• 제목/요약/키워드: Reverse transcriptase polymerase chain reaction

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Effects of Wogonin, a Plant Flavone from Scutellaria Radix, on Skin Inflammation:In Vivo Regulation of Inflammation-associated Gene Expression

  • Chi, Yeon-Sook;Lim, Hyun;Park, Hae-Il;Kim, Hyun-Pyo
    • 대한약학회:학술대회논문집
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    • 대한약학회 2003년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2-2
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    • pp.155.3-156
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    • 2003
  • Flavonoids from plant origin show anti-inflammatory activity in vitro and in vivo. In addition to inhibition of inflammation-associated enzymes such as cyclooxygenases and lipoxygenases, they have been found to regulate the expression of inflammation-associated proteins from in vitro experiments. In order to prove in vivo behavior and the potential for beneficial use against inflammatory skin disorders, the effect of wogonin (5,7-dihydroxy-8-methoxyflavone) on in vivo expression of several inflammation-associated genes was examined in the intact as well as in the inflamed mouse skin by reverse transcriptase-polymerase chain reaction analysis. (omitted)

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2019 Novel Coronavirus (COVID-19) Pneumonia: Serial Computed Tomography Findings

  • Jiangping Wei;Huaxiang Xu;Jingliang Xiong;Qinglin Shen;Bing Fan;Chenglong Ye;Wentao Dong;Fangfang Hu
    • Korean Journal of Radiology
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    • 제21권4호
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    • pp.501-504
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    • 2020
  • From December 2019, Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pneumonia (formerly known as the 2019 novel Coronavirus [2019-nCoV]) broke out in Wuhan, China. In this study, we present serial CT findings in a 40-year-old female patient with COVID-19 pneumonia who presented with the symptoms of fever, chest tightness, and fatigue. She was diagnosed with COVID-19 infection confirmed by real-time reverse-transcriptase-polymerase chain reaction. CT showed rapidly progressing peripheral consolidations and ground-glass opacities in both lungs. After treatment, the lesions were shown to be almost absorbed leaving the fibrous lesions.

Halo, Reversed Halo, or Both? Atypical Computed Tomography Manifestations of Coronavirus Disease (COVID-19) Pneumonia: The "Double Halo Sign"

  • Antonio Poerio;Matilde Sartoni;Giammichele Lazzari;Michele Valli;Miria Morsiani;Maurizio Zompatori
    • Korean Journal of Radiology
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    • 제21권10호
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    • pp.1161-1164
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    • 2020
  • The epidemic of 2019 novel coronavirus, later named as coronavirus disease (COVID-19), began in Wuhan, China in December 2019 and has spread rapidly worldwide. Early diagnosis is crucial for the management of the patients with COVID-19, but the gold standard diagnostic test for this infection, the reverse transcriptase polymerase chain reaction, has a low sensitivity and an increased turnaround time. In this scenario, chest computed tomography (CT) could play a key role for an early diagnosis of COVID-19 pneumonia. Here, we have reported a confirmed case of COVID-19 with an atypical CT presentation showing a "double halo sign," which we believe represents the pathological spectrum of this viral pneumonia.

인간치수세포에 Mineral Trioxide Aggregate와 수산화칼슘 제재 적용 시 유전자 발현 양상 비교 (Comparison of gene expression profiles of human dental pulp cells treated with mineral trioxide aggregate and calcium hydroxide)

  • 김용범;손원준;이우철;금기연;백승호;배광식
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제36권5호
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    • pp.397-408
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    • 2011
  • 연구목적: 이 연구에서는 mineral trioxide aggregate 제재인 white ProRoot MTA (wMTA)와 수산화칼슘 제재인 Dycal을 인간치수세포에 적용한 후 치수세포의 분화와 증식, 석회화, 신생혈관형성(angiogenesis) 그리고 염증에 관여하는 유전자들의 발현 변화를 비교하였다. 연구 재료 및 방법: 실험군은 wMTA와 Dycal을 테플론 튜브(내경 10 mm, 길이 1 mm)에 담아 4시간 경화시킨 후 일차세포배양한 인간치수세포에 적용하였고, 대조군은 빈 튜브만을 적용하였다. 3시간, 6시간, 9시간, 24시간 후 total RNA를 추출하고 oligonucleotide microarray 방법을 통하여 유전자 발현 양상을 분석하였다. 위의 결과를 역전사 중합효소 연쇄반응(reverse transcriptase polymerase chain reaction)으로 재확인하였다. 결과: wMTA를 적용한 실험군에서 24,546개의 유전자 중 43개 유전자의 발현이 2배 이상 증가하였으며(예. BMP2, FOSB, THBS1, EDN1, IL11, COL10A1, TUFT1, HMOX1) 25개 유전자의 발현이 50% 이하로 감소하였다(예. SMAD6, TIMP2, DCN, SOCS2, CEBPD, KIAA1199). Dycal을 적용한 실험군에서 239개 유전자의 발현이 2배 이상 증가하였으며(예. BMP2, BMP6, SMAD6, IL11, FOS, VEGFA, PlGF, HMOX1, SOCS2, CEBPD, KIAA1199) 358개 유전자의 발현이 50% 이하로 감소하였다(예. EDN1, FGF). 결론: wMTA를 적용한 치수세포에서는 분화와 증식 그리고 석회화에 관여하는 유전자들의 변화가 관찰되었다. Dycal을 적용한 치수세포에서는 분화와 증식 그리고 신생혈관형성에 관여하는 유전자들의 변화가 관찰되었다. 또 Dycal이 염증에 관여하는 유전자들을 더 많이 발현시키는 양상을 보였다.

Utility of a multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction assay (HemaVision) in the evaluation of genetic abnormalities in Korean children with acute leukemia: a single institution study

  • Kim, Hye-Jin;Oh, Hyun Jin;Lee, Jae Wook;Jang, Pil-Sang;Chung, Nack-Gyun;Kim, Myungshin;Lim, Jihyang;Cho, Bin;Kim, Hack-Ki
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제56권6호
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    • pp.247-253
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    • 2013
  • Purpose: In children with acute leukemia, bone marrow genetic abnormalities (GA) have prognostic significance, and may be the basis for minimal residual disease monitoring. Since April 2007, we have used a multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction tool (HemaVision) to detect of GA. Methods: In this study, we reviewed the results of HemaVision screening in 270 children with acute leukemia, newly diagnosed at The Catholic University of Korea from April 2007 to December 2011, and compared the results with those of fluorescence in situ hybridization (FISH), and G-band karyotyping. Results: Among the 270 children (153 males, 117 females), 187 acute lymphoblastic leukemia and 74 acute myeloid leukemia patients were identified. Overall, GA was detected in 230 patients (85.2%). HemaVision, FISH, and G-band karyotyping identified GA in 125 (46.3%), 126 (46.7%), and 215 patients (79.6%), respectively. TEL-AML1 (20.9%, 39/187) and AML1-ETO (27%, 20/74) were the most common GA in ALL and AML, respectively. Overall sensitivity of HemaVision was 98.4%, with false-negative results in 2 instances: 1 each for TEL-AML1 and MLL-AF4. An aggregate of diseases-specific FISH showed 100% sensitivity in detection of GA covered by HemaVision for actual probes utilized. G-band karyotype revealed GA other than those covered by HemaVison screening in 133 patients (49.3%). Except for hyperdiplody and hypodiploidy, recurrent GA as defined by the World Health Organizationthat were not screened by HemaVision, were absent in the karyotype. Conclusion: HemaVision, supported by an aggregate of FISH tests for important translocations, may allow for accurate diagnosis of GA in Korean children with acute leukemia.

Microarray 분석을 이용한 유채 종자성숙단계별 유전자 발현 양상 (Gene Expression Profiling of Oilseed Rape Embryos Using Microarray Analysis)

  • 노경희;박종석;김종범;김현욱;이경렬;김순희
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제55권4호
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    • pp.227-234
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    • 2012
  • 유채 종자 성숙단계별 변화하는 종자의 특성을 살펴본 결과, 개화 후 25일된 미성숙 종자에서 지방산 생성이 관찰되기 시작하였으며, 개화 후 35일된 미성숙 종자에서 지방산 생성이 거의 최고치에 달하는 것을 관찰하였으며, 이 때 백립중이 406 mg으로 가장 무거웠다. 유채 300k Microarray를 이용하여 유채 종자 성숙단계별 발현되는 유전자의 발현양상을 살펴보았다. 유채 300k Microarray는 NCBI에 등록되어 있는 543,448개의 ESTs와 780개의 cDNA정보를 군집 분석하여 80,696개의 유전자정보를 얻어 제작되었다. 개화 후 10, 25, 그리고 35일된 종자에서 total RNA를 분리하여 유채 300k Microarray 실험을 수행한 결과, 약 7,000개의 유전자에 해당하는 8.5%가 잎에 비해 종자(25DAF)에서 발현 양이 2배 이상 증가됨을 알 수 있었고, 10배 이상 증가하는 유전자 비율도 0.4%에 해당하였다. 종자 특이 발현 유전자의 발현양상을 보면, 초기에는 저장 및 세포분화 관련 유전자들의 발현 양이 높게 나타난 반면, 후기에는 지방산 대사 관련 유전자를 포함한 에너지 축적 관련 유전자들의 발현 양이 높게 나타나는 것을 관찰 할 수 있었으며, reverse transcriptase-polymerase chain reaction을 통해서 이를 확인하였다. 본 실험 결과는 종자 특이 발현 프로모터를 발굴하거나 특정 대사 기작 연구에 관여하는 유전자 발현 양상을 광범위하게 살펴봄으로써 좀 더 심도 있는 연구를 할 수 있는 기초자료를 제공하는데 많은 도움이 될 거라 사료된다.

Mineral Trioxide Aggregate(MTA)에 의한 치수세포의 유전자 발현변화 (Gene Expression of Exposure to Mineral Trioxide Aggregate(MTA) on Dental Pulp Cells)

  • 최유석;이난영;이상호
    • 대한소아치과학회지
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    • 제35권1호
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    • pp.30-38
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    • 2008
  • 치아 치수 세포는 치아 손상에 따르는 병리적인 상황에서 골과 상아질 기질을 형성하는 능력을 가진 것으로 생각된다. 본 연구에서는 MTA가 사람 치수세포의 성장에 미치는 영향과 상아질 형성에 관여하는 유전자의 발현을 유도하는지를 알아보고자 하였다. 또한 상아질 형성의 잠재적 지표인 alkaline phosphatase(ALP) activity에 미치는 영향을 평가하였다. 유전자 발현 검사를 위해 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I collagen, alkaline phosphatase, osteonectin(SPARC), and dentin sialoprotein primer set을 이용하여 MTA 처리 2일과 4일 후 reverse transcriptase polymerase chain reaction(RT-PCR)을 시행하였다. cell viability assay(세포 생존력 측정) 에서 5일간 MTA에 노출된 치수 세포의 비율이 대조군보다 높았다. 대조군에 비해 MTA를 처리한 군에서 ALP와 SPARC가 증가되었다. 이상의 결과를 종합하여 보면, 이 연구에 사용한 dental pulp culture system은 MTA를 포함한 치과재료의 처리 후 치수세포의 성장과 분화 그리고 상아질 형성 유도 기전을 연구하는 데 유용한 모델로 사용할 수 있다. MTA 처리는 사람 치수세포에 세포독성을 유도하지 않으며, ALP 활성도와 유전자 발현 그리고 osteonectin (SPARC) 유전자 발현을 증가시켜 수복상아질을 형성할 것으로 사료된다.

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위암에서 CK20과 CEA의 RT-PCR을 이용한 수술조작 전후 유출 정맥과 복막에서의 미세전이의 검출 (Use of RT-PCR for CK20 and CEA mRNA to Detect of Micrometastasis in the Draining Venous Blood and the Peritoneum in Gastric Cancer Patients)

  • 주재균;이지희;고양석;김정철;류성엽;김동의;김영진
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제3권3호
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    • pp.128-133
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    • 2003
  • Purpose: The benefits of the 'no-touch' isolation techniquethat is usually performed to prevent the circulation of tumor cells are not evident. The aim of this study was to determine whether the no-touch isolation technique for treating gastrointestinal cancers could prevent the circulation of tumor cells detected by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). Matrials and Methods: By using RT-PCR to amplify mRNAs for two specific epithelial markers, carcinoembryonic antigen (CEA) and cytokeratin 20 (CK-20), we examined 34 gastric cancer patients who had been histologically diagnosed and 22 patients had undergone serosal and peritoneal brushing. Results: In 10 ($29.4\%$) of the 34 gastric cancer patients, we detected CK20 mRNA before manipulation, and in 17 ($51.5\%$) of those patients, after we detected it. The density of the CK20 mRNA band was increased in 11 cases ($33.3\%$) and the density was decreased in 2 cases ($6.1\%$). In 16 ($48.5\%$) of the 34 gastric cancer patients, we detected CEA mRNA before manipulation, and in 17 ($51.5\%$) patients after we detected it. The density of the CEA mRNA band was increased in 8 cases ($24.2\%$) and decreased in 3 cases ($9.1\%$). Conclusion: These result suggest that the ' no-touch isolation technique ' might be useful when operating on advanced gastric cancer patients and that serosal or Douglas pouch brushing can be used to determine the status of micrometastasis.

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2015년부터 2018년까지 일개 이차병원에서 동정된 소아 급성 위장염 원인 병원체의 분자진단과 역학의 임상적 연구 (Molecular Detection and Epidemiology of Etiologic Agents among Children with Acute Gastroenteritis at a Secondary Hospital from 2015 to 2018)

  • 김영상;정주영
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제27권2호
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    • pp.90-101
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    • 2020
  • 목적: 급성 위장염의 대부분의 경우 원인 병원체가 확인되지 않는다. 최근 들어 발달한 multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) 검사는 장염 병원체 검출에 도움을 줄 수 있다. 이 연구는 multiplex RT-PCR을 이용해, 소아 장염환자에서 병원체의 역학을 조사하고자 하였다. 방법: 2015년 5월부터 2018년 6월까지 대한민국 서울의 2차병원에서 급성 위장염으로 진단받은 소아 환자의 대변에서 병원체를 확인하기 위해 multiplex RT-PCR 검사를 시행하였다. 결과: 바이러스 병원체에 대한 1,366개의 대변 검체 중, 483개(35.3%)에서 1개 이상의 병원체가 분리되었다. A군 로타바이러스는 106건(7.8%)에서 확인되었으며, 양성률은 3.0% (8/263)에서 16.7% (48/288)까지 매년 증가했다(P<0.001). 노로바이러스 GII는 가장 흔한 바이러스성 병원체였고(263/1366, 19.3%), 3년간 양성률은 증가하지 않았다. 세균성 병원체에 대한 304개의 대변 검체 중 캄필로박터(32/304, 10.5%)는 가장 흔한 세균성 병원체였으며, 그 다음으로 Clostridium difficile (toxin B) (22/304, 7.2%), 살모넬라균(17/304, 5.6%)이었다. 이 균들의 양성률은 연구기간 동안 증가하지 않았다. 결론: 로타바이러스 백신 도입 이후 노로바이러스 GII가 소아 장염에서 주요한 병원체였지만, 연구기간 동안 로타바이러스 감염 환자가 증가했고, 특히 2018년에는 급증했다. 따라서 새로운 로타바이러스 균주의 등장 가능성을 포함한 추가 연구가 필요하다. 캄필로박터는 소아 세균성 장염의 주요 원인이며, 적절한 치료를 위해 이 균의 임상적 특성을 고려하고 지속적 감시가 필요하겠다.

포도 VIASR 유전자 프로모터의 분리 및 발현 분석 (Cloning and Expression Analysis of a Grape asr gene, VlASR Containing a Promoter Region.)

  • 길준영;피재호
    • 생명과학회지
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    • 제17권8호통권88호
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    • pp.1157-1165
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    • 2007
  • 포도 ASR (VvMSA) 단백질은 hexose transporter 유전자 VvHT1의 전사를 조절하는 조절 인자 중의 하나로서 sugar 및 abscisic acid (ABA) 신호에 의해 발현이 유도된다. 본 연구진은 ACP RT-PCR (annealing control primer reverse transcriptase-polymerase chain reaction) 방법을 이용하여 포도 과실발달 과정에서 조절되는 유전자 중 VvMSA와 동일한 cDNA (VlASR)를 클로닝하였다. 이 유전자는 착과 시기에 발현되기 시작하여 과실이 발달하면서 점점 증가하여 착과 후 10 주에 가장 많이 발현되며, 숙기 후반에는 도리어 발현양이 감소하였다. 포도 asr 유전자의 조절기작을 밝히기 위해, 이 유전자의 genomic clone을 분리하였다. 총 1375 bp로 이루어진 이 유전자 절편에는 open reading frame과 100 bp의 intron을 포함하고 있다. 약 600 bp 길이의 프로모터 내에는 sugar 신호전달과 연관이 있는 것으로 알려진 sugar box(sucrose box 3 +sucrose response box 1)가 있다. 프로모터 절편을 reporter 유전자와 연결하여 Arabidopsis에 도입하고 형질전환체를 분석한 결과, reporter 유전자는 sucrose 처리와 상관없이 항상 발현되었다. 이러한 결과는 포도에서 보고된 ASR/VvHT1를 매개로 하는 sugar/ABA 신호전달계가 asr 유전자가 없는 Arabidopsis에서는 작동되지 않음을 시사하고 있다.