• 미생물학회지
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• 제38권3호
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• pp.186-191
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• 2002

장내바이러스(enterovirus),로타바이러스(rotavirus),그리고 아데노바이러스(adenovirus)등 물을 통해 전파되는 환경바이러스의 신속한 검출 및 1 차적인 분류를 위해 올리고뉴클레오티드 DNA chip을 이용한 분석 시스템의 유용성에 대하여 연구하였다. BGM 세포배양실험에서 바이러스성 세포병변효과(cytopathic effect) 양성으로 판정된 세포단층으로부터 접종배양 3 일 후 세포내 모든 RNA를 분리하여 중합효소연쇄반응과 DNA chip으로 검출여부 및 유전형을 비교 분석한 결과 세포배양에서 양성으로 판정된 10개의 시료 중 3개가 바이러스 음성으로, 7개가 바이러스 양성으로 나타났다. 중합효소연쇄반응과 DNA chip에 의해 양성으로 나타난 7개 시료의 유전형은 두 방법에 의해 모두 장내바이러스로 동정되어 DNA chip에 의한 1차 동정의 유용성도 증명하였다. 세포배양 후 전기영동분석 없이 일차적인 동정과정까지 불과 3∼4 시간 이내에 수행해낼 수 있는 DNA chip분석은 특이성, 신속성, 및 경제성을 고루 갖추어 환경바이러스 검출방법론의 새로운 영역을 구성할 것으로 사료된다.

• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제2권1호
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• pp.60-66
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• 2006

Methylmercury (MeHg), one of the heavy metal compounds, can cause severe damage to the central nervous system in humans. Many reports have shown that MeHg is poisonous to human body through contaminated foods and has released into the environment. Despite many studies on the pathogenesis of MeHg-induced central neuropathy, no useful mechanism of toxicity has been established so far. This study, using of suppression subtractive hybridization (SSH) method, was peformed to identify differentially expressed genes by MeHg in SH-SY5Y human neuroblastoma cell line. We prepared to total RNA from SH-SY5Y cells treated with solvent (DMSO) and $6.25\;{\mu}M\;(IC_{50})$ MeHg and performed forward and reverse SSH. Differentially expressed cDNA clones were screened by dot blot, sequenced and confirmed that individual clones indeed represent differentially expressed genes with real time RT-PCR. These sequences were identified by BLAST homology search to known genes or expressed sequence tags (ESTs). Analysis of these sequences may provide an insight into the biological effects of MeHg in the pathogenesis of neurodegenerative disease and a possibility to develop more efficient and exact monitoring system of heavy metals as ubiquitous environmental pollutants.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제46권2호
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• pp.167-172
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• 2003

목 적 : 소아 심장병의 주종을 이루고 있는 선천성 심장병 환아들에서 폐동맥 고혈압은 비교적 흔히 발생하지만 매우 치료하기 어려운 합병증이다. 폐동맥 고혈압의 원인과 치료 및 예방에 대해서는 아직 많이 알려지지 않은 실정이므로 이의 원인을 산소결핍이라는 전형을 이용하여 VEGF란 유전인자의 차원에서 규명하고, 나아가서는 폐동맥 고혈압의 치료 및 예방책을 마련하기 위하여 이 연구를 시행하였다. 방 법 : 폐동맥 평활근 세포는 생후 6주 Fischer rat의 주폐동맥을 적출하여 작은 조각으로 잘라 20% fetal bovine serum을 첨가한 DMEM 배지를 사용하여 5% 이산화탄소 배양기에서 배양하였다. 배양된 세포는 평활근 세포에만 선택적으로 염색되는 평활근 myosin과 ${\alpha}$-actin 항체를 이용하여 염색함으로써 순수 평활근 세포임을 확인하였다. 5% 이산화탄소 배양기에서 배양한 대조군 세포와 1 또는 3% $O_2$ tension에서 배양한 실험군 세포에서의 VEGF 발현 차이와 starvation한 군과 하지 않은 군에서의 VEGF 발현 차이를 RT-PCR과 northern blotting을 이용하여 비교하였다. 결 과 : 대조군과 저산소 조건에서 배양한 실험군에서 VEGF 발현 정도는 차이가 없었다. 결 론 : 아직 국내에서는 유전인자 차원에서의 폐동맥고혈압의 원인규명이나 이에 따른 치료에 대한 연구가 전혀 없는 상태이며, 이 연구에 이어 신생쥐와 성숙쥐와의 차이점 및 나아가서 사람과 쥐의 폐동맥 평활근 세포의 차이점 등을 규명할 예정이며, 이번 연구 결과를 바탕으로 폐동맥 고혈압의 원인기전 규명, 치료 및 예방방법 개발에 기여하고자 한다.

• 식물병연구
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• 제17권3호
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• pp.358-363
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• 2011

경기도와 경상북도 일대의 '대석조생' 자두 재배포장에서 착색이 불균일한 얼룩 반점 증상의 과실이 발생하였다. 이들 시료로부터 유전자 진단(RT-PCR)과 Dot-blot hybridization 검정 결과 호프왜화바이로이드(HSVd)가 검출되었고 유전자 염기서열 분석을 통해 2개의 HSVd 변이주(DP1, DP2) 를 동정하였다. GenBank에 등록된 자두 HSVd의 7개 변이주와 새로운 DP1, DP2 변이주와의 유전자 염기서열을 비교분석한 결과 94-100%의 높은 상동성을 보였다. DP1와 DP2의 유전자는 59번과 60번 염기가 각각 CG, AA로 서로 다른 변이를 보였다. 국내외 자두 과실 얼룩반점 증상에서 동정된 HSVd의 유전자는 특이적으로 59번과 60번 부위의 염기가 CG, AA, TG인 3개 군으로 크게 구분되는 것을 알 수 있었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제37권1호
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• pp.102-109
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• 2010

Fructan은 식물이 저온에 노출 되었을 때 다양한 조직에 축적됨으로써 여러 스트레스에 저항을 나타내는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 fructan 생합성 경로에 관여하는 효소인 1-sst와 1-fft 유전자를 돼지감자 구근으로 부터 분리하였다. 분리한 1-sst와 1-fft 유전자는 Ti-plasmid vector인 KJG V-B2 vector에 35S promoter에 의해 발현할 수 있도록 형질전환용 벡터를 구축하였다. Agrobacterium tumefaciens법에 의해 1-sst와 1-fft 유전자의 형질전환 벼를 육성하였고, 1-sst, 1-fft 및 HPT 유전자 특이적인 primer를 사용하여 PCR 분석한 결과 유전자가 벼의 callus 게놈내에 안정적으로 삽입되었음을 확인하였다. 또한 Southern 및 RT-PCR 분석에서도 같은 결과를 얻었다. 형질전환 벼의 후대에서도 안정적으로 유전자가 발현되는 homo 계통을 선발하였고 이를 이용해 1-sst와 1-fft 유전자의 삽입이 확인된 형질전환 벼에서 유전자의 발현양상을 알아보기 위해 RT-PCR 및 Real-Time PCR를 수행한 결과 형질전환 벼에서 1-sst와 1-fft 유전자 모두 안정적으로 발현되고 있음을 확인하였다. 또한 1-sst와 1-fft 유전자가 삽입된 형질전환 벼를 이용한 기능 분석 연구를 통해 식물체가 저온에 노출되었을 때 1-sst와 1-fft의 작용에 의해 fructan 생합성량이 증가됨을 알 수 있었다. 따라서 본 연구를 통해 얻어진 fructan 생합성 관련 유전자가 삽입된 형질전환 벼는 탄수화물대사 및 저온, 건조 등의 환경 stress에 대한 내성에 대해 좋은 육종 소재로 이용 가능할 것으로 사료된다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제2권1호
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• pp.41-47
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• 1998

Human uniparental gestations such as gynogenetic ovarian teratomas provide a model to evaluate the integrity of parent-specific gene expression - i.e. imprinting - in the absence of a complementary parental genetic contribution. The few imprinted genes characterized so far include the insulin-like growth factor-2 gene (IGF2) coding for a fetal growth factor and H19 gene whose normal function is unknown but it is likely to act as an mRNA. IGF2 is expressed by the paternal allele and H19 by the maternal allele. This reciprocal expression is quite interesting because both H19 and IGF2 genes are located close to each other on chromosome 11p15.5. In situ RNA hybridization analysis has shown variable expression of the H19 and IGF2 alleles according to the tissue origin in 11 teratomas. Especially, Skin, derivative of ectoderm, is expressed conspicuously. We examined imprinting of H19 and IGF2 in teratomas using PCR and RT-PCR of exonic polymorphism. H19 and IGF2 transcript could be expressed either biallelically or monoallelically in the teratomas. Biallelic expression (i.e., loss of imprinting) of IGF2 occurred in 5 out of 6 mature teratomas and 1 out of 1 immature teratoma. Biallelic expression of H19 occurred in 4 out of 10 mature teratomas and 1 out of 1 immature teratoma. Expression levels of H19 and IGF2 transcript using the semi-quantitative RT-PCR had no relation between monoallelic and biallelic expression. Moreover, IGF2 biallelic expression did not affect allele-specificity or levels of H19 expression. These results demonstrate that both genes, H19 and IGF2, can be imprinted, expressed and regulated independently and individually of each other in ovarian teratoma.

• 한국연초학회지
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• 제23권2호
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• pp.123-132
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• 2001

In order to transform pokeweed antiviral protein cDNA to tobacco plant, total RNA was extracted from Phytolacca americana. PAP-II cDNA was synthesized from purified total RNA via RT-PCR and subcloned to recombinant vector pBluescript II SK-. 10 deletion mutant PAP-II cDNA fragments which were sequentially deleted from N-terminal by 90bp were synthesized from PAP-II cDNA except leading frame by PCR with primers designed in our laboratory. To select non-cytotoxic clone, pAc55M was constructed with yeast expression vector pAc55 and multicloning site(MCS). Sequentially deleted mutant PAP-II cDNAs were cloned on downstream of gall promoter of pAc55M. 6 non-cytotoxic deletion mutant PAP-II cDNA were selected. Selected cDNAs were cloned into plant expression vector pKGT101BH for transformation of these clones to plant through Agrobacterium tumefacience. After cloning, recombinant pKGT101BH carrying deleted mutant PAP-IIcDNA were transformed to Nicotiana tabacum cv. NC567. Transformed tobacco plants cultured on shooting and rooting media were transfered to green-house. About four weeks later, these plants were infected with physically infection using carborandum with PVY-VN strain. After 4 weeks, plants resistant to virus were selected , and seeds of these plants were gathered. Southern blot hybridization showed deleted fragments by 220bp and 420bp, so resistant ability of these plants is due to mutant PAP-II cDNA.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권4호
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• pp.555-562
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• 2004

본 연구는 목저은 다음과 같다: 1) 돼지에서 150-kDa temary insulin-like growth faetor(IGF)complex의 한 구성 요소인 acid-labile subunit(ALS) 유전자 intron의 존재 확인. cloning 및 돼지 ALS(porcine ALS; pALS) complementary DNA(cDNA)의 3' 비해독(untranslated) 부위(3' UT) 증폭. cloning, 2) intron-spanning primer pair를 이용한 reverse transcription-polymerase chain reaction(RT-PCR) 방법에 의한 돼지 조직에서의 ALS 유전자 발현 분포 확인 및 3) 돼지 hepatocyte에서의 ALS 유전자 발현 여부 확인. 돼지 genomic DNA를 template로 하여 PCR 방법으로 예상된는 intron 부위를 증폭하고 plasmid vector에 삽입하여 염기서열을 결정한 결과 타 종의 ALS 유전자에서와 같은 위치에 1,371-base pair(bp)의 pALS intron이 존재함을 확인하였다. 역시 본 연구에서 간에서 추출한 RNA를 주형으로 시작하여 3' rapid amplification of cDNA end(3' RACE) 방법으로 147-bp의 3'UT를 합성하고 그 염기성열을 결정하였다. RT-PCR 결과 간은 물론 조사된 모든 돼지의 내장기관(신장, 폐, 비장)과 자성 생식기관(난소, 난관, 자궁) 및 골격근육에서 ALS 유전자가 발현됨이 밝혀졌다. 또한 돼지 간 조직에 대한 in-situ hybridization 결과 hepatocyte에서 ALS 유전자가 발현됨이 확인되었다. 이상의 결과는 ALS가 혈중 IGF의 저정/조절체로서의 주기능 외에 모세혈관 밖에서도 미지의 기능이 있을 기능성을 시사한다.

• Journal of Korean Neurosurgical Society
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• 제37권6호
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• pp.443-448
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• 2005

Objective: A variety of genetic alterations in human glioblastoma comprises signal transduction and cell cycle arrest control of cellular processes. Subtractive hybridization is potentially a faster method for identifying differentially expressed genes associated with a particular disease state. Using the technique of subtraction, we isolated novel genes that are overexpressed in glioblastoma tissue as compared to normal brain tissue. Methods: We evaluated the differential expression of genes in each of hybridizing tester and driver cDNAs to digested 130 clones. After sequencing of 130 clones and homology search, this study performed to determine mRNA expression of the unknown gene, "clone 47", in brain tissue, glioblasoma, and several cancer cell lines by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). To test the time course for Go-phase arrest, serum stimulation and expression at various times for RT-PCR performed. Results: We identified 23 novel genes by BLAST of the digested 130 clones. The expressions of "clone 47" mRNA of glioblastoma and several cancer lines were significantly higher than normal brain tissues and several normal cell lines. We confirmed the mRNA expression of "clone 47" was up-regulation for $0.5{\sim}1hr$ of WI-38 cell differentiation. Conclusion: The novel gene, "Clone 47" is upregulated in glioblastoma tissue and several cancer cell lines. This gene is time dependent activation during time course of serum stimulation. This result suggests that "clone 47" playa role in brain tumorigenesis and the activation of this "clone 47" may be necessary for the development of cancer.

• IMMUNE NETWORK
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• 제4권4호
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• pp.237-243
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• 2004

Background: The normal functions of the cell cycle inhibitor p16INK4a are frequently inactivated in many human cancers. Over 80% of hepatocellular carcinoma (HCC) cases lack a functional p16/Rb pathway. p16/Rb pathway, as well as p53 pathway, is considered as one of key components of tumor suppression. Methods: To study the roles of p16INK4a in HCC, a stable cell line expressing exogenous p16 was generated from SNU-449 hepatocellular carcinoma cells lacking endogenous p16, and suppression subtractive hybridization (SSH) was performed in parallel with the control cells. Results: 1) SSH identifies fibronectin (FN1), crystallin ${\alpha}B$ (CRYAB), Rac1, WASP, RhoGEF, and CCT3 as differentially-expressed genes. 2) Among the selected genes, the up-regulation of FN1 and CRYAB was confirmed by Northern blot, RT-PCR and by proteomic methods. Conclusion: These genes are likely to be associated with the induction of stress fiber and stabilization of cytoskeleton. Further studies are required to clarify the possible role of p16 in the signal transduction pathway.