• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제30권5호
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• pp.1043-1046
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• 2009

Human protein tyrosine kinase-6 (PTK6) is a member of the non-receptor protein tyrosine kinase family and it is found in two-thirds of all breast tumors. Very recently, we proposed that the SH3 domain of PTK6 interacts with the linker region (Linker) between the SH2 and kinase domains, proving that the interaction between SH3 domain and Linker plays an important role in auto-inhibition mechanism. Residues from 1 to 191 corresponding region of SH3-SH2-Linker (SH32L) of PTK6 was cloned into the pET32a expression vector with Tobbaco etch virus (TEV) protease enzyme site by sequence homology and 3D structural model. The purified PTK6-SH32L was determined as a monomer conformation in solution. The amide proton resonances in the $^{15}N-^{1}H$ 2D-HSQC spectrum suggest that PTK6-SH32L possesses disordered structural region of the flexible/unstructured linker region. In addition, the backbone amide proton chemical shifts of the SH3 domain in the PTK6-SH32L differ from that of the independent domain, indicating that intra-molecular interaction between SH3 and Linker in the PTK6-SH32L is present.

• 식물병연구
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• 제18권4호
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• pp.338-348
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• 2012

감자역병은 감자재배에서 가장 중요한 병 중의 하나다. 감자역병의 친환경방제를 위하여 SH-1와 SH-2을 이용하여 감자역병균의 균사생장, 예방효과, 잎을 이용한 생물검정 및 포장시험을 통해 평가하였다. 실내에서 유묘를 이용한 시험에서 SH-1와 SH-2 제형을 살포 후 역병균을 접종 후 예방효과를 조사한 결과 95% 이상 발병을 억제하는 효과가 있었다. SH-1과 SH-2의 균사생장 억제 효과는 $300{\mu}g/ml$의 농도에서 균총의 크기를 74% 이상을 억제하였다. 잎을 이용한 생물검정에서 1% SH-1와 SH-2을 살포 후 1시간 뒤에 병원균을 접종한 결과 병의 발달을 줄였다. 감자 줄기에 총 폴리페놀 함량도 SH-1와 SH-2을 살포한 구에서 증가하였다. 포장에서 역병방제효과 시험에서 1% SH-1와 SH-2을 7일 간격 4회 살포한 처리구에서 각각 72%와 53%의 역병 방제 효과가 있었으며, 14일간 3회 살포한 구에도 유사한 병 방제효과를 보였다. 감자비대기에 1% SH-1와 SH-2 살포는 감자 생체 중을 증가시켰으며, 상품의 비율도 높았다. 이 결과에 의하면 SH-1와 SH-2의 살포는 친환경 유기농업에서 천연살균제로서 역병 방제에 사용 할 수 있으며, 감자 수확량도 증가시킬 수 있다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권12호
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• pp.1536-1541
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• 2009

The DNA shuffling technique has been used to generate libraries of evolved enzymes in thermostability. We have shuffled two thermostable cytidine deaminases (CDAs) from Bacillus caldolyticus DSM405 (T53) and B. stearothermophilus IFO12550 (T101). The shuffled CDA library (SH1067 and SH1077 from the first round and SH2426 and SH2429 from the second round) showed various patterns in thermostability. The CDAs of SH1067 and SH1077 were more thermostable than that of T53. SH2426 showed 150% increased halftime than that of T53 at $70^{\circ}C$. The CDA of SH2429 showed about 200% decreased thermostability than that of T53 at $70^{\circ}C$. A single amino acid residue replacement that presented between SH1077 and SH2429 contributed to dramatic changes in specific activity and thermostability. On SDS-PAGE, the purified CDA of SH1077 tetramerized, whereas that of SH2429 denatured and became almost monomeric at $80^{\circ}C$. A simulated three-dimensional structure for the mutant CDA was used to interpret the mutational effect.

• BMB Reports
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• 제42권8호
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• pp.516-522
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• 2009

SH2D4A, comprising a single SH2 domain, is a novel protein of the SH2 signaling protein family. We have previously demonstrated SH2D4A is expressed ubiquitously in various tissues and is located in the cytoplasm. In this study we investigated the function of SH2D4A in human embryonic kidney (HEK) 293 cells using interaction analysis, cell proliferation assays, and kinase activity detection. SH2D4A was found to directly bind to estrogen receptor $\alpha$ (ER$\alpha$), and prevent the recruitment of phospholipase C-$\gamma$ (PLC-$\gamma$) to ER$\alpha$. Moreover, we observed its inhibitory effects on estrogen-induced cell proliferation, involving the protein kinase C (PKC) signaling pathway. Together, these findings suggested that SH2D4A inhibited cell proliferation by suppression of the ER$\alpha$/PLC-$\gamma$/PKC signaling pathway. SH2D4A may be useful for the development of a new anti-cancer drug acting as an ER signaling modulator.

• 한국정보관리학회:학술대회논문집
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• 한국정보관리학회 2010년도 제17회 학술대회 논문집
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• pp.21-28
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• 2010

본 연구에서는 PubMed에 등재되었으나 Medical Subject Headings(MeSH)가 부여되지 않은 국내 의학학술지의 문헌을 대상으로 미국국립의학도서관 (NLM: National Library of Medicine)의 Medical Text Indexer(MTI)를 활용하여 MeSH 용어를 추천받은 후, PubMed 레코드의 유사주제문헌 (Relation Citations, PRC)에 부여된 MeSH와의 일치여부를 분석하였다. 또한 논문의 저자가 부여한 키워드(저자키워드)와 PRC MeSH의 일치여부도 비교하였다. PRC MeSH와 MTI MeSH 추천어의 일치율은 주표목이 21.1%였고, 체크태그는 18.1%, 부표목은 16.5%로 나타났다. 우리나라 의학논문에 나타난 저자키워드의 중요한 특징은 MeSH 주표목 위주이고, 체크태그와 부표목은 거의 사용하지 않는 것이다. 따라서 저자키워드와 PRC MeSH 주표목과의 일치율은 23.4%에 이르지만, 체크태그와 부표목의 일치율은 각각 1%, 2.1%였다. 색인전문가가 통제어휘를 사용하여 색인하는 과정에서 PRC와 MTI의 MeSH 주표목과 저자키워드가 일치하는 용어를 주표목으로 부여하고, PRC와 MTI가 추천하는 체크태그와 부표목을 활용하는 등 국내 의학문헌의 MeSH 용어 부여 작업을 반자동화(semi-indexing)하면, 정확하고 신속한 MeSH 부여 작업이 가능할 것이다.

• BMB Reports
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• 제34권6호
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• pp.537-543
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• 2001

In the present study, an in vitro ELISA system to assess the interaction between Src homology (SH)2 domains and phosphotyrosine that contain peptides was established using purified GST-conjugated SH2 proteins and synthetic biotinylated phosphotyrosine that contain oligopeptides. The SH2 domains bound the relevant phosphopeptides that were immobilized in the streptavidin-coated microtiter plate in a highly specific and dose-dependent manner. The epidermal growth factor receptor (EGFR)-, T antigen (T Ag)-, and platelet-derived growth factor receptor (PDGFR)-derived phosphopeptides interacted with the growth factor receptor binding protein (Grb)2/SH2, Lck/SH2, and phosphatidyl inositol 3-kinase (PI3K) p85/SH2, respectively. No cross-reactions were observed. Competitive inhibition experiments showed that a short phosphopeptide of only four amino acids was long enough to determine the binding specificity. Optimal concentrations of the GST-SH2 fusion protein and phosphopeptide in this new ELISA system for screening the binding blockers were chosen at 2nM and 500nM, respectively. When two candidate compounds were tested in our ELISA system, they specifically inhibited the Lck/SH2 and/or p85/SH2 binding to the relevant phosphopeptides. Our results indicate that this ELISA system could be used as an easy screening method for the discovery of specific binding blockers of protein-protein interactions via SH2 domains.

• 기본간호학회지
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• 제15권4호
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• pp.558-565
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• 2008

Purpose: The purpose of this study was to analyze how accurately authors of the Journal of Korean Academy of Fundamentals of Nursing used MeSH terms as key words. Method: A total of 724 key words used in the 225 papers of Journal of Korean Academy of Fundamentals of Nursing from 2003 to 2007 were compared with MeSH terms. Results: Fifty nine point eight percent of total key words were completely coincident with MeSH terms, 13.5% were entry terms, and 21.8% were not MeSH terms. The coincidence rates for 2003 and 2007 separately were 38.5% and 70.9%. Also, 25.3% of papers precisely used MeSH terms as key words and 8% did not use any MeSH terms. Conclusion: The results show that the coincidence rate of key words with MeSH terms was at a moderate level and gradually increased according to year. However, there is a need for us to understand MeSH more specifically and accurately.

• Nuclear Medicine and Molecular Imaging
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• 제41권3호
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• pp.209-217
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• 2007

목적: mdr1유전자를 표적으로 한 short hairpin RNA (shMDR)는 다약재내성을 나타내는 암세포에서 효과적으로 mdr1 유전자의 발현을 억제 할 수 있고 sodium iodide symporter (NIS)는 유전자 치료와 리포터로의 기능을 동시에 나타낼 수 있다. 이 연구에서는 사람 대장암세포(HCT15)에 shMDR과 NIS를 동시에 이입하고 Tc-99m sestamibi와 I-125 섭취를 측정하였고 doxorubicin과 I-131 치료효과도 관찰하였다. 대상 및 방법: 사람 태아 신장 세포주(Human Embryonic Kidney cells; HEK293)에 liposome 시약으로 shMDR을 이입하고 RT-PCR과 western blot으로 분석하였다. shMDR와 NIS 유전자가 발현하는 adenovirus를 만들고 HCT15 세포에 이입 후 48시간에 shMDR에 의한 Pgp의 기능 억제를 확인하기위해 Tc-99m sestamibi 섭취와 doxorubicin 세포독성을 측정하였다. 또한 NIS유전자의 기능을 확인 하기위해 I-125 섭취와 I-131 세포독성도 확인하였다. 결과: shMDR이 이입 된 HEK293 세포에서 mdr1의 mRNA와 Pgp의 발현이 각각 75%, 80% 감소하였다. NIS 유전자가 발현하는 adenovirus를 HCT15 세포에 이입하고 NIS 유전자 발현을 확인 한 결과 대조군에 비해 월등히 높게 발현하였다. Ad-shMDR 300 MOI, Ad-shMDR 300 MOI 와 Ad-NIS 10 MOI를 처리한 경우 Tc-99m sestamibi의 섭취가 대조군보다 1.5배 정도 증가하였다. HCT15 세포에 Ad-NIS 10 MOI를 감염시킨 경우 I-125 섭취가 대조군에 비해 25배 이상 증가였다. 또한 Ad-shMDR와 Ad-NIS를 동시 감염 시켰을 경우 doxorubicin의 세포 독성이 증가하여 나타났고 Ad-NIS 20 MOI를 감염시켰을 때 I-131에 의한 세포독성이 대조군보다 증가하였다. 결론: 세포에 shMDR의 이입으로 mdr1 유전자의 발현이 억제되고 Tc-99m sestamibi의 섭취와 doxorubicin의 세포독성이 증가하였으며 NIS 유전자의 이입으로 I-125의 섭취와 I-131의 세포독성이 증가하였다. 다약제내성세포에 shMDR와 NIS 유전자의 동시 이입은 doxorubicin과 방사성 옥소의 이중치료 효과를 높일 수 있을 것으로 본다.

• 대한치과마취과학회지
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• 제14권3호
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• pp.143-149
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• 2014

Background: The purpose of this study was to analyze the equality between key words used in the Journal of Korean Dental Society of Anesthesiology and Medical Subject Headings (MeSH). Methods: A total of 666 English key words in 187 papers (average 3.5 words in a paper) from 2001 to 2014 were eligible for this study. We classified them according to matched, and non-matched terms. After descriptive analysis, we assayed patterns of errors in using MeSH, and reviewed frequently used non-MeSH terms. Results: Fifty nine point six percent (59.6%) of total key words were completely coincident with MeSH terms, 40.39% were not MeSH terms. Conclusions: The results show that the coincidence rate of key words with MeSH terms was at a moderate level. However, there is a need for us to understand MeSH more specifically and accurately. Use of proper key words aligned with the international standards such as MeSH is important to be properly cited. The authors should pay attention and be educated on correct use of MeSH as key words.

• 한국식품영양과학회지
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• 제39권12호
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• pp.1860-1866
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• 2010

오미자로부터 야생효모 Saccharomyces cerevisiae(S. cerevisiae) SH8094와 S. cerevisiae SH2855를 분리, 동정하였으며, 이 효모를 이용하여 오미자 발효주를 제조하였다. 야생효모 S. cerevisiae SH8094와 S. cerevisiae SH2855를 이용한 오미자 발효주와 시판효모 Lalvin 1118을 이용한 오미자 발효주의 이화학 특징과 관능 특성을 비교 분석하였다. 그 결과, 야생효모 S. cerevisiae SH8094로 제조한 오미자 발효주가 pH 2.8, 산도 1.1%, 당도 14.5oBrix, 알코올 함량 9%를 나타냈으며, 목넘김, 종합적 기호도에 있어서 높은 점수를 얻었다. 또한 오미자로부터 분리된 야생효모 S. cerevisiae SH8094와 S. cerevisiae SH2855를 이용하여 만든 오미자 발효주와 상업적으로 판매되는 오미자 발효주의 관능 특성을 비교한 결과, 생오미자에서 분리된 야생효모 S. cerevisiae SH8094로 제조한 오미자 발효주가 상업적으로 판매되는 오미자주보다 향, 색, 종합적 기호도에 있어서 우수하게 나타났다. 이로써 오미자로부터 분리한 효모 S. cerevisiae SH8094를 이용한 우수한 오미자 발효주 제조의 가능성을 확인하였다.