• 제목/요약/키워드: Sequence coverage

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대량 발굴 프로테옴 분석을 위한 어쿠스틱 기술 기반 고속 단백질 절편화 (Acoustic technology-assisted rapid proteolysis for high-throughput proteome analysis)

  • 김보라;천후엔창;한나영;박종문;유웅식;이후근
    • 분석과학
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    • 제24권6호
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    • pp.510-518
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    • 2011
  • 최근 질량분석기와 다차원 크로마토그래피 분석법과 대용량 데이터를 처리하는 생물정보학 프로그램 등과 같은 복합적인 기술요소들의 발전은 대량 프로테옴을 분석하는 것을 가능하게 했다. 하지만, 이런 대량의 프로테옴을 분석하는 것은 단백질 절편화 과정의 긴 소요 시간과 낮은 재현성으로 인하여 한계를 가진다. 이 연구에서는 어쿠스틱 기술을 이용해 빠르게 단백질을 분해하는 새로운 방법을 제시했다. 이 어쿠스틱 기술의 시간과 강도를 최적화하기 위해서 여러 가지 조건에서 BSA 단백질을 트립신으로 절편화한 후 액체 크로마토그래피와 질량분석기로 분석하였다. 16시간동안 인큐베이션하는 기존의 방법과 슈퍼 어쿠스틱 기술을 사용한 방법을 비교하였을 때 슈퍼 어쿠스틱 기술이 기존의 방법보다 더 높은 아미노산 동정율을 보였으며, 유방암 세포와 같은 단백질 복합체에 적용하였을 때 30분의 절편화 시간에서도 효율적인 결과를 확인할 수 있었다. 이 새로운 방법은 샘플 전처리 과정에서 많은 양의 단백질일지라도 더 좋은 효율성을 가지게 되고 또한, 소비되는 시간도 줄여주며 일정 시간내의 샘플 처리량도 증가하게 된다.

변형된 RRT 알고리즘 기반 Simulink/Stateflow 모델 테스트 케이스 생성 (Test Case Generation for Simulink/Stateflow Model Based on a Modified Rapidly Exploring Random Tree Algorithm)

  • 박한곤;정기현;최경희
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제5권12호
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    • pp.653-662
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    • 2016
  • 본 논문에서는 경로탐색 분야에서 많이 사용되는 RRT 알고리즘을 기반으로 한 테스트 케이스 생성 알고리즘을 제안한다. RRT 알고리즘 성능에 영향을 주는 가장 중요한 요소는 RRT 공간 내 노드 사이의 거리를 계산하는 거리 함수이다. Simulink/Stateflow (SL/SF) 모델의 테스트 케이스는 모델의 특정 상태에서 특정한 조건(본 논문에서 테스트 타겟이라 명명함)을 검사하기 위해 필요한 입력 시퀀스이기 때문에, 특정 조건을 검사하기 위해서는 먼저 모델을 특정 상태로 이끌어가는 것이 필요하다. 여기서 모델의 상태는 RRT의 노드로 표현된다. 일반적으로 어느 한 상태의 경우 다수의 조건을 검사할 필요가 있다. 예를 들어, 모델의 특정 상태가 다수의 전이가 발생 가능한 SL/SF model의 한 상태로 표현될 때, 전이 커버리지를 측정하기 위해서는 반드시 다수의 조건을 모두 검사해야 한다. 본 논문에서는 테스트 타겟들이 키 노드라 불리는 SL/SF 상태로 표현되는 특정 상태에서 다수 발견되는 점에 착안해서 만든 거리 계산 함수를 제안한다. 제안된 거리 함수는 키 노드가 아닌 노드에 페널티를 부과해서 RRT가 키 노드로부터 확장될 확률을 증가시킨다. 본 논문에서는 제안된 거리 함수를 이용한 테스트 케이스 생성 알고리즘을 제안한다. 성능 평가를 위해 상업용 자동차에 들어가는 3가지 전자제어장치 모델이 사용된다. 제안된 테스트 케이스 생성 알고리즘의 성능은 페널티 측면에서 평가되고 기존의 RRT 알고리즘을 사용한 테스트 케이스 생성 알고리즘의 성능과 비교한다.

ALE 법에 의한 TiN 박막의 증착 및 특성 (Deposition and Characteristics of TiN Thin Films by Atomic Layer Epitaxy)

  • 김동진;정영배;이명복;이정희;이용현;함성호;이종화
    • 대한전자공학회논문지SD
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    • 제37권6호
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    • pp.43-49
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    • 2000
  • ALE(atomic layer epitaxy)법을 이용하여 (100)면의 Si 기판위에 TiN 박막을 증착하였다. 증착된 TiN 박막을 XRD, 4-point probe, AFM, AES, SEM등의 장비를 사용하여 분석하였다. ALE법에 의한 TiN의 증착을 위한 반응 전구체(precusor)로는 TEMAT(tetrakis (ethylmethylamino)titanium)와 반응 가스로는 $NH_3$를 사용하였다. 표면 포화반응을 형성하기 위해 각 반응 기체는 TEMAT-$N_2-NH_3-N_2$의 순서로 교대로 반응로에 주입하였다. 그 결과 TiN 박막은 150 ~ 220 $^{\circ)C$에서 자기 제어 성장(self-limiting growth) 기구에 의한 박막 증착 특성을 보였다. 증착된 TiN 박막은 증착율이 4.5 ${\AA}$/ cycle로 일정하였고, 비정질 (amorphous)의 구조를 보였다. 박막의 저항율과 표면 평균 거칠기는 210~230${\mu}{\Omega}{\cdot}$cm와 7.9~9.3${\AA}$로 측정되었다. TiN 박막을 2000 ${\AA}$의 두께로 증착하였을 때, 폭이 0.43${\mu}$m이고 단차비 (aspect ratio)가 6인 트렌치 구조에서 매우 우수한 단차피복성을 보였다.

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공유결합과 친화력결합에 의한 고정화 Trypsin의 효소역가와 절단특성 비교 (Comparison of Enzymatic Activity and Cleavage Characteristics of Trypsin Immobilized by Covalent Conjugation and Affinity Interaction)

  • 장대호;성기훈;이은규
    • KSBB Journal
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    • 제21권4호
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    • pp.279-285
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    • 2006
  • 본 연구에서는 trypsin을 모델 단백질로 하여 단백질 본연의 환성을 유지할 수 있는 고정화 방법을 찾기 위하여 공유결합방법과 친화력 결합방법을 이용하여 trypsin을 고정화 하였다. Streptavidin-biotin system을 이용한 고정화 방법은 bioactivity 유지측면에서 공유결합 방법보다 우수함을 확인하였다. 하지만 streptavidin-biotin system을 이용하였을 때 고정화 수율이 낮은 것은 해결해야 할 과제이다. 분자량이 다른 기질들(BAPNA, insulin, BSA)을 대상으로 고정화 trypsin의 부위 특이적 절단 특성을 분석한 결과 streptavidin-biotin에 의해 고정화된 trypsin이 절단효율도 높고 sequence coverage도 높은 것으로 확인되었다. 또한 공유결합된 trypsin은 견고한 분자구조를 나타낸 반면 streptavidin-biotin system으로 고정화된 trypsin은 유연성이 높은 것을 QCM-D를 이용하여 관찰할 수 있었다. 따라서 streptavidin-biotin system에 의한 고정화 방법에서 streptavidin-biotin 결합이 일종의 spacer arm 역할을 하면서 고정화된 trypsin의 분자유연성을 향상시켜 절단반응의 부위특이성과 절단수율을 향상시키는 것으로 판단되었다.

가압기 노즐 이종금속 용접부의 구조적 오버레이 용접부에 대한 위상배열 초음파기법의 현장 적용 (Field Application of Phased Array Ultrasonic Testing for Structural Weld Overlay on Dissimilar Welds of Pressurizer Nozzles)

  • 김진회;김용식
    • 비파괴검사학회지
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    • 제35권4호
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    • pp.268-274
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    • 2015
  • 용접 오버레이법은 1980년 초반에 배관 용접부 결함의 임시 보수방법으로 미국발전소에 처음 사용되었다. 원자력발전소의 배관 오버레이 용접부는 초음파검사 기술을 이용하여 주기적으로 검사되어야 한다. 최근 위상배열 초음파 기술 발달로 휴대하기 좋은 소형 장비를 이용할 수 있게 되었다. 현재, 완화기법 및 또는 복잡한 형상의 검사체의 표면검사 조건을 개선하기 위한 선제적인 용접 오버레이 기법 적용이 일반적으로 사용되고 있다. 복합적인 형상(용접 오버레이, 기존 용접부 및 모재)의 적당한 검사를 위해서는 여러 개의 일반 초음파검사용 초점 탐촉자들이 필요하게 된다. 대안으로 위상배열 초음파 탐촉자는 일반 초음파검사 탐촉자와 비교하여 더 좋고 빠른 커버리지를 제공하기 위해 다양한 초점거리에서 여러 검사 각도를 동시에 발생시킬 수 있다. 그래서, 이 기술은 검사 속도 증가, 비용 절감, 방사선 피폭을 줄일 수 있다. 이 논문에서는 현장검사에서 검출된 PAUT 신호에 대한 신호 분석 결과를 설명하였다.

설악산 분비나무군락의 식물사회학적 특성 (The Research on the Phytosociological Characteristics of Abies nephrolepis Maxim. Community in Mt. Seorak, Korea)

  • 이호영;정보광;전영문;오충현
    • 한국환경생태학회지
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    • 제35권1호
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    • pp.37-47
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    • 2021
  • 본 연구에서는 최근 가속화되고 있는 기후변화로 인하여 쇠퇴가 우려되는 설악산 분비나무림을 대상으로 식물사회학적 연구를 수행하였다. 현장조사에서 획득된 70개 방형구 조사결과에 대해 TWINSPAN 기법을 이용하여 군락을 분류하고, DCA 방법으로 서열을 분석한 후 각 군락이 갖는 특성을 분석하였다. 설악산 분비나무림은 4개 군락(분비나무-댕댕이나무군락, 분비나무-시닥나무군락, 분비나무-당단풍나무군락, 분비나무-거제수나무군락)으로 구분되었다. 각 군락은 입지에 따라 분포 유형을 달리하였으며, 이는 해발고도, 사면 등 입지환경에 따라 서로 다른 미소환경이 형성됨으로써 종조성이 달리지기 때문이다. 각 군락은 분포 고도, 암석비율, 토양특성, 낙엽층 두께 등의 환경에서 차이를 보였으며, 그 결과로 종구성의 차이뿐만 아니라 출현종수 및 개체수, 식피율, 수목규격, 종다양도 등에서 군락 간 유의미한 차이를 보였다. 분비나무-댕댕이나무군락과 분비나무-시닥나무군락은 높은 고도의 암석비율이 높은 곳에 입지하며 교목층 발달이 미약하였다. 반면, 분비나무-당단풍나무군락과 분비나무-거제수나무군락은 분포 고도가 상대적으로 낮고 토양비율이 높았으며, 교목층이 발달하고 종다양도가 높게 나타났다.

전북 만경강 하구역 일대의 염습지 식물상 및 식생에 관한 연구 (The Study on the Flora and Vegetation of Salt Marshes of Mankyeong River Estuary in Jeonbuk)

  • 김창환;이경보;조두성;명현
    • 한국환경생태학회지
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    • 제20권3호
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    • pp.289-298
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    • 2006
  • 만경강 하구역 염습지에서 조사된 관속식물은 10과 25속 29종 3변종으로 총32종류(taxa)가 조사되었으며, 귀화식물은 5과 6속 6종 1변종 총7종류(taxa)이 조사되었다. 식물의 생활형에서 휴면형은 반지중식물(H)이 10종, 31.3%로서 1년생식물의 10종과 동일하게 분포하고 있으며 번식형에서는 중력산포형이 23종으로 71.9%로 나타났다. 생육형을 보면 직립형이 9종, 총생형이 9종, 후직립형이 5종으로 조사되었다. 식생의 특징은 조간대가 넓게 펼쳐져 있어서 조수의 영향을 강하게 받고 있다. 식생의 구성종으로는 칠면초가 가장 높은 우점도를 보이고 있으며, 갯개미취, 모새달, 갈대, 비쑥, 천일사초 등이 주로 나타난다. 표조작법에 따라 식물군락을 분류한 결과 칠면초 군락, 갯개미취-비쑥 군락, 해홍나물 군락, 해홍나물-칠면초 군락, 천일사초 군락, 갈대 군락, 털물참새피 군락, 갯개미취 군락, 칠면초-갯개미취 군락, 갯개미취-칠면초 군락, 모새달 군락의 11개 군락으로 구분되어졌으며, 염습지내 식생의 분포는 저위염습지와 고위염습지의 지형적 차이에 큰 영향을 받고 있는 것으로 보인다. 칠면초 군락은 우리나라 서남해안 갯벌 염습지의 우점종으로서 본 조사지역내 저위염습지에서는 순군락을 이루고 있다. 염습지의 수로, 습지, 해안하구 주변에서는 주로 갈대가 군락을 이루고 있으며, 기수지 역, 염습지내 토사가 퇴적된 곳 등에서는 천일사초가 집중반상으로 군락을 이루고 있다.

제주 월령리 선인장군락지(천연기념물 제429호)의 관속식물상, 분포실태, 관리방안에 관한 연구 (A Study on Vascular Plants, Distribution Status and Management Plans of the Cactus Habitat (No. 429 Natural Monument) in Wolryung-ri, Jeju Island)

  • 이철호;장계현;류태복;최병기
    • 한국전통조경학회지
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    • 제36권1호
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    • pp.55-66
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    • 2018
  • 제주 선인장군락지는 동아시아 지역에서 식물지리학적으로 특이적인 분포를 보이고 있으며, 국내 유일한 자생지로 특유의 고유경관을 형성하고 있다. 그럼에도 불구하고 자생지 일대의 선인장 분포 현황에 관한 정밀조사가 이루어진 바 없으며, 서식지 내 혼생식물의 다양성 및 선인장 개체군 분포와의 상호 관계에 관한 조사가 이루어진 바 없다. 본 연구는 월령리 선인장군락지 내 관속식물의 다양성을 파악하고 선인장의 분포 실태 및 출현 경향을 기록하고자 하였다. 선인장의 분포 특성과 함께 혼생 식물종 가운데 서식처의 특성을 반영하는 종의 특성과 선인장 개체군의 유지에 위협이 되거나, 선인장 보존에 있어서 관리의 대상이 되는 생물 및 환경 요소에 관하여 논의하고자 한다. 식물상 확인을 위한 현장조사는 2015년 6월부터 2017년 9월까지 식물계절을 고려하여 총 6회에 걸쳐 이루어졌다. 식물에 대한 배열순서와 학명의 기재는 Engler 분류체계에 따라 정리하였으며, 종의 한글명은 한국표준식물목록을 채택하였다. 연구결과 제주 월령리 선인장군락지는 선인장이 우점하는 지역 고유의 특징적인 상관을 형성하고 있었다. 관속식물상은 53과 104속 109종 15변종 1품종으로 총 125분류군을 확인하였다. 환경부 지정 멸종위기식물은 분포하지 않았다. 양치식물은 꼬리고사리, 도깨비쇠고비로 2종이 확인하였으며, 나자식물은 서식하지 않았다. 피자식물이 총 123분류군이 나타났으며, 쌍자엽식물이 91분류군, 단자엽식물이 32분류군으로 밝혀졌다. 선인장 보호지역 내 전체 487개 격자 중 59.3%에 해당하는 289개 격자에서 선인장 분포를 확인하였으며, 5-95%의 다양한 피도분포를 보였다. 미출현 격자의 대부분은 현무암 암반이 노출된 해안지역으로, 반복적인 파도의 영향을 받아 토심이 발달하지 못하거나 극히 제한적인 지역과 인위적 시설물 또는 초지, 관찰로 등이 조성된 지역이었다. 반면 선인장이 70% 이상 높은 우점도를 보이는 구간은 총 71개 격자 지점으로 전체의 14.5%를 차지하고 있었다. 선인장은 보호 지역 내에서 무작위분포를 나타내며, 미소서식처 환경에 적응되어 생육가능입지를 따라 기회주의적으로 분포하고 있는 것으로 확인되었다. 군락지 내 선인장은 대부분 단위생식(parthenogenesis)에 의존되어 있음을 고려할 때 현재의 분포는 군락지 내 선인장의 잠재분포가능 영역을 투영하는 결과로 판단된다. 현장조사결과를 바탕으로 보호지역 보존 및 보호를 위한 관리방안을 제안하였다.

집행관배훈안례연구(阐述工商业背景下的有限合理性):집행관배훈안례연구(执行官培训案例研究) (Interpreting Bounded Rationality in Business and Industrial Marketing Contexts: Executive Training Case Studies)

  • Woodside, Arch G.;Lai, Wen-Hsiang;Kim, Kyung-Hoon;Jung, Deuk-Keyo
    • 마케팅과학연구
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    • 제19권3호
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    • pp.49-61
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    • 2009
  • 本文为执行官提供了他们在处理日常业务问题和市场机会时如何阐述自己思考过程的培训. 本研究建立在Schank提出的教学基础上, 包括: (1)经验学习和最好的指导提供给学习者从诸如全球背景, 团队项目和专家经历等的互动的故事提炼知识和技能的机会. (2) 告诉不会导致学习, 因为在学习需要的行动训练环境中, 应强调积极使用故事, 案例和项目. 每个培训案例包括执行官解释自己的决策系统分析(DSA, 还需要执行官做DSA简报. 在训练时要求执行官写DSA简报. 在执行官学员写书面报告的说明中包括(1) DSA路线图的本质的细节(2) 警告和机会的陈述, 读者的行政地图及图内的DSA解释. 该报告的最大长度为500字, 其规则就是使行政人员培训课程行之有效. 引言之后是第二部分文献综述, 简要地总结了有关人们在对问题和机会的背景下的想法及文献. 第三部分通过使用对不同的贴牌生产客户定价相同的化学产品的培训练习来解释DSA的起源和过程, 第四部分展示一个炼油设备公司订价决策的培训练习. 第五部分提供一个商业客户办公家具采购的市场策略案例. 第六部分是结论和建议. 这些建议是关于使用培训课程和发展其他培训课程来磨练执行官制定决策的能力. 文章引导读者利用工具箱研究综合的报告, (DSA)路线图根据生态合理性理论将战略与环境相匹配. 这三个案例的研究让学习者在意愿层面征求建议来作出决策. Todd and Gigerenzer 提出人们使用简单启发式,因为他们在自然的决策环境中通过探索信息的结构使适应性行为有可能产生. "简单是一种美德, 而不是诅咒", 有限理性理论强调了西蒙的命题中心, "人类理性的行为仿佛一把剪刀, 其刀片则是任务环境的结构和执行者的计算能力". Gigerenzer的观点和西蒙的环境的危害相关, 也和本文中三个环境结构的案例相关. "环境这个词, 在这里, 并不是指总的物理和生理的环境, 而只是指被给予需要和目标的重要有机体 本文关注了结合任务环境的结构和使用适应的工具箱启发的报告. (DSA)路线图根据生态理性理论将战略与环境相匹配. 渴望适应理论是这一方针的核心. 渴望适应理论将决策制定作为一个没有把目标整合的多目标问题模拟成一个把所有决策选项进行完全的优先顺序化. 这三个案例研究让学习者在意愿层面征求建议来作出决策. 渴望适应用一系列的调整步骤的形式. 一个调整步骤通过仅一个目标变量的变化就可以改变在渴望网格上邻近点当前的渴望水平. 上调步骤是目标变量的提高, 下调步骤是目标变量的下降. 创造和使用渴望适应水平是对有限理性理论的整合. 文章通过提供学习者经验和实践环节增加了意愿采纳和有限合理性的理解和特点. 利用DSA图排列CTSs和撰写TOP可以清晰和深化Selten的观点 "清晰, 意愿采纳必须作为研究的解决方案整合到整个蓝图中". 这些有限理性的研究许可了在现实生活中为什么, 如何作决策的理论和在自然的环境中利用启发式的学习训练两方面的发展. 本文中的练习鼓励根据不同使用目的学习快速而简洁的启发式技巧和原则. 这也正回应了Schank的思想 "从本质上来看, 教育不是让学生们知道发生了什么, 而是让他们感受到所发生的事情. 这不容易做到. 在如今的学校教育是没有情感的, 这是一个很大的问题". 这三个案例和附加的练习问题遵守了Schank的观点. "这种教育过程最好是通过参与他们其中来实现, 也可以这样认为, 精神层面的积极讨论".

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