%) had SqCC. The α- and β-diversities showed significant differences between the two groups (p=0.004 for Chao1, p=0.001 for Simpson index, and p=0.011 for PERMANOVA). Actinomyces graevenitzii was dominant in the SqCC group (linear discriminant analysis [LDA] score, 2.46); the populations of Haemophilus parainfluenza (LDA score, 4.08), Neisseria subflava (LDA score, 4.07), Porphyromonas endodontalis (LDA score, 3.88), and Fusobacterium nucleatum (LDA score, 3.72) were significantly higher in the adenocarcinoma group. Conclusion: Microbiome diversity is crucial for maintaining homeostasis in the lung environment, and dysbiosis may be related to the development and prognosis of lung cancer. The mortality rate was high, and the microbiome was not diverse in SqCC. Further large-scale studies are required to investigate the role of the microbiome in the development of different lung cancer types.

• Journal of Plant Biology
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• 제28권2호
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• pp.165-175
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• 1985

지리산 피아골의 식생은 식물사회학적 방법에 의해 개서나무군낙, 서나무군낙, 신갈나무군낙, 졸참나무군낙, 들메나무군낙, 철쭉-진달래 관목림으로 분류되며, DBH-class 분포에 의하면 개서나무군낙, 서나무군낙, 신갈나무군낙은 모두 안정된 극상림인 것으로 보인다. 신갈나무군낙의 종다양도는 제일 낮고 우점도는 제일 높게 나타났으며, 토양조건은 서나무군낙이 신간나무군낙에 비해 습하고 비옥한 것으로 나타났다. 서나무군낙과 신갈나무군낙의 점이대는 DBH-class 분포로 보아 현재의 900∼1,000m 에서 1,000∼l,100까지 이동할 것으로 예측된다. Polar Ordination에 의한 식생형의 분류는 식물사회학적 방법의 결과와 일치했다. 고도구배를 따라 개서나무는 500∼700m, 서나무는 700∼900m, 신갈나무는 900m이상에서 최고의 중요치를 나타낸다. Raunkiaer의 life-form spectrum을 남한의 것과 비교하면, 반지중식물은 5.3%, 지중식물은 5.2% 높게 나타났으며, 착생식물과 수중식물은 극히 적게 나타났다.

• 한국농림기상학회지
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• 제5권3호
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• pp.151-157
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• 2003

본 연구는 경기도 가평과 충청북도 영동에 조성된 풍매차대검정림의 하층식생에 대한 입지환경에 따른 군락조성 및 구조에 대한 변화와 특성을 구명하고자 수행되었다. 가평지역의 임분내 경사는 영동지역에 비해 완만했으며, 토양의 화학적 성질을 분석한 결과 가평지역이 전반적으로 영동치역 보다 전체적인 함량 비율이 낮은 것으로 나타났다. 임분내 지역별 임상에 도달하는 상대광도는 가평지역보다 영동치역이 매우 높았다. 전반적으로 잣나무의 생장은 가평지역이 영동지역에 비하여 현저히 우수한 생장상태를 보이고 있다. 잣나무 임분의 지역별 관목층의 종구성과 상대 밀도, 빈도, 피도 및 중요치 등에 대한 분석 결과, 가평지역은 신갈나무와 상수리나무가 우점종으로 나타났으며 영동지역은 상수리나무가 우점종으로 나타났다. 하층식생은 가평지역에 출현하는 종들은 대부분 토양이 습윤하며 음지에 볼 수 있는 종들로 구성되어 있다. 영동지역은 가평지역에 비해 적은 종이 출현하며 대부분 경사가 심하고 토양이 건조하며 햇빛이 많이 도달하는 곳에 출현하는 종들로 특히 산딸기가 우점종으로 나타났다. 지역별 잣나무임분의 관목층 및 하층식생의 전체 종다양도는 가평지역이 영동지역보다 높았다. 이러한 결과는 두 지역간의 지형적인 특성인 경사도의 상이한 차이로 판단되며, 가평지역은 잣나무 생장을 고려하여 간벌이 시행되어져야 하며, 영동은 하층식생에 대한 무육관리가 시급한 것으로 사료된다.

• 한국잡초학회지
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• 제31권1호
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• pp.89-95
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• 2011

본 연구는 잡초방제방법에 따른 논 포장내 잡초발생과 다양성에 관하여 조사하였다. 실험은 3개월(7월~9월)동안 무제초제, 제초제 처리 및 왕우렁이 처리로 잡초방제방법을 구성하여 실시하였다. 실험결과에 의하면 무제초제구에서는 5~7종류의 잡초종이 발견된 반면, 제초제 처리구 및 왕우렁이 처리구에서는 2~4종류의 잡초종이 발견되었다. 무제초제구 및 제초제 처리구에서는 실험기간동안 물달개비가 우점종 이었으나, 왕우렁이 처리구에서는 좀개구리밥과 여뀌가 우점종이었다. 왕우렁이 처리구에서 우점도 지수는 0.96으로 무제초제구(0.27) 및 제초제 처리구(0.51)에 비해 상당히 높은 것으로 분석되었다. 또 유사성 계수는 무제초제구와 제초제 처리구에서 50.31%, 무제초제구와 왕우렁이 처리구에서 4.65% 및 제초제 처리구와 왕우렁이 처리구에서 0.38%로 분석되었다. 결론적으로 잡초종 다양성, 우점도 지수 및 유사성 계수는 잡초방제방법에 따라 확연히 다른 것으로 확인되었다.

• 한국산림과학회지
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• 제80권1호
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• pp.54-71
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• 1991

1980년(年) 7월(月)부터 1989년(年) 8월(月)까지 조계산(曹溪山) 삼림식생(森林植生)을 조사(調査)하고 식생구조(植生構造)를 분석(分析)한 결과(結果)는 다음과 같다. 1. 조사(調査)된 관속식물(管束植物)은 750종류(種類)로 49목(目), 122과(科), 434속(屬), 627종(種), 1아종(亞種), 111변종(變種), 11품종(品種)으로 조사(調査)되었으며, Abies, Erythrortium, Spiranthus, Paeonia, Dictammus, Bupleurum 6속(屬)과 단풍마(Dioscorea quinguelobia), 타래난초(Spiranthes sinensis), 금난초(Cephalanthera falcata), 참당귀(Angelica gigus), 큰꽃으아리(Clematis patens), 산작약(Paeonia japonica), 부용(Hibiscus mutabilis), 단풍취(Ainsliama aceritolin), 백선(Dictamnus dasycarpus), 민백미꽃(Cynanchum ascyritolium), 봄구슬봉이(Gentiana thunbergii), 병개암나무(Corylus hallaisanensis), 잣나무(Pinus koraiensis), 바위말발도리(Deutzia prunifolia), 산앵도나무(Vaccinium koreanum), 엘레지(Erythronium japonicum), 땅비싸리(Indigofera kirilowii) (17종), 애기닥나무(Broussonetia kazinoki var. humillis), 줄사철나무(Euonymus fortunei var. radicans), 곱향나무(Juniperus communis var. nipponica), 송금나무(Callicarpa japonica var. taqiletti)(4변종)와 그리고 털생강나무(Lindera abtusiloba for. villosum)(1품종) 등을 추가 하였다. 2. 조계산식물상(曹溪山植物相)의 Raunkiaer의 Life form spectrum은 $CH-D_1-R_5-e$ type으로 분류(分類)되었으며 분포지(分布地)은 Nakai, 이(李), 임(任)의 남부형(南部型)에 일치(一致)하며 난대분자(暖帶分子)도 Lygodium, Cyrtomium, Torreya, Melia, Cayratia Thea, Bamboo등 7속(屬)이 분포(分布)한 것으로 나타냈다. 3. 삼림(森林) 식생(植生)의 Simpson 평균(平均) 종다양도(種多樣度) DS=0.9로 나타났고 Shannon-Wienner의 다양도(多樣度) 지수(指數) H1. 400로 다양(多樣)한 식생(植生) 군락(群落) 구성(構成)을 하고 있음을 알수 있다. 4. Pte Q는 1.81로서 전국평균 1.68보다 높게 나타났으며 귀화 식물에 대한 UI=28.75 외래수종(外來樹種)에 대한 UI=17.49로 백운산(白雲山), 내장산(內藏山)과 유사하였다. 5. 조계산(曹溪山) 삼림식생(森林植生)은 졸참나무, 서어나무, 굴참나무, 소나무, 신갈나무, 굴피나무, 상수리나무의 7개 자연군락(自然群落)과 때죽나무, 노각나무, 비목나무, 느티나무, 붉나무, 층층나무, 물푸레나무, 들메나무 등 8개(個)의 대상군락, 잣나무 편백, 일본잎갈나무, 밤나무, 리기다소나무, 일본목련, 삼나무 등 7개(個)의 인공식재군락(人工植栽群落)이 포함되어 자연식생, 대상식생, 인공식재림 등의 3개(個)의 식생형(植生型)이 분류(分類)되었다. 6. 식물사회학적(植物社會學的) 방법(方法)에 의(依)하여 1/25000 지형도(地形圖)에 현존식생도(現存植生圖)와 계층구조도(階層構造圖)를 작성(作成)하였다. 7. 중요(重要)한 종(種) 또는 특이(特異) 군락(群落)으로는 이(李) 김(金)과 박(朴)이 보고(報告)한 털조장나무(Lindera sericea) 새이삭여뀌(Persicaria tilitorme), 대팻집나무(flex macrophda), 민대팻집나무(I. macropoda for. pseudo-macropoda), 노각나무(Stewartia koreana), 진퍼리잔대(Aden ophora), 히어리(Corylopsis coreana)등은 일치(一致)하였고, 산앵도나무(Vaccinium coreanum), 약난초(Cremastra appendiculinium), 곱향나무(Juniper communis var. nipponica), 금난초(Cephalanthera falcata), 애기닥나무(Broussonetia kazinoki var. humilis), 큰꽃으아리(Clematis patens), 산작약(Paeonia obovata), 바위말발도리(Deatzia prunifolia), 백선(Dictmnus dasyarpus), 참당귀(Angelica gigics), 시호(Bupleurum falcatum)등의 종(種)이 추가(追加)되었다.

• 한국잡초학회지
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• 제31권1호
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• pp.41-48
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• 2011

배수방법별 연차간 잡초발생 군락특성을 분석한 결과는 다음과 같다. 수분함량은 배수불량지는 10.2~18.2%, 약간불량지는 11.8~14.3%이었고, 표토에서 10cm깊이까지 토양 3상 중에 기상은 배수불량지가 15.3%인데 비해 약간불량지는 19.8%로 높았다. 2009년도에 약간불량지에서는 16초종이 발생하였으며, 적산우점도는 뽀리뱅이(97.0%) > 망초(92.1%) > 갈퀴덩굴(35.3%) > 지칭개(28.4%) > 쑥(23.3%) 순이었다. 배수불량지에서는 12초종이 발생하였으며, 적산우점도가 뚝새풀(100%) > 벼룩나물(55.2%) > 뽀리뱅이(38.3%) > 물냉이(28.5%) > 망초(20.9%)이었다. 또 2010년도에 약간불량지에서는 14초종이 발생하였으며, 적산우점도는 벼룩나물(86.8%) > 뚝새풀(77.7%) > 자운영(68.7%) > 뽀리뱅이(46.3%) > 망초와 지칭개(35.6%) 순이었다. 배수불량지에서는 12초종이 발생하였으며, 적산우점도가 벼룩나물(93.7%) > 뚝새풀(78.6%) > 물냉이(31.3%) > 뽀리뱅이(30.4%) > 쑥(25.7%)이었다. 배수방법별 연차간 발생초종의 다양화 정도를 나타내는 Simpson 지수는 배수불량지가 0.18~0.23으로 약간불량지에서는 0.12~0.18에 비해 높아서 토양수분 함량이 높은 곳에서 특정 초종이 우점하는 경향을 나타내었다. 잡초의 다양성 지수는 2009년에는 43.0% 이었으나 2010년에는 74.2%로 연차간 차이가 많았다.

• 환경위생공학
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• 제5권1호
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• pp.54-62
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• 1990

충청북도 일원에서 1976년부터 1981년사이에 산불이 발생한 산화적지와 그에 인접한 비산화지의 식생과 토양성분을 조사하여, 산화 후의 식생회복과 토양성분과의 관계를 분석한 결과는 다음과 같다. 1. 79-B의 우점종 순위가 억새-산거울-싸리의 순으로 비산화지와 같게 나타나 산화 후 2년째 회복되었고, 그 후 산화적지에서 싸리가 점차 우점종으로 발달하여 산화 후 5년이 지난 76-B의 우점종 순위가 싸리-산거울-억새의 순이었다. 2. 생활형 조성은 산화 후 2년째부터 조사지소에 따라 H-e-$D_1-R_5$ 또는 Ph-e-$D_1-R_5$로 산화적지와 비산화지가 같게 되어, 산화 후 2년째에 산화적지의 생활형이 회복되었다. 3. 천이도는 81-B의 DS=423, 81-U의 DS=524로 산화적지가 낮았으나, 산화 후 2년째인 79-B의 DS=510, 79-U의 DS=520으로 거의 같았고, 산화 후 3년째부터는 산화적지가 비산화지보다 점차 높게 나타나 산화적지는 비산화지보다 천이가 빠르게 진행됨을 알 수 있다. 4. Shannon-Wiener function, Morishita's index 및 Simpson's index 등 종 다양성의 분석 결과에 의하면, 산화 당년에는 복잡한 군집이었으나 산화 후 2~3년째에 비산화지와 같은 단순한 군집으로 회복되었다. 또한 Evenness index의 분석 결과, 산화 당년에 식물종수가 비산화지보다 많았으나 산화 후 2년째부터 비산화지와 같은 종수가 되었다. 6. 산화적지의 식생은 산화 후 2~3년째에 비산화지의 식생과 거의 같게 회복되었고, 토양성분도 2~3년째에 회복되었다. 따라서, 산화 후 식생회복 과정과 토양성분의 변화사이에는 밀접한 관련이 있었다.

• 대한약침학회지
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• 제22권3호
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• pp.166-170
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• 2019

Objectives: Attentional and memory functions are important aspects of neural plasticity that, theoretically, should be amenable to pharmacopuncture treatments. A previous study from our laboratory suggested that quantitative electroencephalographic (qEEG) measurements of theta/beta ratio (TBR), an index of attentional control, may be indicative of academic performance in a first-semester medical school course. The present study expands our prior report by extracting and analyzing data on frontal theta and beta asymmetries. We test the hypothesis that the amount of frontal theta and beta asymmetries (fTA, fBA), are correlated with TBR and academic performance, thereby providing novel targets for pharmacopuncture treatments to improve cognitive performance. Methods: Ten healthy male volunteers were subjected to 5-10 min of qEEG measurements under eyes-closed conditions. The qEEG measurements were performed 3 days before each of first two block examinations in anatomy-physiology, separated by five weeks. Amplitudes of the theta and beta waveforms, expressed in ${\mu}V$, were used to compute TBR, fTA and fBA. Significance of changes in theta and beta EEG wave amplitude was assessed by ANOVA with post-hoc t-testing. Correlations between TBR, fTA, fBA and the raw examination scores were evaluated by Pearson's product-moment coefficients and linear regression analysis. Results: fTA and fBA were found to be negatively correlated with TBR (P<0.03, P<0.05, respectively) and were positively correlated with the second examination score (P<0.03, P=0.1, respectively). Conclusion: Smaller fTA and fBA were associated with lower academic performance in the second of two first-semester medical school anatomy-physiology block examination. Future studies should determine whether these qEEG metrics are useful for monitoring changes associated with the brain's cognitive adaptations to academic challenges, for predicting academic performance and for targeting phamacopuncture treatments to improve cognitive performance.