• 한국컴퓨터그래픽스학회논문지
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• 제2권2호
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• pp.61-68
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• 1996

본 논문에서는 대용량의 DNA 염기 배열의 정성 정보를 특징짓기 위한 새로운 가시화 방법을 제안한다. DNA 배열은 배열 자체가 방대한 양의 정보를 포함하고 있기 때문에 분석에 많은 어려움이 있다. 우리는 DNA 염기 배열들사이의 상사성 비교를 위해 DNA 염기 배열을 하나의 이미지 도메인으로 변환한다. 프로그램은 random walk plot으로 DNA 염기 배열을 가시화한 후에 k-convex hull로 단순화 시킨다. Random Walk plot은 염기배열을 평면상에 하나의 커브로 표현한다. k-convex hull은 walk plot으로부터 무의미한 부분을 제거함으로서 walk plot을 단순화한다. 이러한 방법은 유전공학자들에게 쉽게 DNA 배열의 특징을 인식하고 분류할 수 있는 직관을 제공한다. 실제 게놈 데이터로 실험한 결과는 논문에서 제안하는 방법이 긴 DNA 염기배열들 사이의 유사성 분석을 위해 좋은 가시화 도구임을 보여준다.

• Genomics & Informatics
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• 제20권3호
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• pp.36.1-36.6
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• 2022

BLAST, a basic bioinformatics tool for searching local sequence similarity, has been one of the most widely used bioinformatics programs since its introduction in 1990. Users generally use the web-based NCBI-BLAST program for BLAST analysis. However, users with large sequence data are often faced with a problem of upload size limitation while using the web-based BLAST program. This proves inconvenient as scientists often want to run BLAST on their own data, such as transcriptome or whole genome sequences. To overcome this issue, we developed NBLAST, a graphical user interface-based BLAST program that employs a two-way system, allowing the use of input sequences either as "query" or "target" in the BLAST analysis. NBLAST is also equipped with a dot plot viewer, thus allowing researchers to create custom database for BLAST and run a dot plot similarity analysis within a single program. It is available to access to the NBLAST with http://nbitglobal.com/nblast.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제27권5호
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• pp.1413-1421
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• 2016

In this paper graphical exploratory data analyses are proposed for ball games in sports. The plot of sequence of scoring points of each team can be used to see how the playing game has been processed until the end of each set or quarter. With the plot of sequential score differences through all the games we can see a dominance of each team and the times of score changes, i.e., turnovers. The ternary plots show the contours of scoring compositions for each player and enable us to compare the scoring patterns of each team if any. Using the score sequence plot we also can see the score pattern distribution of players. For demonstration we use the results of the gold medal match between Russia and Brazil for men's volleyball and between USA and Spain for men's basketball at the London 2012 Summer Olympics.

• Communications for Statistical Applications and Methods
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• 제11권2호
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• pp.345-353
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• 2004

Graphical methods for the specification of the curvature as a function of two predictors are animated to see the effect of an added variable to the model. Through a 3D animated plot it might be difficult to find a sequence of interpretable plots. But examples demonstrate that useful information can be obtained by using rotation technique in 3D plot. Besides 3D plots, an example of 2D animated plot applied to the case of high correlation between predictors and an added predictor is also given. It implies that speed of the convergence to a certain image in a dynamic plot may be understood as an influence of collinearity.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2004년도 춘계학술발표대회
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• pp.409-412
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• 2004

Plot Units는 이야기를 형성하는 줄거리 또는 줄거리에 나오는 여러 사건을 하나로 구성하여 표현하는 단위이다. 한편, 개연규칙은 문장간 구성성분들의 개연적인 결속성을 나타낸다. 이러한 결속은 개연사슬로 나타낼 수 있다. 개연사슬은 개념을 연결하는 어휘들과 그 연결을 설명하는 관계들의 목록이다. 이중에서 기능관계순열로는 해당 개연규칙을 보다 개념적으로 설명할 수 있다. 본 논문에서는 이러한 기능관계순열을 분석하고 Plot Units과 비교해 보았다. 실험을 통하여 주어진 기능관계순열이 Plot Units의 어떤 유형에 해당하는지 알 수 있었다.

• 제어로봇시스템학회:학술대회논문집
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• 제어로봇시스템학회 2003년도 ICCAS
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• pp.256-259
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• 2003

This paper presents the analyses of Auto CAD plot file for carving machine. The plot file is first analyzed and then sorted to properly perform a sequence of the line segments. The experimental results show that this technique can improve the carving performance, reduce the operating time, and save the tool and machine’s lifetime. In addition, this proposed technique can also be extended to apply for other coordinate machines.

• 한국통신학회논문지
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• 제16권12호
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• pp.1313-1323
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• 1991

본 논문에서는 객체 지향 프로그래밍을 이용한CAM(Content Addressable Memory)의 자동생성의 runplot 과정을 위한 생성기, 그래픽 디스플레이 툴(tool)을 제시하였다. 레이아웃 생성이나 그래픽 메뉴, 마우스 드라이버, 데이터 구조들을 기본 클래스들로 구성하여 기존의 절차적 언어보다 명료하고도 수정이 용이한 프로그램을 구성하였음을 보였다. CAM의 구조와 기본 회로 구성을 보였고 이들을 생성 하기위한 기본 클래스에 대해 설명하였다. 설계 규칙이나 공정에 독립적인 생성기 설계를 위해 기본 셀들을 사용자의 입력에 따라 변하도록 구성할 수 있는 매개변수화된 셀의 기법을 보였고 피치 매칭 기법을 이용한 배치·배선으로 레이아웃을 수행하였다. 끝으로 생성된 CIF의 디스플레이와 전체 run plot 과정을 위한 그래픽 메뉴의 구성을 설명하였다.

• 대한수학회지
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• 제54권5호
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• pp.1557-1571
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• 2017

The L-curve method is a parametric plot of interrelation between the residual norm of the least squares problem and the solution norm. However, the L-curve method may be hard to apply to the total least squares problem due to its no closed form solution of the regularized total least squares problems. Thus the sequence of the solution norm under the fixed regularization parameter and its corresponding residual need to be found with an efficient manner. In this paper, we suggest an efficient algorithm to find the sequence of the solutions and its residual in order to plot the L-curve for the total least squares problems. In the numerical experiments, we present that the proposed algorithm successfully and efficiently plots fairly 'L' like shape for some practical regularized total least squares problems.

• Communications for Statistical Applications and Methods
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• 제11권3호
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• pp.529-537
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• 2004

This article concerns dynamic graphical methods for visualizing a curvature in regression problem in which some predictors enter nonlinearly. A sequence of augmented partial residual plot or partial residual plot updated by the change of linear combination of two predictors are constructed. Examples demonstrate that the suggested methods can be used to reduce the dimension of explanatory variables as well as to capture a curvature.

• 정보처리학회논문지A
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• 제9A권3호
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• pp.387-398
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• 2002

최근 활발한 소단위 게놈 프로젝트의 수행으로 많은 생물체의 유전체 전체 서열이 밝혀짐에 따라서 전유전체(whole genome)를 기본 단위로 하여 개별 유전자나 그에 관련된 기능 연구가 매우 활발히 이루어지고 있다. 전유전체의 염기 서열은 수백만 bp(base pairs)에서 수백억 bp(base pairs) 정도의 대용량 텍스트 데이터이기 때문에 단순한 온라인 문자 일치(on-line string matching) 알고리즘으로 분석하는 것은 매우 비효율적이다. 본 논문에서는 대용량의 유전체 서열을 분석하는데 적합한 자료 구조인 스트링 B-트리를 사용하여 유전체 서열의 분석과 가시화를 위한 워크벤치를 개발한 과정을 소개한다. 본 연구에서 개발한 시스템은 크게 질의문 부분과 가시화 부분으로 나뉘어 진다. 질의문 부분에는 유전체 서열에 특정 서열이 나타나는 부분의 위치와 횟수를 알아보거나 k번 나타나는 서열을 조사하는 것과 같은 기본적인 패턴 검색 부분과 k-mer 분석을 위한 질의어가 다양하게 준비되어 있다. 가시화 부분은 전유전체 서열과 주석(annotation)을 보여주거나, 유전체 분석을 용이하도록 여러 가시화 방법, CGR(Chaos Game Representation), k-mer graph, RWP(Random Walk Plot) 등으로 생물학자들이 쉽게 전체 구조와 특성 파악할 수 있도록 도와준다. 본 논문이 제안하는 분석 시스템은 생물체의 진화적 관계를 밝히고, 염색체 내에 아직 알려지지 않은 새로운 유전자나 기능이 밝혀지지 않은 junk DNA들의 기능 등을 연구하는데 사용할 수 있다.