• International Journal of Oral Biology
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• 제44권3호
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• pp.96-100
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• 2019

The purpose of this study was to develop Peptoniphilus mikwangii-specific quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) primers based on the 16S ribosomal RNA (16S rDNA) gene. The specificity of the primers was determined by conventional PCR using 29 strains of 27 oral bacterial species including P. mikwangii. The sensitivity of the primers was determined by qPCR using the purified genomic DNA of P. mikwangii KCOM $1628^T$ (40 ng to 4 fg). The data showed that the qPCR primers (RTB134-F4/RTB134-R4) could detect P. mikwangii strains exclusively and as little as 40 fg of the genomic DNA of P. mikwangii KCOM $1628^T$. These results suggest that the developed qPCR primer pair can be useful for detecting P. mikwangii in epidemiological studies of oral bacterial infectious diseases.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권5호
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• pp.630-636
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• 2013

Recently, there has been a growing body of evidence showing that cellular microRNAs (miRNAs) are involved in virus-host interactions. Numerous studies have focused on analyses of the expression profiles of cellular miRNAs, but the expression patterns of Dicer, which is responsible for the generation of miRNAs, have only rarely been explored in Gallus gallus. We developed a duplex real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for the relative quantification of the mRNAs of Dicer and ${\beta}$-actin in G. gallus. To apply this method, the expression of Dicer in avian cells after infection with avian leukosis virus subgroup J (ALV-J) was detected using our established duplex real-time RT-PCR. The duplex real-time RT-PCR assay is sufficiently sensitive, specific, accurate, reproducible, and cost-effective for the detection of Dicer in G. gallus. Furthermore, this study, for the first time, demonstrated that ALV-J can induce differential expression of Dicer mRNA in the ALV-J-infected cells.

• Korean Journal of Radiology
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• 제21권7호
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• pp.925-928
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• 2020

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제33권6호
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• pp.537-544
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• 2008

세균의 검출에 있어서 polymerase chain reaction (PCR) 방법은 기존의 plate counting과 달리 빠르게 세균을 검출할 수 있다. 하지만 세균이 죽은 후에도 DNA는 장기간 존재할 수 있기 때문에, DNA에 기초한 분석은 살아있는 세균과 죽은 세균을 구분할 수 없다. 최근에 DNA extraction전에 propidium monoazide (PMA)를 처리하여 살아있는 세균만 선택적으로 검출하는 방법이 제시되었다. PMA는 손상된 세포막만 통과하여 죽은 세포의 DNA와 빛 노출 하에서 결합하여 PCR이 증폭되는 것을 막는다. Enterococcus faecalis는 근관치료의 실패에 있어서 중요한 원인이 되는 세균으로 제시되어 왔다. 그리고 chlorhexidine (CHX)은 E. faecalis의 제거에 있어서 효과적인 약제임이 밝혀졌다. 이번 실험의 목적은 세균 수의 측정에 있어서, PMA 처리와 real-time PCR 방법의 적용 가능성을 기존의 plate counting과 비교하여 알아보는 것이다. 또한 E. faecalis에 대한 2% CHX의 살균 효과를 PMA 처리 후 real-time PCR 방법을 사용하여 알아보는 것이다. 실험 방법으로 먼저 살아있는 세균과 죽은 세균을 다른 비율로 섞어서 PMA를 처리한 후 real-time PCR을 시행하여 PMA가 빛 노출 하에서 죽은 세균의 DNA와 결합하는 효과를 나타내는지 알아보았다. 다음으로 PMA 처리 후 realtime PCR 방법을 이용하여 살아있는 세균의 양을 측정한 것을 plate counting으로 얻은 CFU와 비교하였다. 마지막으로 2% CHX의 처리시간을 다르게 하였을 때 E. faecalis에 대한 살균 효과를 PMA 처리 후 real-time PCR 방법을 사용하여 알아보았다. 실험 결과로 살아있는 E. faecalis의 비율이 감소할수록 Ct value는 증가하였다. 그리고 PMA 처리 후 real-time PCR 방법을 이용하여 세균의 양을 측정한 것과 plate counting으로 얻은 CFU 사이에는 Optical density (OD) 값이 1.0일 때까지는 상관관계가 있었다. 하지만 OD 값이 1.5일 때는, PMA를 처리한 후 real-time PCR을 시행했을 때 측정된 살아있는 세균의 양이 감소하였음에 반해서 plate counting에 의한 CFU는 계속 증가하였다. 마지막으로 2% CHX을 오래 적용할수록 살아있는 E. faecalis의 상대적인 양이 감소하는 것을 PMA 처리와 real-time PCR 방법을 이용해 확인하였다.

• 한국군사과학기술학회지
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• 제12권2호
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• pp.228-235
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• 2009

We synthesized glycidyl azide monomer(GAM) as a monomer for polymerization of glycidy azide polymer(GAP) which is a promising energetic prepolymer for a plastic-bonded explosive. Using quantitative real-tim in-situ infrared(in-situ IR) spectroscopy, kinetic study on the cationic ring opening polymerization of GAM was carried out. The reaction rate was obtained from monitoring the change of ether C-O stretching band($1050cm^{-1}$) in series IR spectra. The reaction was in accordance with the first-order reaction law for each of reaction temperature at 100/1 mole ratio of [GAM]/[$BF_3*etherate$]. In the ring opening polymerization of GAM, with ratio of [GAM]/[$BF_3*etherate$] to equal 100/1 at various temperature, the activation parameters obtained from the evaluation of kinetic data were ${\Delta}H^*$=14.34kcal/mol, ${\Delta}S^*=-12.31cal/mol{\cdot}K$ and $E_a$=14.89kcal/mol.

• 한국축산식품학회지
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• 제31권6호
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• pp.851-857
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• 2011

This study was conducted to develop a real time reverse transcriptase-PCR (RT-PCR) method for the detection of viable Enterobacteriaceae in milk using primers based on the genes of ribosomal proteins S11 and S13 and to determine effects of heating and subsequent treatments on the threshold cycle (Ct) of the real time RT-PCR. Total RNA was isolated from 17 strains of bacteria including 11 strains of Enterobacteriaceae suspended in milk using a modified Tri reagent method. SYBR Green Master Mix was added to the RNA and the mixture was subjected to the real time RT-PCR. The Cts of eleven type strains of the Enterobacteriaceae in milk ($10^7$ cells) in the real time RT-PCR ranged from 21.5 to 24.6. However, the Cts of Pseudomonas fluorescens, Acinetobacter calcoaceticus, and three gram-positive bacteria were more than 40. The real time RT-PCR detected as low as $10^3$ cells in agarose gel electrophoresis. The Cts increased from 22.0 to 34.2 when milk samples contaminated with Escherichia coli ($10^7$ cells/mL) were heated at $65^{\circ}C$ for 30 min. In addition, subsequent incubation at $37^{\circ}C$ for 6 and 24 h increased the Cts further up to 36.2 and 37.2, respectively. Addition of RNase A to the bacterial suspension obtained from the heated milk and subsequent incubation at $37^{\circ}C$ for 1 h increased the Cts to more than 40. The results of this study suggests that pretreatment of bacterial cells heated in milk with RNase A before RNA extraction might enhance the ability to differentiate between viable and dead bacteria using real time RT-PCR.

• 미생물학회지
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• 제47권1호
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• pp.87-91
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• 2011

본 연구에서는 분말 식품에서 real-time PCR과 배지배양법을 사용하여 Cronobacter spp.를 검출하는 방법이 비교검증 되었다. 조제분유, 이유식, 미숫가루에 Cronobacter를 인위적으로 접종시킨 후, 식품공전의 방법에 따라 멸균증류수와 Enterobacteriaceae enrichment (EE) broth에서 각각 1, 2차 증균배양 하였으며, Druggan-Forsythe-Iversen에 선택배양하여 Cronobacter를 검출하였다. Real-time PCR은 멸균증류수 및 EE broth에서 1 ml을 채취한 후 DNA를 추출하여 시행하였다. 실험결과 모든 식품에서 배지배양법과 real-time PCR간에는 통계학적 유의차가 존재하지 않았다(p>0.05). 한편 모든 실험회차에서 real-time PCR 수행 시, 1차 증균액인 멸균증류수에서의 양성검출율이 2차 증균액인 EE broth에서보다 높았는데, 이는 2차 증균액 내의 구성성분 중 일부분이 real-time PCR의 반응을 저해했기 때문으로 사료된다. 연구결과를 종합해 볼 때, 1차 증균 후, real-time PCR을 통해 Cronobacter를 검출하는 방법은 정확한 민감도를 보이면서도 시간과 노동력을 절감할 수 있는 효과적인 방법으로 사료된다.

• 센서학회지
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• 제14권5호
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• pp.337-342
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• 2005

A silicon-based micro-reactor to amplify small amount of deoxyribonucleic acid (DNA) has been fabricated using micro-electro-mechanical systems (MEMS) technology. Polymerase chain reaction (PCR) of DNA requires a precise and rapid temperature control. A Pt sensor is integrated directly in the chamber for real-time temperature measurement and an infrared lamp is used as external heating source for non-contact and rapid heating. In addition to the real-time temperature sensing, PCR needs a rapid thermocycling for effective PCR. For a fast thermal response, the thermal mass of the reactor chamber is minimized by removal of bulk silicon volume around the reactor using double-side KOH etching. The transparent optical property of silicon in the infrared wavelength range provides an efficient absorption of thermal energy into the reacting sample without being absorbed by silicon reactor chamber. It is confirmed that the fabricated micro-reactor could be heated up in less than 30 sec to the denaturation temperature by the external infrared lamp and cooled down in 30 sec to the annealing temperature by passive cooling.

• 치위생과학회지
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• 제24권2호
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• pp.97-106
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• 2024

Background: Periodontitis and peri-implantitis are diseases caused by pathogenic microorganisms that cause tissue damage and alveolar bone destruction resulting in the loss of teeth and implants. Due to the biological differences in the tissues surrounding the implants, peri-implantitis progresses more rapidly and intensely than periodontitis, underscoring the importance of understanding the characteristics and interactions of pathogenic bacteria. This study aimed to quantitatively analyze the pathogenic microorganisms associated with periodontitis and peri-implantitis in Korean patients and evaluate the correlation between these bacteria. Methods: A total of 98 (52 males and 46 females) were randomly selected and classified into three groups (healthy group [HG]=25; periodontitis group [PG]=31; and peri-implantitis group [PIG]=42). The relative expression levels of 11 pathogenic microorganisms collected from the gingival sulcus fluid were determined using multiplex real-time polymerase chain reaction. Results: Eikenella corrodens, Fusobacterium nucleatum, and Prevotella nigrescens were highly prevalent in the HG, PG, and PIG patients. The results of the relative quantitative analysis of microorganisms showed that all bacteria belonging to the green, orange, and red complexes were significantly more abundant in the PG and PIG than in the HG (p<0.05). Porphyromonas gingivalis in the red complex showed a positive correlation with all microorganisms in the orange complex (p<0.05). Campylobacter rectus in the orange complex showed a significant positive correlation with all microorganisms in the red complex, and with F. nucleatum, P. nigrescens, Prevotella intermedia, and Eubacterium nodatum (p<0.05). Conclusion: P. gingivalis, C. rectus, and F. nucleatum exhibit strong interactions. Removing these bacteria can block complex formation and enhance the prevention and treatment of periodontitis and peri-implantitis.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제34권2호
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• pp.135-139
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• 2019

식품에 존재하는 병원균을 신속검출하기 위한 방법으로 LAMP와 real-time PCR 방법을 비교 평가 하였다. S. Typhimurium, L. monocytogenes, C. sakazakii의 3종에 대해 식품공전에서 권고하는 식품 종류를 선별하여 민감도를 분석하였다. S. Typhimurium에서는 11종의 식품(햄, 닭가슴살, 계란, 돼지고기, 소고기, 오리고기, 액상음료, 샐러드, 콘프레이크, 초콜릿, 사료)중 4종(햄, 돼지고기, 시리얼, 사료)에서 LAMP보다 real-time PCR에서 검출 민감도가 10배 이상 더 높았고, 6종(닭가슴살, 계란, 소고기, 오리고기, 음료, 샐러드)에서는 real-time PCR과 비슷한 수준을 그리고 초콜릿에서는 real-time PCR로는 검출되지 않았으며 LAMP로만 검출되는 결과가 나타났다. L. monocytogenes와 C. sakazakii에서는 9종 모두에서 LAMP보다 real-time PCR에서 검출 민감도가 더 높았다. 또한 L. monocytogenes에서 LAMP의 검출 민감도가 S. Typhimurium과 C. sakazakii 보다 10배 이상 낮았다. 3M MDS의 검출한계 향상을 위해 변형된 3M MDS의 민감도는 기존대비 10배 이상 증가되었다. 따라서 식품에 존재하는 병원균의 검출을 위해 식품의 구성성분에 따라 LAMP와 real-time PCR를 적절히 선택하는 것이 바람직할 것으로 생각되었다. 한편, 농축 방법을 이용해 LAMP방법의 민감도를 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.