• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2000년도 춘계학술발표대회
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• pp.592-595
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• 2000

In human chromosome, a short sequence of DNA has been repeated a number of times. These repeats are called variable number of tandem repeat(VNTR) or short tandem repeat(STR) which has short repeat core. VNTR and STR are used in the field of forensic science, evolution, and anthropology. In this work, we examined allele frequencies of 3 VNTR(YNZ22, NeuR, D21S11) and one STR(Humth01) in a Korean population sample by polymerase chain reaction(PCR) followed by high-resolution polyacrylamide gelelectrophoresis(PAGE) with silver staining. Subsequently, the polymorphism information content(PIC) was calculated : the highest PIC was observed for the NeuR locus(0.95680) and lowest for the Humth01 locus(0.75809).

• 대한의생명과학회지
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• 제27권2호
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• pp.105-110
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• 2021

Short Tandem Repeats (STR) analysis which characterized by genetic polymorphism has been widely used in the forensic genetic fields. Unfortunately, mutation occurred in various STR loci could make it difficult to interpret STR data. Thus, the mutation rate of STR loci plays an important role for the data interpretation in human identification and paternity test. To verify the mutation of the STR loci in the Korean population, 545 trio sets (father, mother, and child) were analyzed with two commercial STR kits that include the 23 autosomal STR loci (D1S1656, TPOX, D2S441, D2S1338, D3S1358, FGA, D5S818, CSF1PO, D7S820, D8S1179, D10S1248, TH01, D12S391, VWA D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, D22S1045, SE33, Penta E and Penta D). As a result, 36 mutations were observed in 14 STR loci. The types of mutation were also classified by the increase or decrease of the alleles. The overall mutation rate was 1.4×10^-3, and the paternal mutation rate was four times higher than that of the maternal. This study will provide more detailed criterion for human identification by the mutation rate of STR loci in the Korean population.

• 한국자원리싸이클링학회:학술대회논문집
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• 한국자원리싸이클링학회 2003년도 추계정기총회 및 국제심포지엄
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• pp.201-205
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• 2003

유전자 감식법은 1980년대 후반에 미국에서 처음으로 법의학적으로 적용된 이래, 강력범죄, 친자확인 및 항공기 추락사고, 화재 등의 대형 참사의 신원 확인에 큰 공헌을 하였다. 유전자감식을 위해서는 높은 다형성을 보이는 STR (short tandem repeats) 좌위의 타이핑을 주로 이용한다. 한편, 최근 줄기세포 (stem cell)의 중요성이 인식되면서 폐기되던 제대혈의 보관 사업이 활성화되고 있다. 본 연구에서는 제대혈의 보관시 STR 타이핑의 유전 정보를 표기한 유전자 캐릭터를 동시에 제공하여 불의의 사고시 신원확인이 가능하게 하고, 아울러 이산가족에 대한 DNA정보 데이터베이스 구축 및 검색 프로그램을 개발하였다.

• 대한의생명과학회지
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• 제17권2호
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• pp.151-155
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• 2011

Short tandem repeats (STRs) loci are the genetic markers used for forensic human identity test. With multiplex polymerase chain reaction (PCR) assays, STRs are examined and measured PCR product length relative to sequenced allelic ladders. In the repeat region and the flanking region of the commonly-used STR may have DNA sequence variation. A mismatch due to sequence variation in the DNA template may cause allele drop-out (i.e., a "null" or "silent" allele) when it falls within PCR primer binding sites. The STR markers were co-amplified in a single reaction by using commercial PowerPlex$^{(R)}$ 16 system and AmpFlSTR$^{(R)}$ Identifiler$^{(R)}$ PCR amplification kits. Separation of the PCR products and fluorescence detection were performed by ABI PRISM$^{(R)}$ 3100 Genetic Analyzer with capillary electrophoresis. The GeneMapper$^{TM}$ ID software were used for size calling and analysis of STR profiles. Here, this study described a forensic human identity test in which allelic drop-out occurred in the STR system D18S51. During the course of human identity test, two samples with a homozygous (16, 16 and 21, 21) genotype at D18S51 locus were discovered using the PowerPlex$^{(R)}$ 16 system. The loss of alleles was confirmed when the samples were amplified using AmpFlSTR$^{(R)}$ Identifiler$^{(R)}$ PCR amplification kit and resulted in a heterozygous (16, 20 and 20, 21) genotype at this locus each other. This discrepancy results suggest that appropriate measures should be taken for database comparisons and that allele should be further investigated by sequence analysis and be reported to the forensic community.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제24권3호
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• pp.335-345
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• 1999

법의학적 개인식별 및 친생자 감정시 여러 개의 single tandem repeats(STR) 유전좌위 검색이 필요하다. 그 이유는 STR 유전좌위는 대립유전자 수가 적고 이형접합도가 낮아 서로 다른 개체간에도 동일한 유전좌위를 가질 확률이 높기 때문에 개인식별에 대한 기여도가 떨어지게 된다. 따라서 여러 개의 다양한 STR 유전좌위들을 동시에 분석함으로써 우연적으로 개체간에 유전자형이 일치할 가능성을 낮추어야 감정의 신뢰성을 높일 수 있으며 이에는 각 STR 유전좌위에 대한 유전좌위의 분포가 인종별, 지역별로 달라 이에 대한 유전자분포를 구하는 것이 선행조건이다. 이에 본 연구에서는 법의학적 개인식별 및 친자감정시 기초자료로 활용하기 위하여 서로 혈연관계가 없는 201명의 한국인 혈액에서 DNA를 추출하여 STR 유전좌위증 human coagulation factor XIII A subunit gene(F13A0l Locus), human c-fes/fps proto-oncogene(FESFPS Locus), human von Willebrand factor gene (vWA Locus)등 FFv Triplex 유전자를 중합효소반응에 의하여 동시에 증폭하고, 폴리아크릴아마이드겔을 이용한 전기영동 및 질산은 염색을 시행한 후 FFv Triplex유전자의 유전자형 및 대립유전자 빈도 등을 분석하여 다음과 같은 결과를 얻었다. (1) F13A01유전자는 5개의 대립유전자, 12개의 유전자형을 검출하였으며, 이형접합도는 60.7%로 나타났고 대립유전자 및 유전자빈도는 3.2, 4, 5, 6, 16 대립유전자에서 각각 0.34 3, 0.114, 0.062, 0.475, 0.005로 나타났으며, 대립유전자 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15는 검출되지 않았다. (2) F13A01 대립유전자다양성 (allelic diversity value)은 0.641, 개인식별력(PD)은 0.814를 보였으며 대립유전자다양성 및 이형접합도가 다른 민족과 비교할 때 다소 낮았다. (3) FESFPS유전자는 8개 대립유전자 모두 나타났으며, 15개의 유전자형을 검출하였으며, 이형접합도는 66.7%로 나타났고 대립유전자 및 유전자빈도는 7, 8, 9, 10, 11, 11, 12, 13, 14 대립유전자에서 각각 0.002, 0.002, 0.005, 0.032, 0.507, 0.264, 0.197, 0.007로 나나났다. (4) FESFPS 대립유전자다양성(allelic diversity value)은 0.641, 개인식별력(PD)은 0.804를 보였다. (5) vWA유전자는 9개의 대립유전자, 23개의 유전자형을 검출하였으며, 이형접합도는 80.1%로 나타났고 대립유전자 및 유전자 빈도는 11, 12, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 대립유전자 에서 각각 0.002, 0.002, 0.219, 0.032, 0.187, 0.279, 0.189, 0.072, 0.017로 나타났으며, 대립 유전자 13, 21는 검출되지 않았다. (6) vWA 대립유전자다양성(allelic diversity value)은 0.799, 개인식별력(PD)은 0.924로 매우 높게 나타냈다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권1호
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• pp.59-66
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• 2010

목 적: QF-PCR법은 흔한 염색체 이수성에 대한 빠른 산전 진단을 가능하게 하는데, 낮은 가격, 빠른 속도, 그리고 자동화가 가능하여 한꺼번에 많은 검체에 대해 적용할 수 있다는 장점들이 있다. 하지만 아직까지 국내에서 QF-PCR법은 산전 염색체 이수성 선별검사로 주로 사용되는 방법이 아니다. 본 연구에서는 한국인에서 빠른 산전 진단을 목적으로 시행하는 짧은 염기서열 반복(short tandem repeats, STR) 표지자를 이용한 QF-PCR법의 수행능을 검증하고자 한다. 대상 및 방법: 2007년에서 2009년까지 산전 염색체 이수성 선별을 목적으로 의뢰된 847개의 양수 검체에 대해 QF-PCR법을 시행하였는데 13번, 18번, 21번, X, Y염색체에 위치한 총 20개의 STR 표지자로 구성된 Elucigene kit (Gen-Probe, Abingdon, UK)를 사용하였다. 총 847개의 양수 검체에 대한QF-PCR 결과는 염색체 검사 결과와 비교하였고, STR 표지자의 정보력을 평가하기 위해서 각 표지자에 대해 이형접합체 지수(heterozygosity index)를 구하였다. 결 과: 총 847개 양수 검체에 대한 QF-PCR 검사 결과 19개(2.2%, 19/847)에서 13, 18, 21번 염색체와 X, Y염색체의 수적 이상이 관찰되었는데 염색체 검사에서도 동일한 결과를 보여100% 양성 예측율을 나타냈다. 하지만 염색체 검사 결과 7개(0.8%, 7/847) 검체에서 5개의 균형전좌와 2개의 불균형 염색체 이상이 관찰되었으나 QF-PCR에서는 진단되지 않았다. STR 표지자의 평균 이형접합체 지수(he-terozygosity index)는 0.76으로 서양인에서 보고된 0.8에 비해 다소 낮았다. 본 연구에서 D13S634표지자의 미세수준의 중복(submicroscopic duplication)이 1.4% (12/847)에서 관찰되었는데 이는 한국인에서 특징적인 소견으로 생각된다. 결 론: 본 기관에서는 산전 염색체 이수성 선별을 위한 QF-PCR법을 검증하였으며 효율적이고 신뢰할 수 있는 방법임이 입증되었다. 하지만 QF-PCR결과를 해석하기 위한 지침을 만들기 위해서 검사실마다 독립적으로 각각의 STR표지자에 대한 검증이 필요하며, 또한 QF-PCR법을 통상적인 염색체 검사 업무흐름에 통합하는 것이 필요하다고 사료된다.

• 한국동물위생학회지
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• 제41권4호
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• pp.257-262
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• 2018

Avian pathogenic E. coli (APEC) causes severe economic losses in the poultry farms, due to systemic infections leading to lethal colisepticemia. It causes a variety of diseases from air sac infection to systemic spread leading to septicemia. Secondary infection contains opportunistic infections due to immunosuppression disease. Collibacillosis causes the great problems in the poultry industry in Korea. Thus, it is necessary to identify and classify the characteristics of E. coli isolate of chicken origin to confirm the diversity of symptoms and whether they are transmitted among the farms. Fragment analysis is identify the difference in the number of Variable-Number Tandem-Repeats (VNTRs) for genotyping. VNTRs have repeating structure (Microsatellite, Short tandem repeats; STR, Simple sequence repeats; SSR) in the chromosome. This region can be used as a genetic marker because of its high mutation rate. And various lengths of the amplified DNA fragment cause the difference in the number of repetition of the DNA specific site. The number of repetition sequences indicates the separated size of fragments, so the each fragments can be distinguished by specific samples. The results of the sample show that there is no difference in six microsatellite loci (yjiD, aidB, molR_1, ftsZ, b1668, yibA). There are differences among the farms in relation of the number of repetitions of other six microsatellite loci (ycgW, yaiN, yiaB, mhpR, b0829, caiF). Four (ycgW, yiaB, b0829, caiF) of these six microsatellite loci show statistically significant differences (P<0.05). It means that the analysis using four microsatellite loci including ycgW, yiaB, b0829, and caiF can confirm among the farms. Five E. coli samples in one farm have same SSR repetition at all markers. But, there are significant differences from other farms at Four (ycgW, yiaB, b0829, caiF) microsatellite loci. These results emphasize again that the four microsatellite loci makes a difference in the amplified DNA fragments, enabling it to be used for E. coli genotyping.

• 분석과학
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• 제32권4호
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• pp.155-162
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• 2019

Analysis techniques using DNA profiling are widely used in various fields including forensic science and new technologies such as the Direct PCR amplification method are being developed continuously in order to acquire the DNA profiles efficiently. However, it has a limits such as non-specific amplification according to the quality of crime scene evidence samples. Especially, split peaks caused by excessive DNA samples are one of the important factors that could cause the debate to allow researchers to interpret the DNA profile results. In this study, we confirmed the occurrence rate of split peaks in each STR (short tandem repeats) locus of the $GlobalFiler^{TM}$ kit and investigated the possibility of improving the split peaks using several PCR additives such as DMSO (dimethylsulfoxide), $MgCl_2$, Betaine and Tween-20. As a result, we could make three groups according to the occurrence rate of split peaks in Direct PCR and it was confirmed that the ratio of split peaks could be reduced by DMSO (87.4 %), $MgCl_2$ (84.5 %) and Betaine (86.1 %), respectively. These results indicate that PCR additives such as DMSO, $MgCl_2$ and Betaine can be improve the split peaks in Direct PCR and thereby facilitate subsequently a successful DNA profile results.