• Journal of Chest Surgery
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• 제41권6호
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• pp.687-694
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• 2008

배경: 대동맥 판막 경화증은 고령에서 흔히 나타나며, 대동맥 판막 협착증처럼 좌심실 유출로를 폐쇄하지는 않으나 심혈관질환으로의 사망 위험성이 50%나 증가되며, 심근경색증의 위험성이 높다. 그러나, 대동맥 판막경화증에서 ${\beta}_3$ integrin의 관련성은 잘 알려져 있지 않다. 대상 및 방법: 20마리의 뉴질랜드산 토끼들을 2군으로 나눈 후, 1군(10마리)에서는 정상식이를 시행하였고, 2군(10마리)에서는 1% 콜레스테롤식이를 시행하였다. 12주간 식이후 실험동물을 희생시켜 대동맥 판막 및 상행대동맥을 채취하였다. 각군의 토끼들의 혈장에서 총 콜레스테롤, 중성지방, 저밀도(LDL)-콜레스테롤, 고밀도(HDL)-콜레스테롤 수치를 측정하였으며, 대동맥 판막과 대동맥에서 HE 염색을 시행하였고, 대동맥 판막에서 근육섬유모세포, 대식세포에 대한 면역조직화학염색을 시행하였으며, ${\beta}_3$, integrin에 대한 정량적검사를 위하여 Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR)을 시행하였다. 결과: 총 콜레스테롤($2148.3{\pm}1012.5\;mg/dL$ versus $53.7{\pm}31.8\;mg/dL$, p<0.05), 중성지방($240.4{\pm}218.3\;mg/dL$ versus $31.6{\pm}6.4\;mg/dL$, p<0.05), 저밀도-콜레스테롤 수치($2,065.3{\pm}960.9\;mg/dL$ versus $29.1{\pm}30.9\;mg/dL$, p<0.05)는 정상식이군과 비교해서 콜레스테롤 식이군에서 의미 있게 증가하였다. 대동맥판막의 면역 조직화학염색에서 근육섬유모세포와 대식세포는 콜레스테롤식이군에서 발현이 증가되었다. RT-PCR을 이용한 정량적 검사에서 ${\beta}_3$ integrin mRNA의 발현은 대동맥판막과 대동맥 모두 콜레스테롤 식이군에서 의미 있게 감소되어 있었다(p<0.05). 결론 : 콜레스테롤식이에 의한 고콜레스테롤혈증은 토끼의 대동맥 판막에서 대동맥 판막경화증을 유발하였다. 석회화 대동맥 판막의 초기 상태인대동맥 판막 경화증은 초기죽상경화병변과 유사한 과정을 보이며, 이는 ${\beta}_3$, integrin의 감소가 중요한 역할을 한다고 생각된다.

• 한국해양생명과학회지
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• 제8권2호
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• pp.104-114
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• 2023

플라스틱은 전세계적으로 사용량이 증가함에 따라 해양 환경으로 유입되는 플라스틱 쓰레기의 양도 꾸준히 증가하고 있으며, 미세플라스틱은 해양 생물에 의해 섭취되어 소화관에 축적됨에 따라 성장과 생식에 유해한 영향을 미친다. Cytochrome P450 (CYP)는 환경 오염물질을 대사하는 해독효소로 알려져 있으나 지각류에서는 그 기능에 대해서는 잘 알려져 있지 않다. 본 연구에서는 기수산 물벼룩 Diaphanosoma celebensis에서 clan 2, 3, 4에 각각 속하는 CYP 유전자 9종(clan 2: CYP370A4, CYP370C5; clan 3: CYP350A1, CYP350C5, CYP361A1; clan 4: CYP4AN-like, CYP4AP2, CYP4AP3, CYP4C33-like1)의 서열에 대해 진화적으로 보존된 서열의 유사도를 분석하고 계통분석을 실시하였다. 또한 3종류의 서로 다른 크기의 polystyrene beads (0.05-, 0.5-, 6-㎛ PS beads; 0.1, 1, and 10 mg/L)에 48시간 노출된 기수산 물벼룩에서 이들 9종의 CYP 유전자의 발현을 real time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR)로 분석하였다. 결과적으로 기수산 물벼룩 CYP 유전자는 모두 진화적으로 보존된 motif를 가지고 있으며 계통분석 결과 각각 clan 2, 3, 4에 속하는 것으로 확인되었다. 이는 기능적으로 보존되어 있음을 의미한다. CYP 유전자 중 clan 2에 속하는 CYP370C5와 clan 3에 속하는 CYP360A1, 그리고 clan 4에서는 CYP4C122 유전자의 발현이 0.05-㎛ PS beads에 노출되었을 때 유의하게 증가하는 양상을 보였으며, 이는 이들 유전자가 PS 대사에 관여한다는 것을 의미한다. 본 연구는 미세플라스틱이 해양 무척추 동물에 미치는 생물 영향을 분자적 수준에서 이해하는데 도움이 될 것이다.

• Annals of Clinical Microbiology
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• 제21권4호
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• pp.86-91
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• 2018

배경: PANA RealTyper HPV kit (PANAGENE, Korea; PANA RealTyper)는 multiplex real-time PCR과 melting curve analysis를 이용하여 human papillomavirus (HPV)의 유전자형을 검출한다. 본 연구에서는 PANA Real Typer와 AdvanSure HPV GenoBlot assay (LG Life Sciences, Korea; AdvanSure assay)를 비교하였다. 방법: 자궁경부암 검진을 받은 환자에서 채취한 검체를 60개 수집하였다. AdvanSure assay와 PANA RealTyper는 고위험군 HPV 20종을 검출할 수 있다. 저위험군 HPV의 경우 AdvanSure assay는 15종을, PANA RealTyper는 2종의 유전자형을 구별할 수 있고 18종의 유전자형을 검출할 수 있다. 결과: 총 60개 중 40개 검체에서 54개의 고위험군 유전자형이 검출되었으며 18개 검체에서 20개의 저위험군 유전자형이 검출되었다. 고위험군에서 두 방법 간 일치율은 94.4-100%였다. PANA Real Typer에서만 양성으로 검출된 9개 유전자형 중 7개(HPV 16 (n=1), 39 (n=1), 52 (n=1), 58 (n=2), 68 (n=2))은 진양성으로 판별되었다. AdvanSure assay에서만 양성으로 나온 4개 유전자형 중 3개는 HPV 59였다. 저위험군에서 AdvanSure assay에서 검출된 19개 유전자형 중 HPV 6 2개, HPV 11 1개였다. HPV 6 중 한 개는 PANA RealTyper에서만 양성이었다. 결론: PANA RealTyper는 AdvanSure assay와 동등한 검출력을 보였으며, 임상 검사실에서 HPV 유전자형 검사에 유용하게 쓰일 수 있을 것으로 생각한다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제29권4호
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• pp.340-346
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• 2014

본 연구에서는 식육원료 4종(소, 돼지, 말 및 닭)을 각각 판별하기 위하여 real-time PCR을 이용한 판별법을 개발하였다. 종 판별을 위한 유전자로는 미토콘드리아 유전자 중 12S rRNA와 16S rRNA 부분을 대상으로 하였으며, 특이 프로브의 Reporter dye는 FAM, Quencher dye는 TAMRA로 설계하였다. 개발된 프라이머 및 프로브 세트로 유사종에 대한 비 특이적 signal의 생성 유무를 관찰하기 위하여 총 10종을 대상으로 특이성을 확인한 결과, 비특이적 signal은 확인되지 않았다. 식육원료에 대하여 real-time PCR을 통한 식육 판별 시 식육 혼합 방법에 따른 $C^T$값의 유의적인 차이는 없었다. 의도적 혼합 및 비의도적 혼입을 판별하기 위한 정량법 개발에서는 의도적 혼합의 경우 100% 식육과의 $C^T$ 값 차이가 4 cycle 이내이고, 비의도적 혼입일 경우 100% 식육과의 $C^T$ 값 차이가 6 cycle 이상이었다. 따라서 본 연구를 통하여 개발한 식육 원료의 의도적, 비의도적 혼입 판별법은 불량식품 유통 근절 및 소비자 인권보호에 크게 기여할 것으로 기대된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제70권1호
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• pp.21-27
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• 2011

Background: Although the gold standard method for research trials on epidermal growth factor receptor (EGFR) mutations has been direct sequencing, this approach has the limitations of low sensitivity and of being time-consuming. Peptide nucleic acid (PNA)-mediated polymerase chain reaction (PCR) clamping is known to be a more sensitive detection tool. The aim of this study was to compare the detection rate of $EGFR$ mutation and EGFR-tyrosine kinase inhibitor (TKI) responsiveness according to $EGFR$ mutation status using both methodologies. Methods: Clinical specimens from 112 NSCLC patients were analyzed for $EGFR$ mutations in exons 18, 19, 20, and 21. All clinical data and tumor specimens were obtained from 3 university hospitals in Korea. After genomic DNA was extracted from paraffin-embedded tissue specimens, both PNA-mediated PCR clamping and direct-sequencing were performed. The results and clinical response to $EGFR$-TKIs were compared. Results: Sequencing revealed a total of 35 (22.9%) mutations: 8 missense mutations in exon 21 and 26 deletion mutations in exon 19. PNA-mediated PCR clamping showed the presence of genomic alterations in 45 (28.3%) samples, including the 32 identified by sequencing plus 13 additional samples (6 in exon 19 and 7 in exon 21). Conclusion: PNA-mediated PCR clamping is simple and rapid, as well as a more sensitive method for screening of genomic alterations in $EGFR$ gene compared to direct sequencing. This data suggests that PNA-mediated PCR clamping should be implemented as a useful screening tool for detection of $EGFR$ mutations in clinical setting.

• 치위생과학회지
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• 제15권2호
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• pp.209-219
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• 2015

치주질환과 관련된 세균인 S. gordonii, F. nucleatum 및 P. gingivalis의 상호작용이 군집 형성에 미치는 영향을 알아보고자 trypticase soy hemin menadione broth에 단독 및 열처리한 사균과 혼합 분주하여 혐기성 균배양조를 통해 $37^{\circ}C$ $CO_2$ 배양기에서 anearobic gas pack 하에 7일간 배양하였다. 군집 형성 정도를 확인하기 위해 흡광도를 측정하였으며, 군집 구조 및 형태를 확인하기 위해 주사전자현미경으로 관찰하였다. P. gingivalis의 병원성에 미치는 영향을 확인하기 위해 real-time RT-PCR를 통해 gingipain인 HRgpA를 생성하는 rgpA 유전자에 대한 발현 분석을 시행하여 다음과 같은 결론을 얻었다. S. gordonii와 P. gingivalis의 군집 형성은 다른 사균들에 의해 증가하였다. F. nucleatum의 경우 P. gingivalis 사균에 의해 증가하는 양상을 보였으나 S. gordonii 사균에 의해서는 군집 형성이 감소되었다. 따라서 본 실험에 사용된 균주는 군집 형성 시 상호작용 인자뿐 아니라 세균 입자 그 자체 등을 통해서도 서로 영향을 주는 것으로 생각된다.

• Animal Bioscience
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• 제34권1호
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• pp.74-84
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• 2021

Objective: Feed additives that modify rumen fermentation can be used to prevent metabolic disturbances such as acidosis and optimize beef cattle production. The study evaluated the effects of liquid and powdered forms of polyclonal antibody preparation (PAP) against Streptococcus bovis and Fusobacterium necrophorum on rumen fermentation parameters in ruminally cannulated non-lactating dairy cows that were adapted or unadapted to a high concentrate diet. Methods: A double 3×3 Latin square design was used with three PAP treatments (control, powdered, and liquid PAP) and two adaptation protocols (adapted, unadapted; applied to the square). Adapted animals were transitioned for 2 weeks from an all-forage to an 80% concentrate diet, while unadapted animals were switched abruptly. Results: Interactions between sampling time and adaptation were observed; 12 h after feeding, the adapted group had lower ruminal pH and greater total short chain fatty acid concentrations than the unadapted group, while the opposite was observed after 24 h. Acetate:propionate ratio, molar proportion of butyrate and ammonia nitrogen concentration were generally greater in adapted than unadapted cattle up to 36 h after feeding. Adaptation promoted 3.5 times the number of Entodinium protozoa but copy numbers of Streptococcus bovis and Fibrobacter succinogens genes in rumen fluid were not affected. However, neither liquid nor powdered forms of PAP altered rumen acidosis variables in adapted or unadapted animals. Conclusion: Adaptation of cattle to highly fermentable carbohydrate diets promoted a more stable ruminal environment, but PAP was not effective in this study in which no animal experienced acute or sub-acute rumen acidosis.

• 한국가금학회지
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• 제40권1호
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• pp.31-40
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• 2013

본 연구는 브로일러에서 비타민 C와 E의 첨가 급여가 성장 능력 및 개체별 스트레스 경감 정도에 미치는 영향을 살펴보고자 하였다. 스트레스 반응 정도는 혈액과 각 조직별 세포들에 대한 텔로미어 함량, DNA 손상율 및 열손상단백질 유전자(HSP, HMGCR) 발현율을 분석하고 고찰하였다. 텔로미어 함량 및 감축율은 양적 형광접합보인법(Q-FISH)으로 분석하였고, DNA 손상율은 comet assay로 분석하였다. 열손상단백질 유전자 발현율은 HSP70, HSP90-${\alpha}$, HSP90-${\beta}$ 및 HMGCR을 표적으로 하여 real-time PCR로 분석하였다. 시험 결과, 급여 처리구 간에 체중, 증체량, 사료 섭취량, 사료 요구율 및 생존율 등 생산 능력의 차이는 없는 것으로 나타났다. 텔로미어 감축율에 있어서는 비타민 E 첨가 급여구가 대조구에 비해 유의하게 낮은 감축율을 보여 스트레스 경감의 효과를 나타내었다. DNA 손상율 또한 모든 비타민 첨가 급여구가 대조구에 비해 유의하게 낮은 양상을 보였다. HMGCR, HSP90-${\alpha}$ 및 HSP90-${\beta}$의 유전자 발현율에 있어서도 비타민 E 첨가 급여구가 대조구에 비해 유의하게 낮은 발현율을 나타내어 스트레스 경감 효과를 나타내었다. 이상의 결과에 따라 브로일러에 사료 내 비타민 E의 첨가 급여(100 mg/kg feed)는 성장 능력의 저하 없이 개체의 생리적 스트레스 정도를 경감시키는 바람직한 항산화 제재로 사료된다.

• 한국동물위생학회지
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• 제38권3호
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• pp.145-153
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• 2015

In this study, we developed a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) with hydroxynaphtol blue dye (HNB) for rapid and direct visual detection of porcine circovirus 2 DNA with high sensitivity and specificity. The LAMP was completed in 40 min at $63^{\circ}C$, and the results of the LAMP can be confirmed by naked eye without any detection process. The sensitivity of the LAMP was 10-fold higher than that of the commercial PCR (cPCR) and real time PCR (rPCR) previously reported. In clinical application, the PCV2 detection rate of the LAMP was the same on porcine tissue samples (75.0%, 36/48) between porcine blood samples (75.0%, 39/52). The PCV2 detection rate (75.0%) of LAMP was higher than those of the cPCR and rPCR (67.3%, 35/52) in blood samples. In conclusion, the LAMP developed in the study could be an useful alternative method for the detection of PCV2 in the swine disease diagnostic laboratories.

• 대한임상검사과학회지
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• 제41권1호
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• pp.11-23
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• 2009

Chromosomal rearrangements are major pathology in hematological malignancies. The detection of minimal residual disease (MRD) for these gene rearrangements helps in monitoring treatment outcomes and predicting prognosis of patients. Recently, quantification of these gene transcripts based on real-time quantitative polymerase chain reaction (RQ-PCR) has been used as MRD detection. The purpose of this study is to ensure the usefulness of the RQ-PCR technique for detecting MRD in hamatological malignancy patients. The patients had been diagnosed to AML1-ETO positive AML, PML-RARa positive AML and BCR-ABL positive MPN at Chonnam National University Hwasun Hospital from Jan. 2006 to Aug. 2008. The fusion transcript was quntified by RQ-PCR and analyzed in comparison to conventional cytogenetics, FISH and RT-PCR. The fusion gene transcript was quantified by RQ-PCR in 57 samples from 14 patients with AML1-ETO positive AML, 79 samples from 27 patients with PML-RARa positive AML and 108 samples from 36 patients with CML. At diagnosis, the quantitative fusion transcripts for AM1-ETO, PML-RARa and BCR-ABL showed the range of 0.485552651~10.82233683 (mean 3.782217131, SD 2.998052348), 0.005300395~0.29267494 (mean 0.056901315, SD 0.080131381) and 0.1293929~12.94826849 (mean 1.701935665, SD 2.200913158). The increase of AML1-ETO fusion gene transcripts preceded morphologic relapse in two patients. Quantification of fusion gene transcripts by RQ-PCR could detected MRD in samples which were negative by in cytogenetic analysis or FISH. Our findings indicated that quantitative analysis of AML1-ETO, PML-RARa and BCR-ABL transcripts by RQ-PCR might be a useful tool for the monitoring of minimal residual disease in hematological malignancies.