• Molecules and Cells
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• v.19 no.2
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• pp.157-166
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• 2005

Transfer RNA (tRNA) is a key molecule to decode the genetic information on mRNA to amino aicds (protein), in a ribosome. For tRNA to fulfill its adopter function, tRNA should be processed into the standard length, and be post-transcriptionally modified. This modification step is essential for the tRNA to maintain the canonical L-shaped structure, which is required for the decoding function of tRNA. Otherwise, it has recently been proposed that modification procedure itself contributes to the RNA (re)folding, where the modification enzymes function as a kind of RNA chaperones. Recent genome analyses and post-genome (proteomics and transcriptomics) analyses have identified genes involved in the tRNA processings and modifications. Furthermore, post-genomic structural analysis has elucidated the structural basis for the tRNA maturation mechanism. In this paper, the recent progress of the structural biology of the tRNA processing and modification is reviewed.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.26 no.1
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• pp.27-31
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• 1988

Biosynthesis and processing of cytoplasmic mRNA from heterogenous nuclear RNA (hn-RNA) in Aspergillus phoenicis were studied by $^{3}H$-uridine labeling and synchronous culture techniques during their life cycle. Incorporations of $^{3}H$-uridine into hn-RNA and mRNA were most rapid in vesicle-phialide fromation stage and diminished in hyphal growth stage. The processing of cytoplasmic mRNA from hn-RNA was proceeded more rapidly in hyphal growth and conidiophore formation stages than in conidia and vesicle-phialide formation stages. The specific radioactivities of hn-RNA and mRNA were very high in vesicle-phialide formation stage.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.43 no.3
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• pp.307-314
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• 1999

Ml RNA, the RNA component of RNase P from Escherichia coli, is produced by 3' processing of pre-Ml RNA, a major primary transcript of the rnpB gene. The enzyme fraction containing the processing activity was partially purified and characterized. Since exposure of the active fraction to the high salt condition results in the inactivation of the processing activity, the processing enzyme seems to be an enzyme complex composed of multiple enzymes. The enzyme fraction loses the processing activity when treated with the chemical nuclease lead(II) ion, but regains its activity by the addition of RNA isolated from the enzyme fraction itself, suggesting that an RNA molecule(s) may be essential for the processing activity. Analysis of cleavage sites produced by the partially purified enzyme fraction also implies that the 3' processing occurs by multiple enzymes and at least in two distinct pathways.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2008.05a
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• pp.433-434
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• 2008

기존의 실험을 통한 전통적인 생물학의 연구와는 달리, 미세 RNA (microRNA)의 연구에 있어 컴퓨터를 통한 프로그램 개발과 정보기술의 이용은 필수 불가결한 요소가 되었다. 컴퓨터를 바탕으로 한 대부분의 연구는 미세 RNA를 발현하는 유전자와 미세 RNA의 타겟 (target)을 예측하는 두가지 분야로 나누어 이루어지고 있다. 본 연구에서는 미세 RNA의 타겟을 예측하는 프로그램 개발시 이용되는 몇 가지 원칙들과 그 원칙들의 문제점을 서술하며, 현재 인터넷상에서 이용 가능한 프로그램들을 소개한다. 또한 컴퓨터를 통해 예측된 미세 RNA 의 타겟을 실험을 통해 검증하는 방법에 대해 논한다.

• Journal of Information Processing Systems
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• v.13 no.6
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• pp.1527-1543
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• 2017

MiRNA is a biological short sequence, which plays a crucial role in almost all important biological process. MiRNA patterns are common sequence segments of multiple mature miRNA sequences, and they are of significance in identifying miRNAs due to the functional implication in miRNA patterns. In the proposed approach, the primary miRNA patterns are produced from sequence alignment, and they are then cut into short segment miRNA patterns. From the segment miRNA patterns, the candidate miRNA patterns are selected based on estimated probability, and from which, the potential miRNA patterns are further selected according to the classification performance between authentic and artificial miRNA sequences. Three parameters are suggested that bi-nucleotides are employed to compute the estimated probability of segment miRNA patterns, and top 1% segment miRNA patterns of length four in the order of estimated probabilities are selected as potential miRNA patterns.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.26 no.6
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• pp.396-402
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• 1982

Bacteriophage T4 tRNA processing in E. coli mutant strains defective in RNase Ⅲ, RNase E$^-$, and RNase P, respectively, singly or in combinations, was investigated. In $RNase E^- strains, a RNA band, which would be referred as 9S RNA, accumulates, while in RNase$ P^-$ strains, lower band of 6S double band is accumulated. In RNase III$^-$ strains, the production of tRAN$^{Gln}$ coded by T4 tRNA gene cluster, is severely depressed and also production of species 1 RNA, which is coded by T4 DNA but not by the tRNA gene cluster, is in somewhat depressed amounts; on the other hand, at the same time, an upper band of 6S double bands, coded by T4 tRNA gene cluster, is accumulated in rather greater amounts as compared to the RNase $^+$ strain. The upper band RNA of the 6S double band, however, does not appear to be a precursor to the tRNA$^{Gln}$. The present work points to the lack of evidence for an essential cleavage role of RNase Ⅲ, although there must be a role for the RNase Ⅲ in the T4 tRNA processing.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2014.04a
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• pp.671-674
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• 2014

최근 MicroRNA(miRNA)가 질병 발생과 밀접한 연관성이 있다고 밝혀진 이래, 이와 관련된 연구가 활발히 진행되고 있다. 하지만 각종 질병 관련 miRNA의 기능과 역할 그리고 질병 발생 메카니즘 등이 명백히 밝혀진 것이 없는 실정이다. 본 논문에서는 여러 종류의 miRNA 데이터베이스(miRecords, miRTarBase, miR2Disease 등)를 통합하고, 본 논문에서 새로이 제안하는 scoring 방법과 특정 질병과 관련된 miRNA의 순위결정과정을 통하여 질병과 연관성이 높은 miRNA을 밝혀내는 방법을 제안한다. 새로이 제안하는 방법을 바탕으로 miRNA와 특정 질병과의 연관성을 효과적으로 밝혀냈다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2022.11a
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• pp.690-692
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• 2022

기존의 질병 관련 연구들은 대부분 유의미하게 변화되는 유전자들을 찾아내고(Differentially Expressed Genes, DEGs), 이들이 연관된 생물학적 패스웨이(biological pathway)를 찾아내는 방향으로 이루어졌다. 더불어 miRNA(microRNA)가 많은 mRNA 의 발현을 조절하며, 실제 면역, 대사 및 세포 사멸을 포함한 여러 필수 생리학적 및 질병에 매우 중요한 역할을 한다고 밝혀지며, 바이오 마커로써의 miRNA 를 찾아내고자 하는 연구가 활발히 진행되기 시작하였다. 하지만 mRNA 나 miRNA 의 독립적인 연구만으로는 명확한 질병과의 연관성이나 기능을 이해하기에는 어려움이 있다. 따라서 본 연구에서는 질병 상태에서 유의미하게 변화되는 miRNA 와 이러한 miRNA 에 의해 조절되는 mRNA 를 함께 고려하여 분석함으로써, 실제 질병의 발병 원인이 되는 생물학적 패스웨이나 메커니즘을 밝히고자 하였다. 또한, miRNA 와 mRNA 의 연관성을 찾기 위해, PPI(protein-protein interaction) 네트워크에 기반을 둔 RWR(Random Walk with Restart Algorithm)를 적용하여, 직접적 연관성뿐 아니라, 유전자 간의 숨겨진 간접적인 패스웨이를 고려하여 분석하기 위한 웹 기반 시스템을 개발하였다. 이 시스템은 mRNA-miRNA 를 함께 고려한 통합 분석을 통해 숨겨진 질병의 메커니즘을 이해하고 치료 방법을 찾아내는 데 크게 공헌할 것이다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2016.10a
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• pp.583-586
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• 2016

단백질과 RNA의 상호작용 데이터가 대량으로 늘어남에 따라, 단백질과 RNA의 결합부위를 예측하는 계산학적인 방법들이 많이 개발되고 있다. 하지만, 많은 계산학적인 방법들은 단백질에서 단백질과 RNA 결합부위를 예측한다는 한계점이 있었다. 본 논문에서는 RNA와 단백질의 서열정보를 모두 사용하여, 단백질과 결합하는 RNA 결합부위를 예측하는 기법과 그 결과를 논한다. WEKA random forest(http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/)를 이용하여 예측 모델을 개발하였고, RNA 서열의 서열 프로파일, 서열 composition, 결합 상대방의 단백질의 특성 등을 특정으로 표현하였다. Random forest 기법을 사용한 cross validation의 결과로서 1:1 모델에서 제일 높은 성능인 92.4% sensitivity, 92.0% specificity, 92.2% accuracy를 보였고, independent test에서는 72.5% sensitivity, 90.0% specificity, 2.1% accuracy를 보였다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2014.11a
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• pp.669-671
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• 2014

High Throughput Sequencing (HTS) 기술의 발달로 인해 시퀀싱 비용이 감소함에 따라 다양한 분야에서 이를 활용한 융합 연구가 활발하게 진행되고 있다. HTS 기술에서 가장 중요한 부분은 수백만개의 short read 들을 표준유전체 (reference genome)에 정렬시키는 것인데 RNA 시퀀싱 (RNA-Seq) 의 경우 RNA splicing 으로 인해 일반적인 aligner 로 처리가 불가능하다. 복잡한 RNA-Seq 정렬 문제를 해결하기 위해 그동안 다양한 알고리즘들이 제안되어 왔다. 본 논문에서는 RNA-seq 정렬분야에서 잘 알려진 알고리즘들과 최신 알고리즘들을 살펴봄으로써 RNA-seq 정렬 알고리즘의 동향을 살펴보고자 한다.