• ALGAE
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• 제27권2호
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• pp.75-82
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• 2012

$Arthrospira$ $platensis$ and $Arthrospira$ $maxima$ are species of cyanobacteria used in health foods, animal feed, food additives, and fine chemicals. This study conducted a comparison of the 16S rRNA gene and $cpcBA$-intergenic spacer ($cpcBA$-IGS) sequences in $Arthrospira$ strains from culture collections around the world. A cluster analysis divided the 10 $Arthrospira$ strains into two main genotypic clusters, designated I and II, where Group I contained $A.$ $platensis$ SAG 86.79, UTEX 2340, $A.$ $maxima$ KCTC AG30054, and SAG 49.88, while Group II contained $A.$ $platensis$ PCC 9108, NIES 39, NIES 46, and SAG 257.80. However, although $A.$ $platensis$ PCC 9223 belonged to Group II-2 based on its $cpcBA$-IGS sequence, this strain also belonged to Group I based on its 16S rRNA gene sequence. Phylogenetic analyses based on the 16S rRNA gene and $cpcBA$-IGS sequences showed no division between $A.$ $platensis$ and $A.$ $maxima$, plus the 16S rRNA gene and $cpcBA$-IGS sequence clusters did not indicate any well-defined geographical distribution, instead overlapping in a rather interesting way. Therefore, the current study supports some previous conclusions based on 16S rRNA gene and $cpcBA$-IGS sequences, which found that $Arthrospira$ taxa are monophyletic. However, when compared with 16S rRNA sequences, $cpcBA$-IGS sequences may be better suited to resolve close relationships and intraspecies variability.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제12권5호
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• pp.844-848
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• 2002

In more than half of human tumors, the p53 tumor suppressor gene is mutated. Thus, restoration of wild-type p53 activity by repair of mutant RNA could be a potentially promissing approach to cancer treatment. To explore the potential use of RNA repair for cancer therapy, trans-splicing group I ribozymes were developed that could replace mutant p53 RNA with RNA sequence attached to the 3'end of ribozymes. By employing a mapping library of ribozymes, we first determined which regions of the p53 RNA are accessible to ribozymes, and found that the leader sequences upstream of the AUG start codon appeared to be particularly accessible. Next, trans-splicing ribozymes were generated that specifically recognized the sequences around these accessible regions. Subsequently, the ribozymes reacted with and altered the p53 transcripts by transferring a 3'exon tag sequence onto the targeted p53 RNA with high fidelity. Thus, these ribozymes could be utilized to repair mutant p53 in tumors, which would revert the neoplastic phenotype.

• 한국자연치유학회지
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• 제8권2호
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• pp.71-77
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• 2019

목적: 특허 받은 황토 면 원단의 원적외선 방사율 및 면 원단을 20회까지 세탁을 하였을 때에 어떠한 미생물이 존재하는지를 조사하여 분리 동정하는 것이 목적이었다. 방법: 원적외선 방사능 측정기와 미생물을 영양배지에 배양하여 증식하는 단일 콜로니를 이용하여 16S rRNA법으로 동정하였다. 결과: 황토이불 면의 원적외선의 방사율은 40℃에서 5~20 ㎛에서 0.902(90.2%)이었고, 방사에너지는 3.63 × 10² w/m²로 높게 나타났다. 황토 이불 면 원단에서 2.0 × 10² cells/ml의 생균수가 존재하였고, 그리고 일반 면 원단에서는 생균이 발견되지 않았다. 단일 콜로니로 분리된 B-2 균주의 16S rRNA의 염기서열은 1,419 bases이었고, A-4균주의 염기서열은 1,284 bases이었다. 이 두 균주의 16S rRNA의 염기서열은 Bacillus 속 세균들과 높은 상동성을 보이었다. B-2 균주는 B. aryabhattai EF114313의 16S rRNA 염기서열과 99.0% 그리고 A-4균주는 B. bingmayongensis AKCS01000011의 16S rRNA 염기서열과 99.0%의 높은 상동성이 나타났다. 상기의 결과들을 활용하여 16S rRNA을 이용하여 유연관계를 조사하여 콜로니 균주 B-2를 B. aryabhattai BJ-2 균주로, A-4를 B. bingmayongensis BJ-4 균주로 최종 동정하였다. 결론: 황토 이불 면 원단에서 두 종류의 간균을 발견하였고, 이불 면 원단이 높은 량의 원적외선 및 원적외선 방사에너지가 발산하므로 유용하게 이용될 수 있다고 본다.

• 대한의생명과학회지
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• 제13권2호
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• pp.105-110
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• 2007

Aspartyl-tRNA synthetase (AspRS) exists in two different forms with respect to tRNA recognition. The discriminating enzyme (D-AspRS) recognizes only tRNA$^{Asp}$, while the non-discriminating one (ND-AspRS) also recognizes tRNA$^{Asn}$ and therefore forms both Asp-tRNA$^{Asn}$ and Asp-tRNA$^{Asp}$. Plus primary sequence distinguishes two general groups of AspRS. There is a predominantly bacterial-type, larger AspRS (about 580 aa) in addition to a shorter archaeal/eukaryotic type (about 430 aa). In vivo data made clear that discriminating and non-discriminating enzymes exist in both groups. The determinants in the protein sequence responsible for tRNA discrimination are not hewn. The AspRS from Acidithiobacillus ferrooxidans might be suggested ND-AspRS fur missing of AsnRS in genomic sequencing data. Therefore, we analyzed the AspRS from A. ferrooxidans with in vitro aminoacylation assay with E. coli unfractionated tRNA, in vivo missense suppression assay with tipA34 mutant and Northern hybridization with probes which were specific with tRNA$^{Asp}$ or tRNA$^{Asn}$. The AspRS from A. ferrooxidans produced more Asp-tRNA than that from E. coli. Only aspS gene from A. ferrooxidans suppressed trpA34 strain in minimal media without tryptophan. Only AspRS from A. ferrooxidans showed mischarged Asp-tRNA$^{Asn}$ band. Therefore, AspRS from A. ferrooxidans is definitely ND-AspRS.

• 한국식물병리학회지
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• 제11권1호
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• pp.87-90
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• 1995

Complementary DNA of the movement protein (MP) gene of tobacco mosaic virus Korean pepper strain (TMV-KP) was synthesized from purified TMV-KP RNA by using the reverse transcription and polymerase chain reaction (PCR) system. The synthesized double stranded cDNA was cloned into the plasmid pUC9 and transformed into Escherichia coli JM110. The movement protein gene of TMV-KP of the selected clones was subjected to sequence analysis by Sanger's dideoxy chain termination method. The complete sequence of viral MP gene from TMV-KP strain was 807 nucleotides long. The nucleotide of MP gene from TMV-KP has thirteen and two nucleotide differences from TMV vulgarae (TMV-OM) and Korean (TMV-K) strains, respectively. Thus, the nucleotide sequence of TMV-KP MP gene showed higher homology of 99% with that of TMV-K MP gene.

• 생태와환경
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• 제55권4호
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• pp.352-359
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• 2022

국내 서식하는 수서 생물(식물플랑크톤, 동물플랑크톤, 저서대형무척추동물, 어류)에 대한 eDNA 연구에 주요 이용되는 유전자인 12S rRNA와 16S rRNA, 18S rRNA, COI, CYTB를 대상으로 속(Genus) 수준의 등록 현황을 조사하였다. 그 결과 식물플랑크톤과 동물플랑크톤은 18S rRNA에서 가장 높은 등록 속 비율을 보였으며, 저서무척추동물은 COI에서 가장 높은 등록 속 비율을 확인하였다. 어류에서는 18S rRNA를 제외한 모든 유전자에서 90%에 가까운 높은 비율을 보였다. 분류군에 따른 우점 생물의 상위 20속에 대한 유전자 등록 현황은 식물플랑크톤은 18S rRNA에서 19속이, 저서무척추동물은 COI에서 18개 속이 등록되어 있었다. 어류에서는 12S rRNA, 16S rRNA, CYTB에서 상위 20의 모든 유전자 염기서열이 존재함을 확인하였다. 본 자료 분석을 통하여 각 분류군별 eDNA 연구에 적합한 유전자 데이터베이스의 양적인 정보를 파악하였다.

• 자연과학논문집
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• 제14권1호
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• pp.39-50
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• 2004

박테리오 파아지 T7 RNA 중합효소는 다른 RNA 중합효소와 비교하여 볼 때 보조인자 없이 전사를 진행하는 하나의 subunit로 구성된 RNA 중합효소이다. 전사 진행 단계 중에서 T7 RNA 중합효소의 전사연장을 연구하기 위해 biotin이 결합된 DNA 주형을 streptavidin bead로 고정시킴으로서 T7 RNA 중합효소의 진행과정을 관찰할 수 있었고, 이러한 기작을 이용하여 일련의 활성을 가지는 가장 안정한 전사연장복합체들을 얻을 수 있었다. 전사 연장체들은 16번 염기 위치로부터 18번 염기의 위치까지 방사선 동위원소가 표지되어 있으며 이들 표지된 전사연장복합체들은 단계별로 합성하여 22-40개 핵산잔기들이 합성된 전사연장복합체들을 얻을 수 있었다. 이와 같은 전사연장복합체들을 PTH 전사종결 부위가 있는 주형으로 사용하여 야생형 및 R173C 돌연변이 RNA 중합효소를 이용하여 전사연장복합체를 제조하여 비교한 결과 PTH 전사종결에 둔감한 R173C 돌연변이 중합효소의 경우 야생형에 비해 PTH 전사종결부위를 지난 위치에서도 전사연장복합체가 생성되었다.

• Genomics & Informatics
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• 제2권1호
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• pp.45-52
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• 2004

The self-splicing group I intron from Tetrahymena thermophila has been demonstrated to perform splicing reaction with its substrate RNA in the trans configuration. In this study, we explored the potential use of the trans-splicing group I ribozymes to replace a specific RNA with a new RNA that exerts any new function we want to introduce. We have chosen thymidine phosphorylase (TP) RNA as a target RNA that is known as a valid cancer prognostic factor. Cancer-specific expression of TP RNA was first evaluated with RT-PCR analysis of RNA from patients with gastric cancer. We determined next which regions of the TP RNA are accessible to ribozymes by employing an RNA mapping strategy, and found that the leader sequences upstream of the AUG start codon appeared to be particularly accessible. A specific ribozyme recognizing the most accessible sequence in the TP RNA with firefly luciferase transcript as a 3' exon was then developed. The specific trans-splicing ribozyme transferred an intended 3' exon tag sequence onto the targeted TP transcripts, resulting in a more than two fold induction of the reporter activity in the presence of TP RNA in mammalian cells, compared to the absence of the target RNA. These results suggest that the Tetrahymena ribozyme can be a potent anti-cancer agent to modify TP RNAs in tumors with a new RNA harboring anti-cancer activity.

• 미생물학회지
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• 제43권3호
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• pp.159-165
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• 2007

C형 간염바이러스(hepatitis C virus; HCV)증식을 효과적이며 특이적으로 제어할 수 있는 유전산물을 개발하기 위하여 HCV 중식조절이자인 NS5B RNA replicase 존재에 의해 allosteric하게 그 활성 이 조절될 수 있는 HCV internal ribosome entry site (IRES) 표적 hammerhead 리보자임을 개발하였다. 우선 HCV IRES 염기서열 중+382 nucleotide(nt) 부위가 리보자임에 의해 가장 잘 인식되었음을 관찰하였다. 이러한 allosteric 리보자임은 NS5B RNA replicase와 특이적으로 결합하는 RNA aptamer 부위, aptamer와 NS5B와의 결합에 의해 리보자임 활성을 유도할 수 있도록 구조적 변이를 전달할 수 있는 communication module부위 및 HCV IRES의 +382 nt를 인지하는 hammerhead 리보자임 등으로 구성되도록 설계하였다. 특히 in vitro selection기법을 활용하여 NS5B 의존적으로 리보자임 활성을 증가시킬 수 있는 communication module 염기서열을 밝혀내었다. 이러한 리보자임은 단백질이 없거나 대조 단백질인 bovine serum albumin이 존재할 때에는 절단반응을 유도하지 못하였으나 HCV NS5B 단백질이 존재할 매에만 효과적으로 NS5B 농도 의존적으로 절단 반응을 유도할 수 있음을 관찰하였다. 이러한 allosteric 리보자임은 HCV중식의 효과적인 증식 억제 선도물질 뿐만 아니라 HCV 치료선도물질의 스크리닝용 도구 및 HCV 조절 인자를 탐색할 수 있는 HCV 진단용 리간드로서도 활용될 수 있을 것이다.

• Animal cells and systems
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• 제13권3호
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• pp.297-304
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• 2009

A complete mRNA sequence of transferrin from the wax moth, Galleria mellonella, was obtained, and compared with those of other species. We previously reported that the sequence was most similar to those of Manduca sexta and Bombyx mori. As in other moths, G. mellonella transferrin had only one iron-binding site at its N-terminal region. Semi-qRT PCR was conducted to investigate tissue-specific distribution and transcriptional regulation of the wax moth transferrin mRNA. Larval muscle and fat body contained larger quantity of mRNA than other tested tissues. In this study, it was observed that iron and cadmium regulated transferrin transcription, and this regulation pattern was tissue specific. Iron up-regulated transferrin mRNA level in fat body, while suppressed it in the Malpighian tubules and silk glands. Cadmium decreased the mRNA level in fat body, muscle, and Malpighian tubules, but significantly increased the mRNA level in silk glands. In addition, the mRNA expression was induced by all tested pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) including LPS, lipoteichoic acid (LTA), glucan, and even chitin.