• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제23권7호
• /
• pp.993-1003
• /
• 2013

Methanotrophs are the most important sink of $CH_4$, which is a more highly potent greenhouse gas than $CO_2$. Methanotrophic abundance and community diversity in cover soils from two typical semi-aerobic landfills (SALs) in China were detected using real-time polymerase chain reaction (real-time-PCR) and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) based on 16S rRNA genes, respectively. Real time-PCR showed that Type I methanotrophs ranged from $1.07{\times}10^6$ to $2.34{\times}10^7$ copies/g soil and that of Type II methanotrophs from $1.51{\times}10^7$ to $1.83{\times}10^8$ copies/g soil. The ratio of Type II to Type I methanotrophic copy numbers ranged from 5.61 to 21.89, indicating that Type II methanotrophs dominated in SAL. DGGE revealed that Type I methanotrophs responded more sensitively to the environment, changing as the community structure varied with different soil types and locations. Methylobacter, Methylosarcina, and Methylomicrobium for Type I, and Methylocystis for Type II were most prevalent in the SAL cover layer. Abundant interflow $O_2$ with high $CH_4$ concentration in SALs is the reason for the higher population density of methanotrophs and the higher enrichment of Type II methanotrophs compared with anaerobic landfills and other ecosystems, which proved a conclusion that increasing the oxygen supply in a landfill cover layer would greatly improve $CH_4$ mitigation.

• BMB Reports
• /
• 제50권4호
• /
• pp.162-163
• /
• 2017

RNA polymerase II-interacting the Set2 methyltransferase co-transcriptionally methylates histone H3 at lysine 36 within the body of genes. This modification facilitates histone deacetylation by Rpd3S HDAC in 3' transcribed regions to suppress cryptic initiation and slow elongation. Although this pathway is important for global deacetylation, no strong effects have been seen on genome-wide transcription under optimized laboratory conditions. In contrast, this pathway slows the kinetics of mRNA induction when target genes are induced upon environmental changes. Interestingly, a majority of Set2-repressed genes are overlapped by a lncRNA transcription that targets H3K36 methylation and deacetylation by Rpd3S HDAC to mRNA promoters. Furthermore, this pathway delays the induction of many cryptic transcripts upon environmental changes. Therefore, the Set2-Rpd3S HDAC pathway functions to fine-tune expression dynamics of mRNAs and ncRNAs.

• Mycobiology
• /
• 제50권3호
• /
• pp.155-165
• /
• 2022

Penicillium vietnamense sp. nov. was isolated from Nha Trang Bay, Vietnam in June 2017. It is phylogenetically distinct from the sister species of Penicillium section Charlesia series Indica based on multi-locus sequence typing results using internal transcribed spacer, large subunit ribosomal RNA, b-tubulin, calmodulin, and RNA polymerase II second largest subunit regions. It showed strong growth on Czapek yeast autolysate agar at 37 ℃, a strong acid production on Creatine sucrose agar, and produced short stipes, small vesicles, and subglobose to globose conidia delicately roughened with very short ridges. As the first novel marine fungi species described from Vietnam and discovered in a unique environment, the data could be significant for understanding the taxonomy and geographical distribution of marine fungi in tropical coastal systems such as Vietnam.

• 환경생물
• /
• 제22권3호
• /
• pp.411-418
• /
• 2004

생태계는 수은의 화학적 형상 및 산업화에 따른 방출로 지속적이면서 다양하게 오염된다. 또한 수은은 화학적 여러 형태로 분류되며 쉽게 기화되는 성질로 인해 수은을 공정하는 과정에서 수많은 근로자들이 쉽게 급성 혹은 만성 중독이 될 수 있다. 그러나 수은의 유독성이 알려져 있기는 하나 생체가 환경에서 노출 가능한 저농도의 수은 영향에 대해서는 정확한 접근이 이루어지지 않고 있다. 따라서 본 실험은 이온화 방사선과 염화수은(II)의 영향을 비교해보고자 수행하였다. 미성숙의 웅성F344 흰쥐의 음용수에 염화수은을 녹여 실험기간 동안 음용시켰으며, 방사선 조사군의 경우는 6.5Gy의 감마선을 전신 조사하여 실험기간 동안 관찰하였다. 실험기간 동안의 체중의 변화량을 대조군과 비교 하였을 때, 염화수은을 처리한 군은 4.9% 증가를 보였으나, 감마선을 조사한 군에서는 14.4% 감소를 보였다. 혈액적 표지 인자들의 농도를 분석하여 각각 비교하였을 때, 염화수은을 처리하였을 때의 결과는 방사선을 전신조사한 것과는 확연히 다른 양상을 나타내었다. 반면 스트레스 호르몬으로 알려진 대표적인 부신피질 호르몬인 cortisol의 혈청내 농도는 대조군에 비해 두 실험군에서 모두 상승하였다. 각 외인성 인자에 의한 세포자연사 양상을 비교하고자 정소와 신장 조직에 대한 역전사중합반응을 실시하였다. Bax mRNA 분자의 발현은 두 실험군의 정소와 신장에서 모두 증가하였으나, Bcl-2 mRNA는 실험군에 따라 혹은 기관에 따라 다른 양상을 보였다. 본 실험의 결과 염화수은(II)은 주대상기관을 신장으로 하여 그 손상 기전은 이온화 방사선의 것과 구별되는 양상을 나타나는 것으로 확인하였다.

• 미생물학회지
• /
• 제52권4호
• /
• pp.487-494
• /
• 2016

출아 효모에서의 Paf1 복합체는 총5개의 단백질로 구성되어있고, 구성성분들은 출아효모, 초파리, 식물들, 그리고 인간에 이르기까지 구조적으로, 기능적으로 잘 보존되어 있다. RNA 중합효소 II와 결합한 상태로 전사 개시부위부터 종결부위까지 함께 이동하며, 여러 전사인자들의 유입을 위한 매개체로 작용하여, 유전자 발현 조절의 핵심적인 역할을 수행한다. Paf1 복합체는 H2BK123 monoubiquitination에 기여하고, histone crosstalk에 의해 간접적으로 H3K4의 di-, tri-methylation에 기여하는 것이 알려져 있다. 하지지만, Paf1 복합체 구성요소들의 개별적인 기능에 대해서는 연구가 되어있지 않다. 이 연구에서는, Paf1 복합체 구성요소들의 단일 결핍 돌연변이 균주를 만든 후, 이들의 H2BK123 monoubiquitination 및 H3K4 mono-, di-, tri-methylation에 미치는 영향을 관찰했다. 놀랍게도, ${\Delta}paf1$, ${\Delta}rtf1$, ${\Delta}ctr9$ 돌연변이 균주에서는 H2Bub에 영향을 받는 H3K4me2와 H3K4me3뿐 아니라, H2B monoubiquitination에 영향을 받지 않는 H3K4 monomethylation의 심각한 감소를 관찰했다. 그러나, methyl기 전달 효소인 Set1의 발현 정도는 이 돌연변이 균주들에서 변하지 않았다. 이러한 결과로부터, Paf1 복합체가 Set1의 활성이나 Set1 복합체의 안정성을 직접 조절함으로써 H3K4 methylation을 조절할 수 있음을 제시한다.

• 생명과학회지
• /
• 제27권3호
• /
• pp.370-381
• /
• 2017

단백질 탈 인산화는 단백질 탈 인산화 효소에 의해 매개되는 과정으로 세포 생존에 매우 중요하다. 단백질 탈 인산화 효소 중에서 최근 CTD (carboxy-terminal domain) 탈 인산화 효소들이 등장하고 있으며 이들에 대한 새로운 생물학적 역할이 밝혀지고 있다. 이 효소의 그룹에는CTD 탈 인산화 효소 1(CTDP1), CTD 소형 탈 인산화 효소 1(CTDSP1), CTD 소형 탈 인산화 효소 2(CTDSP2), CTD 소형 탈 인산화 효소 유사(CTDSPL), CTD 소형 탈 인산화 효소 유사 2(CTDSPL2), CTD 핵 탈 인산화 효소(CTDNEP1) 및 유비퀴틴 유사 도메인 함유CTD 탈 인산화 효소 1(UBLCP1)들이 존재한다. CTDP1은 RNA 중합 효소 II (RNAPII)의 CTD의 두 번째 인산화 된 세린을 탈 인산화 시키고, CTDSP1, STDSP2 및 CTDSPL은 RNAPII의 CTD의 다섯 번째 인산화 된 세린을 탈 인산화 시킨다. 그리고 CTDSP1은 SMAD들, CDCA3, Twist1, 종양억제 단백질인 PML, c-Myc과 같은 새로운 기질을 탈 인산화 시키는 것으로 밝혀지고 있다. CTDP1은 유사 분열 조절 및 암세포 성장과 관련이 있다. CTDSP1, CTDSP2 및 CTDSPL은 종양 억제 기능 및 줄기 세포 분화와 관련이 있다. CTDNEP1은 LIPIN1을 탈 인산화 시키고 핵막 형성과 관련이 있다. CTDSPL2는 조혈 줄기 세포 분화와 관련이 있다. UBLCP1은 26S 프로테아좀을 탈 인산화 시키고 핵 프로테아좀 활성 조절과 관련이 있다. 결론적으로, CTD 탈 인산화 효소의 새로운 기능과 역할은 최근의 연구에서 밝혀지고 있으며, 이 리뷰는 CTD 탈 인산화 효소의 새롭게 밝혀진 역할들을 요약하고자 정리한 것이다.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제60권10호
• /
• pp.25.1-25.10
• /
• 2018

The central dogma of gene expression propounds that DNA is transcribed to mRNA and finally gets translated into protein. Only 2-3% of the genomic DNA is transcribed to protein-coding mRNA. Interestingly, only a further minuscule part of genomic DNA encodes for long non-coding RNAs (lncRNAs) which are characteristically more than 200 nucleotides long and can be transcribed from both protein-coding (e.g. H19 and TUG1) as well as non-coding DNA by RNA polymerase II. The lncRNAs do not have open reading frames (with some exceptions), 3`-untranslated regions (3'-UTRs) and necessarily these RNAs lack any translation-termination regions, however, these can be spliced, capped and polyadenylated as mRNA molecules. The flexibility of lncRNAs confers them specific 3D-conformations that eventually enable the lncRNAs to interact with proteins, DNA or other RNA molecules via base pairing or by forming networks. The lncRNAs play a major role in gene regulation, cell differentiation, cancer cell invasion and metastasis and chromatin remodeling. Deregulation of lncRNA is also responsible for numerous diseases in mammals. Various studies have revealed their significance as biomarkers for prognosis and diagnosis of cancer. The aim of this review is to overview the salient features, evolution, biogenesis and biological importance of these molecules in the mammalian system.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
• /
• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
• /
• pp.136.2-137
• /
• 2003

In order to diagnose and differentiate jujube witches' broom (JWB) phytoplasma rapidly, oligonucleotide primer pair, 16Sr(V) F/R, for polymerase chain reactions (PCRs) was designed on the basis of 165 rRNA sequences of JWB phytoplasma. The PCR employing phytoplasma universal primer pair P1/P7 consistently amplified DNA in all tested phytoplasma isolates. But no phytoplasma DNA was detected in healthy jujube seedlings. The nested PCR, the primer pair 16S(V) F/R, about 460 bp fragment, amplified DNA in all tested JWB and related phytoplasmas including LiWB phytoplasma of the 165 rRNA group V, but no DNA amplification was detected from other phytoplasma strains such as group 16SrI (Aster yellows) and group 16SrⅩII (Stolbur group) phytoplasmas in which mulberry dwarf phytoplasma and chrysanthemum witches broom phytoplasma are belonged to, respectively The same results were obtained from both Korean- and Chinese-isolates of JWB. Nested-PCR using phytoplasma universal primer pair P1/P7 and 16S rRNA group V specific primer pair 16S(V) F/R could detect group V phytoplasma rapidly and easily, in particular JWB phytoplasma.

• 한국수산과학회지
• /
• 제50권5호
• /
• pp.624-629
• /
• 2017

A rainbow trout Onchorhynchus mykiss farm located in Gangwon province, South Korea, experienced approximately 10% mortality in June 2017. Most diseased fish had a markedly distended, gas-filled stomach, and exhibited abnormal behavior at the water surface. In this study, we attempted to identify the cause of stomach distension syndrome in those rainbow trout. The stomach of most of the affected fish were full of unidentified gases and some exudate, and yeast was isolated from the stomach mucosa. Pure cultures of yeast were identified using a multilocus sequence typing scheme based on 18S rRNA, internal transcribed spacers, large subunit rRNA, and the gene encoding the largest subunit of RNA polymerase II (RPB1). The RPB1 gene sequences were compared with those of related species available in a database. The yeast was identified as Scheffersomyces coipomoensis (Candida coipomoensis) based on sequence analyses. This is the first study to reveal that Sch. coipomoensis is a potential causative agent of stomach distension syndrome in farmed rainbow trout. Our results will be helpful for future related studies, and indicate that farmers and stakeholders should observe this emerging disease closely.

• 한국양식학회지
• /
• 제6권3호
• /
• pp.221-233
• /
• 1993

범가자미, Verasper variegatus에 대한 유전학적 동정을 위하여 세포 크기, DNA함량, 염색체수 및 핵형분석 등의 세포유전학적 조사와 PCR 기법을 이용한 mtDNA 125 ribosomal RNA gene의 분석을 실시하였다. 본 종의 적혈구와 핵의 평균 부피는 각각 $211.10{\mu}m^3$와 $23.03{\mu}m^3$였으며, haploid DNA content는 0.79 pg/cell로서 잉어의 $46.5\%$, 포유류의 $22.6\%$로 나타났다. 염색체 수는 46개로 모두 acrocentric 염색체로 구성되어 있었으며, heteromorphic한 성 염색체는 관찰되지 않았다. PCR 기법을 이용하여 증폭된 범가자미 mtDNA의 12S rRNA gene segment는 대략 390bp로 나타났고, 12S rRNA gene의 PCR product를 제한 효소로 처리 결과, Ava I, Mae II, Sma I, Xba I는 1개의 restriction site가, Mae I는 2개의 restriction site가 관찰되었다. 범가자미 mtDNA의 12S rRNA gene segment의 염기 서열을 인간과 차넬메기와 비교한 결과, identity가 차넬메기 와는 $81.8\%$, 인간과는 $67.7\%$였다.