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A bioinformatics approach to characterize a hypothetical protein Q6S8D9_SARS of SARS-CoV

  • Md Foyzur Rahman;Rubait Hasan;Mohammad Shahangir Biswas;Jamiatul Husna Shathi;Md Faruk Hossain;Aoulia Yeasmin;Mohammad Zakerin Abedin;Md Tofazzal Hossain
    • Genomics & Informatics
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    • 제21권1호
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    • pp.3.1-3.10
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    • 2023
  • Characterization as well as prediction of the secondary and tertiary structure of hypothetical proteins from their amino acid sequences uploaded in databases by in silico approach are the critical issues in computational biology. Severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus (SARS-CoV), which is responsible for pneumonia alike diseases, possesses a wide range of proteins of which many are still uncharacterized. The current study was conducted to reveal the physicochemical characteristics and structures of an uncharacterized protein Q6S8D9_SARS of SARS-CoV. Following the common flowchart of characterizing a hypothetical protein, several sophisticated computerized tools e.g., ExPASy Protparam, CD Search, SOPMA, PSIPRED, HHpred, etc. were employed to discover the functions and structures of Q6S8D9_SARS. After delineating the secondary and tertiary structures of the protein, some quality evaluating tools e.g., PROCHECK, ProSA-web etc. were performed to assess the structures and later the active site was identified also by CASTp v.3.0. The protein contains more negatively charged residues than positively charged residues and a high aliphatic index value which make the protein more stable. The 2D and 3D structures modeled by several bioinformatics tools ensured that the proteins had domain in it which indicated it was functional protein having the ability to trouble host antiviral inflammatory cytokine and interferon production pathways. Moreover, active site was found in the protein where ligand could bind. The study was aimed to unveil the features and structures of an uncharacterized protein of SARS-CoV which can be a therapeutic target for development of vaccines against the virus. Further research are needed to accomplish the task.

빈혈에 대한 보중익기탕 및 그 가미방의 효과: 체계적 문헌고찰과 메타분석 (Effects of Bojungikgi-tang and its modifications for Anemia: A Systematic Review and Meta-Analysis of Randomized Controlled Trials)

  • 김미경;한창호
    • 대한한의학회지
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    • 제44권2호
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    • pp.181-200
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    • 2023
  • Objectives: This study aimed to evaluate the efficacy and safety of Bojungikgi-tang (BJIG) and its modifications for patients with anemia. Methods: The subject of analysis of this study was a parallel design randomized controlled trial in which BJIG or its modifications was administered orally to patients who met the World Health Organization's anemia criteria and the efficacy and safety were prospectively measured. Electronic databases were searched to retrieve eligible literature published from 1 January 2000 to 12 February 2023. A meta-analysis was conducted, and the risk of bias (RoB) and level of evidence of the included studies was assessed using the Cochrane RoB 2 tool and GRADE method, respectively. Results: Five studies were included in the meta-analysis. When BJIG or its modifications was administered to anemia patients receiving conventional treatment, additional benefits compared to the non-administered group were found in terms of an increase in red blood cell count (mean difference (MD) 0.46 × 1012/L, 95% confidence interval (CI) 0.17 to 0.74), hemoglobin concentration (MD 9.28 g/L, 95% CI 6.06 to 12.51), hematocrit (MD 2.57%, 95% CI 1.76 to 3.38), total effective rate (odds ratio 5.29, 95% CI 2.05 to 13.68), and traditional Chinese medicine symptom scores (standardized MD -1.51, 95% CI -2.79 to -0.24). Conclusions: This study demonstrated the clinical potential of BJIG and its modifications to provide additional benefits to patients with anemia receiving conventional treatment.

자동절제 대장 용종의 임상 양상: 연소성 용종 및 멕켈 게실과의 비교 (Clinical Spectra of Auto-amputated Polyps: Comparison of Juvenile Polyps and Meckel's Diverticula)

  • 김재영;박재홍;최광해;최병호
    • Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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    • 제12권1호
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    • pp.10-15
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    • 2009
  • 목 적: 자동절제 용종의 임상적 특성을 알아보고 연소성 용종 및 멕켈 게실과의 임상 양상을 비교하였다. 방 법: 1999년 8월부터 2007년 7월까지 충남대학교 병원, 경북대학교병원, 부산대학교병원, 영남대학교병원, 부산성분도병원에 무통성 혈변으로 내원하여 자동절제 대장 용종, 연소성 용종 또는 멕켈 게실로 진단받은 환자를 대상으로 임상 양상, 일반혈액검사 결과, 진단 검사 등을 후향적으로 분석하였다. 결 과: 용종의 자동절제는 전체 연소성 용종 135예 중 14예(10.4%)로 모두 남아에서 있었다. 진단 시 나이는 자동절제 용종은 연소성 용종에 비해서는 2세 이하에서, 멕켈 게실에 비해서는 5세 이상에서 의미 있게 많았고, 연소성 용종은 다른 두 군에 비해서 2~5세에 의미 있게 많았다(p=0.042, 0.023, 0.005). 혈변의 양상은 자동절제 용종 군은 전례가 선혈변이었으며, 9예(57.3%)에서는 급작스럽게 일시적으로 선혈변이 증가하였다. 첫 혈변 발생 후 진단 시까지의 걸린 기간은 세군에서 의미 있는 차이는 없었으나, 7일 이내에 진단된 경우가 자동절제 용종 군과 멕켈 게실 군이 각각 9예(64.3%), 29예(65.9%)로 연소성 용종 군의 5예(4.1%)보다 의미 있게 많았다(p<0.001). 용종의 자동절제가 일어난 부위는 모두 직장과 S자 결장 사이였다. 평균 혈색소는 자동절제 용종 군 11.3${\pm}$1.5 g/dL, 연소성 용종군 11.8${\pm}$1.3 g/dL, 멕켈 게실 군 8.4${\pm}$1.2 g/dL로 멕켈 게실 군에서만 유의하게 낮았다(p<0.001). 혈색소가 10.0 g/dL 이하인 경우는 자동절제 용종 군 2예(35.7%), 연소성 용종 군 7예(5.8%), 멕켈 게실 군 31예(70.5%)로 멕켈 게실 군에서 의미 있게 많았다(p=0.001). 용종 군에서 대장내시경검사가 우선 시행된 경우는 자동절제 용종 군 9예(64.3%), 연소성 용종 군 87예(71.9%)였고, 멕켈 게실 군에서는 방사선동위원소촬영이 23예(52.3%)에서 먼저 시행되었다. 결 론: 1세 이상의 남아가 평소 혈변이 없거나 무통성으로 선혈이 군데군데 섞인 혈변이 간헐적으로 있다가 갑자기 일시적으로 변 전체가 선혈로 덮히는 직장출혈을 보이면서 혈색소 저하는 없을 때는 우선적으로 연소성 용종의 자동절제를 고려해 볼 수 있겠다.

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1967년 이후 한국(韓國)에서 치즈제품(製品)의 개발(開發)과 포장(包裝)의 변화(變化) 및 그 포장재(包裝材)의 생물학적(生物學的) 조사연구(調査硏究)-2 (Historical Investigation on Development of Produce and Packages or Physical Analysis of Packaging's Materials of Cheese in Korea since 1967-2)

  • 김덕웅
    • 한국포장학회지
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    • 제5권1호
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    • pp.30-36
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    • 1999
  • 1. 슬라이스 치즈용 복합필름의 두께는 일부 단체필름의 두께를 알수없어 총 두께로 나타냈음을 전제로 한다. K/PET 필름은 종횡 $9{\sim}20kg/mm^2$ 범위로, 일반 범용플라스틱 필름(PE, PP등)과 비교해보면 강도가 우수하다. 또 겉 포장용의 경우 $61.6{\mu}PVDC/PE/Al-vac/CPS,\;96.9{\mu}PE/PVDC/PE,\;79.3{\mu}PET/PVDC/L-LDPE,\;72.2{\mu}PET/PVDC/PE/Al-vac/PE$ 복합필름도 종횡 $4{\sim}10kg/15mm$범위로 외부로부터 보호하는데 매우 우수하다. 2. 치즈의 투습도에서 $40{\mu}PVDC$$15{\mu}K/PET$필름은 대략 $10g/m^2/24hr$정도로 습기 차단성이 일반 범용플라스틱 필름과 비교해보면 매우 우수하다. 또 겉포장용 복합필름으로 $61.6{\mu}PVOC/PE/Al-vac/CSP{\cdot}4.91<96.9{\mu}PE/PVDC/PE$$79.3{\mu}PET/PVDC/L-LDPE$$3.8<72.2{\mu}PET/PVDC/PE/Al-vac/PE\;0.41g/m^2{\cdot}24hr$로서 모두 차단성이 우수 하지만 특히 $72.2{\mu}PET/PVDC/PE/Al-vac/PE$ 필름이 가장 우수하므로 장기저장시 사용이 좋을 것으로 사료된다. 3. 치즈의 기체투과도에서 1) 산소투과도는 PVDC 필름은 $130cc/m^2{\cdot}24hr{\cdot}atm$로 K/PET 필름의 $19.9cc/m^2{\cdot}24hr{\cdot}atm$에 비해 약 6.5배로 가급적 K/PET필름의 사용이 요망된다. 그리고 겉포장용으로 $61.6{\mu}PVDC/PE/Al-vac/CPS\;25.3>96.9{\mu}PE/PVDC/PE\;15.3>79.3{\mu}PET/PVDC/L-LDPE\;13.4>72.2{\mu}PET/PVDC/Al-vac/PE\;1.81cc/m^2.24hr{\cdot}atm$ 복합필름에서 PET/PVDC/Al-vac/PE필름은 장기저장시 사용이 좋을 것으로 사료된다. 2) 질소가스 및 탄산가스투과도 각각 $61.6{\mu}PVDC/PE/Al-vac/CPS\;12.5,\;59.8>96.9{\mu}PE/PVDC/PE\;7.1,\;42.0>79.3{\mu}ET/PVDC/L-LDPE\;6.4,\;34.2>72.2{\mu}PET/PVDC/PE/Al-vac/PE\;0.74,\;4.2cc/m^2.24hr{\cdot}atm$으로 가장 우수한 PET/PVDC/PE/Al-vac/PE 복합필름이 장기저장용으로 이용이 좋을 것으로 사료된다.

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미역첨가 식이가 당뇨 유발쥐의 혈청지질과 혈당 및 항산화 효소에 미치는 영향 (Effects of Dietary Seaweed on Blood Glucose, Lipid and Glutathione Enzymes in Streptozotocin-Induced Diabetic Rats)

  • 조영자;방미애
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제33권6호
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    • pp.987-994
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    • 2004
  • 미역 첨가식이가 당뇨쥐의 당질과 지질대사 및 항산화효소계에 미치는 영향을 규명하기 위하여 SD계 흰쥐에 식이 무게량의 20% 미역 분말을 급여하여 7주간 실험 사육한 후 혈청의 포도당 및 지질농도와 주요 장기의 항산화효소의 활성도를 관찰하였다. 미역 당뇨군에서 미역의 섭취는 당뇨에 의한 체중감소 현상을 보였다. 당뇨군의 혈당 농도는 미역 섭취에 의한 혈당강하 효과는 2주 째에 나타났으나 7주 째는 보이지 않았다. 혈청지질중 총 콜레스테롤과 LDL-콜레스테롤은 변화가 없었으나 중성지방은 미역 당뇨군에서 감소하는 경향이고 HDL-콜레스테롤은 증가하는 경향으로 나타났다. 일반적으로 당뇨시 증가하는 신장의 G6Pase 활성도는 MD군에서 미역의 섭취에 의해 유의적(p<0.05)으로 감소했다. 대조군에서 증가된 간장의 GST 활성도는 미역 섭취에 의해 유의적(p<0.05)으로 감소했다. 간장의 GPX 활성도의 경우, 미역 섭취에 의해 증가하는 경향이었다. 간장의 GR 활성도는 미역 당뇨쥐에서 미역 섭취에 의해 감소하는 경향이나 신장에서는 상반되는 경향으로 나타났다. 간장의 TB-ARS는 미역 당뇨군에서 증가하는 경향이었다. 따라서 7주간의 미역첨가 섭취로 당뇨쥐의 고혈당이 강하되는 것은 2주에 나타났고 7주에는 관찰하지 못하였으나, 당뇨에 의한 산화적 스트레스로 인해 증가한 간장의 항산화 효소 활성도(GST)가 미역 섭취로 인해 저하됨으로써 미역의 섭취가 당뇨시 항산화적 반응을 제공할 수 있음을 유추할 수 있었다. 또한 중성지방이 감소하고 HDL-콜레스테롤의 증가하는 경향으로 심혈관계와 관련되는 당뇨합병증의 억제 가능성을 제시하였다.n)에서 Fe과 Mn 간의 길항작용으로 현저히 낮아졌다. 본 시험재배 조건별 Fe-함량의 변화는 white clover가 orchardgrass보다 상대적으로 더 큰 차이를 보였다. Mn-함량은 초종 간 큰 차이를 보였고 두 목초 공히 Mn을 함유한 조합시비로 크게 증가하였지만 이들 조합시비 간에는 차이가 경미하였다. 3. Mo-함량은 모든 경우 $T_6$ 6및 $T_7$ 에서 다소 높은 수준 이였다. $T_7$$T_6$ 에 비해서 Mo-함량이 다소 낮아졌다. Mo-과다피해는 B/Mo 비율의 조화 또는 B-시비를 통해서 경감되거나 방지할 수 있는 것으로 보였다. 모든 경우 white clover가 orchardgrass보다 B-함량이 높았고 $T_7$ 에서 B-함량이 크게 증가하였다. 혼파보다 단파재배에서 더 높았다. 처리구보다 더 높았으며 반면에 white clover는 가장 낮았다. 큰 요인을 형성하는 1차적 환경이 가정이라는 점에서 2000 가족과 함께 하는 창의성 경진대회는 창의성 축제의 한마당이었다고 감히 결론짓고자 한다.계시비 수준은 3회 예취구에서 558.9 kg $ha^{-1}\;yr^{-1}$, 4회 예취구에서 531.4 kg $ha^{-1}\;yr^{-1}$, 5회 예취구에서 546.3 kg $ha^{-1}\;yr^{-1}$ 이었으며, 이 때 얻어지는 최대 건물수량은 각각 18.4 ton, 12.7 ton, 10.6 ton $ha^{-1}$

배합 비율에 따른 황련과 황금의 혼합 전탕액 및 개별 전탕 혼합액 내 성분 함량 분석 (Quantitative analysis of the marker compounds in the decoctions of Coptis chinensis-Scutellaria baicalensis at different proportion produced by 'Mixed decoction' and 'Single decoction mixture')

  • 김한영;김정훈
    • 대한본초학회지
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    • 제35권3호
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    • pp.33-45
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    • 2020
  • Objective : The present study aimed to evaluate the change of the content of 7 active components in decoctions produced by various proportional pairs of Coptis chinensis Franch and Scutellaria baicalensis Georgi in 'Mixed decoction (MD)' and 'Single decoction mixture (SDM)'. Methods : The samples of MDs were prepared by decocting C. chinensis : S. baicalensis with the ratios of 10 g:10 g, 10 g:20 g, and 20 g:10 g. Those of SDMs were prepared by blending each single decoction from C. chinensis and S. Baicalensis with the ratios of 1:1, 1:2, and 2:1. The samples were evaluated by high-performance liquid chromatography with statistical analyses. Results : The analytical methods, which were optimized and validated, were reliably applied to present research. The content of all components in both MDs and SDMs at C. chinensis : S. baicalensis = 1:1 ratio were reduced compared with single herb decoction. The components from each compositional herb in MDs were proportionally increased with the ratio of original herb increased, but inversely proportional to paired herb. The contents of components in MDs were significantly lower than those in SDMs at all ratios, except for high content of baicalin at C. chinensis : S. baicalensis = 2:1. Conclusion : It was concluded that MDs and SDMs as well as the proportions of herbs could affect the contents of the components from original herbal medicines. These results provide the information for the quality control of herbal medicine combined C. chinensis with S. baicalensis.

PDA 푸쉬 서비스를 위한 보안 메시지 전송 시스템 구현 (Implementation of Security Message Transfer System for PDA Push Service)

  • 이정균;이기영
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2003년도 춘계학술발표논문집 (하)
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    • pp.1925-1928
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    • 2003
  • 음성과 데이터가 같이 사용될 수 없는 2.5G의 통신형 PDA를 위한 PUSH 서비스를 제안하였고, 이 PUSH 서비스와 이동 단말기의 특성을 고려한 보안 프로토콜을 현재 상용화된 알고리즘을 적절히 적용하여 구현하였다. 제안한 PUSH 서비스는 유선 인터넷 망과는 오프라인 상태인 음성 대기용 클라이언트 단말기와 망 접속 방식으로 SMS(short message service)를 이용하였으며, SMS 메시지 수신 후에는 단말기 상에서 SMS의 데이터를 분석하여 RAS(remote access service)를 통해 데이터 채널을 생성하여 서버측의 데이터가 PUSH 되도록 구현하였다. 보안 프로토콜은 통신횟수를 줄이기 위하여 비표 형식을 취했으며, SMS와 데이터의 2개의 채널을 가지는 2중 통신 방법을 이용하였다. 이를 위하여 보안 알고리즘 중 처리속도가 빠르고 적은 메모리 공간을 사용하는 SEED와 MD5 알고리즘을 사용하였으며, 더욱더 안전한 키 분배를 위하여 인증과 보안의 효과를 가지는 RSA알고리즘도 이용하였다.

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Analgesic, cytotoxic and antioxidant activities of Trewia polycarpa bark

  • Rahman, Md Shafiur;Sadhu, Shamir Kumar;Hasan, Choudhury Mahmud
    • Advances in Traditional Medicine
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    • 제6권2호
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    • pp.121-125
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    • 2006
  • The crude ethanol extract of the stem bark of Trewia polycarpa (Family: Euphorbiaceae) was subjected to acetic acid induced writhing inhibition, Brine Shrimp lethality bioassay and 1, 1-diphenyl-2-picryl hydrazyl free radical scavenging assay for screening of analgesic, cytotoxic and antioxidant activity respectively. The extract produced significant (P < 0.001) writhing inhibition in acetic acid induced writhing in mice at the dose of 125, 250 and 500 mg/kg body weight respectively, which were comparable to the standard drug diclofenac sodium. The extract showed significant lethality to Brine Shrimp and the $LC_{50}$ value was $8\;{\mu}g/ml$. The extract showed prominent free radical scavenging activity ($IC_{50}$ about ${\sim}10\;{\mu}g/ml$) compare to standard drug ascorbic acid ($IC_{50}about\;{\sim}15\;{\mu}g/ml$). The results tend to suggest that the crude ethanol extract of the bark might possess analgesic, cytotoxic and antioxidant activities or active constituent(s) responsible for the activities.

저장유통 조건에 따른 1,000 mL 카톤팩의 벌지현상 (Bulge Characteristics of 1,000 mL Carton Pak according to the Different Storage Conditions)

  • 박종대;정관섭
    • 한국식품저장유통학회지
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    • 제10권3호
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    • pp.293-296
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    • 2003
  • 저장온도에 따른 1,000 mL 카톤팩의 벌지를 측정하기 위하여 원지 board의 물성을 측정하고, 저장조건에 따라 벌지를 측정하였다. 카톤팩 원지의 함수율은 5.6~7.0%, stiffness는 MD(machine direction) 방향이 243.3~266.7 g/cm, CD(cross direction) 방향이 99.2~109.2 g/cm였다. 카톤팩 낱장의 중량은 29.17~31.26 g이었다. 6$^{\circ}C$에 저장하면서 벌지를 측정한 결과, 저장 7일 후 6.33~6.93 mm였다. 1$0^{\circ}C$에 저장하면서 벌지를 측정한 결과, 저장 7일 후 7.26~8.56 mm였다. 1$0^{\circ}C$에 저장하면서 매일 1시간씩 상온 shock 처리 후 벌지를 측정한 결과, 저장 7일 후 8.66 mm였다. 저장온도 조건에 따른 카톤팩의 벌지는 6$^{\circ}C$ < 1$0^{\circ}C$ < 1$0^{\circ}C$+상온 shock순으로 증가하였다. 따라서 벌지 예방의 최선책은 원지 및 카톤팩의 보관 및 관리 철저, 그리고 충전 후 냉장유통 과정에서 온도변화를 적게 해주는 것이라고 사료되며 본 실험결과가 카톤팩 벌지에 대한 최초의 연구보고라 생각된다.

EFFECT OF THE WATER-WALL INTERACTION POTENTIALS ON THE PROPERTIES OF AQUEOUS SOLUTIONS CONFINED WITHIN A UNIFORMLY CHARGED NANO-CHANNEL

  • Hoang, H.;Kang, S.;Suh, Y.K.
    • 한국전산유체공학회:학술대회논문집
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    • 한국전산유체공학회 2009년 춘계학술대회논문집
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    • pp.368-376
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    • 2009
  • Studies on the effect of the wall-ion, wall-water, water-ion and ion-ion interaction on properties of water and ions in nano-channels have been performed through the use of different kinds of ions or different models of potential energy between wall-ion or wall-water. On this paper, we address the effect of water-wall interaction potential on the properties of confined aqueous solution by using the molecular dynamics (MD) simulations. As the interaction potential energies between water and wall we employed the models of the Weeks-Chandler-Andersen (WCA) and Lennard-Jones (LJ). On the MD simulations, 680 water molecules and 20 ions are included between uniformly charged plates that are separated by 2.6 nm. The water molecules are modeled by using the rigid SPC/E model (simple point charge/Extended) and the ions by the charged Lennard-Jones particle model. We compared the results obtained by using WCA potential with those by LJ potential. We also compared the results (e.g. ion density and electro-static potential distributions) in each of the above cases with those provided by solving the Poisson-Boltzmann equation.

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