• Title/Summary/Keyword: SP-domain

검색결과 211건 처리시간 0.025초

Cellulosimicrobium sp. YB-43의 mannanase B 유전자 클로닝과 특성 분석 (Molecular cloning and characterization of β-mannanase B from Cellulosimicrobium sp. YB-43)

  • 윤기홍
    • 미생물학회지
    • /
    • 제52권3호
    • /
    • pp.336-343
    • /
    • 2016
  • 두 종류의 mannanases를 생산하는 Cellulosimicrobium sp. YB-43로부터 mannanase 유전자를 클로닝하고 그 염기서열을 결정하였다. Mannanase 유전자는 manB로 명명되었으며, 427 아미노 잔기로 구성된 단백질을 코드하는 1,284개 염기로 구성되었다. ManB는 추론된 아미노산 배열에 근거해서 glycosyl hydrolase family 5에 속하는 mannanase와 상동성이 높은 활성영역과 함께 2개의 탄수화물 결합영역을 포함하고 있는 다영역 효소로 확인되었다. Cellulosimicrobium sp. YB-43의 manB 유전자를 함유한 재조합 대장균의 균체 파쇄상등액으로부터 정제된 ManB의 아미노 말단 배열이 QGASAASDG로 결정되었으며 이는 SignalP4.1 server로 그람 음성균을 기준으로 예측된 signal peptide의 결과와 정확하기 일치하였다. 정제된 ManB의 최적 반응조건은 $55^{\circ}C$와 pH 6.5-7.0이며 locust bean gum (LBG), konjac과 guar gum을 가수분해 하였으며, 셀룰로스, 자일란, 전분과 para-nitrophenyl-${\beta}$-mannopyranoside에 대해서는 분해활성이 없었다. ManB의 활성은 $Mg^{2+}$, $K^+$$Na^+$에 의해 약간 저해되었으며 $Cu^{2+}$, $Zn^{2+}$, $Mn^{2+}$과 SDS에 의해서는 크게 저해되었다. 또한 이 효소는 mannobiose 보다 큰 중합도를 갖는 만노올리고당을 가수분해하였으며, LBG와 만노올리고당을 가수분해하였을 때 mannobiose가 가장 많은 양으로 생성되었다.

압축영역에서 움직임 벡터의 재추정을 이용한 비디오 해석 기법 (Video analysis using re-constructing of motion vectors on MPEG compressed domain)

  • 김낙우;김태용;강응관;최종수
    • 대한전자공학회논문지SP
    • /
    • 제39권3호
    • /
    • pp.78-87
    • /
    • 2002
  • 본 논문은 MPEG 비디오에서 나타나는 여러 예측 형태의 움직임 벡터를 프레임 타입에 관계없이 단일 예측방향만을 갖도록 새롭게 추정하여 비디오 영상물의 분석에 직접적으로 활용하는 방안에 대해 제시하고 있다. 또한 재추정된 각 프레임에서의 움직임 벡터를 이용한 비디오 시퀀스 내에서의 객체 추출 및 추적 기법 등에 대해서도 새롭게 제안하였다. 제안된 알고리즘은 압축 영상에 대한 전체적인 복원과정을 거치지 않고, 압축 비디오 영역으로부터 쉽게 추출될 수 있는 매크로 블록 영역 상에서 수행되었으며, 실험 결과는 제안된 방법의 높은 성능을 잘 나타내어 주고 있다.

선형 보간법을 이용한 시간과 주파수 조합영역에서의 피치 추정 방법 (Pitch Estimation Method in an Integrated Time and Frequency Domain by Applying Linear Interpolation)

  • 김기출;박성주;이석필;김무영
    • 대한전자공학회논문지SP
    • /
    • 제47권5호
    • /
    • pp.100-108
    • /
    • 2010
  • 본 논문은 피치를 추출하는 방법으로 자기상관을 이용하였다. 시간과 주파수 영역의 자기상관은 서로 다른 특성을 가지고 있으며, 각각 피치주기와 기본주파수에 대응된다. 본 논문에서는 시간과 주파수 영역에서의 자기상관을 결합하는 방법을 이용하였다. 이 방법은 자기상관에서 발생하는 피치 doubling과 having 에러를 크게 개선시킬 수 있었다. 하지만, 시간과 주파수 영역에서 유성음의 주기적 특성인 피치주기와 기본주파수는 서로 역수 관계이며, 특히 기본주파수의 에러는 FFT의 분해능에 의하여 발생된다. 이러한 영향을 줄이기 위하여 시간 영역과 주파수 영역에서의 자기상관 결합에 보간법을 적용함으로써 피치 검출율을 향상 시킬 수 있었다. 자기상관을 결합할 때 시간영역에서 찾은 피치후보들에 대해서만 주파수영역의 자기상관을 구함으로써 계산량은 감축될 수 있었다. 또한, 선형보간을 이용하여 기존방법 보다 FFT 계수를 8배 줄일 수 있었다. 그 결과, FFT 연산량과 주파수영역의 자기상관 계산량을 크게 감축하여 기존 방법 대비 알고리즘 처리시간을 약 9.5배 줄일 수 있었다.

쑥뜸치료가 암환자의 심박변이도에 미치는 영향 (The Effects of Moxibustion on Heart Rate Variability in Cancer Patients)

  • 김옥희;최정은;윤정원;유화승
    • 대한암한의학회지
    • /
    • 제16권1호
    • /
    • pp.15-31
    • /
    • 2011
  • Objective : The study aims to investigate the effect of moxibustion treatments on autonomic nervous system function of cancer patients through the evaluation of heart rate variability (HRV) biofeedback testing. Materials and Methods : Six cancer patients from inpatient care unit of Dunsan Oriental Hospital, Daejeon University were given three moxibustion treatment sessions every other day over one week period on five Oriental Medicine meridian points CV4, CV6, CV12, KD1, and PC8. HRV biofeedback was conducted before and after each treatment sessions. Three areas of analyses were done from the test conducted; Time Domain Analysis, Frequency Domain Analysis and Autonomic Nervous System (ANS) balance analysis. Results : Time Domain Analysis has shown increased Standard Deviation of all Normal R-R Intervals (SDNN), and decreased Mean Heart Rate and Physical Stress Index (PSI) levels, with statistical significance (P<0.05). In Frequency Domain Analysis, series of moxa treatments have increased Total Power (TP), Very Low Frequency Oscillation Power (VLF), High Frequency Oscillation Power (HF), normalized HF values while decreasing Low Frequency Oscillation Power (LF), normalized LF and LF/HF ratio with statistical significance (P<0.05). The values of ANS activity, ANS balance, Stress resistance, Stress index, have also shown significant changes. For cardiac stability stroke volume power (SP) and Blood Vessel Tension (BVT) were followed, which were both increased after treatment. All changes were statistically significant (P<0.05). Conclusion : The results have shown a positive correlation between the moxibustion treatments and autonomic nervous system responses on cancer patients through the HRV biofeedback testing. This study suggests possible application of moxibustion treatments for managing ANS functions of cancer patients, although additional studies with larger population are necessary to confirm the data.

SAS 기법과 다중 스케일 인자를 이용한 웨이브릿 기반 프랙탈 영상압축 (Wavelet-Based Fractal Image Coding Using SAS Method and Multi-Scale Factor)

  • 정태일;강경원;문광석;권기용;김문수
    • 대한전자공학회논문지SP
    • /
    • 제38권4호
    • /
    • pp.335-343
    • /
    • 2001
  • 기존의 웨이브릿 기반 프랙탈 압축 방법은 전 영역에 대하여 최적의 정의역을 탐색하므로, 부호화 과정에서 많은 탐색시간이 소요되는 단점이 있다. 그래서 본 논문에서는 웨이브릿 변환영역에서 SAS(Self Affine System) 기법과 다중 스케일 인자를 이용한 웨이브릿 변환 기반 프랙탈 영상 압축 방법을 제안한다. 웨이브릿 기반 영역에서 정의역과 치역을 구성하고, 각각의 치역 블럭에 대해 모든 정의역 블럭을 탐색하는 것이 아니라, 정의역 탐색과정이 필요 없는 SAS 기법을 도입하여 공간적으로 같은 위치에 있는 상위 레벨 블록을 정의역으로 선택한다 그래서 부호화 과정에서 곱셈 계산량을 감소시켜 고속 부호화를 가능하게 한다. 그리고 SAS 기법의 단점인 화질이 떨어지는 단점을 개선하기 위해, 각 레벨별로 서로 다른 스케일 인자를 사 용하여 화질을 개선한다. 그 결과 화질에는 영향을 미치지 않고 부호화 시간과 압축률이 개선되고, 점진적 전송이 가능한 알고리듬을 제안한다.

  • PDF

Evaluation of ${\beta}$-1,4-Endoglucanases Produced by Bacilli Isolated from Paper and Pulp Mill Effluents Irrigated Soil

  • Pandey, Sangeeta;Tiwari, Rameshwar;Singh, Surender;Nain, Lata;Saxena, Anil Kumar
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제24권8호
    • /
    • pp.1073-1080
    • /
    • 2014
  • A total of 10 cellulase-producing bacteria were isolated from soil samples irrigated with paper and pulp mill effluents. The sequencing of 16S rRNA gene revealed that all isolates belonged to different species of genus Bacillus. Among the different isolates, B. subtilis IARI-SP-1 exhibited a high degree of ${\beta}$-1,4-endoglucanase (2.5 IU/ml), ${\beta}$-1,4-exoglucanase (0.8 IU/ml), and ${\beta}$-glucosidase (0.084 IU/ml) activity, followed by B. amyloliquefaciens IARI-SP-2. CMC was found to be the best carbon source for production of endo/exoglucanase and ${\beta}$-glucosidase. The ${\beta}$-1,4-endoglucanase gene was amplified from all isolates and their deduced amino acid sequences belonged to glycosyl hydrolase family 5. Among the domains of different isolates, the catalytic domains exhibited the highest homology of 93.7%, whereas the regions of signal, leader, linker, and carbohydrate-binding domain indicated low homology (73-74%). These variations in sequence homology are significant and could contribute to the structure and function of the enzyme.

Cloning and Characterization of a Gene Cluster for the Production of Polyketide Macrolide Dihydrochalcomycin in Streptomyces sp. KCTC 0041BP

  • Jaishy Bharat Prasad;Lim Si-Kyu;Yoo Ick-Dong;Yoo Jin-Cheol;Sohng Jae-Kyung;Nam Doo-Hyun
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제16권5호
    • /
    • pp.764-770
    • /
    • 2006
  • Dihydrochalcomycin (GERI-155), produced by Streptomyces sp. KCTC-0041BP isolated from Korean soil, is a 16-membered macrolide antibiotic consisting of two deoxysugar moieties at C-5 and C-20 positions of a branched lactone ring. The cloning and sequencing of a gene cluster for dihydrochalcomycin biosynthesis revealed a 63-kb nucleotide region containing 25 open reading frames (ORFs). The products of all of these 25 ORFs playa role in dihydrochalcomycin biosynthesis and self-resistance against the compounds synthesized. At the core of this cluster lies a 39.6-kb polyketide synthase (PKS) region encoding eight modules in five giant multifunctional protein-coding genes (gerSI-SV). The genes responsible for the biosynthesis of deoxysugar moieties, D-chalcose and D-mycinose, and their modification and attachment were found on either side of this PKS region. The involvement of this gene cluster in dihydrochalcomycin biosynthesis was confirmed by disruption of the dehydratase (DH) domain in module 3 of the PKS gene and by metabolite analysis.

Cloning and Characterization of a Multidomain GH10 Xylanase from Paenibacillus sp. DG-22

  • Lee, Sun Hwa;Lee, Yong-Eok
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제24권11호
    • /
    • pp.1525-1535
    • /
    • 2014
  • The xynC gene, which encodes high molecular weight xylanase from Paenibacillus sp. DG-22, was cloned and expressed in Escherichia coli, and its nucleotide sequence was determined. The xynC gene comprised a 4,419bp open reading frame encoding 1,472 amino acid residues, including a 27 amino acid signal sequence. Sequence analysis indicated that XynC is a multidomain enzyme composed of two family 4_9 carbohydrate-binding modules (CBMs), a catalytic domain of family 10 glycosyl hydrolases, a family 9 CBM, and three S-layer homologous domains. Recombinant XynC was purified to homogeneity by heat treatment, followed by Avicel affinity chromatography. SDS-PAGE and zymogram analysis of the purified enzyme identified three active truncated xylanase species. Protein sequencing of these truncated proteins showed that all had identical N-terminal sequences. In the protein characterization, recombinant XynC exhibited optimal activity at pH 6.5 and $65^{\circ}C$ and remained stable at neutral to alkaline pH (pH 6.0-10.0). The xylanase activity of recombinant XynC was strongly inhibited by 1 mM $Cu^{2+}$ and $Hg^{2+}$, whereas it was noticeably enhanced by 10 mM dithiothreitol. The enzyme exhibited strong activity towards xylans, including beechwood xylan and arabinoxylan, whereas it showed no cellulase activity. The hydrolyzed product patterns of birchwood xylan and xylooligosaccharides by thin-layer chromatography confirmed XynC as an endoxylanase.

RIA환경에서 SAML을 이용한 SSO에 관한 연구 (A SAML based SSO method in RIA environment)

  • 조동일;류성열
    • 정보처리학회논문지D
    • /
    • 제16D권5호
    • /
    • pp.809-816
    • /
    • 2009
  • 도메인 내부 시스템간의 인증 통합에만 초점이 맞추어져 있던 지금 까지의 SSO와는 다르게 SAML을 이용한 SSO는 기존 웹 환경에서 서로 다른 도메인 간의 인증을 지원할 수 있어, RIA에 적용되면 높은 시너지 효과를 기대할 수 있다. 하지만 SAML을 이용한 SSO에 관한 연구는 서버 간 인증 정보 교환에 대한 연구가 주를 이루고 있어, 클라이언트에서 많은 처리를 수행하는 RIA환경에 적용하기 위해서는 RIA와 SP, SP와 IDP 그리고 RIA와 IDP간의 통신 프로토콜의 정의에 관한 연구가 필요하다. 본 연구는 SAML을 RIA에 적용하기 위한 아키텍처를 제안하고 아키텍처 안에서의 통신 프로토콜을 정의하였다. 그리고 제안한 아키텍처를 실제 구현하여 RIA의 데이터 통신 프레임워크로 많이 사용되는 DWR에 적용하고 다른 SSO 솔루션과 비교하여 그 활용성을 확인하였다.

Bacterial Diversity of Culturable Isolates from Seawater and a Marine Coral, Plexauridae sp., near Mun-Sum, Cheju-Island

  • Lee, Jung-Hyun;Shin, Hyun-Hee;Lee, Deuk-Soo;Kwon, Kae-Kyung;Kim, Sang-Jin;Lee, Hong-Kum
    • Journal of Microbiology
    • /
    • 제37권4호
    • /
    • pp.193-199
    • /
    • 1999
  • Fifty-eight strains showing different colony morphological characteristics on various media were isolated from marine coral (Plexauridae sp.) and ambient seawater near Mun-Sum, Cheju-Island in 1998. Bacterial diversity was studies by phylogenetic analysis of the partial 16S rRNA gene sequences. All isolates representing the bacterial domain included affiliates of the high G+C (59%) and los G+C (3%) subdivision of Gram positive bacteria, and the alpha (33%) and gamma (5%) subdivision of the Proteobacteria. The 16S rDNA sequence similarity of the isolates was in the 88.3 to 100% range (average, 95.6%) to reported sequence data. In the comparison of the isolates from marine coarl and ambient seawater, more diverse groups belonging to ${\alpha}$-Proteobacteria were preferentially obtained from seawater.

  • PDF