• 미생물학회지
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• 제43권4호
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• pp.264-272
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• 2007

인간면역결핍바이러스(Human Immunodeficiency Virus; HIV) 진단을 위한 초고속 실시간 PCR법을 개발하였다. 검출 대상의 DNA 염기서열은 495염기 HIV-1 특이 env 유전자(gi_l184090)및 294염기 HIV-2 특이 env 유전자(gi_1332355)를 사용하였다. 초고속 실시간 PCR은 microchip에 $6\;{\mu}l$의 PCR 용액을 탑재하는 $Genspector^{TM}$ (Samsung, Korea)을 사용하였으며, PCR의 각 회전 중 단지 두 단계(denaturation, annealing/extension)를 극단적으로 짧은 시간을 주어 수행하게 하였다. 융점분석을 포함한 30회전의 PCR 검색 시간은 총7분30초 이내에 완료되었으며, HIV-1 특이 117염기와 HIV-2 특이 119염기의 PCR산물은 최소 $2.3{\times}10^3$개의 각 env 유전자로부터 30회전의 2단계 초고속 PCR에 의해 성공적으로 증폭시킬 수 있었다. 이러한 초고속 실시간 PCR법은 HIV의 빠른검색뿐 아니라, 다른 병원채의 빠른 검색에도 유용하계 적용될 수 있을 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권3호
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• pp.516-519
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• 2007

Enterobacter sakazakii is an emerging food pathogen, which induces severe meningitis and sepsis in neonates and infants, with a high fatality rate. The disease is generally associated with the ingestion of contaminated infant formula. In this study, we describe the development of a real-time PCR protocol to identify E. sakazakii using a TaqMan probe, predicated on the nucleotide sequence data of the 168 rRNA gene obtained from a variety of pathogens. To detect E. sakazakii, four primer sets and one probe were designed. Five strains of E. sakazakii and 28 non-E. sakazakii bacterial strains were used in order to ensure the accuracy of detection. The PCR protocol successfully identified all of the E. sakazakii strains, whereas the 28 non-E. sakazakii strains were not detected by this method. The detection limits of this method for E. sakazakii cells and purified genomic DNA were 2.3 CFU/ assay and 100 fg/assay, respectively. These findings suggest that our newly developed TaqMan real-time PCR method should prove to be a rapid, sensitive, and quantitative method for the detection of E. sakazakii.

• Journal of Dairy Science and Biotechnology
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• 제38권4호
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• pp.169-188
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• 2020

Salmonella spp. is the most common cause of gastrointestinal food poisoning worldwide, and human salmonellosis is mostly caused by the consumption of contaminated food. Therefore, the development of rapid detection methods for Salmoenlla spp. and rapid identification of the source of infection by subtyping are important for the surveillance and monitoring of food-borne salmonellosis. Therefore, this review introduces (1) History and nomenclature of Salmoenlla spp., (2) Epidemiology of Salmoenlla spp., (3) Detection methods for Salmoenlla spp. - conventional culture method, genetic detection method, molecular detection methods, and aptamer, and (4) Subtyping methods for Salmoenlla spp. - pulsed-field gel electrophoresis and repetitive sequence-based polymerase chain reaction (PCR).

• The Plant Pathology Journal
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• 제39권5호
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• pp.522-527
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• 2023

The occurrence of postharvest kiwifruit rot has caused great economic losses in major kiwifruit-producing countries. Several pathogens are involved in kiwifruit rot, notably Botryosphaeria dothidea, and Diaporthe species. In this study, a recombinase polymerase amplification (RPA) assay was developed for the rapid and sensitive detection of the pathogens responsible for posing significant threats to the kiwifruit industries. The RPA primer pairs tested in this study were highly specific for detection of B. dothidea and D. eres. The detection limits of our RPA assays were approximately two picograms of fungal genomic DNA. The optimal conditions for the RPA assays were determined to be at a temperature of 39℃ maintained for a minimum duration of 5 min. We were able to detect the pathogens from kiwifruit samples inoculated with a very small number of conidia. The RPA assays enabled specific, sensitive, and rapid detection of B. dothidea and D. eres, the primary pathogens responsible for kiwifruit rots in South Korea.

• 한국식품과학회지
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• 제44권2호
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• pp.141-147
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• 2012

BA은 치즈, 와인, 젓갈, 소시지, 된장 등 미생물에 의한 발효과정을 거치는 식품뿐만 아니라 채소류, 과일, 육류와 같은 비발효 식품군에서도 발견된다. 식품 내 BA 오염에 대한 관리를 목적으로 제조공정 및 유통과정에서 신속하게 다량의 시료를 분석하고 제품에 대한 항시 모니터링 기술이 요구된다. 이를 위해 BA 특이항체 및 BA 분해효소를 이용하는 BA 검출 및 센싱 기술이 개발되고 있다. HisN 특이 항체를 이용한 ELISA 키트는 상용화 되었으며 다양한 식품에 적용되고 있다. 산화적 탈아미노반응을 촉매하는 아민산화효소는 항체기반의 ELISA 방식에 비해 다양한 BA 분석에 사용되고 있으며, 효소반응에 의해 생성되는 $H_2O_2$의 산화환원반응에 의해 발생하는 전류를 측정함으로써 BA의 함량을 정량할 수 있는 전류측정식 바이오센서 개발에 적용되고 있다. BA 신속검출을 위한 바이오센서의 개발 연구 동향에 발맞추어 국내 전통발효식품에 적합한 기술개발이 요구되며, 산업현장 적용 연구를 거쳐 국내 전통발효식품의 안전성을 확보해야 할 것으로 판단된다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제34권6호
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• pp.499-505
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• 2018

Huanglongbing (HLB, Citrus greening disease) is one of the most devastating diseases that threaten citrus production worldwide. Although HLB presents systemically, low titer and uneven distribution of these bacteria within infected plants can make reliable detection difficult. It was known loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method has the advantages of being highly specific, rapid, efficient, and laborsaving for detection of plant pathogens. We developed a new LAMP method targeting gene contained tandem repeat for more rapid and sensitive detection of Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas), putative causal agent of the citrus huanglongbing. This new LAMP method was 10 folds more sensitive than conventional PCR in detecting the HLB pathogen and similar to that of real-time PCR in visual detection assay by adding SYBR Green I to mixture and 1% agarose gel electrophoresis. Positive reactions were achieved in reaction temperature 57, 60 and $62^{\circ}C$ but not $65^{\circ}C$. Although this LAMP method was not more sensitive than real-time PCR, it does not require a thermocycler for amplification or agarose gel electrophoresis for resolution. Thus, we expect that this LAMP method shows strong promise as a reliable, rapid, and cost-effective method of detecting the CLas in citrus and can be applied for rapid diagnosis is needed.

• 한국멀티미디어학회논문지
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• 제15권6호
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• pp.722-730
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• 2012

최근 생체 인식 분야나, HCI 분야 등에서 사람의 눈 영상 정보를 이용하여 홍채 인식을 하거나 시선위치 정보를 이용하는 연구가 활발히 진행 되고 있다. 특히 사용자의 편의성을 위한 원거리 카메라 기반시스템이 늘어나면서 눈 영상 촬영에 단순히 동공 중심 영역만 촬영 되는 것이 아니라, 눈썹, 이마, 피부영역 등 부정확한 검출을 일으킬 수 있는 요소가 포함되어 촬영되고 이러한 불필요한 요소들은 동공 중심영역의 검출 성능을 저하시킨다. 또한 앞서 얘기한 이용분야들은 실시간 환경에서 실행되는 시스템들로 정확한 검출 성능뿐만 아니라 빠른 실행시간도 요구 한다. 본 논문에서는 정확하고 빠른 눈동자 영역 검출을 위하여 기존에 가장 많이 사용하는 AdaBoost 눈 검출 알고리즘, 적응적 템플릿 정합+AdaBoost 알고리즘, CAMShift+AdBoost 알고리즘, rapid eye 검출 알고리즘에 대하여 분석하고, 조명변화와 콘택트 렌즈 및 안경 착용자와 미 착용자등 다양한 경우에 대해서 앞서 말한 알고리즘들을 적용하여 각 알고리즘 별로 정확도와 실행시간을 비교 분석하도록 한다.

• 미생물학회지
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• 제43권2호
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• pp.91-99
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• 2007

인간면역결핍바이러스(Human immunodeficiency virus; HIV) 진단을 위한 다중, 초고속실시간 PCR법을 개발하였다. 검출대상의 DNA 염기서열은 env 유전자를 기반으로 설계되었으며, 각기 HIV-1 특이 495염기(gi_1184090) 및 HIV-2 특이 294염기(gi_1332355)의 DNA를 안정상의 이유로 PCR을 이용한 유전자합성법으로 제작하여 사용하였다. 초고속 실시간 PCR은, PCR의 회전 중 각 단계별 설정시간을 극단적으로 축소하여, $1\;{\mu}l$의 PCR 용액용 microchip을 탑재할 수 있는 $Genspector^{TM}$을 사용하여 수행하였다. DNA 증폭과 융점분석을 포함한 총 PCR 검색 시간은 HIV_1 및 HIV-2 모두에서 15분 이내로 완료되었으며, 각기 최소 2.3개의 합성 env 유전자로부터도 HIV-1 특이 117염기와 HIV-2 특이 119염기의 PCR산물을 성공적으로 증폭시킬 수 있는 민감성을 보여주었다. 이런 형식의 실시간 PCR법을 본 연구에서 초고속실시간 PCR (Ultra-rapid real-time PCR)이라 명명하였다. 이는 본 연구의 대상인 HIV에 대한 보조적 진단방법일 뿐 아니라 PCR 검색법이 사용되고 있는 다른 병원체에 대하여도 적용될 수 있을 것이나, 우선 HIV 임상시료에 대한 본 검색법의 효용성 실험 등 추가 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• 한국철도학회:학술대회논문집
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• 한국철도학회 2011년도 정기총회 및 추계학술대회 논문집
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• pp.768-773
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• 2011

Today's urban transit system is regarded as the important public transportation service which saves passengers' time and provides the safety. Many researches focus on the rapid and protective responses that minimize the losses when dangerous situation occurs. In this paper we proposed the early fire detection and corresponding rapid response method in urban transit system by combining automatic fire detection for video input and the sensor system. The fire detection method consists of two parts, spark detection and smoke detection. At the spark detection, the RGB color of input video is converted into HSV color and the frame difference is obtained in temporal direction. The region with high R values is considered as fire region candidate and stepwise fire detection rule is applied to calculate its size. At the smoke detection stage, we used the smoke sensor network to secure the credibility of spark detection. The proposed system can be implemented at low prices. In the future work, we would improve the detection algorithm and the accuracy of sensor location in the network.

• Journal of Biosystems Engineering
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• 제31권2호
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• pp.128-134
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• 2006

Frequent outbreaks of foodborne illness demand the need for rapid and sensitive methods for detection of these pathogens. Recent development of biosensor technology has a great potential to meet the need for rapid and sensitive pathogens detection from foods. An antibody-based fiber-optic biosensor and an automated reagents supply system to detect Listeria monocytogenes were developed. The biosensor for detection of Listeria monocytogenes in PBS and bacteria spiked food samples was evaluated. The automated reagents supply system eliminated cumbersome sample and detection antibody injection procedures that had been done manually. The biosensor could detect $10^4$ cfu/ml of Listeria monocytogenes in PBS. By using the fiber-optic biosensor, $2x10^8$ cfu/ml of Listeria monocytogenes in the food samples were detectable.